Junho 2017 - R-br - DINF UFPR

Re: [R-br] Distribuições Gamma e Inversa Gaussiana
by mauricio.soares＠globo.com 22 Jun '17

22 Jun '17

Felipe, obrigado! Eu preciso rodar algum pacote antes de executar essa função? <quote author='R-br mailing list'> Pode usar a função optim: ### Gamma G <- function(par, x) { sum(dgamma(x, shape = par[1], rate = par[2], log = TRUE)) } emv.G <- optim(par = c(1, 10), fn = G, x = dados, ,control=list("fnscale"=-1), hessian=TRUE) emv.G$par ##### standard error sqrt(diag(solve(-emv.G$hessian))) -- Atenciosamente, ================================== Felipe E. Barletta Mendes Estatístico(UFPR) - Conre3 9766-A Mestrando em Bioestatística(UEM) +55 (41)-92077191 +55 (41)-33287216 =================================== _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e fornea cdigo mnimo reproduzvel. </quote> Quoted from: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Distribuicoes-Gamma-e-Inversa-Gaussi… _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

1 0

Somas de Quadrados Tipo III
by Eduardo Bearzoti 22 Jun '17

22 Jun '17

Bom dia, pessoal. Minha dúvida é particularmente sobre o cálculo de somas de quadrados tipo III (mas também do tipo II) no R com conjuntos de dados desbalanceados. Estou ciente da polêmica em torno do uso destas somas de quadrados na comunidade estatística, mas gostaria muito de poder calculá-las no R, e, a não ser que eu esteja enganado, nem sempre o R as calcula corretamente. Pesquisando na rede, descobri que em geral são apontadas duas maneiras de se calcular somas de quadrados tipo III no R: a) Utilizando a função drop1() em modelos ajustados com a especificação de contrastes contr.sum (ou contr.helmert), e b) utilizando a função Anova() (com "A" maiúsculo), do pacote car. Abaixo, eu apresento um exemplo simulado de um ensaio fatorial altamente desbalanceado, faltando várias combinações entre os níveis dos dois fatores. A interação entre eles, por exemplo, apresenta um único grau de liberdade, tamanho o desbalanceamento. dados <- data.frame(y=c(35.44627,43.43353,40.20125,38.1061,39.96211,44.21636,19.78237,23.58636,31.73537, 36.49977,38.71573,41.00456,19.6787,16.43436,32.05407,33.3784,18.58266,17.74051), factorA=as.factor(c(2,2,4,4,4,4,6,6,6,6,6,6,8,8,8,8,10,10)), factorB=as.factor(c(2,2,1.5,1.5,2.5,2.5,1,1,2,2,3,3,1.5,1.5,2.5,2.5,2,2))) Tenho em mente o modelo contendo os fatores A e B, bem como sua interação. No SAS, utilizando o proc glm, obtenho as seguintes somas de quadrados tipo I, tipo II e tipo III: Source DF Type I SS factorA 4 964.4164933 factorB 3 500.0771638 factorA*factorB 1 68.7277880 Source DF Type II SS factorA 3 954.6730970 factorB 3 500.0771638 factorA*factorB 1 68.7277880 Source DF Type III SS factorA 3 954.6730970 factorB 3 500.0771638 factorA*factorB 1 68.7277880 Percebam que neste exemplo as somas de quadrados tipo II e III são iguais, pois as "caselas" apresentam o mesmo número de repetições (duas). No R, tentei reproduzir este resultado seguindo os dois procedimentos citados acima: 1) Utilizando a função drop1() > mod <- lm(y ~ factorA*factorB, contrasts=list(factorA=contr.sum, factorB=contr.sum), data=dados) > drop1(mod, ~.,test = "F") Single term deletions Model: y ~ factorA * factorB Df Sum of Sq RSS AIC F value Pr(>F) <none> 70.841 42.661 factorA 0 0.000 70.841 42.661 factorB 0 0.000 70.841 42.661 factorA:factorB 1 68.728 139.569 52.867 8.7315 0.01609 * --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 (apenas a soma de quadrados da interação foi calculada) 2) Utilizando car::Anova() > mod <- lm(y ~ factorA*factorB, data=dados) > library(car) > Anova(mod,type = "II") Anova Table (Type II tests) Response: y Sum Sq Df F value Pr(>F) factorA 1284.10 4 40.7845 8.995e-06 *** factorB 500.08 3 21.1774 0.0002047 *** factorA:factorB 68.73 1 8.7315 0.0160919 * Residuals 70.84 9 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 > Anova(mod,type = "III") Error in Anova.III.lm(mod, error, singular.ok = singular.ok, ...) : there are aliased coefficients in the model (soma de quadrados tipo II calculada errada para o fator A, e tipo III não calculadas) Ou seja, não consegui reproduzir nem as somas de quadrados tipo III nem as do tipo II, por nenhum dos dois procedimentos sugeridos na rede. Estou utilizando: > sessionInfo() R version 3.4.0 (2017-04-21) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) Running under: Ubuntu 14.04.5 LTS (...) other attached packages: [1] car_2.1-4 Eu estaria fazendo alguma coisa equivocada? Qualquer observação, sugestão, ou indicação de alguma maneira alternativa para cálculo das somas de quadrados tipo III no R será muito bem vinda. Abs, Eduardo Bearzoti (UFOP)

