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Vignettes
by Anselmo Alves de Sousa 24 Abr '15

24 Abr '15

Pessoal, pergunta nível iniciante: existe algum termo em português para Vignettes. Alguém poderia me traduzir ou explicar este termo? Abs, Sousa

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Material - Geoestatística
by Andre Oliveira 24 Abr '15

24 Abr '15

Pessoal boa noite,estou buscando no google material que possa me dar suporte no R para trabalhar com tais dados até que eu compre um livro sobre o assunto. Encontrei alguns bons sites e apostilas. Meu objetivo é estudar e paralelamente fazer tudo com o R. Alguém que é da área indica algum material com suporte do R sobre o tema e que possa compartilhar? obrigado André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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Extrair dissimilaridade média entre tratamentos no pacote vegan
by ASANTOS 24 Abr '15

24 Abr '15

Boa noite Pessoal, No meu CRM abaixo utilizando o pacote vegan, eu estou tentando extrair a dissimilaridade média (por agrupamento usando o algorítimo average-linkage ) entre 4 espécies hipotéticas, causado por variabilidade das repetições (20) em três tratamentos artificiais, porém não estou conseguindo extrair a dissimilaridade média por tratamento do objeto pts.spc.clust criado, alguém teria alguma sugestão para me ajudar? Obrigado, segue CRM: require(vegan) # Matriz das espécies spdf <- matrix(NA, 60, 4, dimnames = list(1:60, c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4"))) spdf <- as.data.frame(spdf) # Adicionado ruído eff <- sort(rep(1:6, 10)) spdf$sp1 = eff + rnorm(60, 0, 0.25) spdf$sp2 = eff + rnorm(60, 0, 0.25) spdf$sp3 = eff + rnorm(60, 0, 0.25) spdf$sp4 = eff + rnorm(60, 0, 0.25) # Tratamentos trat <- gl(3, 20, labels = paste("t", 1:3, sep="")) #Repetições rept<-rep(1:20,3) #Juntando tratamentos e repetições trat_r<-paste(trat,rept,sep="_") pts.spc<-cbind(trat_r,spdf) rownames(pts.spc) = pts.spc[,1] pts.spc<-pts.spc[,-(1)] head(pts.spc) # Calcula distância de bray-curtis entre amostras pts.spc.dist <- vegdist(pts.spc, method = "bray") #Agrupamento de comunidades usando o algorítimo average-linkage pts.spc.clust <- hclust(pts.spc.dist, method = "average") # Diagrama de cluster plot(pts.spc.clust, ylab = "Dissimilaridade") -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Execução do comando 'rle'
by SILVIA PATRICIA BARRETO SANTANA 24 Abr '15

24 Abr '15

Bom dia pessoal, Dentro da mesma análise de dados (abaixo) é possível obter as médias de valores (Variável "Nivel ") utilizando o comando "rle" para cada execução do Status e guardar estas informações (lengths, values, timediff, meanNivel ) em outro banco? ### <code r> dat <- read.table(text='Horario Nivel Status " 01/01/2011 00:00" 29 0 " 01/01/2011 00:01" 29 0 " 01/01/2011 00:02" 30 1 " 01/01/2011 00:03" 31 1 " 01/01/2011 00:04" 29 0 " 01/01/2011 00:05" 29 0 " 01/01/2011 00:06" 29 0 " 01/01/2011 00:07" 29 0 " 01/01/2011 00:08" 30 1 " 01/01/2011 00:09" 32 1 " 01/01/2011 00:10" 34 1 " 01/01/2011 00:11" 35 1 " 01/01/2011 00:12" 35 1 " 01/01/2011 00:13" 25 0', head=T, as.is=T) dat$Horario <- as.POSIXlt(dat$Horario, format = '%d/%m/%Y %H:%M') head(dat) res <- do.call(data.frame, rle(dat$Status)) n <- nrow(res) res$ini <- c(1, cumsum(res$lengths[-n])+1) res$fim <- cumsum(res$lengths) res$timeDiff <- with(res, dat[fim,1]-dat[ini,1]) res # lengths values ini fim timeDiff # 1 2 0 1 2 60 secs # 2 2 1 3 4 60 secs # 3 4 0 5 8 180 secs # 4 5 1 9 13 240 secs # 5 1 0 14 14 0 secs Grata, Silvia Patricia

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Problema no laço while e componentes de um vector
by Michelle Bau Graczyk 23 Abr '15

