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Classificação de pontos em cada polígono em um shapefile
by ASANTOS 14 Jan '16

14 Jan '16

Caros Listeiros Eu criei um shapefile POLY e gostaria de lançar alguns pontos aleatórios (objeto pts) e depois classifica-los com a função over() para saber em qual polígono esta contido cada ponto, no entanto, todas as modificações que eu faço geram em incompatibilidade na avaliação de argumentos entre ppp e cordinates e gostaria que alguém me desse uma dica de como otimizar essa operação sem ficar fazendo inúmeras transformações de objetos, segue CRM: #Pacotes require(shapefiles) require(rgdal) require(maptools) require(spatstat) #------------------------------------------------------------------------------- #Criação de 4 polígonos sr1=Polygons(list(Polygon(cbind(c(180114, 180553, 181127, 181477, 181294, 181007, 180409, 180162, 180114), c(332349, 332057, 332342, 333250, 333558, 333676, 332618, 332413, 332349)))),'1') sr2=Polygons(list(Polygon(cbind(c(180042, 180545, 180553, 180314, 179955, 179142, 179437, 179524, 179979, 180042), c(332373, 332026, 331426, 330889, 330683, 331133, 331623, 332152, 332357, 332373)))),'2') sr3=Polygons(list(Polygon(cbind(c(179110, 179907, 180433, 180712, 180752, 180329, 179875, 179668, 179572, 179269, 178879, 178600, 178544, 179046, 179110), c(331086, 330620, 330494, 330265, 330075, 330233, 330336, 330004, 329783, 329665, 329720, 329933, 330478, 331062, 331086)))),'3') sr4=Polygons(list(Polygon(cbind(c(180304, 180403,179632,179420,180304), c(332791, 333204, 333635, 333058, 332791)))),'4') #Converte em polígonos espaciais sr=SpatialPolygons(list(sr1,sr2,sr3,sr4)) srdf=SpatialPolygonsDataFrame(sr, data.frame(row.names=c('1','2','3','4'), PIDS=1:4)) #Cria o shapefile writeOGR(srdf, getwd(), 'POLY', 'ESRI Shapefile') #Leitura do shapefile contorno_line_X <- readShapeSpatial("POLY.shp") plot(contorno_line_X) #Seleção de pontos contorno_line_spat <- as(contorno_line_X,"owin") pts <- rpoispp(lambda=0.000012, win=contorno_line_spat) points(pts, col="blue") #Classificação dos pontos em cada área pts$PIDS <- over(pts, contorno_line_X)$PIDS pontos<-as.data.frame(pts) pontos #------------------------------------------------------------------------------- Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ======================================================================

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Large Merge
by Wagner Tassinari 14 Jan '16

14 Jan '16

Olá pessoal, tudo bem ? Estou com um problema, estou querendo fazer o merge entre dois bancos de dados: > dim(bancolink) [1] 1630328 8 > dim(fichaAlink) [1] 2954930 6 Minha variável - chave primária está com o formato character. Daí qunado eu faço: > CadUnico_fichaA_merge = merge(bancolink, fichaAlink, by.x=c('CPF'), by.y=c('NUMERO_CPF')) Error in vecseq(f__, len__, if (allow.cartesian || notjoin || !anyDuplicated(f__, : Join results in 150596694 rows; more than 4585258 = nrow(x)+nrow(i). Check for duplicate key values in i each of which join to the same group in x over and over again. If that's ok, try by=.EACHI to run j for each group to avoid the large allocation. If you are sure you wish to proceed, rerun with allow.cartesian=TRUE. Otherwise, please search for this error message in the FAQ, Wiki, Stack Overflow and datatable-help for advice. Tentei fazer usando o formato data.table, daí ele dá um erro também: > CadfAmerge = bancolink[fichaAlink] Error in `[.data.table`(bancolink, fichaAlink) : When i is a data.table (or character vector), x must be keyed (i.e. sorted, and, marked as sorted) so data.table knows which columns to join to and take advantage of x being sorted. Call setkey(x,...) first, see ?setkey. Desde já agradeço a todos, -- Wagner S. Tassinari Departamento de Matemática Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. BR-465, Km 7 - Seropedica, RJ - Brasil CEP: 23890-000 Skype: wagner.tassinari wtassinari(a)gmail.com tassinari(a)ufrrj.br ------------------------------------------------------- "Statistical thinking will one day be as necessary for efficient citizenship as the ability to read and write." (H.G.Wellis)

