- R-br - DINF UFPR

2 graficos do grid lado a lado na mesma janela
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 21 Abr '15

21 Abr '15

Amigos de R, Eu não tenho qualquer familiaridade com o pacote grid, mas estou usando um pacote cuja principal função grafica é o com o grid. Eu gostaria de juntar os dois graficos abaixo lado a lado, e ja tentei usar algumas variaçoes do pushViewport sem sucesso. A função forest possui um argumento new que permitiria colocar mais de um grafico na mesma janela, mas sem um exemplo estou batentdo cabeça por aqui. Se alguem que tem familiaridade com o grid puder me dar uma mão, eu ficaria muito feliz. ID2 VP VN with without Q47 group 37 Cabalero ZC-2007 68 225 69 238 ELISA BIOSCHILE-TEST ELISA CHAGAS 111 Otani MM-2009 167 261 168 262 ELISA BIOSCHILE-TEST ELISA CHAGAS 124 Remesar MC-2009 340 1097 356 1099 ELISA BIOSCHILE-TEST ELISA CHAGAS 97 Anes N-2010 19 15 23 15 ELISA BIOSCHILE-TEST ELISA CHAGAS 102 Flores Chaves M-2010 66 132 66 157 ELISA BIOSCHILE-TEST ELISA CHAGAS 50 Lorca M-1992 77 98 82 98 ELISA ABBOTT-ABBOTT CHAGAS ELISA 42 Carvalho MR-1993 224 182 224 191 ELISA ABBOTT-ABBOTT CHAGAS ELISA 69 Hamerschlak N-1997 20 36 20 40 ELISA ABBOTT-ABBOTT CHAGAS ELISA 60 Oeleman WMR-1998 515 481 539 486 ELISA ABBOTT-ABBOTT CHAGAS ELISA 113 Otani MM-2009 167 257 168 262 ELISA ABBOTT-ABBOTT CHAGAS ELISA b <- read.table("clipboard",header=T) # after a ctrl+c install.packages("meta") library("meta") m.e.se <- metaprop(VP, with, studlab=ID2 ,data=b,subset=Q47=="ELISA",incr=.1,allincr=T,addincr=T,comb.fixed=F,hakn=T,title="ELISA for Chagas disease",complab='With Chagas',outclab="True positives",byvar=group,bylab='Trademark-name',print.byvar=T) m.e.sp <- metaprop(VN, without, studlab=ID2 ,data=b,subset=Q47=="ELISA",incr=.1,allincr=T,addincr=T,comb.fixed=F,hakn=T,title="ELISA for Chagas disease",complab='With Chagas',outclab="True negatives",byvar=group,bylab='Trademark-name',print.byvar=T) #tiff("C:/Banco/MetaDiagChagas_2013/resultados/Forest_ELISA_se.tiff",width=480*5.5,heigh=480*15,res=72*3) forest(m.e.se,overall=F,text.random="D&L random effects",pooled.events=T,xlab="Sensitivity",rightcols=F,leftcols=c("studlab", "event", "n","effect", "ci"),leftlabs=c("Study","TP","With","Sensitivity","95%-CI")) #dev.off() #file.show("C:/Banco/MetaDiagChagas_2013/resultados/Forest_ELISA_se.tiff") #tiff("C:/Banco/MetaDiagChagas_2013/resultados/Forest_ELISA_sp.tiff",width=480*3,heigh=480*15,res=72*3) forest(m.e.sp,overall=F,text.random="D&L random effects",pooled.events=T,xlab="Specificity",rightcols=c("effect", "ci"),leftcols=c("n","event"),leftlabs=c("TN","Without"),rightlabs=c("Specificity","95%-CI")) #dev.off() #file.show("C:/Banco/MetaDiagChagas_2013/resultados/Forest_ELISA_sp.tiff") Abraço forte a todos , Pedro Brasil

3 6

Implementação de SEM (lavaan) utilizando variáveis dummy
by Vinícius Lionel Mateus 21 Abr '15

