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Re: [R-br] Digest R-br, volume 104, assunto 2
by Maurício Sangiogo 08 Ago '19

08 Ago '19

Fernando Souza, quando não uso uma tabela com as medianas, uso um gráfico Box Plot, eu acho a apresentação desse gráfico interessante para esse tipo de dados. Att, _______________________________________________________ Eng. Agr. Maurício Sangiogo Doutorando em Fitossanidade - UFPel Analista Ambiental - FEPAM ________________________________ De: R-br <r-br-bounces(a)listas.c3sl.ufpr.br> em nome de r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> Enviado: quinta-feira, 8 de agosto de 2019 12:00 Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Assunto: Digest R-br, volume 104, assunto 1 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Contrastes - MLG (Andre Oliveira) 2. Graficos para não parametrica (Fernando Souza) 3. Re: Contrastes - MLG (Cesar Rabak) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Wed, 7 Aug 2019 19:47:49 +0000 (UTC) From: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Contrastes - MLG Message-ID: <642002604.1904317.1565207269786(a)mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Boa tarde! Tem como inverter a ordem do contraste que vem por padrão na função glht do pacote multcomp? Digo inverter para bater com o padrão do resultado do summary(fit) onde coloca t1-t2 e não t2 - t1 como fica no objeto p. dados <- read.table("http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/dados/exemplo01.txt", head = T) attach(dados) boxplot(resp~trat, col=8) hist(resp, col=8) fit=glm(resp~trat, family = Gamma) summary(fit) require(multcomp) p <- glht(fit, linfct = mcp(trat = "Tukey")) plot(p, main= "", xlab = "") obg att.André -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20190807/e5508270/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Wed, 7 Aug 2019 17:20:06 -0300 From: Fernando Souza <nandodesouza(a)gmail.com> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Graficos para não parametrica Message-ID: <CAFrWFsm3a-MUoh1+rRRK4SnQikyfjt=H+BXfqNYbckSn5Tmq-A(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Pessoal Gostari de uma informação. Qual o melhor gráfico para utilizar com dados não paramétricos? Fiz uma análise utiizando a função art() do pacote ARTols do R o qual me permitiu testar interações não parametrica. Porém para mostrar os dados na forma gráfica e ilustrar uma interação significativa, há alguma forma? Desde já agradeço -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ========================================== -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20190807/655083be/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Wed, 7 Aug 2019 18:57:00 -0300 From: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> To: a lista Brasileira oficial de discussÃ£o do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Contrastes - MLG Message-ID: <CAKrF98=k=uudnQ8aJECUSoj+j2-HGECsGSH=Sxh2LM3u3esWUA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" André, A função glht está usando a ordem "alfabética" dos seus fatores, como a função não deve ter meios de mudar isso (você já *olhou* no FM, não *olhou*?) ?, a única forma seria fazer uma cópia do objeto retornado 'p' neste teu exemplo, e inverter os sinais de *todos* os contrastes e colocar os *labels* manualmente no gráfico. HTH -- Cesar Rabak On Wed, Aug 7, 2019 at 4:50 PM Andre Oliveira por (R-br) < r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > Boa tarde! > > Tem como inverter a ordem do contraste que vem por padrão na função glht > do pacote multcomp? Digo inverter para bater com o padrão do resultado do > summary(fit) onde coloca t1-t2 e não t2 - t1 como fica no objeto p. > > dados <- read.table("http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/dados/exemplo01.txt > <https://l.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.leg.ufpr.br%2F%7Epaulojus%2…>", > head = T) > > attach(dados) > > boxplot(resp~trat, col=8) > > hist(resp, col=8) > > fit=glm(resp~trat, family = Gamma) > > summary(fit) > > require(multcomp) > > p <- glht(fit, linfct = mcp(trat = "Tukey")) > plot(p, main= "", xlab = "") > > obg > > att. > André > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20190807/54b9507a/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 104, assunto 1 *****************************************

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Contrastes - MLG
by Andre Oliveira 07 Ago '19

