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Ajuda para Simulação de variáveis binárias correlacionadas no R
by Gilenio Borges Fernandes 16 Jul '12

16 Jul '12

Simulação de variáveis binárias correlacionadas no R é bem popular, usando os pacotes bindata, bild, binarySimCLF, BinNor e binGroup. Mas eu estou precisando simular variáveis binárias correlacionadas num modelo auto regressivo de primeira ordem de regressão logística, a partir dos parâmetros do preditor linear, incluindo o referente à variável dependente defasada (Yi-1). Alguém poderia me indicar algum pacote ou função no R para este fim? Desde já, agradeço -- Gilenio Borges Fernandes Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6280/6336 Fax: (071)3283-6276 URL: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860

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Colocar elipse de confiança num gráfico
by Mauro Sznelwar 14 Jul '12

14 Jul '12

Como eu faço para inserir uma elipse de confiança neste gráfico acima de Análise discriminante, não sei como usar o comando: plot(marajoara.norm.ldakm1,dimen=2,ylim=c(-5,5),xlim=c(20,35), cex=1,col=marajoara.norm.km1$cluster) library(ellipse) plot(ellipse(S, centre = , t = ), type = "l") Abaixo tem o script que gerou este gráfico, e estou enviando também o arquivo de dados. http://www.datafilehost.com/download-1eccadf2.html marajoara=read.csv('Marajoara Mario.csv',head=T,dec=',',sep=';') marajoara.norm=sapply(data.frame(marajoara[,2:15]),scale) #marajoara.norm=(data.frame(marajoara[,2:15])) #summary(marajoara.norm) #library(fBasics) #basicStats(marajoara.norm) marajoara.norm.h=hclust(dist(marajoara.norm),method='average') #marajoara.norm.h=hclust(dist(marajoara.norm)^2,method='ward') plot(marajoara.norm.h,main='Marajoara original-Ward Linkage\n Square Euclidian Distance\n Hclust Dendograma') #pdf('figuras/Marajoara-original-dendograma-hclust-average.pdf') library(cluster) marajoara.norm.d=diana(dist(marajoara.norm)) plot(marajoara.norm.d,main='Marajoara original-Divisive Dendograma') #pdf('figuras/Marajoara-original-dendograma-divisive.pdf') #Componentes Principais initial=tapply(marajoara.norm,list(rep(cutree(marajoara.norm.h,3), ncol(marajoara.norm)),col(marajoara.norm)),mean) marajoara.norm.km1=kmeans(marajoara.norm,initial) marajoara.norm.pca=princomp(marajoara.norm) marajoara.norm.px=predict(marajoara.norm.pca) library(MASS) eqscplot(marajoara.norm.px[,1:2],type='n',xlab='component 1',ylab='component 2') text(marajoara.norm.px[,1:2],labels=as.character(marajoara.norm.km1$cluster), col=as.numeric(marajoara.norm.km1$cluster)) title('PCA Marajoara original - clusters kmeans\n centros iniciais corte dendograma hclust 3') #identify(marajoara.norm.px,n=5) #pdf('figuras/PCA-Marajoara-original-centros-kmeans\n centros inicias de corte dendograma hclust 3') initial=tapply(marajoara.norm,list(rep(cutree(marajoara.norm.d,3), ncol(marajoara.norm)),col(marajoara.norm)),mean) marajoara.norm.km2=kmeans(marajoara.norm,initial) marajoara.norm.pca=princomp(marajoara.norm) marajoara.norm.px=predict(marajoara.norm.pca) eqscplot(marajoara.norm.px[,1:2],type='n',xlab='component 1',ylab='component 2') text(marajoara.norm.px[,1:2],labels=as.character(marajoara.norm.km2$cluster), col=as.numeric(marajoara.norm.km2$cluster)) title('PCA Marajoara original - clusters kmeans\n centros iniciais corte dendograma diana 3') #identify(marajoara.norm.px,n=5) #pdf('figuras/PCA-Marajoara-original-centros-kmeans\n centros inicias de corte dendodiana-3.pdf') marajoara.norm.km=kmeans(marajoara.norm,3) marajoara.norm.pca=princomp(marajoara.norm) marajoara.norm.px=predict(marajoara.norm.pca) eqscplot(marajoara.norm.px[,1:2],type='n',xlab='component 1',ylab='component 2') text(marajoara.norm.px[,1:2],labels=as.character(marajoara.norm.km$cluster), col=marajoara.norm.km$cluster) title('PCA Marajoara original - clusters kmeans 3 centros') #identify(marajoara.norm.px,n=5) #pdf('figuras/PCA-Marajoara-original-clusters-kmeans-3-centros.pdf') #Análise Discriminante Linear marajoara.norm.ldakm1=lda(marajoara.norm,as.character(marajoara.norm.km1$cluster)) plot(marajoara.norm.ldakm1,dimen=2,cex=1,col=marajoara.norm.km1$cluster) title('LDA Marajoara-Grupo do K-Means - corte dendograma hclust em 3') #pdf('figuras/LDA-Marajoara-grupos-kmeans-dendohclust-3.pdf') #fazendo um zoom no gráfico corta um ponto plot(marajoara.norm.ldakm1,dimen=2,ylim=c(-5,5),xlim=c(20,35), cex=1,col=marajoara.norm.km1$cluster) title('LDA Marajoara-parte do gráfico para visualização\n Grupos do K-Means-corte dendograma hclust em 3') #identify(marajoara.norm.km1$cluster,n=5) #pdf('figuras/LDA-Marajoara-grupos-kmeans-dendodiana-3.pdf') library(ellipse) plot(ellipse(S, centre = , t = ), type = "l")

