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Enc: Dúvida Análise de agrupamento
by Nathalia Sousa 03 Jan '14

03 Jan '14

Oie David e todos do grupo Esses são os dados que eu tenho, com as espécies e a abundância de cada uma de acordo com o registro. > dat.alim[c(1:10),c(1:5)] Reg PEI CAM BRA CRUS GAS 26 0 0 0 0 0 # linha zerada, sem dados 27 1 6 0 0 0 28 1 0 5 0 0 29 3 0 0 0 0 30 0 0 1 0 0 31 0 0 0 0 0 # linha zerada, sem dados 32 0 0 0 0 0 # linha zerada, sem dados 33 2 3 1 0 0 34 0 0 0 0 0 # linha zerada, sem dados 35 0 0 0 1 0 Também estou mandando os comandos que eu tenho para fazer o agrupamento, onde tenho que retirar as linhas que contenham os zeros. # Dissimilaridade e medidas de distancia para dados (semi) quantitativos dat.alim2<- dat.alim [c(2:5,8,10:14,16,17,19:31,33,34,36,37,40:42,44:49),] # nesse comando eu tive que eliminar as linhas com zeros para poder continuar fazendo a dissimilaridade. É nesse ponto que eu preciso de ajuda. Sem eliminar essas linhas com os zeros não funciona,mas eu preciso manter esses dados! dis.bra <- vegdist(log1p(dat.alim2))# Bray-Curtis sobre dados transformados por log head(dis.bra) Obrigada. Aguardo. Att., Nathalia de Sousa Motta Oceanógrafa/Oceanographer Mestranda em Pesca - Instituto de Pesca ________________________________ De: David Feitosa <contato(a)davidfeitosa.com> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; Nathalia Sousa <nathalia_sousam(a)yahoo.com.br> Enviadas: Sexta-feira, 3 de Janeiro de 2014 16:22 Assunto: Re: [R-br] Dúvida Análise de agrupamento Nathalia, Vc teria como dar um head/tail pra gente ter noção de uma amostra desses dados? Creio que facilitaria para alguém responder e te ajudar. Atenciosamente, David Feitosa (\_(\ (=°;°) (("")("") Em 3 de janeiro de 2014 14:25, Nathalia Sousa <nathalia_sousam(a)yahoo.com.br> escreveu: Boa tarde, > > >Sou iniciante no R e queria uma ajuda com meus dados do mestrado. >Estou tentando fazer uma análise de agrupamento (cluster) com dados de abundância de 5 espécies, porém tenho algumas datas que não tenho nenhum exemplar coletado. Na hora que vou tentar fazer o cluster, tenho que eliminar essas linhas vazias, mas eu preciso delas pois essas ausências das espécies são dados importantes, que quero analisar. >Com os comandos que tenho, preciso tirar essas linhas, mas não posso e preciso fazer o cluster com todos esses dados. > Alguém pode me ajudar com esses comandos??? > > >Desde já, agradeço. >Aguardo. >Att., > >Nathalia de Sousa Motta >Oceanógrafa/Oceanographer >Mestranda em Pesca - Instituto de Pesca >_______________________________________________ >R-br mailing list >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >

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Dúvida Análise de agrupamento
by Nathalia Sousa 03 Jan '14

03 Jan '14

Boa tarde, Sou iniciante no R e queria uma ajuda com meus dados do mestrado. Estou tentando fazer uma análise de agrupamento (cluster) com dados de abundância de 5 espécies, porém tenho algumas datas que não tenho nenhum exemplar coletado. Na hora que vou tentar fazer o cluster, tenho que eliminar essas linhas vazias, mas eu preciso delas pois essas ausências das espécies são dados importantes, que quero analisar. Com os comandos que tenho, preciso tirar essas linhas, mas não posso e preciso fazer o cluster com todos esses dados. Alguém pode me ajudar com esses comandos??? Desde já, agradeço. Aguardo. Att., Nathalia de Sousa Motta Oceanógrafa/Oceanographer Mestranda em Pesca - Instituto de Pesca

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Regressão por quadrados mínimos parciais (PLS)
by ASANTOS 03 Jan '14

