- R-br - DINF UFPR

Função readLines parando ao encontrar erro
by Paulo Nogueira 22 Jan '12

22 Jan '12

Ola a todos. estou usando a função readLines para baixar em looping uma série de códigos fonte de páginas web. Se por algum motivo a função não consegue acessar uma determinada página (mesmo o endereço estando certo) todo o processo é paralisado. Como eu posso fazer o processo continuar até o fim, mesmo encontrando alguns erros de acesso no meio do caminho? O programa é grande, mas para exemplificar criei o código abaixo que acessa 3 páginas da web e imprime a décima linha do código fonte. urlBase<-"http://www.prefeitura.sp.gov.br/cidade/secretarias/cultura/" url<-c(paste(urlBase,"bma/",sep=''), paste(urlBase,"bibliotecas/monteiro_lobatoooooo/",sep=''), paste(urlBase,"bibliotecas/bibliotecas_bairro/bibliotecas_a_l/afonso_schmidt_/",sep='')) for(i in 1:3) print(readLines(url[i], encoding="UTF-8")[10]) Reparem que o segundo endereço está errado e por isso a função retorna erro e não acessa a terceira url, parando o processo. Como evitar isso? Abraços Paulo Nogueira Starzynski

2 2

.RData
by Leonard de Assis 20 Jan '12

20 Jan '12

Bom dia, Gostaria de saber se existe alguma API pronta para eu gerar um arquivo no formato .RData O problema é o seguinte: Minha empresa desenvolveu um servidor de questionários onde, via controle de versão, são armazenados os questionários de colheita (baseados em XForms e opendatakit). o problema é que gostaria que a coisa saisse do servidor praticamente mastigada, com os fatores definidos, sem precisar de codificação extra. Daí surgiu a idéia de fazer a geração do .RData direto no servidor e disponibilizá-lo para download. Atualmente eu tenho isso em csv, mas tenho que ficar criando os fatores e categorias 'na mão', queria que o servidor fizesse isto. Aguardo sugestões PS: Eu fiz algo parecido a 4 anos para o spss, o servidor gerava o .sav pronto para análise -- []s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com

3 4

Re: [R-br] Obtenção do ponto de inflexão em modelo logístico [OFF TOPIC]
by Fernando Colugnati 20 Jan '12

20 Jan '12

Walmes, esta função SSlogis() está em qual pacote? Não achei no MASS . Gostei desta parametrização, pode ser útil em um trabalho que estou desenvolvendo. Abs e obrigado Em 20 de janeiro de 2012 10:57, Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com>escreveu: > Adriano, > > Aplicação sequencial das regras do cálculo. Derive f(x) em relação à x > obtendo f'(x), depois derive f'(x) em relação à x obtendo f''(x), Iguale > f''(x) à zero e resolva para x. Isso é um excelente exercício, acredite. > Você pode usar funções que encontram raízes para ajudar na tarefa de > encontrar a raíz de f''(x), veja as funções do pacote rootSolve. Veja as > funções do pacote MASS, lá há uma função para cálculo dos "tempos de vida" > da logística (no caso glm), o tempo de 50% de vida é a inflexão. Seu código > não é reproduzível. > > Outra opção é usar essa parametrização da logística > > f(x) = Asym/(1+exp(-(x-xmid)/Scal)) > > que a paremetrização do R na função SSlogis(), que possui até selfStart, o > parâmetro xmid já é o tempo de meia vida. Estudos do qual participei > apontam que essa é a melhor parametrização do modelo logístico para > inferência estatística (contornos elípticos ortogonais para regiões de > confiança, intervalos simétricos, baixa não linearidade e viés). > > À disposição. > Walmes. > > ========================================================================== > Walmes Marques Zeviani > LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) > Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná > fone: (+55) 41 3361 3573 > VoIP: (3361 3600) 1053 1173 > e-mail: walmes(a)ufpr.br > twitter: @walmeszeviani > homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes > linux user number: 531218 > ========================================================================== > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- Fernando A.B. Colugnati

