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Problema para criar um GeoTIFF a partir da divisão um raster RGB
by ASANTOS 17 Jul '19

17 Jul '19

Prezados Membros, Eu gostaria de dividir um raster RGB em várias partes e salvar cada imagem no formato GeoTiff, mas no nome do arquivo eu preciso da contagem de pontos (pts) dentro de cada divisão. Meu código funciona perfeitamente quando eu uso uma única camada do raster, mas com o objeto stack ou brick não funciona. Eu gostaria de ter como saída nove arquivos GeoTiff (eu dividi o raster original em 3 partes iguais) com os nomes: SplitRas1points0.tif ... SplitRas9points0.tif Segue CRM para ilustrar: *#Pacotes* library(raster) library(sp) library(rgdal) *## Simula os rasters * r <- raster(nc=30, nr=30) r <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)) g <- raster(nc=30, nr=30) g <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)) b <- raster(nc=30, nr=30) b <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)) rgb<-stack(r,g,b) plotRGB(rgb,r = 1, g = 2, b = 3) *##Seleciono algumas coordenadas de interesse* xd<- c(-24.99270,45.12069,99.40321,73.64419) yd<- c(-45.435267,-88.369745,-7.086949,44.174530) pts <- data.frame(xd,yd) pts_s<- SpatialPoints(pts) points(pts_s, col="black", pch=16) *#Particiono o raster em três partes iguais * SplitRas <- function(raster,ppside,save,plot){ h<- ceiling(ncol(raster)/ppside) v<- ceiling(nrow(raster)/ppside) agg<- aggregate(raster,fact=c(h,v)) agg[]<- 1:ncell(agg) agg_poly <- rasterToPolygons(agg) names(agg_poly) <- "polis" r_list <- list() for(i in 1:ncell(agg)){ e1<- extent(agg_poly[agg_poly$polis==i,]) r_list[[i]] <- crop(raster,e1) } if(save==T){ for(i in 1:length(r_list)){ writeRaster(r_list[[i]],filename=paste("SplitRas",i,sep=""), format="GTiff",datatype="FLT4S",overwrite=TRUE) } } if(plot==T){ par(mfrow=c(ppside,ppside)) for(i in 1:length(r_list)){ plot(r_list[[i]],axes=F,legend=F,bty="n",box=FALSE) } } return(r_list) } splitRBG<-SplitRas(raster=rgb,ppside=3,save=FALSE,plot=FALSE) *Até aqui tudo bem eu tenho 9 rasters!!!!* splitRBG ** [[1]] class: RasterBrick dimensions : 10, 10, 100, 3(nrow, ncol, ncell, nlayers) resolution : 12, 6(x, y) extent: -180, -60, 30, 90(xmin, xmax, ymin, ymax) crs: +proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 source: memory names: layer.1, layer.2, layer.3 min values :0,0,2 max values :249,253,252 ... [[9]] class: RasterBrick dimensions : 10, 10, 100, 3(nrow, ncol, ncell, nlayers) resolution : 12, 6(x, y) extent: 60, 180, -90, -30(xmin, xmax, ymin, ymax) crs: +proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 source: memory names: layer.1, layer.2, layer.3 min values :3,3,3 max values :254,251,248 *## Faço uma função para contar os pontos, onde zero também entra* res<-NULL for(i in 1:3){ pointcount = function(r, pts){ r2 = r r2[] = 0 counts = table(cellFromXY(r,pts)) r2[as.numeric(names(counts))] = counts return(r2) } r2 = pointcount(splitRBG[i], pts_s) res<-rbind(res,c(r2)) } # *Primeiro problema e eu tenho a seguinte saída, ou seja, não realiza a contagem em rasters empilhados:* Error in (function (classes, fdef, mtable): unable to find an inherited method for function ‘cellFromXY’ for signature ‘"list"’ *# Coloco o número de pontos dentro de cada raster no nome do arquivo de saída (res [i])* list2 <- list() for(i in 1:3){ rx <- raster(paste("splitRBG",i,".tif",sep="")) writeRaster(splitRBG,filename=paste("SplitRas",i,"points",res[i],sep=""), format="GTiff",datatype="FLT4S",overwrite=TRUE) } # *Segundo problema, meu objeto splitRBG não é reconhecido como RasterLayer:* Error in .rasterObjectFromFile(x, band = band, objecttype = "RasterLayer",: Cannot create a RasterLayer object from this file. (file does not exist) *Alguém poderia dar um help?* -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 - ResearcherID: A-5790-2016 Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/ ======================================================================

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Processamento paralelo x pacote
by caiocagronomo＠gmail.com 02 Jul '19

