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Grárico de controle
by Edson Lira 25 Mar '14

25 Mar '14

Caros amigos da lista. Tenho 3507 medidas de tempo de doação distribuídas por dias conforme a tabela abaixo. 01 02 03 04 05 07 08 09 10 11 14 15 16 17 18 19 21 22 23 25 26 28 29 30 31 92 165 154 113 237 146 139 156 92 149 147 142 120 123 142 125 111 94 84 85 73 91 140 130 105 Gostaria de plotar os gráficos xbarra e o da amplitude para esses tempos. Usei a rotina abaixo como o Eder me indicou: amostra = sample(rep(1:631,5),3155) #rever esses parâmetros, pois só postei uma amostra require(qcc) tem <- qcc.groups(tempo,amostra) Plotei o gráfico e funcionou, me mostrando os tempos e os grupos de amostra. Funcioniou, só que me deparei com outro problema, essa rotina me dá o tempo e o número da amostra, como faço para ver o dia em que o tempo ou amostra de tamanho 5 foi registrada. Ou seja, necessito mostrar o gráfico com o tempo e os dias do registro do tempo em amostras de tamanho 5. No link abaixo tem um link para o arquivo que estou usando com 300 observações. http://www.datafilehost.com/d/e38f36e0 [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Tirar maiuscula apos o ponto
by Bernardo Rangel Tura 25 Mar '14

25 Mar '14

Boa noite a todos Primeiro de tudo quero pedir desculpas por uma duvida tao basica considerem o seguinte exemplo: texto <- 'Deus abencoou Noe e seus filhos, e lhes disse: "Sede fecundos, multiplicai-vos, enchei a terra. Sede o medo e o pavor de todos os animais da terra e de todas as aves do ceu, como de tudo o que se move na terra e de todos os peixes do mar: eles sao entregues nas vossas maos. Tudo o que se move e possui a vida vos servira de alimento, tudo isso eu vos dou, como vos dei a verdura das plantas. Mas nao comereis a carne com sua alma, isto e, o sangue. Pedirei contas porem, do sangue de cada um de vos. Pedirei contas a todos os animais e ao homem, aos homens entre si, eu pedirei contas da alma do homem. Quem derrama o sangue do homem pelo homem terra seu sangue derramado. Pois a imagem de Deus o homem foi feito. Quanto a vos, sede fecundos, multiplicai-vos, povoai a terra e dominai-a." Agora desejo transformar as maiusculas apos o ponto em minusuclas, por exemplo: ". Sede o medo" em ". sede o medo" sei que posso fazer com gsub e pensei que gsub('. [A-Z]','. [a-z]',texto) seria suficiente, mas nao foi. Onde estou errando? Antecipadamente agradeco aos R-mestres []s Tura

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Re: [R-br] Criar função utilizando "for"
by Robert Iquiapaza 24 Mar '14