07 Ago '19

Boa tarde! Tem como inverter a ordem do contraste que vem por padrão na função glht do pacote multcomp? Digo inverter para bater com o padrão do resultado do summary(fit) onde coloca t1-t2 e não t2 - t1 como fica no objeto p. dados <- read.table("http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/dados/exemplo01.txt", head = T) attach(dados) boxplot(resp~trat, col=8) hist(resp, col=8) fit=glm(resp~trat, family = Gamma) summary(fit) require(multcomp) p <- glht(fit, linfct = mcp(trat = "Tukey")) plot(p, main= "", xlab = "") obg att.André

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Graficos para não parametrica
by Fernando Souza 07 Ago '19

07 Ago '19

Pessoal Gostari de uma informação. Qual o melhor gráfico para utilizar com dados não paramétricos? Fiz uma análise utiizando a função art() do pacote ARTols do R o qual me permitiu testar interações não parametrica. Porém para mostrar os dados na forma gráfica e ilustrar uma interação significativa, há alguma forma? Desde já agradeço -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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Problema para criar um GeoTIFF a partir da divisão um raster RGB
by ASANTOS 17 Jul '19

17 Jul '19

Prezados Membros, Eu gostaria de dividir um raster RGB em várias partes e salvar cada imagem no formato GeoTiff, mas no nome do arquivo eu preciso da contagem de pontos (pts) dentro de cada divisão. Meu código funciona perfeitamente quando eu uso uma única camada do raster, mas com o objeto stack ou brick não funciona. Eu gostaria de ter como saída nove arquivos GeoTiff (eu dividi o raster original em 3 partes iguais) com os nomes: SplitRas1points0.tif ... SplitRas9points0.tif Segue CRM para ilustrar: *#Pacotes* library(raster) library(sp) library(rgdal) *## Simula os rasters * r <- raster(nc=30, nr=30) r <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)) g <- raster(nc=30, nr=30) g <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)) b <- raster(nc=30, nr=30) b <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)) rgb<-stack(r,g,b) plotRGB(rgb,r = 1, g = 2, b = 3) *##Seleciono algumas coordenadas de interesse* xd<- c(-24.99270,45.12069,99.40321,73.64419) yd<- c(-45.435267,-88.369745,-7.086949,44.174530) pts <- data.frame(xd,yd) pts_s<- SpatialPoints(pts) points(pts_s, col="black", pch=16) *#Particiono o raster em três partes iguais * SplitRas <- function(raster,ppside,save,plot){ h<- ceiling(ncol(raster)/ppside) v<- ceiling(nrow(raster)/ppside) agg<- aggregate(raster,fact=c(h,v)) agg[]<- 1:ncell(agg) agg_poly <- rasterToPolygons(agg) names(agg_poly) <- "polis" r_list <- list() for(i in 1:ncell(agg)){ e1<- extent(agg_poly[agg_poly$polis==i,]) r_list[[i]] <- crop(raster,e1) } if(save==T){ for(i in 1:length(r_list)){ writeRaster(r_list[[i]],filename=paste("SplitRas",i,sep=""), format="GTiff",datatype="FLT4S",overwrite=TRUE) } } if(plot==T){ par(mfrow=c(ppside,ppside)) for(i in 1:length(r_list)){ plot(r_list[[i]],axes=F,legend=F,bty="n",box=FALSE) } } return(r_list) } splitRBG<-SplitRas(raster=rgb,ppside=3,save=FALSE,plot=FALSE) *Até aqui tudo bem eu tenho 9 rasters!!!!* splitRBG ** [[1]] class: RasterBrick dimensions : 10, 10, 100, 3(nrow, ncol, ncell, nlayers) resolution : 12, 6(x, y) extent: -180, -60, 30, 90(xmin, xmax, ymin, ymax) crs: +proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 source: memory names: layer.1, layer.2, layer.3 min values :0,0,2 max values :249,253,252 ... [[9]] class: RasterBrick dimensions : 10, 10, 100, 3(nrow, ncol, ncell, nlayers) resolution : 12, 6(x, y) extent: 60, 180, -90, -30(xmin, xmax, ymin, ymax) crs: +proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 source: memory names: layer.1, layer.2, layer.3 min values :3,3,3 max values :254,251,248 *## Faço uma função para contar os pontos, onde zero também entra* res<-NULL for(i in 1:3){ pointcount = function(r, pts){ r2 = r r2[] = 0 counts = table(cellFromXY(r,pts)) r2[as.numeric(names(counts))] = counts return(r2) } r2 = pointcount(splitRBG[i], pts_s) res<-rbind(res,c(r2)) } # *Primeiro problema e eu tenho a seguinte saída, ou seja, não realiza a contagem em rasters empilhados:* Error in (function (classes, fdef, mtable): unable to find an inherited method for function ‘cellFromXY’ for signature ‘"list"’ *# Coloco o número de pontos dentro de cada raster no nome do arquivo de saída (res [i])* list2 <- list() for(i in 1:3){ rx <- raster(paste("splitRBG",i,".tif",sep="")) writeRaster(splitRBG,filename=paste("SplitRas",i,"points",res[i],sep=""), format="GTiff",datatype="FLT4S",overwrite=TRUE) } # *Segundo problema, meu objeto splitRBG não é reconhecido como RasterLayer:* Error in .rasterObjectFromFile(x, band = band, objecttype = "RasterLayer",: Cannot create a RasterLayer object from this file. (file does not exist) *Alguém poderia dar um help?* -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 - ResearcherID: A-5790-2016 Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/ ======================================================================