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Dúvida sobre o ANOSIM
by Débora Rodrigues de Souza 13 Jul '12

13 Jul '12

Boa tarde a todos, Acabei de encontrar essa página de discussões, e achei muito interessante a ideia, parabéns aos organizadores. Bom, gostaria de auxílio para executar uma análise de similaridade do tipo ANOSIM. Sei que o teste é feito a posteriori o NMDS, ou alguma análise de ordenação, mas tenho dúvida quando ao script do mesmo. Já tentei seguindo os passos indicados no manul do programa R, mas fiquei em dúvida em qual comando devo alterar, para então inserir os meus dados. Estou mexendo nesse programa a pouco tempo, por isso a dificuldade. Ao que me parece, devo entrar com dois tipos de planilhas. Mas mesmo colando meus dados, o resultado que aparece é o da memória do programa. Como alterar isso??? Esse é o script que vejo no programa, data(dune) data(dune.env) dune.dist <- vegdist(dune) attach(dune.env) dune.ano <- anosim(dune.dist, Management) summary(dune.ano) plot(dune.ano) Alguém poderia me ajudar??? Desde já agradeço a atenção, e aguardo resposta. Att, Débora

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Importar tabela com células vazias
by Luciano F. Sgarbi 13 Jul '12

13 Jul '12

Boa tarde, Estou com um problema para importar uma tabela em formato ".txt" com várias células vazias. Para tal, estou usando o comando "read.table("name.file.txt",h=F,fill=T)". O que está acontecendo é que quando eu importo, o arquivo só é importado com as duas primeiras colunas. Alguém poe me ajudar? A tabela está no formato do exemplo abaixo: 1 125 2 151 3 -59,8184 4 -14,009 5 0,00167 6 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 Abraços, Luciano F. Sgarbi -- Luciano F. Sgarbi Mestrando em Ecologia e Evolução - UFG Laboratório de Ecologia de Insetos Cel. (62)8174-2262 Lab. (62)3521-1732

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Acessar banco de dados
by Emerson Cotta Bodevan 12 Jul '12

