Muito bom dia Daniel Tiezzi e Cesar Rabak, Agradeço imensamente a ajuda e vocês. Ao Cesar, agradeço por ter observado a duplicidade dos valores de expressão do gene AR. É aquele velho ditado: "a pressa é inimiga da perfeição". Eu tenho 3 vias metabólicas de genes representados nesta tabela, e o gene AR participa de duas delas. Não tinha reparado nisto. Ao Daniel, agradeço as linhas de comando. Vou estudá-las para tentar perceber e assimilar este conhecimento. Já rodei aqui nos meus dados e funcionou perfeitamente. Tenham um excelente fim de semana! Michele Daniel Guimarães Tiezzi por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu no dia sexta, 5/08/2022 à(s) 02:11:
genes <- read.csv('~/Downloads/NePCa.csv')
genes[1:4,1:4]
g_max <- aggregate(. ~X, data = genes, max) g_max[1:4,1:4]
rownames(g_max) <- g_max$X
gene_matrix <- as.matrix(g_max[,-1]) is.numeric(gene_matrix) gene_matrix[1:4,1:4]
Daniel
On 4 Aug 2022, at 21:55, Cesar Rabak por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Algumas sugestões dadas aqui são interessantes, *mas* a importação dos seus dados indica que tens as linhas 10 e 162 com mesmo nome de gene "AR".
Isso perturba a importação da 1ª coluna como nome de linhas (*rownames*), tanto se fosse usada o parâmetro row.names=1 na chamada a read.csv() ou se a vírgula inicial da primeira linha do arq CSV fosse retirada...
HTH
On Thu, Aug 4, 2022 at 10:52 AM Michele Claire Breton por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,
Estou em outro nível de problema. Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte:
dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv") head(dados) class(dados)
*[1] "data.frame"*
geneLength <- rowMeans(dados) *Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric*
dadoslog2cpm <- convertCounts(dados, unit = "cpm", log = TRUE, normalize = "tmm") *Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M Samples. All columns must be numeric.*
Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo. Vocês podem me ajudar, por favor?
Obrigada,
Michele -- ------------------------------------------------------------------------ *Dra. Michele Claire Breton* Researcher in Bioinformatics PhD in Cellular and Molecular Biology CICS - Health Sciences Research Center Faculty of Health Sciences University of Beira Interior Covilhã - Castelo Branco - Portugal _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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