03 Jan '14

Bom dia Pessoal, Gostaria de saber que materiais os membros dos grupos teriam para indicar de Regressão por quadrados mínimos parciais (PLS) em ambiente R, pois estou migrando da abordagem de Regressão linear múltipla para PLS, Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Salvar como Geotiff objeto krige.conv do geoR
by ASANTOS 31 Dez '13

31 Dez '13

Boa tarde Pessoal, Gostaria de pegar o resultado de uma krigagem realizada com a função krige.conv() do pacote geoR e salvar como uma imagem Geotiff, abaixo fiz um CRM com a função writeGDAL(), sem sucesso, alguém teria alguma ideia para resolver isto, obrigado, require(geoR) loci <- expand.grid(seq(0,1,l=21), seq(0,1,l=21)) # Predição por krigagem ordinária kc <- krige.conv(s100, loc=loci, krige=krige.control(cov.pars=c(1, .25))) require(rgdal) geoTiff <- tempfile() writeGDAL(kc["predict"], geoTiff , drivername="GTiff") GDALinfo(tf) -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Qual a melhor opção de Editor, GUI, IDE para o R?
by Jose Claudio Faria 29 Dez '13

29 Dez '13

Gostaria de convidar a Comunidade Brasileira de Usuários do R para uma lida crítica no link: http://nbcgib.uesc.br/lec/llec/avale-es/editor-gui-ide Minha intenção não é criar mais polêmica do que a existente sobre o assunto. Mas sim, prover esclarecimentos para quem está em busca de informações nesse sentido, baseado na experiência adquirida ao longo da minha vida de usuário e desenvolvedor. Inicialmente havia escrito o texto para postar diretamente na lista, mas acabei optando por colocar em uma página do LEC (Lab. Est. Computacional/UESC) devido a: - Melhor possibilidade de formatação; - Links; - Para ficar didático. As possíveis manifestações podem se dar aqui mesmo na lista, pois o LEC ainda não possui um forum de discussão. Boa leitura, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Como produzir gráficos com diferente símbolos e cores in PCA?
by Jackson Rodrigues 29 Dez '13

29 Dez '13

Olá pessoal meu nome é Jackson Rodrigues e estou utilizando o pacote vegan para fazer análise multivariada, PCA 'Principal Component Analysis"para ser mais preciso. Direto ao ponto. Tenho um conjunto de dados polínicos com 54 linhas (representando os sites) e 145 colunas (representando os táxons). Eu quero plotar os 2 primeiros PC´s sendo de maneira que seja um grupo com 27 sites com um único símbolo e cores diferentes e os outro grupo com 27 sites utilizando outro símbolo repetindo as mesmas cores anteriores. Alguém pode me indicar como fazê-lo. Estou usando o script abaixo, no entanto não sei como utilizar símbolos para cada grupo. Pre_euro_veg.Pollen<-read.csv("E:/Modern data/Vegetation changes/Veg chang 1/sem Pinus/pca test.csv", header=TRUE)#Apenas trees/shrubs e herbs rownames(Pre_euro_veg.Pollen) <- c("Conf", "Pires", "Silv", "Capa", "SDO", "SDB", "Ita", "Botu", "SCG", "Arac", "VoVe_1", "PoGd", "Misi", "SBV", "Ciama", "Tabu", "MDI", "CaPu", "Mate", "SJdA", "CDS", "Pint", "SMar", "RdCa", "SFA", "Sant", "StMon", "Conf1", " Pires1", "Silv1", " Capa1", " SDO1", " SDB1", "Ita1", "Botu1", "SCG1", "Arac1", "VoVe_11", "PoGd1", "Misi1", "SBV1", "Ciama1", "Tabu1", "MDI1", "CaPu1", "Mate1", "SJdA1", "CDS1", "Pint1", "SMar1", "RdCa1", "SFA1", "Sant1", "StMon1") colvec <- c("antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", "navyblue", "antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", "navyblue") Pre_euro.colour.pca<-plot(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", type = "t") with(Veg_chng_clim, points(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", col = colvec[Sites], scaling = 2, pch = 21, bg = colvec[Sites])) head(with(Veg_chng_clim, colvec[Sites])) with(Veg_chng_clim, legend("bottomleft", legend = levels(Sites), bty = "o", col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec)) title("PCA of All sites") Se não fui claro o suficiente, por favor pergunte. Obrigado. Jackson -- Jackson M. Rodrigues Department of Palynology and Climate Dynamics Albrecht-von-Haller-Institute for Plant Sciences Georg-August-University Göttingen Untere Karspuele 2 37073 Göttingen/Germany Tel.: 0049 (0) 176 6133 1991 Web: http://www.uni-goettingen.de/en/306700.html