21 Abr '15

Prezados useRs, Sou um newbie em análise de dados categóricos, e esta é a primeira vez que uso o pacote lavaan. Ao implementar a análise, recebo o seguinte erro: *Error in muthen1984(Data = X[[g]], ov.names = ov.names[[g]], ov.types = ov.types, : ** ** unknown ov.types:factor* Acho que estou com problemas de sintaxe, na hora de especificar uma variável dummy, *grown*. O código antes do erro é: #### Making dummy variables from a case with K > 2 levels ### # Transforming grown to factor raw.data$grown <- factor(raw.data$grown, labels = c("1", "2", "3")) class(raw.data$grown) str(raw.data) #Inspecting the data set #the contrast matrix for categorical variable with three levels contr.treatment(3) #assigning the treatment contrasts to grown contrasts(raw.data$grown) = contr.treatment(3) str(raw.data) #Inspecting the data set ### centering and rescaling numeric explanatory variables ### prep$lnexp_5y <- scale(prep$lnexp_5y) prep$age<-scale (prep$age) prep$yearsliving <-scale (prep$yearsliving) prep$hourshome <-scale (prep$hourshome) str(prep) # Building the model # The observed variable in black is a dummy. odor1 <- ' # latent variables (measurement model) rsi =~ eyes_a + nose_a + run_nose_a + cough_a + chest_a + breath_a nsh =~ dizziness_a + concentration_a + headache_a + fatigue_a + nausea_a psy =~ risk_perception + behavioral ap =~ lnexp_5y sde =~ gender + smoking + *grown* + children + yearsliving oa =~ odor_binom #regressions (dependent ~ independent | y ~ x) rsi ~ ap + oa psy ~ ap + oa nsh ~ ap + oa + psy oa ~ ap + sde ' # Fitting the model with WLSMV fit1.ml <http://fit1.ml> <- sem(odor1, data = prep, ordered = c("grown"), estimator = "WLSMV") Desde já, muito obrigado. Vinícius -- Best regards, Vinícius Lionel Mateus, MSc (http://lattes.cnpq.br/6501001637020665) Chemistry PhD Student Atmospheric Chemistry Laboratory - Dep. Chemistry PUC-Rio - Pontifical Catholic University of Rio de Janeiro Rua Marquês de São Vicente, 225, Gávea - Rio de Janeiro, RJ - Brazil CEP: 22451-900 Telefone: (+45) 26 28 28 51 (+55) (21) 3527-1327 (+55) (21) 993 - 588 - 051 Skype: vinicius.lionel http://www.qui.puc-rio.br/index.html

1 1

Re: [R-br] Leitura de arquivo .shp
by Rafael Tieppo 20 Abr '15

20 Abr '15

Prezado Andre, Para ler arquivo shape eu uso 'readShapeSpatial' library(maptools) library(maps) Estados_shp <- readShapeSpatial("/home//estados_2010.shp") Saudações Rafael Tieppo State University of Mato Grosso - Department of Agricultural Engineering site: http://www2.unemat.br/rafaeltieppo blog: https://sistemasagricolas.wordpress.com "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente". On Saturday, April 18, 2015 11:00 AM, "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. R 3.2 Windows --- dois erros bizarros (Leonard de Assis) 2. Leitura de arquivo .shp (Andre Oliveira) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Fri, 17 Apr 2015 20:49:31 -0300 From: "Leonard de Assis" <assis.leonard(a)gmail.com> To: <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] R 3.2 Windows --- dois erros bizarros Message-ID: <002001d07969$289fe980$79dfbc80$(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Primeiro, este erro: > devtools::find_rtools() WARNING: Rtools 3.3 found on the path at c:/Rtools is not compatible with R 3.2.0. Please download and install Rtools 3.2 from http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/, remove the incompatible version from your PATH, then run find_rtools(). > Mas este não é o único, observem quando se inicia com o rstudio R version 3.2.0 (2015-04-16) -- "Full of Ingredients" Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. Error in tools:::httpdPort <= 0L : comparison (4) is possible only for atomic and list types sugestões? ldeassis -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150417/30004eba/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Sat, 18 Apr 2015 14:32:06 +0000 (UTC) From: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Leitura de arquivo .shp Message-ID: <1234703869.5754318.1429367526098.JavaMail.yahoo(a)mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Boa tarde, a leitura de meu arquivo . shp não está funcionando. Alguém pode me ajudar? Já dei uma olhada no google e não consegui resolver. require(rgdal) dir() [1] "51SDE250GC_SIR.shp" mt=readOGR("51MUE250GC_SIR.shp",layer="51MUE250GC_SIR")Erro em ogrInfo(dsn = dsn, layer = layer, encoding = encoding, use_iconv = use_iconv, : Cannot open file André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150418/9c6803bb/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 52, assunto 22 *****************************************