5 5

Baixar imagens
by Nicolli Albuquerque 21 Jun '17

21 Jun '17

Estou tentando baixar fotos através da função download.file: foto<-as.character(linksvalidosespecies$link[50]) sp_baixada<-paste(50,".","jpg",sep="") download.file(foto,sp_baixada,mode="wb") Porém, quando tento abrir a foto, o visualizador de imagens diz que não pode abrir o arquivo. Já tentei outros programas e nada deu certo. Alguma alternativa para isso? Obrigada [https://outlook.live.com/owa/?path=/mail/inbox] [https://outlook.live.com/owa/?path=/mail/inbox] [https://outlook.live.com/owa/?path=/mail/inbox] Nicolli Albuquerque de Carvalho _____________________________________________________________ Acadêmica em Engenharia Ambiental e Sanitária - CTEC Membro do Laboratório de Conservação no Século XXI (LACOS XXI) - ICBS Universidade Federal de Alagoas CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/8219241762500724 Skype: nicolli.albuquerque [http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online_files/twitter_circle…]<http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online.html#> [http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online_files/facebook_circl…] <https://www.facebook.com/conservacao21/?fref=ts> [http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online_files/google_circle_…] <http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online.html#> [http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online_files/linkedin_circl…] <https://www.linkedin.com/in/nicollialbuquerque/> [http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online_files/instagram_circ…] <https://www.instagram.com/albuqnicolli/> [http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online_files/dribbble_circl…] <http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online.html#> [http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online_files/youtube_circle…] <http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online.html#> [http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online_files/vimeo_circle_c…] <http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online.html#> [http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online_files/github_circle_…] <https://github.com/albuquerquenicolli> [http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online_files/wordpress_circ…] <https://biogeografiadaconservacaoufal.wordpress.com/> Crie sua assinatura online aqui<http://www.criarumemail.com/assinatura-de-email-online.html>

2 1

Distribuições Gamma e Inversa Gaussiana
by Maurício Soares 21 Jun '17

21 Jun '17

Bom dia! Tenho um conjunto de dados e preciso estimar os parâmetros de uma Gamma (μ e ν) e também estimar os parâmetros de uma Inversa Gaussiana (μ e σ^2). Nunca tinha mexido nessa parte de distribuições no R. Se alguém puder me dar uma luz, agradeço. Obrigado! Maurício

