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Re: [R-br] modelos mistos - funçao para nested ancova
by Ivan Bezerra Allaman 13 Abr '12

13 Abr '12

Sem a mensagem de erro fica difícil ajudar! Poste a mensagem de erro, ou melhor, nos forneça um CRM para que a ajuda seja mais efetiva. (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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plotar gráfico com valores gerados em loop
by Vitor Aguiar 13 Abr '12

13 Abr '12

Caros, estou postando abaixo um loop com o qual estou trabalhando. É longo, mas se vocês olharem para as linhas finais, verão que estou querendo fazer um plot com os resultados. Mas fazendo dessa maneira, enquanto o loop corre, o R vai produzindo um gráfico com só um ponto (referente ao cálculo de 1 corrida do loop) e substituindo-o por outro gráfico a cada corrida do loop. Gostaria de plotar todos os resultados do loop num gráfico só, ou seja, a cada corrida do loop se adicionaria um ponto a um mesmo gráfico. Como fazer? desde já agradeço, Vitor counter = 1 while (counter <= length(MarkerNames)) { matObs = as.matrix(ObsMatD[[counter]]) ExpGen = matrix(0, nrow = nrow(matObs), ncol = ncol(matObs), dimnames = list(rownames(matObs), colnames(matObs))) N = sum(matObs) for(i in 1:nrow(ExpGen)) { for(j in i:ncol(ExpGen)) { if(i==j) { ExpGen[i, j] = sum(matObs[i, ], matObs[ ,j])^2/(4*N) } else if(i!=j) { ExpGen[i, j] = sum(matObs[i, ], matObs[ ,i])*sum(matObs[j, ], matObs[ ,j])/(2*N) } } } print(names(ObsMatD[counter])) popNArm = FrmNA(pop[,counter:(counter + 1)]) Alleles = c(popNArm[,1], popNArm[,2]) AlleleFreq = table(Alleles)/length(Alleles) Hobs = 1 - sum(diag(matObs))/sum(matObs) Hexp = 1 - sum(AlleleFreq^2) Fcoef = (Hexp - Hobs) / Hexp names(Fcoef) = "F" print(Fcoef) NAratio = (1 - nrow(popNArm)/nrow(pop[,counter:(counter + 1)])) names(NAratio) = "NA ratio" print(NAratio) plot(NAratio ~ Fcoef, pch = 19) counter = counter + 1 }

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Análise multivariada
by Flávia Souza 13 Abr '12

13 Abr '12

Boa tarde a todos. Alguém pode me ajudar com material/link sobre análise multivariada utilizando o "R"? Gostaria de saber principalmente sobre Análise de Componentes principais, NMDS e Analise de Correlação Canônica. Desde já agradeço a ajuda Obrigada Flávia -- MSc. Flávia Kelly S. Souza Universidade Federal do Amazonas - UFAM Faculdade de Ciências Agrárias - Depto. de Ciências Pesqueiras Manaus - Amazonas flavia.souza(a)piatam.org.br flakel.souza(a)gmail.com flaviasouza(a)ufam.edu.br skype: fla_kel

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Como estimar os parametros do modelo CAR no R
by Edmundo Caetano 13 Abr '12

13 Abr '12

Prezados, Gostaria de saber como estimar os parâmetros do modelo CAR usando o R. Edmundo do R. R. Caetano

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Problema em loop
by ASANTOS 12 Abr '12

12 Abr '12

Bom dia pessoal, Estou tentando dividir uma área em 2, 4, 8, 16, 32, 64, 128, 256, 512, 1024, e 2048, para tira o CV entre as parcelas e armazenar o resultado em write.table(cv2, file ="area1.mod", row.names=F,append=T). Bom, estou conseguindo calcular um a um, mais eu gostaria de otimizar e fazer um loop em um vetor que especifica o número de parcelas, como em: n.parc<-c(2,4,8,16,32,64,128,256,512,1024,2048)##Número de parcelas for(k in 1:length(n.parc)) mas não sei porque razão não estou conseguindo fazer esse loop, já tentei com n.parc e n.parc[k] e nada, segue a minha rotina completa: ####Divisão em 2, 4, 8, 16, 32, 64, 128, 256, 512, 1024, 2048 parcelas n.parc<-c(2,4,8,16,32,64,128,256,512,1024,2048)##Número de parcelas for(k in 1:length(n.parc)){ at2<-at/k parc2<-round(sqrt(at2)) N_S=seq(p0[1], by=parc2, length.out=10)##Define o centro das parcelas L_O=seq(p0[2],by=parc2, length.out=10) grid0 <- expand.grid(N_S=seq(p0[1], by=parc2, length.out=2), L_O=seq(p0[2],by=parc2, length.out=2))#transformar em área essas medidas do centro de parcela grid=GridTopology(c(304404, 6468774), c(parc2,parc2), c(10,10)) grid=SpatialGrid(grid=grid) plot(grid) points(ninhos) lines(limite) ##Passando para objetos da classe Spatial #Pontos pontos <- SpatialPoints(cbind(ninhos$x,ninhos$y)) pontos<- SpatialPoints(list(ninhos$x,ninhos$y)) pontos<- SpatialPoints(data.frame(ninhos$x,ninhos$y)) ##Limite da área borda=SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(limite)),"limite"))) ##Plotando plot(borda)#borda points(pontos,col='grey')#Pontos lines(grid,col='blue')#Malha #remover o que esta fora do limite fullgrid(grid)=FALSE clip<-overlay(grid,borda)##Jogando o limite sobre a malha sel.grid <-grid[!is.na(clip),]##Retirando os NA's que correspondem a malha fora do limite points(sel.grid, col='blue')#ver o resultado final grafico class(sel.grid) ## SpatialPixels ap3 <- as.SpatialPolygons.SpatialPixels(sel.grid) table(over(pontos, ap3)) ##Frequencia em cada parcela z<-table(over(pontos, ap3)) #contar quantos pontos tem em cada parcela z<-as.data.frame(z) #formato somente com colunas validas cc<- SpatialPoints(cbind(grid0$N_S,grid0$L_O))# cc<- SpatialPoints(list(grid0$N_S,grid0$L_O)) cc<- SpatialPoints(data.frame(grid0$N_S,grid0$L_O)) clip2<-overlay(cc,ap3) sel.cc<-cc[!is.na(clip2),]#seleção de pontos que nao estao dentro da area #criar matriz nula coords<-NULL#matriz sem valor para criar os pontos coords<-sel.cc[1:length(sel.cc)] #numero para cada parcela, ate o final do comprimento do vetor coords<-as.data.frame(coords)#transformar em data frame Var1<-1:length(sel.cc)#criar novo objeto para comparação, referenciando a coordenada do centroide coords<-cbind(coords,Var1) #Var1= numero das parcelas myList <- list(coords, z)#tabela com qtdade dentro de coords e de z final<-merge(coords, z, by.x='Var1', by.y='Var1', all.x=TRUE, all.y=TRUE)#comando para mostrar os NA para krigagem ordinal(limitação do software, não mostra as parcelas que tem 0 ninhos) final<-final[,-1]#não precisa da 1a coluna cv2<-sqrt(var(final$Freq))/mean(final$Freq) write.table(cv2, file ="area1.mod", row.names=F,append=T) result=read.table("area1.mod",header=F) } ########################################################## Alguém poderia me dar uma help, Obrigado, -- Alexandre dos Santos Engenheiro Florestal, Dr. Universidade Federal de Lavras Departamento de Entomologia Laboratório de Entomologia Florestal Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras/MG Fone: +55 (35) 9223-0304