12 Jul '12

Prezados membros da lista. Tenho um arquivo ".MDB" gerado pelo Epi Info. Estou tentando acessá-lo no R. Com o comando abaixo eu consegui fazer uma conexao com o arquivo. automed<-odbcConnectAccess("Estudo de automedicação em crianças.mdb") O que eu gostaria agoraera poder acessar as variáveis individualmente (como se fosse um data frame), para que eu possa analisar as variáveis separadamente. Alguém sabe como fazê-lo? Estou com o pacote RODBC instalado. Agradeço qualquer ajuda, Emerson. -- "A educação não muda o mundo. A educação muda as pessoas. As pessoas mudam o mundo." * Paulo Freire.*

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Séries temporais [OFF-TOPIC]
by ASANTOS 12 Jul '12

12 Jul '12

Bom dia pessoal, Alguém tem conhecimento de algum livro que tenha em seu conteúdo algo sobre séries temporais inflacionadas com zeros usando o R. Procurei no Times series analysis do Shumway e Stoffer que tenho como referência e não encontrei nada sobre abordagens inflacionada com zeros. Obrigado, -- Alexandre dos Santos Engenheiro Florestal, Dr. Universidade Federal de Lavras Departamento de Entomologia Laboratório de Entomologia Florestal Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras/MG Fone: +55 (35) 9223-0304

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Re: [R-br] Mapa Manaus por zonas e bairros:acentuação e legendas
by Benilton Carvalho 11 Jul '12

11 Jul '12

Copiando a lista novamente.... plot(mao_bz, col = mao_bz$ZONA) legend('bottomright', unique(as.character(mao_bz$ZONA)), fill=unique(mao_bz$ZONA), bty='n') b 2012/7/12 Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br>: > Valeu Benilton!!! > E as legendas? Como faço? São 6 zonas e em torno de 60 bairros. > > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > ________________________________ > De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho(a)gmail.com> > Para: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > Enviadas: Quarta-feira, 11 de Julho de 2012 20:54 > > Assunto: Re: [R-br] Mapa Manaus por zonas e bairros:acentuação e legendas > > o encoding original dos dados a q vc se refere e' ISO-8859-1. > > use > > toUTF8(mao_bz$NOME, 'ISO-8859-1') > > ou qq um dos compativeis (CP819, CP822... talvez ate' o 1252) > > b > > 2012/7/12 Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br>: >> Link para o shx >> >> http://www.datafilehost.com/download-3ef3a7f9.html >> >> >> sessionInfo() >> R version 2.14.2 (2012-02-29) >> Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit) >> >> locale: >> [1] pt_BR.UTF-8/pt_BR.UTF-8/pt_BR.UTF-8/C/pt_BR.UTF-8/pt_BR.UTF-8 >> >> attached base packages: >> [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base >> >> other attached packages: >> [1] classInt_0.1-17 e1071_1.6 class_7.3-3 descr_0.9.7 >> shapefiles_0.6 maptools_0.8-14 lattice_0.20-0 sp_0.9-98 >> foreign_0.8-49 >> >> loaded via a namespace (and not attached): >> [1] grid_2.14.2 tools_2.14.2 xtable_1.7-0 >> >> >> [ ]'s. >> >> Edson Lira >> Estatístico >> Manaus-Amazonas >> ________________________________ >> De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho(a)gmail.com> >> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> >> Enviadas: Quarta-feira, 11 de Julho de 2012 20:25 >> Assunto: Re: [R-br] Mapa Manaus por zonas e bairros:acentuação e legendas >> >> e tenho a impressao de q faltou o o link pro shx? >> >> > >

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Mapa Manaus por zonas e bairros:acentuação e legendas
by Edson Lira 11 Jul '12