3 2

Instalar o pacote BRugs no MAC OS X
by Ana Roberta dos Santos Silva 20 Jun '17

20 Jun '17

Prezado(a), boa tarde! Gostaria de saber como instalar o pacote BRugs no MAC OS X. Quando coloco no R, aparece uma mensagem na qual um dos erros é: OpenBUGS 3.2.2 or later not found. Install it, or specify its location using, for example, R CMD INSTALL BRugs --configure-args='--with-openbugs=/usr/local' No entanto já fiz isso que processo, e mesmo assim não consigo instalar. Alguém sabe como instalar esse pacote no MAC OS X? Segue abaixo a mensagem que aparece no R: > install.packages("BRugs") --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Package which is only available in source form, and may need compilation of C/C++/Fortran: ‘BRugs’ Do you want to attempt to install these from sources? y/n: y installing the source package ‘BRugs’ tentando a URL 'https://vps.fmvz.usp.br/CRAN/src/contrib/BRugs_0.8-6.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 96175 bytes (93 KB) ================================================== downloaded 93 KB * installing *source* package ‘BRugs’ ... ** package ‘BRugs’ successfully unpacked and MD5 sums checked checking for prefix by checking for OpenBUGS... no configure: error: OpenBUGS 3.2.2 or later not found. Install it, or specify its location using, for example, R CMD INSTALL BRugs --configure-args='--with-openbugs=/usr/local' ERROR: configuration failed for package ‘BRugs’ * removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/BRugs’ The downloaded source packages are in ‘/private/var/folders/yv/sy0zx8153kscltzr7z9zj7k00000gn/T/Rtmp2b3isg/downloaded_packages’ Warning message: In install.packages("BRugs") : installation of package ‘BRugs’ had non-zero exit status Grata pela atenção! -- Att. Ana Roberta dos Santos Silva

3 3

Criar novo dataframe a partir de uma estrutura
by Elias Carvalho 19 Jun '17

19 Jun '17

Boa tarde pessoal Tenho um dataframe com a seguinte esturutra: data.frame': 1999 obs. of 4 variables: $ RAC: Factor w/ 5 levels "amarela","branca",..: 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 ... $ ECV: Factor w/ 7 levels "casada","desquitada",..: 1 1 6 6 7 1 6 6 6 6 ... $ DCF: Factor w/ 3 levels "não","não sabe",..: NA NA 3 NA NA NA NA NA 3 3 ... $ ERG: Factor w/ 3 levels "ALTO RISCO","BAIXO RISCO",..: 2 1 3 1 1 1 2 2 2 2 ... Gostaria de criar um novo dataframe com o mesmo numero de linhas(1999) mesma quantidade de variáveis(4) e mesmo número de niveis dessas variáveis tipo fator. Achei o comando para criar a estrutura: df2 <- data.frame(matrix("", ncol = ncol(df1), nrow = nrow(df1))) mas não achei como criar com o mesmo tipo de variável e mesma quantidade de níveis, no caso factor -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

3 3

Vetor de Matrizes
by Clodoaldo José Figueredo 19 Jun '17

19 Jun '17

Caros(as) Estou replicando dados e calculando a matriz de covariância em cada reamostragem. Preciso armazenar essas matrizes e posteriormente calcular intervalos de confiança (IC) para cada elemento da matriz. Como faço para armazenar matrizes como num vetor e depois acessar o mesmo elemento de todas elas cada vez que calcular os IC's?? Obrigado pela colaboração Clodoaldo *"Que força é esta, eu não sei; tudo o que sei é que existe, e está disponível apenas quando alguém está num estado em que sabe exatamente o que quer, e está totalmente determinado a não desistir até conseguir." * Alexander Graham Bell <http://www.pensador.info/frase/NTQwOTE1/> Prof. Clodoaldo José Figueredo Msc - SIAPE 1800348 Métodos Numéricos para Engenharia - Matemática Aplicada Instituto Federal Catarinense - Campus Araquari Rodovia BR 280 - km 27 - Cx. Postal 21 CEP 89245-000 - Araquari/SC Fone: (47) 3803-7240

