- R-br - DINF UFPR

Problema de Memória em função
by João José de Simoni Gouveia 08 Abr '12

08 Abr '12

Prezados, Escrevi uma simples e tupiniquim função no R (em anexo com o nome ld.R) para umas análises que preciso rodar. Nos meus arquivos de teste (que são subset dos arquivos que terei que utilizar) a função está funcionando direitinho. O problema é que quando tento utilizar a função nos arquivos de trabalho (são 26 arquivos, um para cada cromossomo e cada arquivo com centenas de milhares de linhas) o R simplesmente trava depois de algum tempo. A impressão que me dá é que "estoura" a memória do meu notebook (um core i3 com 4 de ram, rodando ubuntu) Gostaria de saber se alguém teria alguma sugestão para que eu pudesse fazer isto funcionar... Anexado ao email envio a função e três arquivos teste (teste_CHR1.haplo.LD, teste_CHR2.haplo.LD, teste_CHR3.haplo.LD) A função está comentada. para rodar a função basta dar o comando: > ld('teste',3) Att JJ -- ============================================ João José de Simoni Gouveia Médico Veterinário, Msc. Doutorando em Zootecnia - PDIZ (UFC/UFPB/UFRPE) Professor Assistente I - Colegiado Acadêmico de Zootecnia Universidade Federal do Vale do São Francisco (UNIVASF) ---------------------------------------------------------------------------------------- Endereço: UNIVASF (Campus Ciências Agrárias) Rodovia BR 407, Km 12, Lote 543 Projeto de Irrigação Senador Nilo Coelho, s/nº-C1 Petrolina, PE - CEP 56.300-000 Telefone: (87)3986-3800/3804-3801 Skype: joao_jose_de_simoni_gouveia E-mail alternativo: jjsgouveia(a)gmail.com ============================================

1 0

R 2.15.0
by Benilton Carvalho 08 Abr '12

08 Abr '12

Comecem a preparar seus upgrades... e reclamacoes (ja que ha' muitos que querem pq querer atualizar o R sem atualizar seus pacotes): https://stat.ethz.ch/pipermail/r-announce/2012/000551.html benilton

8 9

Notepad++ e NppToR
by Leandro Marino 07 Abr '12

07 Abr '12

*Caros,* * * *alguém sabe como fazer a configuração de forma a tudo funcionar através de um pendrive?* * * *Não encontrei nenhum tutorial na internet que me ajudasse nisto...* * * *Abraços.* *Leandro* * *Atenciosamente, Leandro Marino http://www.leandromarino.com.br (Fotógrafo) http://est.leandromarino.com.br/Blog (Estatístico) Cel.: + 55 21 9845-7707 Cel.: + 55 21 8777-7907

2 7

dúvida simples: dar nome a variáveis dentro de um loop
by Vitor Aguiar 06 Abr '12

06 Abr '12

Caros senhores, tenho um loop com o seguinte formato: While (condição) { for (i in 1:n) { calculo } X2sum = sum(X2) print(X2sum) dfreedom = function(x) (nrow(x)*(nrow(x) - 1))/2 df = dfreedom(X2) print(df) pvalue = 1 - pchisq(sum(X2), dfreedom(X2)) print(pvalue) NAnumber = nrow(pop[,counter:(counter + 1)]) - nrow(FrmNA(pop[,counter:(counter + 1)])) print(NAnumber) } Esses objetos no final (X2sum, df, pvalue, NAnumber) não são impressos no R com o nome deles, mas do seguinte modo: [1] resultado [1] resultado [1] resultado [1] resultado Como eu faço para imprimir com os nomes ao invés desses [1]? Obrigado, Vitor Aguiar

2 2

Re: [R-br] dúvida function fts to create functional time series objects
by Mauro Sznelwar 06 Abr '12

06 Abr '12

Já achei! Este arquivo OCTOPUS está disponível em algum lugar? Novamente, um outro exemplo: dadosOriginais = read.csv('OCTOPUS.csv') library(reshape2) porAno = dcast(dadosOriginais, MONTH ~ YEAR, value.var='QVENDA', fun.aggregate=mean) x0 = 1:nrow(porAno) y0 = as.matrix(porAno[, -(1:3)]) library(rainbow) obj0 = fts(x0, y0) plot(obj0, plot.type='functions', plotlegend=TRUE) altere o codigo acima para os seus casos especificos. benilton

1 0

dúvida function fts to create functional time series objects
by carlos pombo sonderblohm 06 Abr '12

06 Abr '12

Caros colegas, Estou a tentar fazer uns graficos de series temporais com a libraria rainbow, a qual precisa de ter os dados arranjados numa functional time series (FTS). Eu ja sei transformar os dados numa ts normal, mas agora gostaria de mostrar todo num só gráfico com esta libraria rainbow: 1.- o comportamento da serie temporal por meses (no eixo x) dos diferentes barcos a longo dos anos, 2.- o comportamento dos desembarques por portos de desembarque, 3.- simplesmente os desembarques mensais por ano para todos os barcos e portos juntos (diferentes cores para cada ano). Os dados que tenho, ficheiro OCTOPUS.csv, são desembarques em kilogramos (QVENDA) de polvo, em preço (QVALOR, €), porto de desembarque (IPORTO), codigo de cada embarcação (CodEmbarc), DAY, MONTH, YEAR. Realmente não consigo perceber a ficheiro de ajuda quando escrevo ?fts, alguma ajuda disponivel? data= http://www.datafilehost.com/download-5bbb581a.html obrigado pelo tempo disponivel, Carlos -- Carlos A. Pombo Sonderblohm PhD Student on Marine Science (Fisheries) Faculdade de Ciências e Tecnología Universidade do Algarve, Campus de Gambelas 8005-139 Faro Portugal Tef. 289 800 905 ext. 7605

