Janeiro 2017 - R-br

Re: [R-br] problema em rJava
by Felinto COSTA 29 Jan '17

29 Jan '17

Christina, localiza o diretório onde está instalada a versão do Java na sua máquina. Por exemplo: 'C:/Program Files/Java/jre1.8.0_121'(se 64b) 'C:/Program Files (x86)/Java/jre1.8.0_121'(se 32b) Tente informar o R: Para versão 64-bit Sys.setenv(JAVA_HOME='C:/Program Files/Java/jre18.0_121') Para versão 32-Bit Sys.setenv(JAVA_HOME='C:/Program Files (x86)/Java/jre1.8.0_121') Sempre que o java for atualizado (a versão irá ser alterada) você deverá refazer a linha. FCosta ================== ================== On Sun, 29 Jan 2017 18:45 , Christina Grupioni via R-br r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br sent: > Olá pessoal, > Estou com problema no rJava. Está instalado, mas sempre que preciso > de usar, ele dá a noticia do erro, da forma abaixo. Alguém sabe como > resolver isso?Na escuta, chris > -- Carregando pacotes exigidos: xlsxCarregando pacotes exigidos: > rJavaError : .DEFANGED_OnLoad falhou em loadNamespace() para > 'rJava', detalhes: chamada: fun(libname, pkgname) erro: > No CurrentVersion entry in Software/JavaSoft registry! Try > re-installing Java and make sure R and Java have matching > architectures.In addition: Warning messages:1: package ‘xlsx’ was > built under R version 3.2.5 2: package ‘rJava’ was built under R > version 3.2.5 Failed with error: ‘package ‘rJava’ could not > be loaded’ > CHRISTINA GRUPIONIEngenheira Agrícola e Ambiental- CREA BA: 84142 > OCA (ORGANIZAçãO COOPERATIVA DE AGROECOLOGIA )TECNOLOGIAS > ECOLóGICAS E SOCIAIS(31) 8863-0005, (31) 3892-2236 _skype:_ > > > ---- Mensagem enviada pelo sistema e-mail Onda- Powered By Onda Empresas

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dose-resposta
by Maurício Lordêlo 27 Jan '17

27 Jan '17

Caros, Foi realizado um experimento no qual deseja-se saber qual composto extraído de uma determinada espécie vegetal é mais eficiente para matar uma determinado tipo de inseto. Foram utilizadas 32 placas cada uma contendo 10 insetos vivos. Em cada placa, foram realizadas 4 repetições das 8 diferentes doses do composto de cada espécie. O número de insetos mortos foi registrado após um determinado período de tempo. O objetivo é encontrar qual a dose, para cada um das três espécies, que mata 50% dos insetos. Alguma sugestão de como encontrar os modelos para as três espécies? dose = rep(c(0,0.15625,0.31250,0.62500,1.2500, 2.5000, 5.0000, 10.000), each=4) n_insetos = rep(10,32) m_especie1 = c(1,3,4,0,5,2,5,5,4,4,2,2,0,3,3,5,10,10,7,0,10,10,10,10,10,10,10,10,10,10,10,10) m_especie2 = c(0,3,4,4,1,0,4,0,0,1,0,0,3,2,0,3,3,2,0,3,3,3,3,6,9,4,7,2,10, 10, 10, 10) m_especie3 = c(4,2,2,3,4,6,8,6,4,6,6,5,5,9,5,8,10,8,5,5,10,10,10,10,10,10,10,10,10,10,10,10) pm_especie1 = m_especie1/n_insetos pm_especie2 = m_especie2/n_insetos pm_especie3 = m_especie3/n_insetos dose.fator = as.factor(dose) boxplot(pm_especie1~dose.fator, xlab= "Dose", ylab="Proporção de mortos espécie 1",cex.axis=.85) boxplot(pm_especie2~dose.fator, xlab= "Dose", ylab="Proporção de mortos espécie 2",cex.axis=.85) boxplot(pm_especie3~dose.fator, xlab= "Dose", ylab="Proporção de mortos espécie 3",cex.axis=.85) bartlett.test(pm_especie1~dose.fator) bartlett.test(pm_especie2~dose.fator) bartlett.test(pm_especie3~dose.fator) modelo1 = glm(cbind(good=m_especie1, bad=n_insetos-m_especie1)~dose,family="binomial", data=dados) par(mfrow=c(2,2)) plot(modelo1) shapiro.test(modelo1$residuals) modelo2 = glm(cbind(good=m_especie2, bad=n_insetos-m_especie2)~dose,family="binomial", data=dados) par(mfrow=c(2,2)) plot(modelo2) shapiro.test(modelo2$residuals) modelo3 = glm(cbind(good=m_especie3, bad=n_insetos-m_especie3)~dose,family="binomial", data=dados) par(mfrow=c(2,2)) plot(modelo2) shapiro.test(modelo3$residuals)