3 2

Re: [R-br] Digest R-br, volume 78, assunto 8
by sznelwar＠uol.com.br 18 Jun '17

18 Jun '17

1 0

Instalação de pacotes do github
by Andre Oliveira 18 Jun '17

18 Jun '17

Bom dia, alguém saberia dizer sobre o possível motivo deste aviso? Parece ser sobre caminho e não sei resolver! (Ocorre com todos os pacotes vindos do github) Grato devtools::install_github("ropenscilabs/skimr") Error in curl::curl_fetch_disk(url, x$path, handle = handle) : Problem with the SSL CA cert (path? access rights?) André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espírito Santo. IFES

2 1

Re: [R-br] Digest R-br, volume 78, assunto 8
by Diogo Braga Mendes 18 Jun '17

18 Jun '17

Olá Clodoaldo! Se vc quer simular os itens de uma escala Likert com base em uma variável latente com distribuição normal, primeiramente deves informar quais valores desta variável irão limitar os itens da escala. Por exemplo, totalDeColunas <- ncol(norm) totalDeItens<-7 # quantidade de itens na escala # dividirá seus dados em 7 intervalos (com frequências aprox. iguais) faixas<-quantile(norm, seq(0, 1, length.out = totalDeItens+1)) # quantis empíricos norm.likert<-norm for(col in 1:totalDeColunas){ norm.likert[, col] <- cut(norm[, col], breaks = faixas) } Isto não a possibilidade de vc dividir as faixar com base em quantis da distribuição multivariada que vc gerou. É bom checar também modelos da TRI como os modelos de Rasch. ------------------------------------------------ Diogo Braga Mendes - Estatístico do IPAMB-Belém/PA. - Mestre em Estatística-PPGME/UFPA. - Bacharel em Estatística, CONRE 9558. - Fone: (91) (TIM) 98239-7799 / (CLARO) 98416-3098 O âmago da ciência que sempre se apresenta como a mais importante no que refere a resultados práticos, é a pesquisa altamente teórica e abstrata nascida da infatigável curiosidade, exibilidade e força da razão humana - Andrei Sakharov Em 17 de junho de 2017 15:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Limitando valores numa tabela (Clodoaldo José Figueredo) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Fri, 16 Jun 2017 15:35:32 -0300 > From: Clodoaldo José Figueredo > <clodoaldo.figueredo(a)ifc-araquari.edu.br> > To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Limitando valores numa tabela > Message-ID: > <CAHkeYEYW2wpjm-OUgpkEGQsT5n3frkAh7UjQEhjHV_ > zyRK_r6g(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Caros(as) > > Estou usando o comando mvrnorm para gerar uma certa quantidade de valores > multivariados a partir de um vetor de médias m e uma matriz de covariância > S. > Após estou arredondando os valores usando o comando round > Preciso que os valores criados estejam entre 1 e 7 de forma que fique na > forma de uma escala de Likert. > > Tentei usar o comando abaixo mas não da resultado > > Lim <- 1:600 > for(j in 1:16){ > Lim <- norm[,c(j)] (norm é a matriz (600x16) de valores normal > nultivariados gerados randomicamente) > for (i in 1:600){ > ifelse(Lim[i]<1,1,Lim[i]) > ifelse(Lim[i]>7,7,Lim[i]) > norm[,c(j)] <- Lim > } > } > O que estou fazendo de errado e como consigo fazer essa limitação dos > valores?? > > Obrigado pela ajuda > > Um abraço > > Clodoaldo > > > > *"Que força é esta, eu não sei; tudo o que sei é que existe, e está > disponível apenas quando alguém está num estado em que sabe exatamente o > que quer, e está totalmente determinado a não desistir até conseguir." * > Alexander Graham Bell <http://www.pensador.info/frase/NTQwOTE1/> > > Prof. Clodoaldo José Figueredo Msc - SIAPE 1800348 > Métodos Numéricos para Engenharia - Matemática Aplicada > Instituto Federal Catarinense - Campus Araquari > Rodovia BR 280 - km 27 - Cx. Postal 21 > CEP 89245-000 - Araquari/SC > Fone: (47) 3803-7240 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20170616/b7939552/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 78, assunto 8 > **************************************** >

1 0