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qcc- carta de controle.
by Edson Lira 13 Mar '14

13 Mar '14

Caros amigos, estou tentando fazer um gráfico xbarra no pacote qcc e estou tendo problemas. Tenho 3000 amostras de um tempo entre 20 e 180 minutos. Criei a variável amostra com a seguinte rotina: amostra<-rep(1:5, each = 5, times = 120) require(qcc) usei a rotina tem <- qcc.groups(tempo,amostra) Essa rotina está me dando problema, quando ploto o gráfico está me mostrando somente 5 grupos, quando deveria ter 600 grupos (amostras de tamanho 5). Tem um exemplo no pacote, mas não consegui ver aonde está o meu erro. ?qcc [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Advanced RNA-Seq and ChIP-Seq Data Course (Campinas/Brazil/2014)
by Benilton Carvalho 12 Mar '14

12 Mar '14

Peço desculpas pelo off-topic e também a aqueles que possam receber esta mensagem duplicada. É com satisfação que anuncio a realização do "Advanced RNA-Seq and ChIP-Seq Data Course (Campinas/Brazil/2014)" na Faculdade de Ciências Médicas da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) no período de 7 a 10 de abril de 2014. O curso será ministrado em Inglês e contará com a participação de instrutores experientes, responsáveis pelo curso (homônimo) no Instituto Europeu de Bioinformática, Hixton UK (EMBL-EBI-UK). Benilton Carvalho , State University of Campinas - UNICAMP Gabriella Rustici , EMBL-EBI, UK Myrto Kostadima , EMBL-EBI, UK Nicolas Delhomme , EMBL, Heidelberg Remco Loos , EMBL-EBI, UK O conteúdo programado para o curso inclui: - Introdução ao ambiente R/Bioconductor - Controle de qualidade de dados de sequenciamento - Mapeamento - Modelos estatísticos para dados de sequenciamento - Estimação de expressão gênica e uso de exons - RNA-Seq - ChIP-Seq - Determinação e anotação de picos - Análise de motifs Os interessados deverao efetuar suas candidaturas no sítio eletrônico: http://tiny.cc/rnaseqcampinas As candidaturas serão analisadas e, no máximo, 32 participantes selecionados. Estes selecionados serão contactados até o dia 31 de março e receberão as instruções para o pagamento da inscrição (R$ 300,00). Os participantes responsabilizar-se-ão por suas viagens, acomodação e alimentação. Solicito a gentileza de repassarem a informação a quem possa ter interesse. Atenciosamente, Benilton Carvalho

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gráfico de dispersão em geoestatística
by Hélio Gallo Rocha 12 Mar '14

12 Mar '14

Listeiros, bom dia. Em um objeto da classe geodata (pacote geoR) , ao usar o comando plot é produzido um gráfico quadruplo, um com a posição dos pontos, dois mostrando o comportamento da variável com relação aos sentidos NS e SW e um Histograma. Como poderia separar os gráficos de comportamento? Outra dúvida. Teria como editar as fontes dos eixos x e y? aumentar a fonte ou negrito. Grato a todos -- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho

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fatorial_duplo_regressao
by Odirley Campos 12 Mar '14

12 Mar '14

Srs(as), boa noite. Sou iniciante no R. Como faço para ajustar um modelo de 2º grau para os dados abaixo. Antecipademante agradeco a<-read.table("dose_fcr_ph2.txt", h=T) names(a) tra<-as.factor(a$trat) #usado apenas para verificar pressupostos da anova fcr<-as.factor(a$fcr) #4 niveis (1500, 2000, 2500 e 3000) dos<-as.factor(a$dose) #3 niveis (0, 1, 2), tratado como qualitativo ph<-as.numeric(a$ph) b<-data.frame(tra,fcr,dos,ph) b > fcr [1] 1500 1500 1500 2000 2000 2000 2500 2500 2500 3000 3000 3000 1500 1500 1500 [16] 2000 2000 2000 2500 2500 2500 3000 3000 3000 1500 1500 1500 2000 2000 2000 [31] 2500 2500 2500 3000 3000 3000 > dos [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 > ph [1] 5.86 6.19 6.87 5.87 6.30 6.30 6.05 6.37 7.03 5.69 5.72 6.52 6.05 6.02 6.09 [16] 6.19 6.73 6.80 7.08 7.08 7.08 9.25 8.81 9.06 9.25 9.24 8.81 9.13 8.97 9.36 [31] 9.05 8.99 8.93 9.21 8.90 7.42 ane2<-aov(ph~dos*fcr, data=b) summary(ane2)#tenho interesse no desdobramento # Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) #dos 2 45.25 22.625 137.133 7.37e-14 *** #fcr 3 2.44 0.812 4.921 0.00836 ** #dos:fcr 6 14.08 2.347 14.223 7.24e-07 *** #Residuals 24 3.96 0.165 ane3<-aov(ph~dos/fcr, data=b)#guarda efeitos aninhados summary(ane3, split=list("dos:fcr"=list("dos0"=c(1,4,7), "dos1"=c(2,5,8), "dos2"=c(3,6,9)))) # Df Sum Sq Meam Sq F value Pr(>F) #dos 2 45.10 22.550 43.910 9.56e-09 *** #dos:fcr 9 8.69 0.966 1.881 0.10465 #dos:fcr: dos0 3 0.42 0.140 0.272 0.84507 #dos:fcr: dos1 3 7.50 2.499 4.866 0.00877 ** #dos:fcr: dos2 3 0.78 0.259 0.503 0.68359 #Residuals 24 12.33 0.514 #Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 #--------------------------------------------------------- #Ajustando modelo de 2 grau > m1<-aov(ph~-1+ dos/(fcr+I(fcr^2)), data=b)# aparece a mesagem de erro abaixo #Erro em `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : #contrastes podem ser aplicados apenas a fatores com 2 ou mais níveis #Além disso: Mensagens de aviso perdidas: #In Ops.factor(fcr, 2) : ^ not meaningful for factors # está faltando alguma informação no "comando"? Odirley R. Campos Engenheiro Agrônomo UFV/MG