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Re: [R-br] Extraindo valores de interesse em um dataframe
by Rafael Tieppo 26 Jan '17

26 Jan '17

Prezado Yuri, Para extrair alguma informações dos arquivos de saída do DSSAT utilizei alguns comandos do shell, talvez te ajude (substituir o TESTE.txt pelo aquivo DSSAT): # Grep ## filtra as linhas grep "^ 2016" < teste.txt O resultado são todas as linhas que começam com um espaço em branco e depois têm os caracteres 2016 ## linhas com qualquer characgter que tenha JAN grep "^$.*$JAN" < TESTE.txt ## Get text between two strings grep -Po 'XX \K.*(?= YY)' < TESTE.txt Rafael Tieppo State University of Mato Grosso - Department of Agricultural Engineering site: https://rafatieppo.github.io blog: https://fuidebicicleta.wordpress.com"Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente". On Tuesday, January 24, 2017 11:00 AM, "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Fim da Digest R-br, volume 73, assunto 17 *****************************************

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Lista de blogs brasileiros sobre o R
by Marcos Vital 26 Jan '17

26 Jan '17

Olá, colegas de lista! Peço desculpas para aqueles que estão lá na comunidade de R no facebook, para quem isso será um pouco de cross-posting... Estou construindo uma lista de blogs brasileiros que falem sobre o R. Nada sofisticado, só uma listona mesmo, simples e direta. Acho que será um recurso útil, especialmente para os iniciantes. A lista em construção está aqui: https://github.com/marcosvital/blogs-de-R-no-Brasil Quem quiser contribuir pode responder aqui pela nossa lista de emails, ou fazê-lo diretamente lá pelo github mesmo (via issue ou pull request). Basta me indicar o link para um blog que eu incluo lá. O critério de inclusão é bem frouxo: basta ser um blog (ou página similar) que trate do uso do R, que seja brasileiro e com material em português. Mesmo blogs parados mas que continuam online podem ser adicionados, caso tenham recursos úteis. Desde já agradeço qualquer contribuição! Abraços Marcos -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

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Modificar um data frame em uma matriz de comparação múltipla específica
by ASANTOS 25 Jan '17