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Processamento paralelo x pacote
by caiocagronomo＠gmail.com 02 Jul '19

02 Jul '19

Muito provavelmente seu processador tem quatro processadores lógicos, mas somente dois núcleos. Acredito que deve ser por conta disso... Meu note tbm tem 4 cores, mas somete dois são usáveis... <quote author='R-br mailing list'> *Estou criando um pacote e um das funções precisa usar processamento paralelo:* *Então criei a função:* *create.cluster <-function()* { # Calculate the number of cores no_cores <-parallel::detectCores() - 1 # Initiate cluster cl <- parallel::makeCluster(no_cores) return(cl) } # create.cluster <-function() *================================================ no mei código está:* cl <- create.cluster() Comando parallel::stopCluster(cl); *A execução vai bem, mas quando vou preparar meu pacote " R CMD check --as-cran bnpa" dá erro:* * Error in .check_ncores(length(names)) : 3 simultaneous processes spawned* *Sei que o limite permitido de cores para pacotes por motivos de performance é 2 e meu note tem 4.* *Alguem pode ajudar como resolver isso?* -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"* _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. </quote> Quoted from: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Processamento-paralelo-x-pacote-tp46… _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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Criar colunas
by Elerson 02 Jul '19

02 Jul '19

Prezados: Trabalho um banco de dados com mais de 10000 linhas, representado pelo exemplo abaixo. *PROCESSO* *DATA_DISTRIBUICAO* *NOME_PARTE* *DATA_CRIME* *DATA_DENUNCIA* *ENQUADRAMENTO* 180022121 02/01/2018 A_NONIMATO 02/01/2018 02/01/2018 ART.33 PAR.CAPUT - 11.343/06 180022121 02/01/2018 B_NONIMATO 02/01/2018 02/01/2018 ART.33 PAR.CAPUT - 11.343/06 180022105 02/01/2018 C_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.35 - 11343/06 180022105 02/01/2018 C_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.33 - 11343/06 180022097 02/01/2018 D_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.155 PAR. 4º INC. II E IV - CPB 180022097 02/01/2018 E_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.155 PAR.4º INC.II E IV - CPB 180022097 02/01/2018 F_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.155 PAR. 4º INC. II E IV - CPB 180022501 03/01/2018 G_NONIMATO 02/01/2018 03/01/2018 ART.157 PAR.2 INC.I E II - CP 180022501 03/01/2018 G_NONIMATO 02/01/2018 03/01/2018 ART.14 - CP Hipóteses: a) mesmo PROCESSO, NOME_PARTE diferentes, ENQUADRAMENTO igual (linhas 1 e 2) b) mesmo PROCESSO, mesmo NOME_PARTE, ENQUADRAMENTO diferentes (linhas 3 e 4) c) mesmo PROCESSO, mesmo NOME_PARTE, ENQUADRAMENTO diferentes (linhas 8 e 9) Minha questão se refere à hipótese c: preciso criar um coluna (enquadramento2) para transferir o art. 14 transformando o caso em apenas uma linha… sem que se mexa na hipótese b. Em todo o banco sempre estará escrito ART.14 – CP. Para ficar assim: *PROCESSO* *DATA_DISTRIBUICAO* *NOME_PARTE* *DATA_CRIME* *DATA_DENUNCIA* *ENQUADRAMENTO* *ENQUADRAMENTO2* 180022121 02/01/2018 A_NONIMATO 02/01/2018 02/01/2018 ART.33 PAR.CAPUT - 