3 5

parametros booleano e numerico
by Cleber N.Borges 04 Abr '12

04 Abr '12

olá a todos, alguem sabe o motivo do valor 1 não ter o mesmo efeito de TRUE (booleano) na função memory.size? fiz alguns testes e acabei com essa duvida. Grato Cleber --------------------------- > memory.size() [1] 23.86 > memory.size(max=TRUE) [1] 25.62 > memory.size(max=FALSE) [1] 23.86 > > memory.size(max=1) [1] 7935.37 Warning message: In memory.size(max) : cannot decrease memory limit: ignored > memory.size(max=0) [1] 7935.37 Warning message: In memory.size(max) : cannot decrease memory limit: ignored > > memory.size function (max = FALSE) round(.Internal(memory.size(max)), 2L) <bytecode: 0x00000000054d5738> <environment: namespace:utils> > > memory.size(max=(1==TRUE)) [1] 25.62 > memory.size(max=(0==TRUE)) [1] 23.92 > > 23==TRUE [1] FALSE > 1==TRUE [1] TRUE > 23==TRUE [1] FALSE > > 0==FALSE [1] TRUE > 2==FALSE [1] FALSE > > sessionInfo() R version 2.15.0 (2012-03-30) Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit) locale: [1] LC_COLLATE=Portuguese_Brazil.1252 LC_CTYPE=Portuguese_Brazil.1252 [3] LC_MONETARY=Portuguese_Brazil.1252 LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=Portuguese_Brazil.1252 attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base >

3 4

DUVIDA ANOVA
by Kalill V.Páscoa 04 Abr '12

04 Abr '12

Nos meus dados existem 13 tratamentos porém quando gero a ANOVA ela indica que existe apenas 1, onde estou errando? > dados$Trat [1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 [41] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 5 5 5 5 5 5 5 5 [81] 5 5 5 5 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 8 8 8 8 8 8 8 8 [121] 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 10 10 10 10 10 10 10 10 [161] 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 12 12 12 12 12 12 12 12 [201] 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13> mDAP <- aov(DAP~Bloco+Trat, data=dados)> class(mDAP)[1] "aov" "lm" > anova(mDAP)Analysis of Variance Table Response: DAP Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) Bloco 1 0.0 0.022 0.0013 0.970882 Trat 1 114.0 113.992 6.7906 0.009754 ** Residuals 233 3911.3 16.787 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 -- *Kalill José Viana da Páscoa* *Engenheiro Florestal * *Mestrando em Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras* * * *Rua Geraldo dos Passos, 81 * *Água Limpa, **Lavras-MG* *CEP: 37200-000* *(35)3821-6833* *(35)9152-4828* *(35)9928-6574*

2 2

PROBLEMA NA ANOVA E NO SKOTT-KNOTT
by Kalill V.Páscoa 04 Abr '12

04 Abr '12

Boa noite, estou tentando fazer a Anova e o teste Sk porém no fim ele gera um erro, alguém faz ideia do que seja? #ANAVA# mDAP <- aov(DAP~Bloco+Trat, data=dados) class(mDAP) anova(mDAP) summary(mDAP) summary.lm(mDAP) #TESTE DE NORMALIDADE# shapiro.test(dados$DAP) shapiro.test(residuals(mDAP)) library(ScottKnott) #TESTE SCOTT-KNOTT# as.factor(dados$Bloco) as.factor(dados$Trat) sk.DAP=SK(x=dados, y=dados$DAP, model="dados$DAP~dados$Bloco+dados$Trat",which="dados$Trat",sig.level=0.05) summary(sk.DAP) Erro em SK.aov(x = av, which = which, id.trim = id.trim, sig.level = sig.level) : No factors in the fitted model!Além disso: Mensagens de aviso perdidas:1: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: dados$Bloco2: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: dados$Trat -- *Kalill José Viana da Páscoa* *Engenheiro Florestal * *Mestrando em Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras* * * *Rua Geraldo dos Passos, 81 * *Água Limpa, **Lavras-MG* *CEP: 37200-000* *(35)3821-6833* *(35)9152-4828* *(35)9928-6574*

1 0

(sem assunto)
by Estevão Prado 04 Abr '12

04 Abr '12

Olá pessoal, Preciso carregar o mapa de uma cidade no R, já baixei os arquivos (.dbf, .shp...), porém quando vou carregar o arquivo ele dá erro. require(maptools) getwd() setwd("/home/est/Área de Trabalho/maps") city <- readShapePoly("maps/4105805") # 4105805 é código da cidade e nome dos arquivos (.dbf, .shp...) Dei uma olhada no site: http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:elias:cursos:seufop11, mas não consegui obter êxito. Se alguém puder me ajudar desde já agradeço.

5 6