4 3

Re: [R-br] Leitura de arquivo .shp
by Rafael Tieppo 19 Abr '15

19 Abr '15

Andre, eu não sou especialista na área de GIS, mas no meu entendimento o arquivo shape é um conjunto de arquivos (“.shp” “.shx” “.dbf”), cada um com sua a respectiva função, se não estiver enganado a ESRI definiu esse padrão do Shape. Sugiro que faça um teste com um arquivo para verificar se o problema é sua máquina ou o código que vc está usando. Segue um link: ftp://geoftp.ibge.gov.br/malhas_digitais/censo_2007/setor_rural/shape/2500/geografica_sirgas2000/ufs/to/17mu2500gsr.zip Faça o download, descompacte e faça a leitura. Lembre-se que os arquivos devem estar na mesma pasta. Além disso, indique corretamente o caminho dos arquivos. Qualquer dúvida estou à disposição. Rafael Tieppo State University of Mato Grosso - Department of Agricultural Engineering site: http://www2.unemat.br/rafaeltieppo blog: https://sistemasagricolas.wordpress.com "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente". On Saturday, April 18, 2015 11:00 AM, "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. R 3.2 Windows --- dois erros bizarros (Leonard de Assis) 2. Leitura de arquivo .shp (Andre Oliveira) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Fri, 17 Apr 2015 20:49:31 -0300 From: "Leonard de Assis" <assis.leonard(a)gmail.com> To: <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] R 3.2 Windows --- dois erros bizarros Message-ID: <002001d07969$289fe980$79dfbc80$(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Primeiro, este erro: > devtools::find_rtools() WARNING: Rtools 3.3 found on the path at c:/Rtools is not compatible with R 3.2.0. Please download and install Rtools 3.2 from http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/, remove the incompatible version from your PATH, then run find_rtools(). > Mas este não é o único, observem quando se inicia com o rstudio R version 3.2.0 (2015-04-16) -- "Full of Ingredients" Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. Error in tools:::httpdPort <= 0L : comparison (4) is possible only for atomic and list types sugestões? ldeassis -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150417/30004eba/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Sat, 18 Apr 2015 14:32:06 +0000 (UTC) From: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Leitura de arquivo .shp Message-ID: <1234703869.5754318.1429367526098.JavaMail.yahoo(a)mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Boa tarde, a leitura de meu arquivo . shp não está funcionando. Alguém pode me ajudar? Já dei uma olhada no google e não consegui resolver. require(rgdal) dir() [1] "51SDE250GC_SIR.shp" mt=readOGR("51MUE250GC_SIR.shp",layer="51MUE250GC_SIR")Erro em ogrInfo(dsn = dsn, layer = layer, encoding = encoding, use_iconv = use_iconv, : Cannot open file André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150418/9c6803bb/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 52, assunto 22 *****************************************

1 0

R 3.2 Windows --- dois erros bizarros
by Leonard de Assis 19 Abr '15

19 Abr '15

Primeiro, este erro: > devtools::find_rtools() WARNING: Rtools 3.3 found on the path at c:/Rtools is not compatible with R 3.2.0. Please download and install Rtools 3.2 from http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/, remove the incompatible version from your PATH, then run find_rtools(). > Mas este não é o único, observem quando se inicia com o rstudio R version 3.2.0 (2015-04-16) -- "Full of Ingredients" Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. Error in tools:::httpdPort <= 0L : comparison (4) is possible only for atomic and list types sugestões? ldeassis

2 1

Leitura de arquivo .shp
by Andre Oliveira 18 Abr '15

18 Abr '15

Boa tarde, a leitura de meu arquivo . shp não está funcionando. Alguém pode me ajudar? Já dei uma olhada no google e não consegui resolver. require(rgdal) dir() [1] "51SDE250GC_SIR.shp" mt=readOGR("51MUE250GC_SIR.shp",layer="51MUE250GC_SIR")Erro em ogrInfo(dsn = dsn, layer = layer, encoding = encoding, use_iconv = use_iconv, : Cannot open file André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

3 5

mudar rank de um vetor
by Odirley Campos 18 Abr '15

18 Abr '15

Caros listeiros, bom dia!!Recorro a vcs para resolver um problema talves simples mas que vem me incomodando a alguns meses.Tenho o seguinte vetor retirado de outro data frame: trt<-c(0,30,60,120,180,0,30,60,180,120,0,30,60,120,180) Mas cujo rank é: rank(trt) [1] 2 11 14 5 8 2 11 14 8 5 2 11 14 5 8 Como eu poderia modificar o rank do vetor? Talves colocar o rank com o valor do proprio elemento do vetor. Antecipadamente agradeço. Odirley R. Campos Engenheiro Agrônomo UFV/MG