23 Abr '15

Boa noite, Estou com um problema que eu acho que deve ser super simples mas não estou conseguindo resolver: > MatrizCorrelação<-array(c(1,0.9,0.7,0.9,1,0.3,0.7,0.3,1),dim=c(3,3)) > EigenMC<-eigen(MatrizCorrelação) > EigenMC$values [1] 2.296727793 0.710624647 -0.007352439 > > > NovaMatrizCorrelação<-MatrizCorrelação > NovoEigenMC<-eigen(NovaMatrizCorrelação) > int<-0 > > while(NovoEigenMC$values<0){ + + int<-int + 1 + + NovoEigenMC.<-ifelse(NovoEigenMC$values<0, 0, NovoEigenMC$values) + + NovaMatrizCorrelação<-NovoEigenMC$vectors %*% diag(NovoEigenMC.) %*% t(NovoEigenMC$vectors) + + NovaMatrizCorrelação<- NovaMatrizCorrelação/sqrt(diag(NovaMatrizCorrelação) %*% t(diag(NovaMatrizCorrelação))) + + eigen(NovaMatrizCorrelação)$values + int + } Mensagens de aviso perdidas: In while (NovoEigenMC$values < 0) { : a condição tem comprimento > 1 e somente o primeiro elemento será usado Eu pensei em colocar um for e fazer desta forma: MatrizCorrelação<-array(c(1,0.9,0.7,0.9,1,0.3,0.7,0.3,1),dim=c(3,3)) EigenMC<-eigen(MatrizCorrelação) EigenMC$values NovaMatrizCorrelação<-MatrizCorrelação NovoEigenMC<-eigen(NovaMatrizCorrelação) int<-0 for(i in 1:3){ while(NovoEigenMC$values[i]<0){ int<-int + 1 NovoEigenMC.<-ifelse(NovoEigenMC$values<0, 0, NovoEigenMC$values) NovaMatrizCorrelação<-NovoEigenMC$vectors %*% diag(NovoEigenMC.) %*% t(NovoEigenMC$vectors) NovaMatrizCorrelação<- NovaMatrizCorrelação/sqrt(diag(NovaMatrizCorrelação) %*% t(diag(NovaMatrizCorrelação))) eigen(NovaMatrizCorrelação)$values int } } Mas por algum motivo o programa fica rodando rodando e rodando e nada. Muito obrigada, Michelle

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R: Obtenção de intervalos de tempos
by SILVIA PATRICIA BARRETO SANTANA 23 Abr '15

23 Abr '15

Caro Profº. Éder Muitíssimo obrigada pela ajuda na rotina do R com a utilização do comando rle. Silvia Patricia

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Fwd: Enc: model.matrix()
by Ze Henrique 23 Abr '15

23 Abr '15

> Assunto: model.matrix() > > Bom tarde pessoal, > > gostaria de saber se é possível transformar um nível de um fator em numérico no próprio vetor, de forma que ele não seja codificado na função model.matrix(). > > Segue abaixo um CMR: > > k = rep(0:3,each=3) > k = factor(k) > k = model.matrix(~-1+k) > > # Essa é a matriz gerada. > > k0 k1 k2 k3 > 1 1 0 0 0 > 2 1 0 0 0 > 3 1 0 0 0 > 4 0 1 0 0 > 5 0 1 0 0 > 6 0 1 0 0 > 7 0 0 1 0 > 8 0 0 1 0 > 9 0 0 1 0 > 10 0 0 0 1 > 11 0 0 0 1 > 12 0 0 0 1 > > # Entretanto gostaria de obter a seguinte matriz sem a necessidade de eliminar as colunas posteriormente. > k0 k3 > 1 1 0 > 2 1 0 > 3 1 0 > 4 0 0 > 5 0 0 > 6 0 0 > 7 0 0 > 8 0 0 > 9 0 0 > 10 0 1 > 11 0 1 > 12 0 1 > > Att. > > Tiago. > > ################################################################# > > Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES > > Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas > > #################################################################

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Obtenção de intervalos de tempos
by SILVIA PATRICIA BARRETO SANTANA 23 Abr '15