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Formatando datas
by Wagner Tassinari 14 Jan '16

14 Jan '16

Olá pessoal, Estou com um probleminha. Em meu banco de dados, minha variável data se encontra desta forma: > data [1] 4042009 4042009 27072009 27072009 27072009 6082010 6082010 6082010 [9] 6082010 6082010> library(chron)> data2 = chron(dates=data, format=c('dd/mm/yy'))> data2 [1] 24/Aug/13036 24/Aug/13036 23/Aug/76090 23/Aug/76090 23/Aug/76090 24/Dec/18621 [7] 24/Dec/18621 24/Dec/18621 24/Dec/18621 24/Dec/18621 O certo seria: [1] 04/04/2009 04/04/2009 27/07/2009 27/07/2009 06/08/2010 ... Alguém poderia me dar uma dica ? Obrigado -- Wagner S. Tassinari Departamento de Matemática Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. BR-465, Km 7 - Seropedica, RJ - Brasil CEP: 23890-000 Skype: wagner.tassinari wtassinari(a)gmail.com tassinari(a)ufrrj.br ------------------------------------------------------- "Statistical thinking will one day be as necessary for efficient citizenship as the ability to read and write." (H.G.Wellis) <https://www.avast.com/sig-email?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campai…> Este e-mail foi enviado por um computador sem vírus e protegido pelo Avast. www.avast.com <https://www.avast.com/sig-email?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campai…> <#DDB4FAA8-2DD7-40BB-A1B8-4E2AA1F9FDF2>

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Seleção de dígitos dos valores de um vetor
by ASANTOS 13 Jan '16

13 Jan '16

Prezados Listeiros, Tenho um vetor de dados db<-c(201002,486003,486016,486014,486004,486020,486002,486023,486027) e gostaria de extrair somente os três últimos dígitos de cada valor. Isso de uma maneira que eu tenha um novo vetor de dados sendo newdb: 002 003 016 014 004 020 002 023 027 Para isto pergunto, se alguém conhece alguma função que faça isso? Muito obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ======================================================================

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Critério de Seleção de Modelos
by Andressa Siroky 10 Jan '16

10 Jan '16

Boa tarde! Quais critérios de seleção são adequados quando os modelos não são encaixados? Vi que AIC e BIC não são. Obg Andressa Siroky

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Ler um HTM
by Leonard de Assis 07 Jan '16

07 Jan '16

Boa noite a todos Estou com um problema idiota em mãos. Preciso ler um arquivo .HTM dentro de um arquivo .zip. Até agora, o jeito que achei mais produtivo foi: 1. baixar o zip (posso fazer isso com o R via download.file) 2. extrair o .HTM do arquivo (posso fazer isso via unzip) 3. ler a tabela contida no HTM utilizando readHTMLTable (lib XML) A questão que tenho é a seguinte: Existe um jeito mais rápido que este? Eu já consegui ler .csv direto de arquivo .zip utilizando o comando unz e read.table. Será que funciona assim também em HTML? Se sim, qual seria a func? Leonard OS: ainda tenho que pensar como fazer webscrap desse htm, kkk

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Leitura de tabela em formato HTML no dropbox
by ASANTOS 29 Dez '15