3 6

polr - proportional odds assumption
by Luciane Maria Pilotto 17 Abr '15

17 Abr '15

Olá, estou rodando regressão logística ordinal (variável desfecho com cinco categorias) de acordo com o sugerido no link http://www.ats.ucla.edu/stat/r/dae/ologit.htm. Como faço para adequar os comandos abaixo para verificar se houve violação do pressuposto de proporcionalidade para uma variável com 5 categorias? No exemplo a variável desfecho possui 3 categorias. s[, 4] <- s[, 4] - s[, 3] s[, 3] <- s[, 3] - s[, 3] s # print __________________________________________________ Luciane Maria Pilotto

1 0

Partição de somas de quadrado usando contrastes ortogonais
by Tiago Souza Marçal 16 Abr '15

16 Abr '15

Boa tarde pessoal, estou querendo pré-determinar contrastes ortogonais na anova para estimar suas somas de quadrado. Entretanto, a ordem com que eu insiro os contrastes está diferenciando as somas de quadrado (acredito que seja função do ajuste sequencial) Alguém sabe como determinar as somas de quadrado de 2 ou mais contrastes simultâneos usando a função aov() e lm(). Segue a baixo um cmr com minhas tentativas iniciais. CMR exp <- structure(list(trat = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("1", "2", "3"), class = "factor"), y = c(35.1246524994234, 45.2412218795633, 38.6536395943239, 44.9890868406512, 46.8437044071867, 31.5689442940656, 43.7282923393773, 38.1832126839309, 33.8260517315041, 34.600238427063, 46.2089275518832, 24.3185159526907)), .Names = c("trat", "y"), row.names = c(NA, -12L), class = "data.frame") attach(exp) m0 <- aov(y ~ trat) anova(m0) mat.c <- matrix(c(-1,0,1,2,-1,-1),nc=2) c1 <- C(trat,c(-1,0,1),1) c2 <- C(trat,c(2,-1,-1),1) contrasts(trat) <- mat.c m1 <- aov(y ~ c1 + trat) # Somente a soma de quadrados de c1 (78.47) correta !!!!!!!!!!! anova(m1) m2 <- aov(y ~ c2 + trat) # Somente a soma de quadrados de c2 (34.41) correta !!!!!!!!!!! anova(m2) Desde já agradeço por qualquer contribuição. Att. Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################

2 3

Re: [R-br] Regex em uma string de busca
by Éder Comunello 16 Abr '15

16 Abr '15

Talvez algo assim... ### <code r> { set.seed(123) df <- data.frame( municipio=sample(c("Limeira", "Manaus", "Dourados"), 30, repl=T), diasemanaincident=sample(c("terca", "quarta", "sexta"), 30, repl=T), trechoklmetros=sample(0:400000, 30), turnoincidente=sample(c("manha", "tarde"), 30, repl=T), stringsAsFactors=F) } which(df$municipio == 'Limeira') # [1] 1 6 15 17 18 19 29 30 which(df$municipio == 'Limeira' & df$diasemanaincident == 'terca') # [1] 15 17 19 vec <- c("df$municipio == 'Limeira'", "df$municipio == 'Limeira' & df$diasemanaincident == 'terca'"); cbind(vec) for (a in vec) print(with(df, which(eval(parse(text=a))))) # [1] 1 6 15 17 18 19 29 30 # [1] 15 17 19 ### </code> Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] Em 16 de abril de 2015 14:32, Fernando Gama <f.fabiogama88(a)gmail.com> escreveu: > Obrigado pela resposta Eder. :) > > mas os dados não estão em um dataframe e sim eu tenho um vetor de > caracteres na forma de: > > [1] "municipio == Limeira" > > [2] "municipio == Limeira & diasemanaincident == terca" > > [3] "municipio == Limeira & diasemanaincident == terca & *trechoklmetros > == ]12.200, 245.000]*" [1] [1] "municipio == Manaus" > > > [4]"municipio == Manaus & diasemanaincident == sexta" > > [5] "municipio == Manaus & diasemanaincident == sexta & turnoincidente == > manha" > > Meu objetivo é ler essas strings de busca de maneira automática. Como elas > seguem um padrão, posso aplicar o mesmo script em cima de proximas strings > de busca que surgirem... > > > >

1 0