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Teste t Student
by Luiz Roberto Martins Pinto 12 Mar '14

12 Mar '14

Olá, Estou precisando utilizar a função t.test da biblioteca {stats} para comparar respostas de tratamentos em contrastes dois-a-dois, em um experimento com 20 tratamentos. Este teste me permite comparar amostras com variancias diferentes (var.equal = FALSE), bem como utilizar o método de Satterthwaite (não preciso neste caso específico, mas é interessante em outros). As demais opções podem ser o 'default'. Preciso gerar uma matriz 20 x 20 com o p-valor referente a cada um dos pares de tratamentos, em que na diagonal principal contenha 1.00. Exemplo de matriz com p-valor T1 T2 T3 ... T 20 T1 1.00 0.85 0.03 ... 0.25 T2 0.85 1.00 0.42 ... 0.31 T3 0.03 0.42 1.00 ... 0.44 ... .... .... .... ... ... T20 0.25 0.31 0.44 ... 1.00 Ocorre que the formula interface is only applicable for the 2-sample tests, e preparar 90 arquivos com estes contrastes dois-a-dois para gerar esta matriz 20 x 20 não me parece ser a alternativa mais adequada. Mas, também não tenho conhecimento (análise e programação) suficiente de R para preparar um script para fazer isto. Alguém pode ajudar? Abaixo, endereço com os dados. http://www.datafilehost.com/d/1ec1ec2b Luiz Roberto Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz Ilhéus-Bahia luizroberto.uesc(a)gmail.com skype: lrmpinto http://lattes.cnpq.br/2732314327604831

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Análise de uma expressão como string
by Waldelene Moura 12 Mar '14

12 Mar '14

Sou iniciante do R. Estou precisando de uma sugestão para fazer o seguinte: Tenho numa string com uma expressão e desejo obter o resultado desta expressão. Ex: "2 * 3" me apresenta como resultado 5. "42 + 7" me apresenta como resultado 49. Existe alguma função para isto? Agradeço a quem puder me ajudar. Waldelene Moura Analista de Sistemas Universidade Federal do Maranhão - PROEN

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Anava com modelo autoregressivo
by Kalill V.Páscoa 12 Mar '14

12 Mar '14

Bom dia a todos Estou analisando um experimento em DBC "split plot in the time" São 16 medições (0,68 a 10,25 anos). O experimento apresenta: - 4 blocos; - 4 tratamentos referentes aos espaçamentos de plantio; - e 2 subtratamentos dentro de cada tratamento referentes a aplicação ou não da desrama; cada subparcela tem 112 plantas. - tenho as coordenadas de cada planta; Gostaria de aplicar a ANAVA com modelo autorregressivo, contudo estou com dificuldades para construir a matriz de proximidade espacial. Estou usando a função nb2mat do pacote spdep Minha dificuldade esta no argumento neighbours. Alguém já trabalhou com essa metodologia e poderia me auxiliar? Att -- *Kalill José Viana da Páscoa* *Engenheiro Florestal do Laboratório de Estudos e Projetos em Manejo Florestal - LEMAF * *Mestrando em Engenharia FlorestalUniversidade Federal de Lavras* *Rua Geraldo dos Passos, 81 * *Água Limpa, **Lavras-MG* *CEP: 37200-000* *(35)3821-6833* *(35)9176-9332* *(35)9928-6574*

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comparação de médias em experimento desbalanceado, não fatorial
by Santino Aleandro da Silva 11 Mar '14

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Extração de valor-p na função hlme do pacote lcmm
by Felipe Buchbinder 11 Mar '14

11 Mar '14

Prezados, Estou utilizando a função hlme do pacote lcmm para estimar um *Growth Mixture Model.* Um exemplo de sintaxe é : gmm2 <- hlme(Y ~ time + time2, ng = 2, mixture = Y ~ time + time2, subject = 'ID',data = x.reg) Eu queria obter o valor-p do termo quadrático para cada classe, mas não estou conseguindo. (O comando *summary* me mostra esse valor-p, mas eu consigo extraí-lo.) Desde já, agradeço. Felipe Buchbinder

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Loop para carregar bases
by Gerson R. Primo Jr 11 Mar '14

11 Mar '14

Oi pessoal, Recebo vários arquivos e preciso uni-los no R. Atualmente faço da seguinte forma: total = rbind(read.csv("base_1.csv", sep=";"), read.csv("base_2.csv", sep=";"), read.csv("base_3.csv", sep=";"), read.csv("base_4.csv", sep=";"), read.csv("base_5.csv", sep=";") ) Acontece que recebo esses arquivos semanalmente e a quantidade de arquivo varia (25 a 50), Alguém sabe como posso criar um 'for' que declare a quantidade de arquivo o R faz esse loop? *Att,Gerson R. Primo Jr*

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