24 Mar '14

Caso se sinta mais confortável com código explícito: dados = data.frame(matrix(rnorm(500), ncol=10, nrow=50)) cor.multipla <- function(x, y){ x=as.numeric(x) n <- ncol(y) y=as.matrix(y,ncol=n) cor.mult <- vector() for(i in 1:n){cor.mult[i]<- cor.test(x, y[,i])$p.value} return(cor.mult) } dim(dados) cor.multipla(dados$X1, dados[2:10]) Sds Robert -----Mensagem Original----- From: Paulo Justiniano Sent: Monday, March 24, 2014 10:08 PM To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Criar função utilizando "for" O seu loop for tá sobre escrevendo resultados em cor.mult<- cor.test(x, y[,i]) e portanto somente o ultimo está sendo guardado (note tb que sua matrz de dados esá reciclando valores) Uma sugestão: x <- 1:10 y <- matrix(rnorm(200), nrow=10) apply(y, 2, function(y, x=x) cor.test(x,y)$p.value On Mon, 24 Mar 2014, Rodrigo Muniz wrote: > Caros membros da lista, Me desculpem a ignorância, porém sou novo como > usuário e estou tentando criar uma função para facilitar uma operação no > meu banco de dados. > considerem o exemplo: > > dados = as.data.frame(matrix(rnorm(200), ncol=10, nrow=50)) > cor.multipla <- function(x, y){ > n <- ncol(y) > cor.mult <- numeric(0) > + for(i in 1:n){cor.mult<- cor.test(x, y[,i]) > + return(cor.mult$p.value)} > } > > cor.multipla(dados$V1, dados[2:10]) > > Nesta função, eu gostaria fazer a correlação da coluna 1 com as colunas de > 2 a 10, e extrair um vetor de p.value para cada correlação, no entanto, > a função está me retornando apenas um valor de p.value. > Alguém poderia me dizer onde eu estou errando ou mesmo se estou indo pelo > caminho errado? > Desde já agradeço... > -- > Rodrigo A. MunizEng. Agrônomo. Ms Produção Vegetal (UENF) > Doutorando em Engenharia de Sistemas Agrícolas (ESALQ/USP) > Cel (19) 8300-4333 (Pessoal) > Tel (19) 3375-1196 (Residêncial) > Tel (19) 3447-8537 (Trabalho) > > _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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problemas com comparações múltiplas
by Maurício Lordêlo 24 Mar '14

24 Mar '14

Saudações a todos! Estou realizando inferência simultânea para um conjunto de dados correlacionados onde desejo comparar o efeito de quatro tratamentos. Para isto estou utilizando a função "simplesimint" do pacote "BSagri". Consigo fazer utilizando Dunnet porém quando mudo para Tukey ocorre um problema. Abaixo tenho um CMR onde tenho o vetor de coeficientes estimados (coefs), a matriz de variância e covariâncias (VarCov), o número de obervações em cada grupo (n) e a matriz de contrastes (cmat). O problema principal surge quando faço utilizando todas as linhas (são seis) da matriz de contrastes (cmat2). Já para duas, três e até quatro linhas da matriz de contrastes não há problemas. Grato caso alguém possa ajudar. Abraço library(BSagri) coefs=c("TratamentoA"=-1.0618,"TratamentoB"=1.1470,"TratamentoC"=0.3068,"TratamentoC"=0.2501) VarCov=matrix(data = NA, nrow = 4, ncol = 4, byrow = FALSE,dimnames=NULL) VarCov[1,]=c(0.3133311,-0.1618691,-0.1736806,-0.1712345) VarCov[2,]=c(-0.1618697,0.4510964,0.1595845,0.1622442) VarCov[3,]=c(-0.1736809,0.1595843,0.2729564,0.1617069) VarCov[4,]=c(-0.1712371,0.1622446,0.1617080,0.2757233) VarCov n=c("TratamentoA"=40,"TratamentoB"=20,"TratamentoC"=60,"TratamentoD"=60) cmat1<-contrMat(n=n, type="Dunnett") cmat1 test1<-simplesimint(coef=coefs, vcov=VarCov, df=NULL, cmat=cmat1, alternative="two.sided") plotCI(test1) cmat2<-contrMat(n=n, type="Tukey") cmat2 test2<-simplesimint(coef=coefs, vcov=VarCov, df=NULL, cmat=cmat2, alternative="two.sided") ##ERRO!! #Erro em uniroot(pfct, interval = interval) : # f() values at end points not of opposite sign test3<-simplesimint(coef=coefs, vcov=VarCov, df=114, cmat=cmat2[1:2,1:4], alternative="two.sided") summary(test3) plotCI(test3) test4<-simplesimint(coef=coefs, vcov=VarCov, df=114, cmat=cmat2[1:3,1:4], alternative="two.sided") summary(test4) plotCI(test4) test5<-simplesimint(coef=coefs, vcov=VarCov, df=114, cmat=cmat2[1:4,1:4], alternative="two.sided") summary(test5) plotCI(test5) test6<-simplesimint(coef=coefs, vcov=VarCov, df=114, cmat=cmat2[1:5,1:4], alternative="two.sided") ##ERRO!! #Erro em uniroot(pfct, interval = interval) : # f() values at end points not of opposite sign

