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ajuste com glmmADMB
by Iábita Fabiana 18 Nov '15

18 Nov '15

Boa noite! Estou tentando analisar um conjunto de dados de germinação, utilizando o pacote glmmADMB, o meu conjunto de dados é como o que se segue: dose dias Rep germ Incrustrado 0 1 1 0 Sim 0 2 1 0 Sim 0 3 1 0 Sim 0 4 1 0 Sim 0 5 1 12 Sim 0 6 1 13 Sim 0 7 1 0 Sim 0 8 1 4 Sim 0 9 1 0 Sim 0 10 1 1 Sim 0 11 1 3 Sim 0 12 1 0 Sim 0 1 2 0 Sim (...) (...) (...) (...) 0 12 6 0 Sim (...) (...) (...) (...) 16 6 6 2 Sim 16 7 6 0 Sim 16 11 6 0 Sim 16 12 6 0 Sim 0 1 1 8 Não 0 2 1 23 Não (...) (...) (...) (...) 0 11 6 0 Não 0 12 6 0 Não (...) (...) (...) (...) (...) 8 12 4 0 Não 16 10 6 0 Não 16 11 6 0 Não 16 12 6 0 Não Em que Dose= são 6 diferentes doses (0,1,2,4,8,16) de composto para acelerar a germinação Rep= 6 repetições (gerbox com 50 sementes cada) Germ= quantidade de sementes germinadas no dia Dias= dias em que foi feita a contagem Incrustrado= Informação se era incrustrada ou não A cada dia, durante 12 dias era observado a quantidade de sementes germinadas. Os dados são inflacionados de zeros. Então estou tentando analisar usando uma distribuição binomial negativa com inflação de zeros. Com o seguinte código para ajustar, porém estou com dúvida quanto se essa seria a especificação correta do modelo, pois obtive umas estimativas negativas que não fazem sentido. Se alguém tiver mais familiaridade nesse tipo de análise qualquer ajuda seria bem vinda. M1<-glmmadmb(germ~(dose+dias)*incrustrado,random=~(1|rep),data=da,family="nbinom1",zeroInflation=TRUE) Desde já agradeço a atenção, Fabiana

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Extensão .DBC
by Rafael Costa 17 Nov '15

17 Nov '15

Prezados, Existe alguma forma de ler o formato .dbc diretamente no R? A forma que faço geralmente é utilizar o programa tabwin para converter .dbc para .dbf. O problema todo reside no fatos que os dados ficam muito pesados. Certo de sua colaboração, agradeço desde já! Respeitosamente, -- *Rafael Carneiro da CostaDoutorando em EconomiaCentro de Pós-Graduação em Economia - CAENUniversidade Federal do Ceará - UFC*

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Excluir linhas com NA de um dataframe
by Yury Duarte 17 Nov '15

17 Nov '15

Boa tarde! Estou tentando excluir as linhas de uma coluna em especifico, na qual ocorrem algumas falhas de dados, representadas por NA. Tentei o comando: is.na(dados$coluna) Com ele, obtive uma saída no formato T/F. Gostaria de saber como aplico ao meu objeto "dados" apenas os valores de TRUE, onde não há falha de dados. Desde já, agradeço pela ajuda! Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Laço para gerar Subconjuntos
by Michelle Bau Graczyk 16 Nov '15