3 3

Tentando ler função C
by Rodrigo Coster 20 Jan '12

20 Jan '12

Boa tarde, estou tentando reproduzir os passos deste artigo: http://www.jstatsoft.org/v40/i06 (os codigos se encontram no MSGJR.zip), porém eles são para Linux e eu estou no Windows. No artigo os autores falam: Second, we load the package, the data set and the complied C function MSGJR.c (under Linux, use dyn.load("MSGJR.dll") under Windows) Porem não estou tendo muito sucesso nessa adaptação. A mensagem de erro que obtive foi a seguinte (reproduzindo apenas a primeira parte do codigo, acredito que resolvendo isso o restante funciona): > rm(list = ls()) > options(digits = 4, max.print = 1000, width = 120, prompt = "> ") > setwd('F:\\Econometria II\\Bla') > library("DEoptim") > data("SMI") > system("R CMD SHLIB MSGJRS.c") Mensagens de aviso perdidas: execução do comando 'R CMD SHLIB MSGJRS.c' teve status 1 > dyn.load("MSGJRS.so") Erro em inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...) : impossível carregar objeto compartilhado 'F:/Econometria II/Bla/MSGJRS.so': LoadLibrary failure: Não foi possível encontrar o módulo especificado. > dyn.load("MSGJRS.dll") Erro em inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...) : impossível carregar objeto compartilhado 'F:/Econometria II/Bla/MSGJRS.dll': LoadLibrary failure: Não foi possível encontrar o módulo especificado. Alguem sabe como resolver isso? []'s

3 17

Obtenção do ponto de inflexão em modelo logístico
by Adriano Carvalho Costa 20 Jan '12

20 Jan '12

Boa noite, Venho solicitar a ajuda de voces, pois estou tentando calcular o ponto de inflexão de um modelo logístico e não estou conseguindo, tenho realizado os seguintes comandos. > ajnll.gg1<-nls(PESO ~ A/(1+B*exp(-k*IDADE)),data=gg1.dat,start=c(A=900,B=1,k=0.01)) > s.ajnll.gg1<-summary(ajnll.gg1) > s.ajnll.gg1 Formula: PESO ~ A/(1 + B * exp(-k * IDADE)) Parameters: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) A 9.284e+02 1.322e+01 70.202 < 2e-16 *** B 1.801e+01 2.210e+00 8.148 2.68e-14 *** k 2.826e-02 1.337e-03 21.140 < 2e-16 *** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Residual standard error: 81.91 on 222 degrees of freedom Number of iterations to convergence: 8 Achieved convergence tolerance: 2.787e-06 > logi <- expression(A/(1+B*exp(-K*x))) > D(logi,'x') A * (B * (exp(-K * x) * K))/(1 + B * exp(-K * x))^2 Substituindo na equação > GGtc= 928.4*(18.01*(exp(-0.028*x)*0.028))/(1+18.01*exp(-0.028*x))^2 > GGtc [1] 1.328331 1.361869 1.396139 1.431151 1.466914

2 1

Rodar um exemplo com distribuição normal
by Mauro Sznelwar 20 Jan '12

20 Jan '12

Oi pessoal, eu consegui rodar este exemplo debaixo da distribuição multinomial frames = 5 for(i in 1:frames){ # x = seq(0, i, 1) f.3 = rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) if (i <= 5) {name = paste('000',i,'plot.jpeg',sep='')} #saves the plot as a .jpeg file in the working directory jpeg(name) contour(f.3, ylab ='probability',main = paste('Multinomial density with n = ', i), col = 'red') dev.off() } Mas não consegui rodar este da normal, alguém sabe como fazê-lo? frames = 5 for(i in 1:frames){ x = seq(0, i, 1) f.4 = rnorm(30)*dnorm(1) if (i <= 5) {name = paste('000',i,'plot.jpeg',sep='')} #saves the plot as a .jpeg file in the working directory jpeg(name) dens= density(f.4, ylab ='probability',main = paste('Normal density with n = ', i), col = 'red') points(dens,type='l',col=1) # ou de preferência com o gráfico de contorno contour(f.4, ylab ='probability', main = paste('Normal density with n = ', i), col = 'red') dev.off() }

1 0

Gerar uma sequência de gráficos diferentes
by Mauro Sznelwar 19 Jan '12

19 Jan '12

f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) n=5 for(i in 1:n){ g=f contour(g) } #preciso que gere 5 gráficos diferentes jpeg(filename = "MeusGraficos%03d.jpg", width = 480, height = 480) for (i in 1:5) contour(g) dev.off() #Só que estou gerando sempre o mesmo gráfico"