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Recortar raster com limite em data.frame
by ASANTOS 29 Dez '13

29 Dez '13

Boa tarde Pessoal, Gostaria de saber qual a melhor forma de recortar um rasterlayer se eu tenho o limite de uma área em data frame, pois segundo o exemplo abaixo não consigo fazer a operação com o uso de função overlay() para retirar os NA's que correspondem a malha fora do limite sem ficar fazendo inúmeras transformações dos objetos raster e data.frame, segue CRM: ## Raster----------------------------------------------------------- set.seed(20131226) r <- raster(nc=100, nr=100) r <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)) image(r,col=gray(seq(0,1,0.025))) ## Borda ----------------------------------------------------------- x<-c(-125,-100,0,100,-125) y<-c(-49,25,0,-50,-49) limite<-cbind(x,y) lines(limite, col="yellow") ## Obrigado -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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encoding (problema)
by Edson Lira 27 Dez '13

27 Dez '13

Caros amigos, estou lendo um arquivo em csv originado no odk agregate e não consegui qual o formato que usam, latin, UTF-8, … Já tentei vários formatos e não consegui. A rotina que estou usando está abaixo wj<-read.csv2("pasta/WJ_12_2013.csv",header=T,encoding="macroman") wj[wj==""]<-NA O link para o arquivo em parcial.csv está abaixo: http://www.datafilehost.com/d/ffb7270f Minha máquina é um Mac Book Pro. A versão do R é a 3.0.1 [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Selecionar coordenadas e valor de pixels contidos no interior de parcelas
by ASANTOS 26 Dez '13

26 Dez '13

Boa tarde Pessoal, Estou quebrando a cabeça em um desafio natalino e gostaria de compartilhar o desafio com vocês, tenho uma imagem simulada stackIm1, sobre a qual lancei pontos aleatórios position.parc que são o centro de parcelas circulares CIR de 5 de raio, sendo meu CRM: require(raster) require(spatstat) require(sp) ##Criando um raster ----------------------------------------------------------- r <- raster(nc=100, nr=100) set.seed(20130622) stackIm1 <- stack(lapply(1, function(x) setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)))) plot(stackIm1) # ## Criando 15 pontos amostrais ------------------------------------------------- att.Im1<-as(stackIm1, "SpatialGridDataFrame") df.Im1<-as.data.frame(att.Im1) colnames(df.Im1)<-c("px","x","y") gridded(df.Im1) = ~x+y position.parc<-spsample(df.Im1,15, type="random") points(position.parc, col="red",pch=20) # #Criar as parcelas circulares em torno do ponto amostral com 5 de raio # CIR <- vector("list",length(position.parc$x)) for(i in 1:length(position.parc$x)) CIR[[i]] <- disc(radius=5, centre=c(position.parc$x[i],position.parc$y[i])) # Gostaria de alguma luz para selecionar as informações("px","x","y") para os pixels contidos no interior de cada parcela circular CIR na imagem stackIm1. Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Substituir NA por 999
by Luciane Maria Pilotto 26 Dez '13

26 Dez '13

Olá pessoal, tem como substituir os valores NA por 999 diretamente no banco e salvar? E fazer o inverso tb, substituir 999 por NA? Tentei a função recode e não deu certo Usei ifelse e due certo, porém, cria novo vetor. Gostaria de substituir nomesmo vetor do banco. renddomd<-ifelse(rendadomexcp==999999999999,NA,rendadomexcp)cor<-cbind(cor,renddomd) Atenciosamente, Luciane Maria Pilotto Mestre e Doutoranda em Saúde Bucal Coletiva - FO/UFRGS

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