29 Dez '15

Prezados Listeiros, Estou tentando ler uma tabela em HTML que hospedei no dropbox, porém a função readHTMLTable() parece não funcionar se o arquivo esta no dropbox, alguém poderia me ajudar? Segue CRM: ##Leitura de uma tabela em HTML usando httr e XML ##Pacotes require(httr) require(XML) ## Abrindo o arquivo HTML com a tabela hospedado no dropbox FILE <- GET(url="https://www.dropbox.com/s/mb316ghr4irxipr/TALHOES_AGENTES.htm?dl=0") ## Lendo a tabela tables <- getNodeSet(htmlParse(FILE), "//table") FE_tab <- readHTMLTable(tables[2], header = c("empresa","desc_projeto","desc_regiao", "cadastrador_por","cod_talhao","descricao", "formiga_area","qtd_destruido","latitude", "longitude","data_cadastro"), colClasses = c("character","character","character", "character","character","character", "character","character","character", "character","character"), trim = TRUE, stringsAsFactors = FALSE ) head(FE_tab) # Obrigado -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ======================================================================

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Como evitar recursão infinita?
by Cleber N.Borges 21 Dez '15

21 Dez '15

olá a todos, Gostaria de saber se há alguma maneira de se evitar recursão quando houver um aninhamento de funções? Exemplo: f1 <- function() { "faz alguma coisa" e; chama f2() } f2 <- function() { "faz alguma coisa" e; chama f1() } Gostaria de, alguma forma, quando f1 (ou 2) fosse chamada dentro de f2 (ou 1), a função não entrasse mais na recursão! Agradeço pela atenção. cleber --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. https://www.avast.com/antivirus

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Loop para leitura de picos
by José Lucas Safanelli 20 Dez '15

20 Dez '15

Boa tarde, estou com o seguinte caso: DADO: amostra = c(49.936157, 48.133488, 45.775238, 43.229397, 40.021607, 35.927558, 31.365912, 26.849848, 23.233177, 20.770278, 18.572067, 15.590341, 11.936978, 8.478520, 5.572115, 3.272254, 1.642041, 0.999997, 1.473886, 2.616919, 4.169691, 6.464019, 9.790810, 13.820101, 17.978423, 21.674281, 24.065947, 24.875069, 24.590811, 23.620608, 22.240339, 20.676521, 19.088229, 17.689105, 16.720912, 16.358739, 16.792281, 18.321545, 21.053896, 24.777756, 29.121638, 33.551339, 37.628649, 41.272700, 44.405581, 46.899820, 48.602420, 49.253714, 48.816692, 47.380737, 44.920718) wavelength = seq(400, 450, by=1) plot(wavelenght, amostra, xlab = "Comp. Onda (nm)", ylab = 'Valor', type = "l") axis(side=1, at=seq(400, 450, by=5)) PROBLEMA: Estou tentando ler os valores mínimos e máximos de cada pico para ter o valor da amplitude. Consigo fazer isso delimitando o intervalo de comp. de ondas da posição do pico, mas é muito laborioso EX: max(amostra[,1:20]) e min(amostraamostra[,1:20]). Amplitude seria a diferença deles. Para várias amostras tenho utilizado a função apply para dentro da linha, PORÉM decorrente da heterogeneidade das amostras, as posições variam causando erro de leitura e modelagem. Outro fato é que existem inúmeros picos dentro de uma faixa de interesse, e delimitando visualmente torna-se inviável. Para isso, estou tentando criar uma rotina que leia todos os picos dentro da faixa de interesse, para que possa utiliza-los diferentemente nas modelagens. Tentei o código abaixo, mas me retorna o erro que o argumento é de comprimento zero! for(i in 1:length(amostra)){ if((amostra[i+1] > amostra[i])&(amostra[i-1]>amostra[i])) print(amostra[i]) } (Error in if ((amostra[i + 1] > amostra[i]) & (amostra[i - 1] > amostra[i])) print(amostra[i]) : argument is of length zero) Um resultado que observei foi de do seguinte código, somente com uma condição colocada nele: for(i in 1:length(amostra)){ if(amostra[i+1] > amostra[i]) print(amostra[i]) } Nesse código, consegue-se ler os valores crescentes dos picos, desconsiderando os valores do objeto quando os valores são decrescentes. A partir dele que tentei colocar duas condições depois do IF para que ele lê-se somente os valores mínimos, mas sem sucesso. Portanto, peço ajuda para confecção de um código que faça a leitura dos min e max, ou amplitude, de todos os picos da amostra, retornando em um objeto/dataframe para modelagem. Grato pela atenção! José Lucas.

