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dadaos de batimetria para o Maptools
by Rodrigo Plei 17 Jan '12

17 Jan '12

Prezados, Alguém sabe como extrair dados de batimetria (shape files) do GEBCO para plotar mapas com isóbatas usando o pacote maptools? Desde já, grato. Rodrigo -- =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> Rodrigo Silvestre Martins, PhD Bolsista FAPESP Pós-Doutorado Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) Butantã - São Paulo/SP, Brasil 05508-900 Tel: +55 11 3091 6549 Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777

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Tinn-R
by Joaquim Pereira Neto 17 Jan '12

17 Jan '12

Por que quando vou executar um programa com o Tinn-R versão 2.37.1, a execução para em algum ponto do programa, isto é, não executa totalmente o programa. Grato, Joaquim P. Neto.

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Transformar valores em datas
by ASANTOS 17 Jan '12

17 Jan '12

Bom dia Pessoal, Gostaria de saber se existe alguma função que transforma valores em datas para se trabalhar com séries temporais, no meu caso tenho um vetor que vai de 0 a 2865, sendo: times<-seq(0,2865,15)## Valores quinzenais de tempo onde o valor 0 representa 1/1/1994 e o valor 2865 representa 15/12/2001. Sendo que esta função teria de considerar os anos bissextos e as variações no número do dia dos meses. Obrigado, -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304

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Re: [R-br] ANOVA em regressão não linear!
by Thiago de Paula Protásio 17 Jan '12

17 Jan '12

Walmes e demais membros da lista; Vejam até onde consegui desenvolver com base no exemplo proposto na página das "Rídiculas". Tentei aplicar a função do Walmes para obter a anova do modelo não linear e o R², mas não obtive sucesso. Desde já agradeço a ajuda de todos! A <- 6.25551 > B <- -6.85223 > C <- -0.24253 > model8 <- nls(log(Carbtotal)~A+B*exp(C*Idade), data=citriodora, + start=list(A=A, B=B, C=C)) > summary(model8) Formula: log(Carbtotal) ~ A + B * exp(C * Idade) Parameters: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) A 6.25552 0.26527 23.58 1.14e-12 *** B -6.85224 0.27415 -25.00 5.14e-13 *** C -0.24253 0.02415 -10.04 8.88e-08 *** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Residual standard error: 0.2841 on 14 degrees of freedom Number of iterations to convergence: 1 Achieved convergence tolerance: 2.429e-06 > F <- attr(model8$m$fitted(), "gradient") ## extraindo a matriz gradiente avaliada nas estimativas dos parâmetros > m0 <- lm(log(Carbtotal)~-1+F, data=citriodora)# passando a matriz gradiente para a lm(), importante remover intercepto > anova(m0) # partição da soma de quadrados total Analysis of Variance Table Response: log(Carbtotal) Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) F 3 271.26 90.422 1119.9 < 2.2e-16 *** Residuals 14 1.13 0.081 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 > anova(model8, lm(log(Carbtotal)~1, citriodora)) # SQ do modelo não linear corrigido para intercepto Analysis of Variance Table Model 1: log(Carbtotal) ~ A + B * exp(C * Idade) Model 2: log(Carbtotal) ~ 1 Res.Df Res.Sum Sq Df Sum Sq F value Pr(>F) 1 14 1.130 2 16 82.335 -2 -81.204 502.88 9.192e-14 *** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 > R2 <- function(nls.obj){ + da <- eval(nls.obj$data) + resp.name <- all.vars(summary(nls.obj)$formula)[1] + form <- paste(resp.name, "~1", sep="") + m0 <- lm(form, da) + an <- anova(nls.obj, m0) + sqn <- deviance(nls.obj) + sqe <- deviance(m0) + r2 <- 1-(sqn/sqe) + aov <- data.frame(fv=c("regression","residuals"), + gl=c(-an$Df[2],an$Res.Df[1]), + sq=c(-an$Sum[2],an$Res.Sum[1])) + aov$qm <- aov$sq/aov$gl + aov$F <- c(aov$qm[1]/aov$qm[2], NA) + aov$"Pr(>F)" <- c(1-pf(aov$F[1], df1=aov$gl[1], df2=aov$gl[2]), NA) + names(aov) <- c(" ","Df", "Sum Sq", "Mean Sq", "F value", "Pr(>F)") + return(list(anova=aov, R2=r2)) + } > R2(model8) Erro em anovalist.nls(object, ...) : 'anova' is only defined for sequences of "nls" objects Além disso: Warning message: In anovalist.nls(object, ...) : models with response "Carbtotal" removed because response differs from model 1 -- Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Departamento de Ciências Florestais Ciência e Tecnologia da Madeira (035) 9183 - 2246

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Re: [R-br] Fazer filme
by Ivan Bezerra Allaman 17 Jan '12

17 Jan '12

Estou estudando isso a algum tempo. Segue alguns links interessantes: http://www.drewconway.com/zia/?p=2800 http://www.stattler.com/article/add-animated-r-plot-your-latex-document http://www.r-bloggers.com/animated-plots-with-r/ http://robjhyndman.com/researchtips/animations/ http://r.yihui.name/ http://animation.yihui.name/prob:flipping_coins (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Gráfico 3D
by Mauro Sznelwar 17 Jan '12

