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Reduzindo a fonte em party::plot.BinaryTree
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 23 Jul '12

23 Jul '12

Amigos de R, Utilizando o pacote party para fazer uma ávore de decisão utilizei os seguintes comandos. ct.BF <- ctree(...) plot(ct.BF,drop_terminal=F,terminal_panel=node_barplot(ct.BF)) A minha questão é que essa árvore possui 15 nos e 8 são terminais. Então o boxplot fica com diversos textos automaticos da função sobrepostos com o tamanho padrão da fonte. Fucei e fucei mas não encontrei um jeito de reduzir o tamanho da fonte. Aguem saberia como faze-lo? plot(ct.BF,drop_terminal=F,terminal_panel=node_barplot(ct.BF,beside=T)) No exemplo acima, com o beside=T, o problema melhora um pouco, mas um dos labels das barras não aparece. Uma alternativa seria colocar o texto das barras na vertical. Alguem saberia como colocar o texto na vertical? Obrigado. Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/6597654894290806 Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Base de Coordenadas Geográficas
by Listeiro 037 20 Jul '12

20 Jul '12

Olá a todos. Há algum lugar que disponibilize gratuitamente base de dados de coordenadas geográficas de cidades do Brasil e do mundo? No caso seria Cidade, Latitude e Longitude. Para cruzar com outros dados. Pode ser em qualquer formato de arquivo que seja exportável para outros. Formato SQL, CVS, TXT, XLS, DBF, MDB, ODF. Menos PDF, que pode ter imagens embutidas ao invés de texto. Neste caso seria péssimo usar um OCR prá tentar capturar o texto. Desde já agradeço qualquer informação.

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Combinações de elementos em grupos distintos
by Leonardo Aguirre 20 Jul '12

20 Jul '12

Pessoal, Preciso criar grupos de indivíduos dessa forma: Tenho 64 indivíduos, para serem divididos em 8 grupos do mesmo tamanho. Portanto, ficam 8 indivíduos por grupo. Preciso replicar a criação desses 8 grupos 8 vezes, de tal forma que o indivíduo i apareça no mesmo grupo do indivíduo j apenas uma vez. Ou seja, se na primeira repetição o João saiu no mesmo grupo que a Maria, eles não podem ficar no mesmo grupo em nenhuma outra das 7 repetições. Sendo assim, suponha que na primeira etapa eu tenha esses grupos definidos: Grupo 1: 1,2,3,4,5,6,7,8 Grupo 2: 9,10,11,12,13,14,15,16 ... Grupo 8: 57,58,59,60,61,62,63,64 Então, nas próximas 7 replicações o indivíduo 1 só poderia sair no mesmo grupo dos indivíduos de 9 a 64. E assim sucessivamente, pra todos os outros indivíduos. Tentei montar esses grupos no R mas não consegui nem sair do zero, por isso não estou enviando um exemplo do programa em R. Alguém teria alguma idéia de como implementar isso no R? Muito obrigado, Leonardo.

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Erro ao ler SQL
by Edson Lira 20 Jul '12

20 Jul '12

Caros amigos, estou lendo um banco de dados de doadores em SQL, uma das variá veis é a datahoradoação, quando leio o mês de agosto, tenho um erro, para identificar o dia fui fazendo a leitura por período, identifiquei que o erro está no dia 08 de agosto, cuja mensagem de erro mostro abaixo: + and to_char(doacao_dw.datahoradoacao,'DD/MM/YYYY') >= to_date('28/08/1992','DD/MM/YYYY') + and to_char(doacao_dw.datahoradoacao,'DD/MM/YYYY') <= to_date('28/08/1992','DD/MM/YYYY')" + ) Erro em as.POSIXlt.character(x, tz, ...) : character string is not in a standard unambiguous format Já exportei os dados para csv e ainda não identifiquei qual o erro, alguém tem alguma sugestão? Abaixo o link com o arquivo em csv. No sql consigo rodar o dia, mas no R me dá a mensagem citada acima. coloquei o dia 27 que não tem problema e o dia 28 que apresenta o problema. http://www.datafilehost.com/download-c0c28ad5.html [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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simulação binomial
by Natalia Martins 19 Jul '12

19 Jul '12

Prezados, Estou simulando dados diários de chuva tentei simular utilizando as funções fitdistr (para obtenção das estimativas dos parâmetros) e rgamma, no entanto tenho bastante zeros (dias sem chuva), com isso não é possível a obtenção dos parâmetros. Erro apresentado no R: Erro em optim(x = c(0, 29.9, 0, 0.7, 0, 0, 8.7, 0, 0, 26.8, 0, 19.4, : valor inicial em vmmin não é finito Posto isso resolvi transformar meus dados 0=não choveu e 1=choveu e simular uma binomial e ver a partir dai se choveu eu simulo o quanto choveu. No entanto para a função fitdistr não é definido a distribuição binomial. Sendo assim alguém saberia como eu posso obter o valor do parâmetro p? Antecipadamente meu obrigada. Att, Natália da Silva Martins Bacharel em Estatística - Universidade Estadual de Maringá/ UEM Mestranda em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 8306-4743

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Arquivo metafile à partir do linux
by Marcelo Claro de Souza 19 Jul '12

19 Jul '12

Tem como salvar figuras como metafile em R à partir do Linux? Muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

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Diferença de resultados entre 64 e 32 bits
by Rodrigo Coster 19 Jul '12

