genes <- read.csv('~/Downloads/NePCa.csv')

genes[1:4,1:4]

g_max <- aggregate(. ~X, data = genes, max)

g_max[1:4,1:4]

rownames(g_max) <- g_max$X

gene_matrix <- as.matrix(g_max[,-1])

is.numeric(gene_matrix)

gene_matrix[1:4,1:4]

Daniel

On 4 Aug 2022, at 21:55, Cesar Rabak por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

Algumas sugestões dadas aqui são interessantes, mas a importação dos seus dados indica que tens as linhas 10 e 162 com mesmo nome de gene "AR".

Isso perturba a importação da 1ª coluna como nome de linhas (rownames), tanto se fosse usada o parâmetro row.names=1 na chamada a read.csv() ou se a vírgula inicial da primeira linha do arq CSV fosse retirada...

HTH

On Thu, Aug 4, 2022 at 10:52 AM Michele Claire Breton por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,

Estou em outro nível de problema.

Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte: 

dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv")
head(dados)
class(dados)

[1] "data.frame"

geneLength <- rowMeans(dados)

Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric

dadoslog2cpm <- convertCounts(dados,
                        unit = "cpm",
                        log = TRUE,
                        normalize = "tmm")

Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M Samples. All columns must be numeric.

Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo. Vocês podem me ajudar, por favor?

Obrigada,

Michele

--

------------------------------------------------------------------------

Dra. Michele Claire Breton

Researcher in Bioinformatics

PhD in Cellular and Molecular Biology

CICS - Health Sciences Research Center

Faculty of Health Sciences

University of Beira Interior

Covilhã - Castelo Branco - Portugal

_______________________________________________
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

_______________________________________________
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

_______________________________________________
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.