02 Jul '19

Muito provavelmente seu processador tem quatro processadores lógicos, mas somente dois núcleos. Acredito que deve ser por conta disso... Meu note tbm tem 4 cores, mas somete dois são usáveis... <quote author='R-br mailing list'> *Estou criando um pacote e um das funções precisa usar processamento paralelo:* *Então criei a função:* *create.cluster <-function()* { # Calculate the number of cores no_cores <-parallel::detectCores() - 1 # Initiate cluster cl <- parallel::makeCluster(no_cores) return(cl) } # create.cluster <-function() *================================================ no mei código está:* cl <- create.cluster() Comando parallel::stopCluster(cl); *A execução vai bem, mas quando vou preparar meu pacote " R CMD check --as-cran bnpa" dá erro:* * Error in .check_ncores(length(names)) : 3 simultaneous processes spawned* *Sei que o limite permitido de cores para pacotes por motivos de performance é 2 e meu note tem 4.* *Alguem pode ajudar como resolver isso?* -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"* _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. </quote> Quoted from: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Processamento-paralelo-x-pacote-tp46… _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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Criar colunas
by Elerson 02 Jul '19

02 Jul '19

Prezados: Trabalho um banco de dados com mais de 10000 linhas, representado pelo exemplo abaixo. *PROCESSO* *DATA_DISTRIBUICAO* *NOME_PARTE* *DATA_CRIME* *DATA_DENUNCIA* *ENQUADRAMENTO* 180022121 02/01/2018 A_NONIMATO 02/01/2018 02/01/2018 ART.33 PAR.CAPUT - 11.343/06 180022121 02/01/2018 B_NONIMATO 02/01/2018 02/01/2018 ART.33 PAR.CAPUT - 11.343/06 180022105 02/01/2018 C_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.35 - 11343/06 180022105 02/01/2018 C_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.33 - 11343/06 180022097 02/01/2018 D_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.155 PAR. 4º INC. II E IV - CPB 180022097 02/01/2018 E_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.155 PAR.4º INC.II E IV - CPB 180022097 02/01/2018 F_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.155 PAR. 4º INC. II E IV - CPB 180022501 03/01/2018 G_NONIMATO 02/01/2018 03/01/2018 ART.157 PAR.2 INC.I E II - CP 180022501 03/01/2018 G_NONIMATO 02/01/2018 03/01/2018 ART.14 - CP Hipóteses: a) mesmo PROCESSO, NOME_PARTE diferentes, ENQUADRAMENTO igual (linhas 1 e 2) b) mesmo PROCESSO, mesmo NOME_PARTE, ENQUADRAMENTO diferentes (linhas 3 e 4) c) mesmo PROCESSO, mesmo NOME_PARTE, ENQUADRAMENTO diferentes (linhas 8 e 9) Minha questão se refere à hipótese c: preciso criar um coluna (enquadramento2) para transferir o art. 14 transformando o caso em apenas uma linha… sem que se mexa na hipótese b. Em todo o banco sempre estará escrito ART.14 – CP. Para ficar assim: *PROCESSO* *DATA_DISTRIBUICAO* *NOME_PARTE* *DATA_CRIME* *DATA_DENUNCIA* *ENQUADRAMENTO* *ENQUADRAMENTO2* 180022121 02/01/2018 A_NONIMATO 02/01/2018 02/01/2018 ART.33 PAR.CAPUT - 11.343/06 180022121 02/01/2018 B_NONIMATO 02/01/2018 02/01/2018 ART.33 PAR.CAPUT - 11.343/06 180022105 02/01/2018 C_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.35 - 11343/06 180022105 02/01/2018 C_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.33 - 11343/06 180022097 02/01/2018 D_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.155 PAR. 4º INC. II E IV - CPB 180022097 02/01/2018 E_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.155 PAR.4º INC.II E IV - CPB 180022097 02/01/2018 F_NONIMATO 01/01/2018 02/01/2018 ART.155 PAR. 4º INC. II E IV - CPB 180022501 03/01/2018 G_NONIMATO 02/01/2018 03/01/2018 ART.157 PAR.2 INC.I E II - CP ART.14 - CP Obrigado.