3 5

Dúvida: Anova para modelos não lineares!
by Thiago de Paula Protásio 19 Jan '12

19 Jan '12

Walmes e demais membros da R-br; Escrevo-lhes para esclarecer uma dúvida que estou tendo em relação aos modelos não lineares. Analisando a função que o Walmes fez para a obteção da ANOVA para modelos não lineares e que está disponível na página das "Rídiculas" fiquei em dúvida se posso comparar o resultado dessa análise com aqueles obtidos para modelos lineares. O modelo que estou testando é reduzível ao intercepto. Lendo a explicação do Walmes na página das "Rídiculas" percebi que ele fez um comentário a esse respeito: http://ridiculas.wordpress.com/2011/05/29/analise-de-residuos-em-regressao-… Vejam abaixo a excelente função que o Walmes criou: A <- 6.25551 B <- -6.85223 # mudar até obter bons chutes C <- -0.24253 # mudar até obter bons chutes logCarbtotal=log(citriodora$Carbtotal) model8 <- nls(logCarbtotal~A+B*exp(C*Idade), data=citriodora, start=list(A=A, B=B, C=C)) ####função do Walmes: obtenção da ANOVA R2 <- function(nls.obj){ da <- eval(nls.obj$data) resp.name <- all.vars(summary(nls.obj)$formula)[1] form <- paste(resp.name, "~1", sep="") m0 <- lm(form, da) an <- anova(nls.obj, m0) sqn <- deviance(nls.obj) sqe <- deviance(m0) r2 <- 1-(sqn/sqe) aov <- data.frame(fv=c("regression","residuals"), gl=c(-an$Df[2],an$Res.Df[1]), sq=c(-an$Sum[2],an$Res.Sum[1])) aov$qm <- aov$sq/aov$gl aov$F <- c(aov$qm[1]/aov$qm[2], NA) aov$"Pr(>F)" <- c(1-pf(aov$F[1], df1=aov$gl[1], df2=aov$gl[2]), NA) names(aov) <- c(" ","Df", "Sum Sq", "Mean Sq", "F value", "Pr(>F)") return(list(anova=aov, R2=r2)) } R2(model8) #Retorno a ANOVA e o R^2 $anova Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) 1 regression 2 81.204480 40.60223996 502.8805 9.192647e-14 2 residuals 14 1.130351 0.08073934 NA NA $R2 [1] 0.9862713 Desde já agradeço a todos pelas valiosas contribuições! Att., -- Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Departamento de Ciências Florestais Ciência e Tecnologia da Madeira (035) 9183 - 2246

1 0

Re: [R-br] ANOVA em regressão não linear!
by Thiago de Paula Protásio 19 Jan '12

19 Jan '12

Walmes; Muito obrigado pela explicação! Vou testar sua dica aqui! Valeu mesmo! -- Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Departamento de Ciências Florestais Ciência e Tecnologia da Madeira (035) 9223 - 0472