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 60, assunto 14
by José Lucas Safanelli 20 Dez '15

20 Dez '15

Pessoal, consegui resolver aqui com uma pesquisa mais aprofundada. Segue o código de leitura dos picos e vales para a amostra utilizada: maximo = data.frame() for(i in 1:length(amostra)){ if( max(amostra[i+1], amostra[i-1]) < amostra[i]) maximo = rbind(maximo, data.frame(print(amostra[i]))) } #LEITURA DOS MINIMOS minimo = data.frame() for(i in 1:length(amostra)){ if( min(amostra[i+1], amostra[i-1]) > amostra[i]) minimo = rbind(minimo, data.frame(print(amostra[i]))) } Atenciosamente, José Lucas. Message: 1 > Date: Sat, 19 Dec 2015 19:04:52 -0200 > From: José Lucas Safanelli <zecojls(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Loop para leitura de picos > Message-ID: > < > CADni8G5B-N9M4LqpZTVkAOgoSkTO56aK0icdg-PjVf0Us8PcFQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Boa tarde, estou com o seguinte caso: > > DADO: > amostra = c(49.936157, 48.133488, 45.775238, 43.229397, 40.021607, > 35.927558, 31.365912, 26.849848, 23.233177, 20.770278, 18.572067, > 15.590341, 11.936978, 8.478520, 5.572115, 3.272254, 1.642041, 0.999997, > 1.473886, 2.616919, 4.169691, 6.464019, 9.790810, 13.820101, 17.978423, > 21.674281, 24.065947, 24.875069, 24.590811, 23.620608, 22.240339, > 20.676521, 19.088229, 17.689105, 16.720912, 16.358739, 16.792281, > 18.321545, 21.053896, 24.777756, 29.121638, 33.551339, 37.628649, > 41.272700, 44.405581, 46.899820, 48.602420, 49.253714, 48.816692, > 47.380737, 44.920718) > wavelength = seq(400, 450, by=1) > plot(wavelenght, amostra, xlab = "Comp. Onda (nm)", ylab = 'Valor', type = > "l") > axis(side=1, at=seq(400, 450, by=5)) > > PROBLEMA: > Estou tentando ler os valores mínimos e máximos de cada pico para ter o > valor da amplitude. > Consigo fazer isso delimitando o intervalo de comp. de ondas da posição do > pico, mas é muito laborioso > EX: max(amostra[,1:20]) e min(amostraamostra[,1:20]). Amplitude seria a > diferença deles. > > Para várias amostras tenho utilizado a função apply para dentro da linha, > PORÉM decorrente da heterogeneidade das amostras, as posições variam > causando erro de leitura e modelagem. > > Outro fato é que existem inúmeros picos dentro de uma faixa de interesse, e > delimitando visualmente torna-se inviável. Para isso, estou tentando criar > uma rotina que leia todos os picos dentro da faixa de interesse, para que > possa utiliza-los diferentemente nas modelagens. > > Tentei o código abaixo, mas me retorna o erro que o argumento é de > comprimento zero! > > for(i in 1:length(amostra)){ > if((amostra[i+1] > amostra[i])&(amostra[i-1]>amostra[i])) > print(amostra[i]) > } > > (Error in if ((amostra[i + 1] > amostra[i]) & (amostra[i - 1] > > amostra[i])) print(amostra[i]) : argument is of length zero) > > Um resultado que observei foi de do seguinte código, somente com uma > condição colocada nele: > > for(i in 1:length(amostra)){ > if(amostra[i+1] > amostra[i]) > print(amostra[i]) > } > > Nesse código, consegue-se ler os valores crescentes dos picos, > desconsiderando os valores do objeto quando os valores são decrescentes. A > partir dele que tentei colocar duas condições depois do IF para que ele > lê-se somente os valores mínimos, mas sem sucesso. > > Portanto, peço ajuda para confecção de um código que faça a leitura dos min > e max, ou amplitude, de todos os picos da amostra, retornando em um > objeto/dataframe para modelagem. > > Grato pela atenção! José Lucas. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20151219/add2cc3b/atta… > > >

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