16 Nov '15

Caros, bom dia… Estou com uma dúvida bem boba mas não consigo resolver! Eu tenho um data frame que a primeira coluna é a data, a segunda é o horário e as outras seis são dados como preço e volume. Os dias estão em forma numérica e eu os deixei assim porque achei que seria mais fácil fazer o laço. O objetivo é que para cada daia eu ache o valor inicial e final do preço assim como o seu máximo e seu mínimo. Estou tendo problemas somente em trocar de dia. Abaixo segue um pedaço reduzido do data frame e o código. Alguém poderia me dar uma dica? Muito obrigada! AA<-read.table("/Users/bau/Dropbox/AA.N_ExemploReduzido.csv",header=TRUE + ,dec=".",as.is=TRUE, sep=",") > #AA > dput(AA) structure(list(X37988 = c(37988L, 37988L, 37988L, 37988L, 37988L, 37988L, 37991L, 37991L, 37991L, 37991L, 37992L, 37992L, 37992L, 37992L), X34244.059 = c(34251.038, 34263.36, 34296.73, 34301.369, 34318.91, 34324.707, 34398.295, 34400.585, 34416.511, 34425.892, 34250.443, 34252.127, 34266.757, 34273.928), X.1 = c(-1, -1, 38.05, 38.06, 38.06, 38.04, 37.8, 37.8, 37.85, 37.85, -1, -1, 38.85, 38.85), X.1.1 = c(-1L, -1L, 32L, 2L, 4L, 1L, 50L, 50L, 1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 1L), X.1.2 = c(-1, -1, 38.08, 38.08, 38.07, 38.07, 38.3, 38.3, 37.95, 37.95, -1, -1, 38.95, 38.95), X.1.3 = c(-1L, -1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 203L, 203L, 1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 1L), X38 = c(38, 38, 38.05, 38.06, 38.06, 38.05, 37.9, 37.9, 37.9, 37.9, 38.9, 38.9, 38.9, 38.9), X55900 = c(600L, 5000L, 6000L, 1500L, 500L, 4500L, 161800L, 500L, 3700L, 1100L, 125000L, 1100L, 400L, 1000L )), .Names = c("X37988", "X34244.059", "X.1", "X.1.1", "X.1.2", "X.1.3", "X38", "X55900"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -14L)) > > matriz<-matrix(NA,230,4)## numero de linhas é o numero de dias. > colnames(matriz)<-c("open","close","low","higth") > i<-1 > for( x in 37988:38000){ + + + #x<-37988 + + if(AA$data==x){ + AA1<-subset(AA,AA$data==x) + matriz[i,1]<-AA1[1,7] + matriz[i,2]<-AA1[nrow(AA1),7] + matriz[i,3]<-min(AA1$last) + matriz[i,4]<-max(AA1$last) + + i=i+1 + } + AA<-read.table("/Users/bau/Dropbox/AA.N_ExemploReduzido.csv",header=TRUE + ,dec=".",as.is=TRUE, sep=",") + #AA + dput(AA) + + matriz<-matrix(NA,3,4)## numero de linhas é o numero de dias. + colnames(matriz)<-c("open","close","low","higth") + i<-1 + for( x in 37988:37992){ + + + + + if(AA$data==x){ + AA1<-subset(AA,AA$data==x) + matriz[i,1]<-AA1[1,7] + matriz[i,2]<-AA1[nrow(AA1),7] + matriz[i,3]<-min(AA1$last) + matriz[i,4]<-max(AA1$last) + + i=i+1 + } + } + matriz + write.table(matriz,"Matriz4ParametrosPreço.txt") +

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Reorganizar um data.frame
by Michelle Bau Graczyk 15 Nov '15

15 Nov '15

Caros, boa noite, Eu usei a função dcast() para reorganizar meu data frame pois meu objetivo era calcular a media do volume por hora. Eu tinha: AA1 data hora preco volume horaid 1 01.07.2004 09:31 51.37 27900 1 2 01.07.2004 09:32 51.32 100 2 3 01.07.2004 09:33 51.45 700 3 e fiz ficar: require(reshape2) AA2 <- dcast(AA, data~hora, value.var='volume') head(AA2[,1:8], 3) # data 09:31 09:32 09:33 09:34 09:35 09:36 09:37 # 1 2004-07-01 27900 100 700 1000 800 3000 1600 # 2 2004-07-02 145400 500 NA 500 6900 NA 4400 # 3 2004-07-06 3200 2300 3800 1500 NA 1100 3700 Porém, quero dividir o meu volume de AA1 pela media por hora de AA2, ou seja, para todos os volumes de 09:31 de AA1, quero dividir pela média de AA2[,2](media do volume da hora 09:31). Eu consigo fazer isso no formato de AA2: seria AA2[,2]/mean(AA2[,2]).Porém, eu quero que fique no formato de AA1. Alguém saberia me dar uma dica como eu devo proceder? Como a quantidade de horários e cada dia são diferentes, não consigo fazer de uma forma mais simples. Muito obrigada, Michelle

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Re: [R-br] RES: Laço para gerar Subconjuntos
by sznelwar 12 Nov '15

12 Nov '15

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[OFF-TOPIC] Teste sobre funcionamento da lista
by Walmes Zeviani 11 Nov '15