1 0

curva de acumulação de espécies
by Susamar Pansini 19 Jan '12

19 Jan '12

Oi Estou tentando fazer uma curva de acumulação de espécies com dados de plantas, mas o modelo que achei na apostila "estatistica aplicada a ecologia usando o R", não funciona, então não sei como fazer para os meus dados tb. gostaria de saber se alguem tem um modelo de aplicação de curva de acumulação de espécies ou tb como é chamada curva do coletor. Assim talvez consiga adequar os dados que tenho Desde ja agradeço Att Susi Susamar Pansini Lab. Biogeoquímica Ambiental Wolfgang Christian Pfeiffer Universidade Federal de Rondônia - UNIR Porto Velho-RO Fone: (69) 92652286 De: "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quinta-feira, 19 de Janeiro de 2012 11:00 Assunto: Digest R-br, volume 11, assunto 20 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Dúvida teste (Walmes Zeviani) 2. Distribuição de pareto (Vinicius Brito Rocha) 3. Gerar uma sequência de gráficos diferentes (Mauro Sznelwar) 4. Re: Gerar uma sequência de gráficos diferentes (Eder David Borges da Silva) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Wed, 18 Jan 2012 15:23:20 -0200 From: Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br, Peterson Gardin <petersongardin(a)yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] Dúvida teste Message-ID: <CAFU=EkZv58NfjgUTg6t=p7Xyjg_=vuUd2Tm6A_c4SSTcJeCktA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Peterson, Digamos assim, o seu não cumprimento à casualização prevista para experimento DIC só faz uma coisa: te tira de uma situação experimental e coloca numa situação observacional. Parece simples mas isso envolve uma série de considerações. Nos experimentos planejados a casualização existe para minimizar viés causado por fontes de variação não controláveis, (manchas de solo, ataque não homogeneo de pragas, incidência não uniforme de luz, etc). Ao casualisar você faz com que uma repetição de A caia no solo fertil, outra no solo ruim, enfim, no final existe um equilíbrio. Havendo esse equilíbrio, o pesquisador pode assegurar que diferenças observadas entre níveis são causados pelos níveis, livres de qualquer outra fonte. Ou seja, pode se usar da expressão "causa efeito". No seu caso não pode. Por que não? Porque se existe algum efeito de linha, esse efeito será confundido com efeito de época. Exemplo: vamos supor que a linha 1 é a mais próxima da bomba de irrigação, então, pelas leis da hidráulica, haverá menor perda de carga, então maior vazão, então a linha 1 receberá mais água, o que pode elevar a produção. A diferença entre Época 1 e Época 4 então serão atenuadas pela irrigação diferencial. Agora, se você garante que não existe fonte de variação de expressão significativa... Só não pode dizer que a causa é a unicamente a época. No seu experimento você não tem repetição do nível época. Você amostra dentro dele. E a variância de amostrar dentro e sempre menor que a variância de uma amostrais entre repetições do mesmo nível. Isso quer dizer que você vai estar comparando efeitos sob uma variância supostamente menor. O estudo do fator época pode ser usando época como métrico (numérico). Mas como são penas 4 épocas, talvez seja forçar a barra. Melhor trabalhar como categórica mesmo. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120118/e0cedbf1/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Thu, 19 Jan 2012 01:05:28 -0200 From: Vinicius Brito Rocha <viniciusbritor(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Distribuição de pareto Message-ID: <CAJSzTecBHNqPXL8cx86RQWBkrqhokrc8Me8d5v+mxMVQvR0VhA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Senhores, estou querendo gerar números a partir da distribuição de Pareto. Baixei o pacote VGAM. Meu problea é gerar dados de acordo com a proposta de que 80% da riqueza está na mão de 20% da sociciedade (no brasil é 90% em 2% rs) Alguem tem alguma noção de qual é a paremetrização para isso? No Pacote VGAM tem varias opões da distribuição de Pareto. Abs -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120119/1ca1eaa6/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Thu, 19 Jan 2012 02:36:56 -0200 From: "Mauro Sznelwar" <sznelwar(a)uol.com.br> To: "R-br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Gerar uma sequência de gráficos diferentes Message-ID: <002801ccd663$fb4a5200$6400a8c0@mauro> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) n=5 for(i in 1:n){ g=f contour(g) } #preciso que gere 5 gráficos diferentes jpeg(filename = "MeusGraficos%03d.jpg", width = 480, height = 480) for (i in 1:5) contour(g) dev.off() #Só que estou gerando sempre o mesmo gráfico" -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120119/379f050f/atta…> ------------------------------ Message: 4 Date: Thu, 19 Jan 2012 08:15:11 -0200 From: Eder David Borges da Silva <eder(a)leg.ufpr.br> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Gerar uma sequência de gráficos diferentes Message-ID: <CALKkXXrbn+inCrPdXPBcmJ4Q3eot_NRMj-wFAESB1SMJUKoccA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1 Mauro, se você colocar o: " f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) " dentro do seu loop, creio que seus gráficos vão sair de forma diferente. Att Éder Em 19 de janeiro de 2012 02:36, Mauro Sznelwar <sznelwar(a)uol.com.br> escreveu: >> f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) >> n=5 >> for(i in 1:n){ >> g=f >> contour(g) >> } >> #preciso que gere 5 gráficos diferentes >> >> jpeg(filename = "MeusGraficos%03d.jpg", width = 480, height = 480) >> for (i in 1:5) contour(g) >> dev.off() >> #Só que estou gerando sempre o mesmo gráfico" >> >> > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código > mínimo reproduzível. ------------------------------ _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Fim da Digest R-br, volume 11, assunto 20 *****************************************

3 2