11 Jul '12

Caros amigos, estou gerando o mapa de Manaus por zona, minha máquina é um Mac i7, 4gb ram. Estou com o problema da acentuação, a linha: mao_bz$NOME <- toUTF8(mao_bz$NOME, "IBM850") me dá a saida abixo: > mao_bz$NOME [1] PONTA NEGRA [2] LĂ˘Â\u0088Â\u009aĂ\u0083ÂŽĂ˘Â\u0088Â\u009aĂ˘Â\u0089Â¤Ă˘Â\u0088Â\u009aĂ\u0083Â˘RIO DO VALE [3] COL TERRA NOVA [4] TARUMĂ˘Â\u0088Â\u009aĂ\u0083ÂŽĂ˘Â\u0088Â\u009aĂ˘Â\u0088Â\u0082Ă\u0082ÂŹĂ\u0082ÂŁ [5] SANTA ETELVINA [6] MONTE DAS OLIVEIRAS [7] FLORES [8] CIDADE NOVA [9] NOVO ISRAEL [10] COL STO ANTĂ˘Â\u0080Â\u009aĂ\u0083ÂŽĂ\u0083ÂşĂ˘Â\u0088Â\u009aĂ˘Â\u0084Â˘NIO [11] REDENĂ˘Â\u0080Â\u009aĂ\u0083ÂŽĂ\u0083ÂşĂ˘Â\u0088Â\u009aĂ\u0082Â˘Ă˘Â\u0088Â\u009aĂ\u0083ÂŽĂ˘Â\u0088Â\u009aĂ˘Â\u0088Â\u0082Ă\u0082ÂŹĂ\u0082ÂŁO . . . O script que estou usando é o abaixo: mao_bz<-readShapePoly("/Users/edsonlira/Edinho/Edinho/Bases_MAO/Setores_MAO/Bairros_e_Zonas.shp") summary(mao_bz) plot(mao_bz) library(descr) mao_bz$NOME <- toUTF8(mao_bz$NOME, "IBM850") mao_bz$NOME # palette(c("#ccddff", "#ffddcc", "#ccffcc", "#ffffcc", "#ccffff")) palette(rainbow(6)) plot(mao_bz, col = mao_bz$ZONA) title("Mapa de Manaus por bairros e zonas geográficas") Os links abaixo tem as base de dados usadas. http://www.datafilehost.com/download-00405c50.html #bairros e zonas.shp http://www.datafilehost.com/download-c36f359a.html #bairros e zonas.dbf http://www.datafilehost.com/delete-a54c1f16-16120426.html #bairros e zonas shx Outra dúvida: Como faço para criar uma legenda com os nomes das zonas e/ou com o nome dos bairros? [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Como escrever o modelode Michaelis-Menten na linguagem BUGS - R2WinBUGS
by Augusto Ribas 11 Jul '12