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Erro em subset
by Tiago Vieira 12 Abr '12

12 Abr '12

Caros Colegas de R, Minha dúvida parece ser simples: Eu gero um data.frame, visualizo um valor em uma coluna e quando peço para filtrar todas as linhas em que esta coluna apresenta este valor é retornado que não há linhas. Tente dois métodos de subset e o erro persiste. Já bati muito a cabeça e não acho razões para este erro. Abaixo segue os comando e, desde já, agradeço a atenção. > fxy <- function(x,y) exp(y/x) > x <- seq(0.1, 0.5, l=101) > y <- seq(min(x^3), max(x^2), l=101) > z <- seq(0, max(fxy(x,y)), l=101) > xyz <- expand.grid(x=x,y=y,z=z) > head(xyz) x y z 1 0.100 0.001 0 2 0.104 0.001 0 3 0.108 0.001 0 4 0.112 0.001 0 5 0.116 0.001 0 6 0.120 0.001 0 > xyz[xyz$y==0.001,] [1] x y z <0 rows> (or 0-length row.names) > subset(xyz, y==0.001) [1] x y z <0 rows> (or 0-length row.names) Att, Tiago Vieira.

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ReadImage
by Natália Julieta 12 Abr '12

12 Abr '12

Olá pessoa, estou com um problema na instalação do pacote ReadImage no R, ta dando incompatibilidade de versão, eu to usando o R 2.15. Gostaria de saber se alguém sabe um jeito de instalar esse pacote para essa versão. Obrigada, -- Natália Julieta Soares de Souza http://lattes.cnpq.br/4179815655707887 Graduando em Ciência da Computação Instituto de Computação - IC Universidade Federal de Alagoas – UFAL "Para usufruir da liberdade de expressão é necessário a liberdade para se informar" (Julian Assange) Linux User #475951

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Algoritmo K-protótipos (cluster)
by bruno vidigal 12 Abr '12

12 Abr '12

Boa tarde, alguém sabe informar se está implementado no R o algoritmo k-prototipos proposto por HUANG (1997,1998) ? É um algoritmo que trabalha com variáveis categóricas e contínuas. Obrigado -- Bruno C. Vidigal

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Duvida String
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 11 Abr '12

11 Abr '12

Olá alguns dias atrás vocês me ajudaram na criação de variáveis (x1 e y1), onde a mesmas me mostram a posição inicial de um certo valor (A360) em uma outra variável: A variável x1 mostra que o A360 inicia-se na segunda linha da variável X e assim por diante. Só que agora eu queria criar uma outra variável x2 e y2 que extrai o valor de A360 das variáveis exemplo Se x1 = 2 eu quero uma substring de x começando da 2ª linha até a 4ª me dando dessa forma o valor A360 Se y1 = 7 eu quero uma substring de y começando da 7ª linha até a 10ª me dando dessa forma o valor A360 e assim por diante. Como faço? x y x1 y1 *A360 *A340*A360 2 7 *A330 *A360 0 2 *A340 *A330*A340*360 0 12 *A340*A360 *A340 7 0 *A330*A340*360 *A330 12 0 Obrigado -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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Ajuda
by Gilbert Queiroz 10 Abr '12

10 Abr '12

Pessoal, Estou trabalhando com dados distribuídos no tempo e no espaço. Alguém pode me indicar um pacote no R que trabalhe com modelos espaço-temporais? E alguma literatura em português? Abs.

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