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função BiCopKPlot
by Natalia Martins 24 Mar '14

24 Mar '14

Prezados boa tarde, estou estudando a função BiCopKPlot utilizada para a modelagem de cópulas. Nesta função tem-se: function (u1, u2, PLOT = TRUE, ...) { if (is.null(u1) == TRUE || is.null(u2) == TRUE) stop("u1 and/or u2 are not set or have length zero.") if (length(u1) != length(u2)) stop("Lengths of 'u1' and 'u2' do not match.") if (length(u1) < 2) stop("Number of observations has to be at least 2.") if (PLOT != TRUE && PLOT != FALSE) stop("The parameter 'PLOT' has to be set to 'TRUE' or 'FALSE'.") Wi <- W(u1, u2) Hi <- H(u1, u2) Hi.sort <- sort(Hi) n <- length(u1) W.in <- rep(NA, n) for (i in 1:n) { f = function(w) { w * (-log(w)) * (w - w * log(w))^(i - 1) * (1 - w + w * log(w))^(n - i) } W.in[i] <- n * choose(n - 1, i - 1) * (integrate(f, lower = 0, upper = 1)$value) } g <- function(w) { w - w * log(w) } if (PLOT) { plot(g, xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1), pch = "x", xlab = expression(W[1:n]), ylab = "H", ...) points(W.in, Hi.sort, pch = "x", cex = 0.4, ...) abline(a = 0, b = 1) } else { kendall.plot.output <- list(W.in, Hi.sort) names(kendall.plot.output) <- c("W.in", "Hi.sort") return(kendall.plot.output) } } Porem, não encontrei no pdf da library(CDVine) como é definida a função H e W (em destaque). Por favor se alguem souber e puder me ajudar. Muito obrigada! -- Natália Martins Contato: (35) 91812482

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Python no Coursera [offtopic]
by Paulo Nogueira Starzynski 24 Mar '14

24 Mar '14

Pessoal, me desculpem caso a mensagem esteja fora do propósito de uma lista sobre R, mas creio que Python seja interessante para muitos dos usuários do R. Começou essa semana um curso introdutório sobre a linguagem no Coursera. Pode valer a pena. Eu vou fazer. https://www.coursera.org/course/interactivepython Abraços, Paulo Nogueira Starzynski

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 39, assunto 21
by Marcos Batista 21 Mar '14