19 Jul '12

Caros, programei uma rotina para estimar por máxima verossimilhança os parâmetros de uma cópula e para ver se estava certo comparei os resultados com o comando do pacote copula. Encontrei diferenças apenas na 5a casa decimal em diante, que considerei como sendo por causa do método numérico utilizado. Só que, ao fazer a mesma comparação num computador 64 bits os resultados são bastante divergentes (o meu código muda o valor estimado, enquanto o pacote copula mantem), mudando na 2a casa decimal (no caso o parâmetro é a correlação, então a 2a casa decimal é bem importante). Dai me bateu a seguinte dúvida: em qual confiar? Código: require(copula) require(MASS) set.seed(31415) normCop <- function(param,data) { n <- nrow(data) if (length(param) != n) { param <- rep(param,nrow(data)) } cop <- mapply(normalCopula,param=param,MoreArgs=list(dim=2)) datalist <- apply(data,1,list) for (i in 1:n) { datalist[[i]] <- datalist[[i]][[1]] } out <- -sum(log(mapply(dcopula,copula=cop,u=datalist))) if (out == Inf) { out = exp(100) } return(out) } a <- matrix(0,20,2) n <- 100 Sigma <- matrix(c(10,3,3,2),2,2) for (j in 1:20) { data <- mvrnorm(n=n, rep(0, 2), Sigma) data <- apply(data,2,rank)/(n+1) fitNormCop <- function(data) { optim(cor(data)[2],normCop,data=data, lower = 0, upper = .9999,method="L-BFGS-B") } a[j,1] <- fitNormCop(data)$par # Meu a[j,2] <- fitCopula(normalCopula(.2,2), data, method="ml")@estimate # Pacote copula } E aqui um gráfico de dispersão comparando todos: http://img411.imageshack.us/img411/7527/92588280.png []'s

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Como precificar um treinamento de R básico?
by Paulo Nogueira 18 Jul '12

18 Jul '12

Ola a todos do grupo. Faz um tempo que não recorro a ajuda de vocês, mas dessa vez tenho uma questão um pouco inusitada. Fui questionado sobre a viabilidade de preparar um treinamento básico em R para um grupo de profissionais da área de saúde que, a grosso modo, trabalham com genética. O escopo está razoavelmente bem definido, mas ainda em discussão, e o material em progresso. A grande questão é que não sei precificar um produto desses... Gostaria da ajuda de quem já teve alguma experiência semelhante e possa ajudar em um benchmarking. Seria uma turma de mais ou menos 15 pessoas, com aulas expositivas semanais e material para prática fora de classe. Duração esperada de 3 meses. O cliente é uma empresa da área de saúde. Tenho experiência com outros treinamentos, por exemplo SAS, que é bastante comercial e procurado por grandes instituições. Mas precificar R é duro... ainda mais para quem aprendeu sozinho. Alguém já trabalhou com treinamento R e pode ajudar? Abraços Paulo

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Problemas ao instalar pacote EBImage em windows.
by Augusto Ribas 18 Jul '12

18 Jul '12

Boa tarde a todos. Eu estou com problemas para instalar o pacote EBImage aqui. Eu instalo ele com os comandos: source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("EBImage") Mas qd vou abrir ele eu tenho: > library(EBImage) Carregando pacotes exigidos: abind Error in inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...) : impossível carregar objeto compartilhado 'C:/Program Files/R/R-2.15.1/library/EBImage/libs/i386/EBImage.dll': LoadLibrary failure: Não foi possível encontrar o módulo especificado. Erro: package/namespace load failed for ‘EBImage’ Eu segui o manual aqui: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/EBImage/inst/do… E instalei o o gtk antes (gtk+-bundle_2.24.10-20120208_win32), e mudei no meu computador->propriedades->Configurações Avançadas do sistema-> Variaveis de ambiente->Variavel do sistema Novo coloquei o caminho pro gtk E também instalei o ImageMagick, marcando pra colocar as opções `Update exe- cutable search path' e `Install developement headers and libraries' . Que foram a segunda e a quinta caixinha em portugues. Eu instalei a versão 6.7.8.... Q16 E por ultimo ainda instalei o Microsoft VC++ 2008 Redistributable Package Ainda sim não vai. Abrindo pelo Tinn-R da ainda a msg: O programa não pode ser iniciado porque está faltando o libgdk-win32-2.0-0.dll no seu computador. Tente reinstalá-lo para resolver o problema. Mas esse arquivo ta la no gtk. Alguem tem alguma ideia? Segue meu sessionInfo se for de alguma ajuda: > sessionInfo() R version 2.15.1 (2012-06-22) Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit) locale: [1] LC_COLLATE=Portuguese_Brazil.1252 LC_CTYPE=Portuguese_Brazil.1252 [3] LC_MONETARY=Portuguese_Brazil.1252 LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=Portuguese_Brazil.1252 attached base packages: [1] stats graphics grDevices datasets utils methods base other attached packages: [1] abind_1.4-0 loaded via a namespace (and not attached): [1] tools_2.15.1 -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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pacote easyanova no CRAN
by Emmanuel Arnhold 18 Jul '12

18 Jul '12

Colegas da lista. A quem interessar esta disponível no cran o pacote easyanova. O pacote possui funções que automatizam anova e cia em vários delineamentos, inclusive em casos de desbalanceamento. http://cran.r-project.org/web/packages/easyanova/index.html intall.packages("easyanova") require(easyanova) ?ea1 ?ea2 ?ea3 ?ea4 ?ea5 ?ea6 ?ea7 ?ea8

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