25 Jan '17

Caros Membros, Eu gostaria de modificar um data frame em uma matriz de comparação múltipla específica para tanto tenho um data frame DF com a nota dada por dois indivíduos (Indv) para cinco diferentes produtos químicos, sendo: Indv<-c(1,2) deltametrina<-c(1,1) fipronil<-c(5,3) imidaclopride<-c(7,5) sulfluramida<-c(3,7) tiametoxam<-c(9,9) DF<-cbind(Indv,deltametrina,fipronil,imidaclopride,sulfluramida,tiametoxam) > DF Indv deltametrina fipronil imidaclopride sulfluramida tiametoxam [1,] 1 1 5 7 3 9 [2,] 2 1 3 5 7 9 Depois eu montei uma matriz de comparação múltipla com a seguinte regra, a variável (cada produto) com maior valor menos o de menor valor e armazenei a nota de cada Indv em um list, sendo: df <- as.data.frame(t(DF[, -1])) out <- lapply(df, function(x) outer(x, x, function(x, y) abs(x-y))) out2 <- lapply(out, function(m) { dimnames(m) <- list(rownames(df), rownames(df)) m }) out2 $V1 deltametrina fipronil imidaclopride sulfluramida tiametoxam deltametrina 0 4 6 2 8 fipronil 4 0 2 2 4 imidaclopride 6 2 0 4 2 sulfluramida 2 2 4 0 6 tiametoxam 8 4 2 6 0 $V2 deltametrina fipronil imidaclopride sulfluramida tiametoxam deltametrina 0 2 4 6 8 fipronil 2 0 2 4 6 imidaclopride 4 2 0 2 4 sulfluramida 6 4 2 0 2 tiametoxam 8 6 4 2 0 No entanto, gostaria que meu output fosse: $V1 - [deltametrina, fipronil, 4] - [deltametrina, imidaclopride, 6] - [deltametrina, sulfluramida, 2] - [deltametrina, tiametoxam, 8] - [fipronil, imidaclopride, 2] - [fipronil, sulfluramida, 2] - [fipronil, tiametoxam, 4] - [imidaclopride, sulfluramida, 4] - [imidaclopride, tiametoxam, 2] - [sulfluramida, tiametoxam, 6] $V2 - [deltametrina, fipronil, 2] - [deltametrina, imidaclopride, 4] - [deltametrina, sulfluramida, 6] - [deltametrina, tiametoxam, 8] - [fipronil, imidaclopride, 2] - [fipronil, sulfluramida, 4] - [fipronil, tiametoxam, 6] - [imidaclopride, sulfluramida, 2] - [imidaclopride, tiametoxam, 4] - [sulfluramida, tiametoxam, 2] Alguém teria alguma sugestão para ajudar? Obrigado, Alexandre -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 - ResearcherID: A-5790-2016 Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/ ======================================================================

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Importar arquivo para Objeto - Erro
by Marcelo Menezes 25 Jan '17

25 Jan '17

Boa Noite pessoal! Sou Marcelo, iniciante no uso do R, ainda estou aprendendo os comandos básicos a partir do ótimo material disponibilizado pelo professor Marcos Vital em seu blog. Estou tentando importar o arquivo “pratica1.txt” para o objeto “planilha”, estou usando o comando > planilha <- read.table (“pratica1.txt”) sem sucesso, o print apresenta isso. Alguém pode me explicar o que está acontecendo por favor? Desde já fico grato! [image: Imagem inline 1] Att *Marcelo Menezes Alves* Graduado em Ciências Biológicas pela Universidade Federal de Campina Grande Técnico em Manutenção e Suporte em Informática pelo Instituto Federal da Paraíba Crbio Nº *107.640/05-P*WhatsApp +55 83 9 8200-8021 ou +55 83 9 9821-1967 *Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/1992059133849245>*

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Analise fatorial
by Bruce Kelly 24 Jan '17