21 Mar '14

Prezados, sou biólogo e um dos objetivos da minha pesquisa é examinar os efeitos da heterogeneidade do ambiente na variabilidade genética. Para isso, eu estimei a distância genética, geodésica e ecológica e usei uma função do R - http://datadryad.org/resource/doi:10.5061/dryad.kt71r/1 - para testar a regressão múltipla dessas matrizes. O script para realizar o teste eu consegui fazer, entretanto, não encontrei uma função para fazer o gráfico da regressão linear sobre meus dados. O único gráfico que consigo fazer é entre duas variáveis é usando a função splom (matriz1, matriz2, lm=TRUE) e obtive uma resposta de erro (lm object not found). Mas, o que eu queria era fazer um gráfico de uma matriz1 x matriz2+matriz3. Alguém tem uma sugestão de função que eu possa usar? Agradeço a todos desde já. Cordialmente, Marcos Batista Marcos Roberto Dias Batista Departamento de Genética, Evolução e Bioagentes Instituto de Biologia, Unicamp Caixa Postal 6109, Campinas, São Paulo CEP 13083-970, Brasil Telefone: (19) 3521 1151 2014-03-21 12:00 GMT-03:00 <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br>: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: Calendário do pacote googleVis (Éder Comunello) > 2. Re: Grárico de controle (Edson Lira) > 3. Iteração com optim (jborssoi .) > 4. Re: Iteração com optim (Diogo Ferrari) > 5. Re: Grárico de controle (Éder Comunello) > 6. Re: Iteração com optim (walmes .) > 7. Re: Iteração com optim (Wagner Bonat) > 8. Re: Iteração com optim (jborssoi .) > 9. Re: Iteração com optim (Wagner Bonat) > 10. Re: Grárico de controle (Edson Lira) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Fri, 21 Mar 2014 07:17:25 -0400 > From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Calendário do pacote googleVis > Message-ID: > <CABmC8gnNgPU2mWLFczTUrWYsqOf2A9OjKv5dpF7UnNM= > aTie6A(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Olá, pessoal! Bom dia! > > Tudo indica que o problema está na API do Google e não propriamente no R. O > link que segue relata o mesmo problema numa aplicação fora do R, feita > também por um brasileiro, reforçando que o problema está ligado ao > 'Brazilian > Portuguese'. > > > https://code.google.com/p/google-visualization-api-issues/issues/detail?id=… > > Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/a91fe90a/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Fri, 21 Mar 2014 05:47:41 -0700 (PDT) > From: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > To: "ecomunel(a)gmail.com" <ecomunel(a)gmail.com>, > "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Grárico de controle > Message-ID: > <1395406061.56210.YahooMailNeo(a)web160103.mail.bf1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Eder, muito obrigado, ajudou muito, vi que tenho no mesmo dia vários > grupos. > > Como faço para ter um único resultado por dia? Ou seja, para cada dia um > único ponto no gráfico. > > > [ ]'s. > > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > > > > Em Terça-feira, 18 de Março de 2014 12:52, Éder Comunello < > comunello.eder(a)gmail.com> escreveu: > > Edson, boa tarde! > > Não sei se irá lhe atender, mas tentei alguma coisa com os dados de > exemplo que você havia enviado (n=300). > > ### <code r> > ### restaurando dados de exemplo! > dat <- > > data.frame(tempo=c(30.48,32.17,32.32,32.68,33.42,34.1,34.33,35.12,35.95,36.18,36.73,36.75,36.78,37.05,37.18,38.1,38.4,40.05,40.62,40.87,41.33,41.38,41.5,41.63,43.38,43.65,43.85,43.88,44.37,45.67,45.73,46.17,46.5,46.75,47.17,47.55,47.63,47.65,49.62,49.85,49.98,50.65,51.15,51.67,51.7,51.97,53.12,53.23,53.77,54.08,54.18,54.32,54.65,54.98,55.55,56.47,58.13,58.65,58.93,59.2,59.67,59.92,60.08,60.28,60.63,60.93,61.78,62.58,63.42,63.93,64.13,65.12,66.02,66.55,67.23,67.85,71.32,73.03,73.68,75.1,75.52,79.75,79.93,80.88,81.23,91.85,103.73,109.27,115.65,123.63,131.88,173.28,30.68,31.68,32.1,33.12,33.25,33.48,34.5,35.15,35.52,35.87,36.52,36.63,36.75,39.32,40.37,41.4,41.57,41.57,41.78,43.85,44.05,44.97,45.47,45.93,47.03,47.1,47.35,47.63,48.3,48.38,48.62,48.85,48.88,49,49.87,50.65,50.73,51.07,51.42,51.8,52.08,52.72,52.83,53.23,53.32,53.57,53.68,54,54.12,54.23,54.28,54.5,55.13,55.32,55.65,55.85,56.02,56.15,56.43,56.45,56.58,56.58,57.22,57.77,57.78,58.17,58.43,58.57,58 > .58,59.38,59.8,59.87,60.18,60.67,61.35,61.42,61.6,62.07,62.18,62.42,63.07,63.93,64.57,65.2,65.33,65.78,65.8,66.38,66.55,66.78,67.07,67.43,67.57,68.28,68.3,68.32,68.43,68.68,68.82,69,69.55,70.22,70.58,71.42,71.6,72.13,72.17,72.55,72.57,72.67,72.7,72.8,72.8,73.38,73.38,73.67,74.28,75.05,75.4,75.53,75.75,76.6,77.75,78.22,78.42,78.47,78.63,79.27,79.58,79.78,80.18,81.53,81.78,82.17,84.87,85.07,85.2,85.77,86.37,87.25,88.78,88.93,88.98,89.68,91,92.62,93.5,93.83,95.12,97.1,97.23,97.77,98.83,101.47,107.87,108.17,109.07,112.25,112.58,113.53,113.75,119.48,121.32,132.88,139.73,31.95,32.4,35.2,35.35,36.62,36.88,37.62,38.65,39.68,40.05,41.25,41.28,42,42.03,42.23,42.63,42.67,43.02,43.32,43.32,44.23,44.27,44.7,45.08,46.42,48.17,48.25,49.55,50.13,50.85,50.97,51.85,52.28,52.85,52.9,53.13,54.23,54.98,55.45,56.28,56.53,57.33,57.75), > dia_doa=rep(c(1:3), c(92,165,43))) > > table(dat$dia_doa) > > ### (r)andom (Pos)itions (dentro de cada dia) > {set.seed(765); rPos <- unlist(sapply(unique(dat$dia_doa), function(x) > sample(which(dat$dia_doa==x))))} > > ### set.seed() é pra controle do CMR, considere removê-lo > > rDat <- dat[rPos,]; head(rDat) > rDat$dia_doa ### observe que não muda ordem dos dias! > > dN <- unique(table(dat$dia_doa)) ### dados em cada dia! > grp <- NULL; for (n in dN) grp <- c(grp, rep(1:ceiling(n/5), each=5, > len=n)) ### grupos dentro de dias > > DAT <- cbind(rDat, grp); row.names(DAT) <- NULL; head(DAT) > DAT$id <- DAT$dia_doa*1000+DAT$grp ### cria um id/label único para grupos! > > ### Caso deseje remover dados/grupos incompletos... > grp.i <- names(table(DAT$id))[table(DAT$id)<5];grp.i ### grupos > incompletos > dat.i <- unlist(sapply(grp.i, function(x) which(DAT$id==x))); dat.i ### > dados pertencentes a grupos incompletos > > DAT[dat.i,] ### linhas dos grupos incompletos > DATCompl <- DAT[-dat.i,] ### só grupos completos > table(DATCompl$dia_doa) > table(DATCompl$id) > > ### > > require(qcc) > qcc(qcc.groups(DAT$tempo, DAT$id)) ### todos > qcc(qcc.groups(DATCompl$tempo, DATCompl$id)) ### somente completos > ### </code> > > > > > Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/451376a0/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Fri, 21 Mar 2014 10:26:15 -0300 > From: "jborssoi ." <joelmirb(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Iteração com optim > Message-ID: > < > CAEFzrQsPbZ_DxKqC5w3iSYP7851UZaqqCdTUUikwBTnVeSShPA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Caros, > tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando > a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o > chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo > anterior? > > Grato pela ajuda > Joelmir > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/85bdad8e/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Fri, 21 Mar 2014 09:55:59 -0400 > From: Diogo Ferrari <diogoferrari(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Iteração com optim > Message-ID: > < > CAEvjS8Lwo0C5DuQUisvNfATUJ6Zy3Qcao_pa_UxM5jA5G_2eDg(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz exatamente > isso automaticamente. > On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb(a)gmail.com> wrote: > > > Caros, > > tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando > > a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o > > chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo > > anterior? > > > > Grato pela ajuda > > Joelmir > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/7fdd0eb1/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 5 > Date: Fri, 21 Mar 2014 10:09:24 -0400 > From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, Edson Lira > <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > Subject: Re: [R-br] Grárico de controle > Message-ID: > < > CABmC8gkK_HxJ7wGUqsUhounM84TPkQgzd6ZHcA7O0VyPWPzqAA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Edson, bom dia! > > Um ponto por dia simplifica bastante o procedimento e você pode dispensar > praticamente todo o código anteriormente enviado. > > Tendo criado (ou restaurado) o objeto de dados 'dat', utilize: > > ### qcc.groups(data, sample) > qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa) > qcc(qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa)) > > Reforçando que serão amostras de tamanhos distintos. > > Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > > > Em 21 de março de 2014 08:47, Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br > >escreveu: > > > Eder, muito obrigado, ajudou muito, vi que tenho no mesmo dia vários > > grupos. > > > > Como faço para ter um único resultado por dia? Ou seja, para cada dia um > > único ponto no gráfico. > > > > > > [ ]'s. > > Edson Lira > > Estatístico > > Manaus-Amazonas > > > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/8124fe7c/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 