Fabio, Esta forma de declarar não funciona, tinha tentado esta opção, desta forma para cada Mxx é gerado um efeito para 0 ,1 e 2 caso tenha os três, mas pelo exemplo é um efeito para Mxx como se fosse um slope para cada Mxx, e o 0,1,2 seriam os niveis. Desta forma o teriam um componente para cada Mxx, mas no problema só existe um componente único que engloba a variação de todos estes Mxx. Obrigado pela resposta Att Em 22 de agosto de 2011 07:35, Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla@yahoo.com.br
escreveu:
Éder,
Os efeitos aleatórios devem ser especificados como no exemplo abaixo.
m1 <- lmer(diametro~1+(1|M1) + (1|M2) + (1|M3) + (1|M4) + (1|M5) + (1|M6) + (1|M7),dados) summary(m1) ranef(m1)
dotplot(ranef(m1, postVar=TRUE))$M1 # Plota os efeitos aleatórios e seus IC's.
Valeu!!!
Fábio Mathias Corrêa
Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET
Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia
Tel.: 73-3680-5076 ------------------------------ *De:* Eder David Borges da Silva <eder@leg.ufpr.br> *Para:* R-br@listas.c3sl.ufpr.br *Enviadas:* Domingo, 21 de Agosto de 2011 15:52 *Assunto:* [R-br] Declarar matriz Z modelos mistos
Pessoal, dado um modelo y = Xb + Zu + e , modelo misto com Xb parte fixa e Zu parte aleatoria, estou tentando entender melhor a analise feita neste documento, http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/883425/1/Doc210.pdf , pagina 54, ao meu entendimento é um modelo misto, onde a mudança é a forma que é construída a matriz Z, que como o autor faz é produzido um efeito aleatório para cada marcador. desta forma gostaria de saber se alguém ja declarou um matriz Z em uma analise de modelo misto no R em especifico na lmer, essa analise é GWS (Seleção genômica ampla), caso alguém tenha familiaridade ficaria grato de umas dicas.
dados <- data.frame(ind=c(1:5), diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55), M1=c(2,1,0,1,1), M2=c(0,1,2,0,0), M3=c(0,0,0,1,0), M4=c(0,0,0,0,1), M5=c(2,1,0,1,1), M6=c(0,1,0,0,1), M7=c(0,0,2,0,0)) dados require(lme4)
Z <- model.matrix(~-1+M1+M2+M3+M4+M5+M6+M7,dados) Z ### Esta é a matriz que querro por no modelo m0 <- lmer(diametro~1+(1|?????),dados) summary(m0) ranef(m0) fixef(m0) # Meu interesse e ter os componentes de variância e o efeito fixo(Media geral), e os efeitos aleatórios (7, uma para cada marcador)
OBS: Creio que não chegaremos ao valor exato do autor, visto que ele fixou (sigma.erro/(sigma.g/n)) =1. Obrigado
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