11.343/06 180022121 02/01/2018 B_NONIMATO 02/01/2018 02/01/2018 ART.33 PAR.CAPUT - 11.343/06 180022105 02/01/2018 C_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.35 - 11343/06 180022105 02/01/2018 C_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.33 - 11343/06 180022097 02/01/2018 D_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.155 PAR. 4º INC. II E IV - CPB 180022097 02/01/2018 E_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.155 PAR.4º INC.II E IV - CPB 180022097 02/01/2018 F_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.155 PAR. 4º INC. II E IV - CPB 180022501 03/01/2018 G_NONIMATO 02/01/2018 03/01/2018 ART.157 PAR.2 INC.I E II - CP ART.14 - CP Obrigado.

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Processamento paralelo x pacote
by Elias Carvalho 01 Jul '19

01 Jul '19

*Estou criando um pacote e um das funções precisa usar processamento paralelo:* *Então criei a função:* *create.cluster <-function()* { # Calculate the number of cores no_cores <-parallel::detectCores() - 1 # Initiate cluster cl <- parallel::makeCluster(no_cores) return(cl) } # create.cluster <-function() *================================================ no mei código está:* cl <- create.cluster() Comando parallel::stopCluster(cl); *A execução vai bem, mas quando vou preparar meu pacote " R CMD check --as-cran bnpa" dá erro:* * Error in .check_ncores(length(names)) : 3 simultaneous processes spawned* *Sei que o limite permitido de cores para pacotes por motivos de performance é 2 e meu note tem 4.* *Alguem pode ajudar como resolver isso?* -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Modelos Mistos - Distribuição Poisson
by Andre Oliveira 01 Jul '19

01 Jul '19

Olá,alguém saberia dizer se a lme4 tem a opção do parâmetro family = poisson? Caso negativo, qual pacote teria esta opção? Grato André

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Geolocalizacao
by Elias Carvalho 01 Jul '19

01 Jul '19

Tenho uma lista de endereços e gostaria de marca-los em um mapa do PR. Achei o geocode mas ele pede uma API do Google e para consegui-la eles pedem o número do meu cartão. Alguém poderia ajudar com uma alternativa?

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Mensagem de erro no pacote ExpDes
by ana paula coelho madeira 26 Jun '19

26 Jun '19

Prezados, Bom dia! Já nem sei mais o que fazer, rsrs. Estou usando o pacote ExpDes para analisar um experimento em faixas. faixas(N, E, B, Y, quali = c(TRUE, TRUE), mcomp = "tukey", fac.names = c("Nitrogênio", "Épocas"), sigT = 0.05, sigF = 0.05) O fato é: quando eu entro com os dois fatores qualitativos( reproduzi o exemplo do Banzatto pag 161) a análise é executada sem nenhum problema. Quando faço a mesma análise, porém com um dos fatores quantitativo, aparece a mensagem de erro: Legenda: FATOR 1 (parcela): Cultivar FATOR 2 (subparcela): Irrigação ------------------------------------------------------------------------ Error in unique.default(x, nmax = nmax) : unique() pode ser aplicada somente a vetores Já me atentei para o fato de irrigação ser quantitativo. Alguma sugestão? Desde já agradeço

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