6 > Date: Fri, 21 Mar 2014 11:15:50 -0300 > From: "walmes ." <walmeszeviani(a)gmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Iteração com optim > Message-ID: > <CAFU= > EkZMw34AABsMzb9r8Ey5KkbZi6rg1UFgpmBcc0u03wfzUA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Faça com um laço for por exemplo > > chute <- ... > for(...){ > op <- optim(chute, ...) > chute <- op$par > } > > À disposição. > Walmes. > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/d078d6db/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 7 > Date: Fri, 21 Mar 2014 15:16:27 +0100 > From: Wagner Bonat <wbonat(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Iteração com optim > Message-ID: > <CANt= > 4MhG-eB4uOTxSCzmJrdm1aEbpmXa3LF6ax3c_OsaDAfgdw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > O que vc quer dizer com 100 amostras ?? Vc tem 100 conjuntos de dados > diferentes e quer estimar para cada um determinado modelo ... Nao consegui > entender ... Que metodo vc quer usar para inferencia ?? > > > Em 21 de março de 2014 14:55, Diogo Ferrari <diogoferrari(a)gmail.com > >escreveu: > > > Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz > exatamente > > isso automaticamente. > > On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb(a)gmail.com> wrote: > > > >> Caros, > >> tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando > >> a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o > >> chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no > passo > >> anterior? > >> > >> Grato pela ajuda > >> Joelmir > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Wagner Hugo Bonat > LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação > UFPR - Universidade Federal do Paraná > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/a5d6012f/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 8 > Date: Fri, 21 Mar 2014 11:23:04 -0300 > From: "jborssoi ." <joelmirb(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Iteração com optim > Message-ID: > < > CAEFzrQuNS+oj9FmamJJkmUtp9zp8rYhHXknMdawxnxcmRE151A(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Olá Wagner, > é isso... tenho 100 conjuntos de dados. Eu preciso maximizar o vetor de > parâmetros para a primeira amostra. Já para a segunda (e assim por diante) > o optim deve utilizar o vetor obtido para a primeira amostra (e assim por > diante). > Imagino algo do tipo: > for(i in 1:J){ > maxL.rep <- optim(par=???, fn, gr, method="BFGS", > control=list(fnscale=-1,maxit=1000),y=W1$y[,i], u=W1$u[,i], X=d[,c(1,2)], > Z=Zi, sigma.e=1) > } > > mas não sei como fazer para que o optim atualize "par". > > abraço > > > Em 21 de março de 2014 11:16, Wagner Bonat <wbonat(a)gmail.com> escreveu: > > > O que vc quer dizer com 100 amostras ?? Vc tem 100 conjuntos de dados > > diferentes e quer estimar para cada um determinado modelo ... Nao > consegui > > entender ... Que metodo vc quer usar para inferencia ?? > > > > > > Em 21 de março de 2014 14:55, Diogo Ferrari <diogoferrari(a)gmail.com > >escreveu: > > > > Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz > exatamente > >> isso automaticamente. > >> On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb(a)gmail.com> wrote: > >> > >>> Caros, > >>> tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando > >>> a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com > o > >>> chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no > passo > >>> anterior? > >>> > >>> Grato pela ajuda > >>> Joelmir > >>> > >>> _______________________________________________ > >>> R-br mailing list > >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >>> código mínimo reproduzível. > >>> > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > > > > > > > > -- > > Wagner Hugo Bonat > > LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação > > UFPR - Universidade Federal do Paraná > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/94ab16c2/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 9 > Date: Fri, 21 Mar 2014 15:36:43 +0100 > From: Wagner Bonat <wbonat(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Iteração com optim > Message-ID: > <CANt= > 4Mh5gG2QAodJvBDv+3R9vZs3_wf+qRnGZ9Bo0iV-NjjYhw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Talvez isso ajude ! > > ll <- function(mu,x){-sum(dnorm(x,mean=mu, sd=1,log=TRUE))} > ll(mu = 0, x = rnorm(10)) > dados <- matrix(rnorm(1000), ncol=100, nrow=10) > saida <- list() > saida[1][[1]] <- optim(par= 0, f = ll, x = dados[,1], method="Brent", upper > = 10, lower = -10) > saida[1][[1]]$par > for(i in 2:100){ > print(saida[c(i-1)][[1]]$par) > saida[i][[1]] <- optim(par= saida[c(i-1)][[1]]$par, f = ll, x = > dados[,i], method="Brent", upper = 10, lower = -10) > } > > > > Em 21 de março de 2014 15:23, jborssoi . <joelmirb(a)gmail.com> escreveu: > > > Olá Wagner, > > é isso... tenho 100 conjuntos de dados. Eu preciso maximizar o vetor de > > parâmetros para a primeira amostra. Já para a segunda (e assim por > diante) > > o optim deve utilizar o vetor obtido para a primeira amostra (e assim por > > diante). > > Imagino algo do tipo: > > for(i in 1:J){ > > maxL.rep <- optim(par=???, fn, gr, method="BFGS", > > control=list(fnscale=-1,maxit=1000),y=W1$y[,i], u=W1$u[,i], X=d[,c(1,2)], > > Z=Zi, sigma.e=1) > > } > > > > mas não sei como fazer para que o optim atualize "par". > > > > abraço > > > > > > Em 21 de março de 2014 11:16, Wagner Bonat <wbonat(a)gmail.com> escreveu: > > > > O que vc quer dizer com 100 amostras ?? Vc tem 100 conjuntos de dados > >> diferentes e quer estimar para cada um determinado modelo ... Nao > consegui > >> entender ... Que metodo vc quer usar para inferencia ?? > >> > >> > >> Em 21 de março de 2014 14:55, Diogo Ferrari <diogoferrari(a)gmail.com > >escreveu: > >> > >> Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz > >>> exatamente isso automaticamente. > >>> On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb(a)gmail.com> wrote: > >>> > >>>> Caros, > >>>> tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando > >>>> a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor > com o > >>>> chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no > passo > >>>> anterior? > >>>> > >>>> Grato pela ajuda > >>>> Joelmir > >>>> > >>>> _______________________________________________ > >>>> R-br mailing list > >>>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >>>> código mínimo reproduzível. > >>>> > >>> > >>> _______________________________________________ > >>> R-br mailing list > >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >>> código mínimo reproduzível. > >>> > >> > >> > >> > >> -- > >> Wagner Hugo Bonat > >> LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação > >> UFPR - Universidade Federal do Paraná > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Wagner Hugo Bonat > LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação > UFPR - Universidade Federal do Paraná > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/e0e422aa/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 10 > Date: Fri, 21 Mar 2014 07:57:30 -0700 (PDT) > From: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > To: "ecomunel(a)gmail.com" <ecomunel(a)gmail.com>, > "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Grárico de controle > Message-ID: > <1395413850.17732.YahooMailNeo(a)web160101.mail.bf1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Era isso mesmo que precisava. > > Agora tenho as seguintes perguntas: > > Como faço para fixar os limites em 2 sigmas, usando o comando que vi no > help não funcionou, não sei por que. > Quando uso size ele fixa, mas não me permite mexer no nsigma. tem algo que > não estou sabendo fazer. > > Veja se você consegue alguma sugestão. > > Muito obrigado pela sua atenção Eder. > > > [ ]'s. > > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > > > > Em Sexta-feira, 21 de Março de 2014 10:09, Éder Comunello < > comunello.eder(a)gmail.com> escreveu: > > Edson, bom dia! > > Um ponto por dia simplifica bastante o procedimento e você pode dispensar > praticamente todo o código anteriormente enviado. > > Tendo criado (ou restaurado) o objeto de dados 'dat', utilize: > > ### qcc.groups(data, sample) > qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa) > qcc(qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa)) > > Reforçando que serão amostras de tamanhos distintos. > > > Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > > > > Em 21 de março de 2014 08:47, Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > escreveu: > > Eder, muito obrigado, ajudou muito, vi que tenho no mesmo dia vários > grupos. > > > >Como faço para ter um único resultado por dia? Ou seja, para cada dia um > único ponto no gráfico. > > > > > > > > > >[ ]'s. > > > >Edson Lira > >Estatístico > >Manaus-Amazonas > > > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/3cd59f3c/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 39, assunto 21 > ***************************************** >