11 Nov '15

Mensagem de teste para avaliar se voltou a funcionar o serviço de email que hospeda a lista de discussão. W. ======================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação [25.450418S 49.231759W] Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 linux user number: 531218 pages & profiles: http://www.leg.ufpr.br/~walmes | http://lattes.cnpq.br/4410617539281650 http://git.leg.ufpr.br/walmes | https://github.com/walmes https://www.mendeley.com/profiles/walmes-zeviani1/ ========================================================================

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Re: [R-br] Laço para gerar Subconjuntos
by Robert Iquiapaza 11 Nov '15

11 Nov '15

Pode fazer com laço ou com funções da família apply: matriz<-matrix(NA,3,4)## numero de linhas é o numero de dias. colnames(matriz)<-c("open","close","low","higth") i<-1 for( x in unique(AA$X37988)){# x=37988 AA1<-subset(AA,AA$X37988==x) matriz[i,1]<-AA1[1,7] matriz[i,2]<-AA1[nrow(AA1),7] matriz[i,3]<-min(AA1[,7]) matriz[i,4]<-max(AA1[,7]) i=i+1 } matriz #ou t(sapply(split(AA,AA$X37988),function(AA1)c(AA1[1,7], AA1[nrow(AA1),7], min(AA1[,7]), max(AA1[,7])))) [,1] [,2] [,3] [,4] 37988 38.0 38.05 38.0 38.06 37991 37.9 37.90 37.9 37.90 37992 38.9 38.90 38.9 38.90 Att Em 11 de novembro de 2015 13:00, Michelle Bau Graczyk <mbgraczyk(a)gmail.com> escreveu: > Caros, bom dia… > > Estou com uma dúvida bem boba mas não consigo resolver! > > Eu tenho um data frame que a primeira coluna é a data, a segunda é o > horário e as outras seis são dados como preço e volume. > Os dias estão em forma numérica e eu os deixei assim porque achei que > seria mais fácil fazer o laço. O objetivo é que para cada daia eu ache o > valor inicial e final do preço assim como o seu máximo e seu mínimo. Estou > tendo problemas somente em trocar de dia. > Abaixo segue um pedaço reduzido do data frame e o código. > Alguém poderia me dar uma dica? > Muito obrigada! > AA<-read.table("/Users/bau/Dropbox/AA.N_ExemploReduzido.csv",header=TRUE > + ,dec=".",as.is=TRUE, sep=",") > > #AA > > dput(AA) > structure(list(X37988 = c(37988L, 37988L, 37988L, 37988L, 37988L, > 37988L, 37991L, 37991L, 37991L, 37991L, 37992L, 37992L, 37992L, > 37992L), X34244.059 = c(34251.038, 34263.36, 34296.73, 34301.369, > 34318.91, 34324.707, 34398.295, 34400.585, 34416.511, 34425.892, > 34250.443, 34252.127, 34266.757, 34273.928), X.1 = c(-1, -1, > 38.05, 38.06, 38.06, 38.04, 37.8, 37.8, 37.85, 37.85, -1, -1, > 38.85, 38.85), X.1.1 = c(-1L, -1L, 32L, 2L, 4L, 1L, 50L, 50L, > 1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 1L), X.1.2 = c(-1, -1, 38.08, 38.08, 38.07, > 38.07, 38.3, 38.3, 37.95, 37.95, -1, -1, 38.95, 38.95), X.1.3 = c(-1L, > -1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 203L, 203L, 1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 1L), X38 = c(38, > 38, 38.05, 38.06, 38.06, 38.05, 37.9, 37.9, 37.9, 37.9, 38.9, > 38.9, 38.9, 38.9), X55900 = c(600L, 5000L, 6000L, 1500L, 500L, > 4500L, 161800L, 500L, 3700L, 1100L, 125000L, 1100L, 400L, 1000L > )), .Names = c("X37988", "X34244.059", "X.1", "X.1.1", "X.1.2", > "X.1.3", "X38", "X55900"), class = "data.frame", row.names = c(NA, > -14L)) > > > > matriz<-matrix(NA,230,4)## numero de linhas é o numero de dias. > > colnames(matriz)<-c("open","close","low","higth") > > i<-1 > > for( x in 37988:38000){ > + > + > + #x<-37988 > + > + if(AA$data==x){ > + AA1<-subset(AA,AA$data==x) > + matriz[i,1]<-AA1[1,7] > + matriz[i,2]<-AA1[nrow(AA1),7] > + matriz[i,3]<-min(AA1$last) > + matriz[i,4]<-max(AA1$last) > + > + i=i+1 > + } > + AA<-read.table("/Users/bau/Dropbox/AA.N_ExemploReduzido.csv",header=TRUE > + ,dec=".",as.is=TRUE, sep=",") > + #AA > + dput(AA) > + > + matriz<-matrix(NA,3,4)## numero de linhas é o numero de dias. > + colnames(matriz)<-c("open","close","low","higth") > + i<-1 > + for( x in 37988:37992){ > + > + > + > + > + if(AA$data==x){ > + AA1<-subset(AA,AA$data==x) > + matriz[i,1]<-AA1[1,7] > + matriz[i,2]<-AA1[nrow(AA1),7] > + matriz[i,3]<-min(AA1$last) > + matriz[i,4]<-max(AA1$last) > + > + i=i+1 > + } > + } > + matriz > + write.table(matriz,"Matriz4ParametrosPreço.txt") > + > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >

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Intervalo de confiança das estimativas dos parâmetros das EDO geradas pela função modFit, do pacote FME
by Adriele Giaretta Biase 11 Nov '15

11 Nov '15

Como pode ser calculado o intervalo de confiança das estimativas dos parâmetros das EDO (ou modelos não lineares) geradas pela função modFit, do pacote FME? Abaixo segue o summay obtido Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) Beta1 4.285 0.0041 0.411 0.00687 Beta2 0.082 0.0769 0.530 0.00605 Beta3 2.041 0.0900 0.411 0.00068 Eu devo usar a distribuição t-student retornado pela função, fazendo: Estimate ± Std. Error * t value Em que CI_95%(Beta1)= (4.285- 0.0041* 0.411 ; 4.285+ 0.0041* 0.411 ) CI_95%(Beta2)= (0.082- 0.0769* 0.530 ; 0.082+ 0.0769* 0.530) CI_95%(Beta3)= (2.041- 0.0900* 0.411; 2.041+ 0.0900* 0.411) Por que os valores da distribuição t estão variando, os graus de liberdade não deveriam ser os mesmos (n-p)? Eem que o n é o tamanho da amostra e p o número de parâmetros? Ou devo usar a distribuição normal Z(α/2): CI_95%(Beta1)= (4.285- 0.0041* 1.96 ; 4.285+ 0.0041* 1.96 ) Onde eu posso conseguir um material falando sobre o cálculo dos Intervalos de Confiança produzidos pela função modFit do pacote FME. O manual do pacote não deixa claro esse cálculo. O cálculo dos intervalos sempre serão baseados em distribuições simétricas? Adriele -- Adriele Giaretta Biase. Mestre em Estatística e Experimentação Agropecuária - UFLA. Doutoranda em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 8861-0619.

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Meetup R São Paulo Users Group (IME-USP) - 27 de novembro do 2015
by Luis Benites Sánchez 11 Nov '15

11 Nov '15

Caros, A sexta 27 novembro teremos nossa reunião número 7 do Meetup de usuários de R de São Paulo, no auditório Jacy Monteiro no Bloco B. Segue a programação desse dia: Programação da sexta *27 de novembro* (14h-16:00h) - [14:00 - 14:55] Uma introdução aos modelos mistos em R - Ana Paula Zerbeto (IME-USP) - [Presencial] - [14:55 - 15:05] Coffee Break - [15:05 - 16:00] Web scraping usando o R - Julio Trecenti (IME-USP) - [Presencial] As palestras serão transmitidas ao vivo pela conexão IPTV da USP e YouTube (*https://plus.google.com/u/0/events/cpjg070m652k6su1gkeuivrr6bc <https://plus.google.com/u/0/events/cpjg070m652k6su1gkeuivrr6bc>*) . Para poder participar, pode confirmar sua participação gratuitamente no site do Meetup :) Para mais informações: Site: www.meetup.com/pt/useR-SP Canal de YouTube: www.youtube.com/channel/UCb9PdJYYaElE6Uqb1KxhE8w e-mail: meetuprsp(a)gmail.com Um abraço, Luis Benites Sánchez Rocío Paola Maehara Organizadores do São Paulo R Users Group --

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