11 Jul '12

Opa. Alguem usa o winbugs com o R? Eu estava tentando ajustar um Modelo de michelis-menten e não consegui. Se alguem puder dar uma olhadinha e ver onde estou errado. Segue um exemplo do que estou fazendo: library(R2WinBUGS) ################################################################# #Relação Riqueza~estudos ################################################################# #Modelo do que eu acho que acontece #riqueza~(c*estudos)/(d+estudos) #Fazendo um levantamento do numero de especies de parasitas que parasitam algumas especies de sapos, eu supuz que qd uma especie tinha poucos estudos #tava sempre bem subestimado a riqueza de parasitas associadas aquela especie. #dai como a unica informação que fico é com o número de estudos, pensei que deveria ter uma relação onde qt mais estudos, mais especies eu devo encontrar #até um limite, o limite é o parametro c nesse caso, e d representa como os estudos vão contribuindo pra eu chegar ao valor limite de especies. #existem alguns problemas acredito, como especies podem ser mais faceis ou mais dificies de estudar, e o limite pra cada especie depende de mais coisas e tipos de estudos. #mas ficando so nesse caso, eu fiz esse exemplo set.seed(13) #gerando dados exemplo estudos<- rpois(48,5) #parametros originais #então o limite de especies de parasitos seria 10 c<-10 #e eu preciso de mais ou menos 5 estudos pra ver legal a riqueza de especies, d<-2.5 #resposta riqueza<-round(((c*estudos)/(d+estudos))+rnorm(length(estudos),0,1),0) plot(riqueza~estudos,xlim=c(0,15),ylim=c(0,15),xlab="Riqueza de espécies",ylab="Número de estudos") curve(c*x/(d+x),0,15,add=T,col="black") #ajustando com modelo não linear modelo.estudos<-nls(riqueza~((a*estudos)/(b+estudos)),start=list(a=8,b=1.5)) summary(modelo.estudos) points(predict(modelo.estudos)[order(predict(modelo.estudos))]~estudos[order(estudos)],type="l",col="red",lty=2) #eu li que é possivel lineariza essa função e ajusta com glm da seguinte forma: #ajustando com glm modelo.menten<- glm(riqueza~c(1/estudos),family=gaussian(link = "inverse")) summary(modelo.menten) a1<-1/modelo.menten$coef[1] b1<-a1*modelo.menten$coef[2] a1 b1 curve(a1*x/(b1+x),0,15,add=T,col="blue",lty=2) ### Ajuste com winbugs # Definir modelo sink("michaelis.menten.test.txt") cat(" model { # Priors alpha ~ dnorm(0,0.001) beta ~ dnorm(0,0.001) sigma ~ dunif(0, 100) # Likelihood for (i in 1:n) { riqueza[i] ~ dnorm(mu[i], tau) mu[i] <- alpha + beta * estudos[i] } # Derived quantities tau <- 1/ (sigma * sigma) } ",fill=TRUE) sink() # Juntar os dados - Note que eu não entendi como fazer a função de ligação dentro do modelo winbugs #dai eu registrei os dados como 1/riqueza e 1/estudos aqui, acho que isso que o pepino deve ta nisso win.data <- list(riqueza=c(1/riqueza),estudos=c(1/estudos),n=length(estudos)) # Valores iniciais inits <- function(){ list(alpha=rlnorm(1), beta=rlnorm(1),sigma = rlnorm(1))} # Paramstros a estimar params <- c("alpha","beta","tau") # MCMC settings nc <- 3 ni <- 3000 nb <- 1000 nt <- 2 # Começa o winbugs out <- bugs(data=win.data, inits=inits, parameters.to.save=params, model.file="michaelis.menten.test.txt", n.thin=nt, n.chains=nc, n.burnin=nb, n.iter=ni, debug = TRUE) ###Olhar o modelo print(out, dig = 3) #retornoar os parametros como no glm acima a2<-1/out$summary[1,1] b2<-a*out$summary[2,1] a2 b2 curve(a2*x/(b2+x),0,15,add=T,col="green",lty=2) legend("topright",legend=c("Original","Ajustado com nls","Ajustado com glm","Ajustado com WinBUGS"), lty=c(1,2,2,2),col=c("black","red","blue","green")) #Minhas duvidas são: #01. como montar o modelo na linguagem bugs pra fazer esse tipo de analise? #procurando pela internet eu não achei nenhum exemplo pra esse caso especifico. #02. como eu colocaria dentro do modelo esse função de ligação inversa. #eu tentei usar a função pow(mu[i],-1) mas não rolou, #03. e o que estou fazendo no modelo winBUGS tem muito problemas? entrar com os dados daquele jeito, ao invez de especificar no modelo? #não consigo imaginar a implicação de não definir no modelo a função de ligação. Bom se alguem tiver esperiencia com winbugs e puder dar uma olhadinha no que estou fazendo errado Ou alguma dica se o que estou fazendo tem algum problema critico -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Integração de C com R
by Jodavid Ferreira 10 Jul '12

10 Jul '12

Alguém conhece alguma apostila sobre integração de C com R? estou precisando estudar sobre isso, estou procurando nos sites de buscas, mas não estou encontrando resultados muito satisfatórios! -- Jodavid Ferreira Responsável pela comissão de Comunicação do MJ da RCCPB - http://jovem.rccpb.com.br Membro da equipe Estadual do Ministério de Comunicação da RCCPB - http://rccpb.com.br Responsável pelo Ministério de Comunicação do Grupo de Oração Boa Esperança - http://grupoboaesperanca.com Bacharelando em Estatística - UFPB Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://jodavidferreira.com Twitter - @JodavidFerreira <http://twitter.com/JodavidFerreira>

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