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Processamento paralelo x pacote
by Elias Carvalho 01 Jul '19

01 Jul '19

*Estou criando um pacote e um das funções precisa usar processamento paralelo:* *Então criei a função:* *create.cluster <-function()* { # Calculate the number of cores no_cores <-parallel::detectCores() - 1 # Initiate cluster cl <- parallel::makeCluster(no_cores) return(cl) } # create.cluster <-function() *================================================ no mei código está:* cl <- create.cluster() Comando parallel::stopCluster(cl); *A execução vai bem, mas quando vou preparar meu pacote " R CMD check --as-cran bnpa" dá erro:* * Error in .check_ncores(length(names)) : 3 simultaneous processes spawned* *Sei que o limite permitido de cores para pacotes por motivos de performance é 2 e meu note tem 4.* *Alguem pode ajudar como resolver isso?* -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Modelos Mistos - Distribuição Poisson
by Andre Oliveira 01 Jul '19

01 Jul '19

Olá,alguém saberia dizer se a lme4 tem a opção do parâmetro family = poisson? Caso negativo, qual pacote teria esta opção? Grato André

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Geolocalizacao
by Elias Carvalho 01 Jul '19

01 Jul '19

Tenho uma lista de endereços e gostaria de marca-los em um mapa do PR. Achei o geocode mas ele pede uma API do Google e para consegui-la eles pedem o número do meu cartão. Alguém poderia ajudar com uma alternativa?

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Mensagem de erro no pacote ExpDes
by ana paula coelho madeira 26 Jun '19

26 Jun '19

Prezados, Bom dia! Já nem sei mais o que fazer, rsrs. Estou usando o pacote ExpDes para analisar um experimento em faixas. faixas(N, E, B, Y, quali = c(TRUE, TRUE), mcomp = "tukey", fac.names = c("Nitrogênio", "Épocas"), sigT = 0.05, sigF = 0.05) O fato é: quando eu entro com os dois fatores qualitativos( reproduzi o exemplo do Banzatto pag 161) a análise é executada sem nenhum problema. Quando faço a mesma análise, porém com um dos fatores quantitativo, aparece a mensagem de erro: Legenda: FATOR 1 (parcela): Cultivar FATOR 2 (subparcela): Irrigação ------------------------------------------------------------------------ Error in unique.default(x, nmax = nmax) : unique() pode ser aplicada somente a vetores Já me atentei para o fato de irrigação ser quantitativo. Alguma sugestão? Desde já agradeço

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Re: [R-br] Modelos Mistos - Distribuição Poisson
by sznelwar＠uol.com.br 25 Jun '19

25 Jun '19

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Aplicação de métodos de dados faltantes no ambiente R
by caiocagronomo＠gmail.com 25 Jun '19

25 Jun '19

<quote author='R-br mailing list'> Boa tarde Prezados. Estou a tratar dados experimentais em excel, sendo que alguns dados estão em falta em relação a algumas variáveis e objetos (entradas em Excel). Vou realizar a análise multivariada com dados de uma planilha (40 objetos versus 24 colunas de dados), mas antes, eu tenho que prever os dados em falta de algumas células. Por gentileza alguém teria recomendação de script no R com a implementação dos métodos? - Método do algoritmo E-M (Expectativa-Maximização) que pressupõe a normalidade dos dados referentes às variáveis de resposta e - Modelo de regressão logística. A equação gerada permitiria estimar os valores dos dados perdidos. Não assume uma distribuição normal das variáveis de resposta. Ao contrário da regressão linear cujos dados variam de - ∞ a + ∞, na regressão logística eles variam de 0 a 1 e, portanto, são apropriados para variáveis cujos valores variam de 0 a 1. Em vista do exposto, alguém poderia me ajudar ou recomendar alguém que saiba implementar esses métodos no R? Grato pela atenção. Obrigado _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. </quote> Quoted from: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Aplicacao-de-metodos-de-dados-faltan… Dê uma olhada nesse post... https://towardsdatascience.com/6-different-ways-to-compensate-for-missing-v… _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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Boxplot no R
by Gilenio Borges Fernandes 22 Jun '19

22 Jun '19

Nos CMR seguintes esperava que a linha do limite inferior do boxplot se estendesse até Q1 - 1,5*(Q3 - Q1), (0.725-1.5*(0.889-0.725) = 0.479). No entanto ela aparece no gráfico acima de 0.6, próximo a 0.7. Acredito que seja alguma modificação do boxplot que eu não conheço. Alguém poderia me auxiliar nessa dificuldade? acuracia=c(0.89, 0.44, 0.83, 0.67, 0.78, 0.89, 0.89, 0.78) boxplot(acuracia, horizontal = TRUE, staplewex = 1) text(x=fivenum(acuracia), labels =fivenum(acuracia), y=1.25) summary(acuracia) # Limites do box-plot, acuracia .725-1.5*(.889-.725) .889+1.5*(.889-.725) Desde já agradeço Gilênio Borges Fernandes Professor substituto (UFBA - 03/2019) Professor substituto (UEFS/DEXA, 02/2018 a 03/2019) Professor substituto Adjunto A (UFBA - 03/2015 a 03/2017) Professor Associado IV (Aposentado) Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática e Estatística Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6340/6341/6337 Fax: (071)3283-6336 Skype: gilenio.fernandes Lattes: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860

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