23 Abr '15

Bom dia pessoal. Tenho pouca experiência em programação no R e qualquer ajuda será bem vinda, por isso já começo agradecendo. Com este banco de dados (abaixo) gostaria de obter a seguinte informação: Horario Nivel Status 01/01/2011 00:00 29 0 01/01/2011 00:01 29 0 01/01/2011 00:02 30 1 01/01/2011 00:03 31 1 01/01/2011 00:04 29 0 01/01/2011 00:05 29 0 01/01/2011 00:06 29 0 01/01/2011 00:07 29 0 01/01/2011 00:08 30 1 01/01/2011 00:09 32 1 01/01/2011 00:10 34 1 01/01/2011 00:11 35 1 01/01/2011 00:12 35 1 01/01/2011 00:13 25 0 ############################ Rotina ########################### ## Leitura do banco de dados Banco_micro<- read.delim("F:/Micro_testeb2.txt", header=TRUE, na.strings="NA", dec=",") ## Variável tempo Banco_micro$Horario Tempo <- strptime(Banco_micro$Horario, format = '%d/%m/%Y %H:%M') Tempo <- as.POSIXlt(Tempo) ## Rotina para obtenção do intervalo de tempo entre as falhas n<-length(Tempo) for (i in 1:n) { if (Banco_micro$Status[i]==1) break Tempo_ini<-Tempo[i+1] } print(Tempo_ini) for (j in (i+1):n) { if (Banco_micro$Status[j]==0) break Tempo_fim<-Tempo[j] } print(Tempo_fim) TempoF<-difftime(Tempo_fim,Tempo_ini,units='mins') TempoF<-as.numeric(TempoF, units="mins") print(TempoF) ######################### A rotina deverá ser capaz de encontrar os intervalos de tempo em que a variavel "Status" permanence no valor 1. A rotina abaixo encontra o primeiro intervalo e pára. O que estou fazendo errado? Obrigada

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Re: [R-br] Leitura de arquivo .shp
by Paulo Abreu 22 Abr '15

22 Abr '15

Hélio, Você conhece esse artigo: http://www.uesc.br/editora/livrosdigitais_20140513/r_cientistas.pdf <http://www.uesc.br/editora/livrosdigitais_20140513/r_cientistas.pdf> ? Na página 134 tem um capítulo que fala sobre mapas. Mais especificamente, nas páginas 138 e 139 há um código sobre como extrair coordenadas geográficas. Será que ajuda? Paulo Abreu Date: Mon, 20 Apr 2015 10:09:56 -0300 From: Hélio Gallo Rocha <heliogallorocha(a)gmail.com <mailto:heliogallorocha@gmail.com>> To: r-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br>> Subject: Re: [R-br] Leitura de arquivo .shp Message-ID: <CA+ppPW69TdBsNC9CwcGXPmKd5xqej3cpe6RpEsdCQyzCYriqYQ(a)mail.gmail.com <mailto:CA+ppPW69TdBsNC9CwcGXPmKd5xqej3cpe6RpEsdCQyzCYriqYQ@mail.gmail.com>> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Caros, Andei procurando em alguns CRM's e na lista, mas ão achei e já que estão tratando do assunto de arquivos shape, pergunto: Como extrair as coordenadas de um polígono. No meu caso tenho os dados climatológicos de Minas e o shape do IBGE do perímetro de Minas. Grato

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Plotar mapa por fator categórico
by Andre Oliveira 21 Abr '15

21 Abr '15

Pessoal estou tentando plotar um mapa por um fator (X) e por uma densidade (Y). O gráfico pela variável contínua (Y) está bom, mas pela variável categórica (X) dá os avisos, o gráfico não sai colorido e plota preto e branco com aviso. Já busquei na lista e no são google, mas não consegui resolver. O arquivo é um .shp do Mato Grosso que busquei no IBGE.require(rgdal) mt=readOGR("51MUE250GC_SIR.shp",layer="51MUE250GC_SIR",encoding = "latin1") n <- nrow(mt@data) mt@data$Y <- rnorm(n)head(mt@data) ID CD_GEOCODM NM_MUNICIP Y X 0 218 5100102 ACORIZAL -2.1099611 D 1 219 5100201 ÁGUA BOA 0.9998267 D 2 220 5100250 ALTA FLORESTA -0.7521304 D 3 221 5100300 ALTO ARAGUAIA -1.5353345 B 4 222 5100359 ALTO BOA VISTA 1.1464625 C 5 223 5100409 ALTO GARÇAS -1.8388984 D spplot(mt,"Y")mt@data$X <- sample(LETTERS[1:4], size = n, replace = T)spplot(mt, "X", col.regions = heat.colors(4))Houve 32 avisos (use warnings() para vê-los)warnings() Mensagens de aviso: 1: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 2: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 3: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 4: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 5: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 6: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 7: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 8: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 9: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 10: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 11: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 12: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 13: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 14: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 15: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 16: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 17: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 18: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 19: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 20: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 21: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 22: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 23: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 24: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 25: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 26: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 27: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 28: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 29: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 30: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores 31: In Ops.factor(z, at[i]) : ‘>=’ não faz sentido para fatores 32: In Ops.factor(z, at[i + 1]) : ‘<’ não faz sentido para fatores Alguém poderia me ajudar no erro? obrigado André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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