17 Jan '12

Como faço gráfico 3D desta função? f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) round(f,1) contour(f) Mas nâo vai funcionar com estes comandos e x<-seq(-10,10,length= 30) y<-x z<-c(x, y, f) persp(z) Nem com estes require(lattice) wireframe(z)

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Fazer filme
by Mauro Sznelwar 16 Jan '12

16 Jan '12

Tenho uma sequência de vários gráficos gerados pelos comandos abaixo, e gostaria de fazer uma sequência, como um filme. Dá para fazer em qualquer editor de imagem como o Picasa, mas queria saber se tem algum comando ou uma sequência de comandos que o faz. jpeg("exemplohist.jpg") hist(rexp(150, rate=5)) dev.off()

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Ajuda na compilação: R-dev Linux
by Jose Claudio Faria 16 Jan '12

16 Jan '12

Pessoal, Estou tendo um problema localizado na compilação do R-dev relativo a função savePlot(grDevices). Tenho muitos scripts que uso esta função e minha extensão preferida sempre foi png. #----------------------------------------------- plot(1) savePlot('test.png', type='png') Erro em savePlot("test.png", type = "png") : somente possível copiar dos dispositivos 'X11(type="*cairo")' #----------------------------------------------- Na tentiva de contornar o problema usei o script Rpatch.sh (disponível no LEG: http://leg.ufpr.br/doku.php/dicas:r-compila) que faz a checagem de dependências, tem boas directivas de configuração, etc, mas não resolveu. Tenho duas versões do R em meu Linux: 2.13.1 que baixei pré-compilada e a R-dev sendo compilada na máquina. Na 2.13.1 a função savePlot funciona perfeitamente. Portanto, concluo que o problema etá mesmo na compilação da R-dev ou algum possível bug. Alguma dica? Abs, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - Prof. Pleno UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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[OFF-TOPIC] Processador para rodar o R no Linux
by Fernando Mayer 16 Jan '12

16 Jan '12

Amigos do R, estou montando um computador para uso pessoal e gostaria de otimizá-lo para o uso do R no Linux. Por isso gostaria de saber a opinião de vocês sobre algumas coisas: 1) AMD x Intel Os processadores AMD são bem mais em conta do que os da Intel, mas pelos benchmarks que encontrei por aí eles sempre saem perdendo. O custo benefício às vezes é melhor que os da Intel, mas isso se deve aos seus preços muito mais baixos. Os processadores AMD que olhei são estes (do mais barato para o mais caro): http://www.cpubenchmark.net/cpu.php?cpu=AMD+Phenom+II+X6+1100T http://www.cpubenchmark.net/cpu.php?cpu=AMD+FX-6100+Six-Core http://www.cpubenchmark.net/cpu.php?cpu=AMD+FX-8120+Eight-Core Embora só tenha encontrado reclamações e problemas para estes mais novos (da série FX), principalmente no Linux. O que acontece é que o kernel (mesmo os mais novos) ainda não está com todos os módulos otimizados para estes processadores. Isso me levaria aos da Intel: http://www.cpubenchmark.net/cpu.php?cpu=Intel+Core+i5-2500K+%40+3.30GHz http://www.cpubenchmark.net/cpu.php?cpu=Intel+Core+i7-2600+%40+3.40GHz que parecem funcionar perfeitamente com os kernels mais novos e são superior em processamento quando comparados com os da AMD da mesma categoria. Com isso estou inclinado a ficar com a Intel, o que me leva a segunda pergunta. 2) Intel i7 ou i5 A principal diferença entre os dois é que o i5 possui 4 núcleos verdadeiros, enquanto que o i7 tem 4 núcleos verdadeiros + 4 núcleos "virtuais", gerados pela tecnologia Hyper-Threading (HT) da Intel. Sei que o R funciona basicamente utilizando um processador apenas, mas podemos otimizá-lo para fazer uso dos demais processadores através dos pacotes paralell, snow, etc. O que gostaria de saber de quem tem experiência com estes processadores é se vale a pena gastar ~ R$ 200,00 a mais no i7 para ter mais núcleos, e se realmente é possível que o R utilize os 4 núcleos virtuais da tecnologia HT. Pelos benchmarks parece que o i5 2500K tem o melhor custo/benefício (e com os 200 de diferença posso investir em mais RAM :) Agradeço desde já quem quiser dar uma opinião. []s, --- Fernando Mayer Universidade Federal de Santa Catarina - UFSC Departamento de Ecologia e Zoologia - ECZ/CCB URL: http://sites.google.com/site/fernandomayer e-mail: fernandomayer [@] gmail.com

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Como utilizar familia e ligação da classe glm
by Bruno Santos 15 Jan '12

15 Jan '12

Olá a todos, Estou tentando reutilizar a família e a função de ligação de um certo objeto da classe glm para ajustar um novo modelo, mas não estou conseguindo. O que eu quero fazer é gerar o modelo3, como no seguinte exemplo, mas recebo uma mensagem de erro. Obrigado desse já, Bruno ### CMR x <- rgamma(20, shape=1) y <- rgamma(20, shape=1) modelo <- glm(y~x, family=Gamma(link=identity)) fam <- modelo$family$family fam ligacao <- modelo$family$link ligacao modelo2 <- glm(y~x, family=fam) modelo3 <- glm(y~x, family=fam(link=ligacao)) # Error in glm(y ~ x, family = fam(link = ligacao)) : # could not find function "fam"

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