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(sem assunto)
by Luís Fernando Pirondi Junior 21 Mar '14

21 Mar '14

Olá, escrevi o seguinte script: > A<-read.table("A.txt", header=TRUE) > A Dias Massa 1 38 370 2 121 4200 3 208 13200 4 291 17100 5 381 18000 > plot(A$Dias,A$Massa,xlab="Dias",ylab="Massa", col="blue") > modelo<-glm(Massa~Dias, data=A, family=binomial) Mensagens de aviso perdidas: In eval(expr, envir, enclos) : #sucessos não-inteiro em um glm binomial! > summary(modelo) Call: glm(formula = Massa ~ Dias, family = binomial, data = A) Deviance Residuals: 1 2 3 4 5 -0.19282 -0.03793 0.15578 0.09105 -0.11083 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -3.737847 4.166859 -0.897 0.37 Dias 0.006566 0.014028 0.468 0.64 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) Null deviance: 0.339765 on 4 degrees of freedom Residual deviance: 0.083459 on 3 degrees of freedom AIC: 5.1496 Number of Fisher Scoring iterations: 6 E obtive o gráfico em anexo. Minha intenção era fazer uma regressão logística com os valores da Tabela "A", no entanto a curva não parece muito ajustada aos parâmetros. O que pode estar errado ? -- *Luís Fernando Pirondi Junior*

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Iteração com optim
by jborssoi . 21 Mar '14

21 Mar '14

Caros, tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo anterior? Grato pela ajuda Joelmir

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Calendário do pacote googleVis
by bruno vidigal 21 Mar '14

21 Mar '14

Olá, alguém tentou rodar o calendário do pacote googleVis? Estou utilizando o mesmo exemplo disponibilizado pelo autor mas não aparecem os valores a partir do dia 20/out para todos os 3 anos de análise. Alguém teria alguma solução? install.packages(c("devtools","RJSONIO", "knitr", "shiny", "httpuv")) library(devtools) install_github("mages/googleVis") cl1 <- gvisCalendar(Cairo, datevar="Date", numvar="Temp", options=list(width=1000)) plot(cl1) Talvez seria um problema de locale... -- Bruno C. Vidigal

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