24 Jan '17

Boa tarde Listeiros, Estou aplicando analise fatorial (AF) utilizando a a função 'factanal' do package 'stats'. minha duvida é sobre o p-value que esta dando baixo como pode ser visto abaixo nos resultados: Loadings: Factor1 Factor2 Factor3 Factor4 Factor5 Factor6 v1 0.899 0.275 0.145 0.136 0.244 0.114 v2 0.269 0.222 0.902 0.203 0.129 v3 0.316 0.313 0.847 0.196 0.130 0.159 v4 -0.205 -0.161 v5 0.199 0.758 0.337 0.418 0.134 v6 -0.164 0.406 0.389 0.167 -0.210 v7 0.140 0.182 0.941 v8 0.508 0.773 0.177 0.190 v9 0.116 0.133 0.886 v10 0.407 0.277 0.203 0.802 0.260 v11 0.725 0.379 0.103 0.152 0.226 v12 0.861 0.185 0.123 v13 0.163 0.117 0.371 v14 0.309 0.813 0.293 0.245 0.144 0.267 Factor1 Factor2 Factor3 Factor4 Factor5 Factor6 SS loadings 2.914 2.480 2.073 1.879 0.974 0.516 Proportion Var 0.208 0.177 0.148 0.134 0.070 0.037 Cumulative Var 0.208 0.385 0.533 0.668 0.737 0.774 Test of the hypothesis that 6 factors are sufficient. The chi square statistic is 61.12 on 22 degrees of freedom. The p-value is 1.52e-05 Então tento reduzir o número de fatores, como por exemplo 5, já que 74% da variância no modela será captada, mas qndo rodo a rotina aparece Error in factanal(dad, factors = 5, scores = c("none"), rotation = "varimax") : unable to optimize from this starting value Desta forma utilizei a package 'rela' onde ele realiza a analise com 4 fatores. Logo minha duvida é porque no 'factanal' não pode fazer, com esse valor? tem alguma coisa que eu possa fazer nos dados (além de padronizar) para ter uma melhor resposta no p-value? Muito obrigado a todos(as). Bruce

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Extrair Valores de Interesse Num DataFrame
by Yury Duarte 23 Jan '17

23 Jan '17

Bom dia colegas programadores! Há algum tempo venho trabalhando com o modelo de simulação DSSAT. Agora estou tentando organizar suas saídas de uma forma que facilite as analises. Para que possam entender melhor o formato das saídas, anexei dois links para download do arquivo de saída. Toda simulação é antecedida de um pequeno cabeçalho e cada uma delas representa uma data de plantio (primeira linha da coluna DOY) em um determinado ano (coluna YEAR). Dessa forma, dentro de cada arquivo eu tenho 36 simulações de plantio por ano e 34 anos de histórico. A informação que eu gostaria de extrair é exatamente a última linha de cada simulação, referente a décima coluna (GWAD). Como cada simulação tem um numero diferente de linhas (dias do ciclo da cultura em questão), fiquei sem ter como resgatar os valores da coluna de interesse em intervalos fixos. Infelizmente não tenho nenhum script decente em andamento que possa ser compartilhado para elucidar melhor minhas intenções, mas espero ter conseguido explicar minimamente a minha dúvida. Desde já, agradeço a todos! link para a saída parcial: https://drive.google.com/file/d/0B6tnaf2fmoCcbUtPQ0NfUmpxdXM/view?usp=shari… link para a saída completa: https://drive.google.com/file/d/0B6tnaf2fmoCcWjlFclc2R2NkVEU/view?usp=shari… Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 73, assunto 14
by Wilson Cohen 21 Jan '17

21 Jan '17

Lista de blogs brasileiros sobre o R Responsável: Prof. Wilson Martins da Silva www.estatisticacomr.com.br Curso R para Biológicas http://estatisticacomr.com.br/R_para_Biologicas Em 21 de janeiro de 2017 11:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Lista de blogs brasileiros sobre o R (Marcos Vital) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sat, 21 Jan 2017 10:15:10 -0300 > From: Marcos Vital <marcosvital(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Lista de blogs brasileiros sobre o R > Message-ID: > <CAKLUGQ9+_q43KFr7-kocUQ7CfuzZBpgs1R_ > VnYyrT29vwh3oGA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Olá, colegas de lista! > > Peço desculpas para aqueles que estão lá na comunidade de R no facebook, > para quem isso será um pouco de cross-posting... > > Estou construindo uma lista de blogs brasileiros que falem sobre o R. Nada > sofisticado, só uma listona mesmo, simples e direta. Acho que será um > recurso útil, especialmente para os iniciantes. > > A lista em construção está aqui: > https://github.com/marcosvital/blogs-de-R-no-Brasil > > Quem quiser contribuir pode responder aqui pela nossa lista de emails, ou > fazê-lo diretamente lá pelo github mesmo (via issue ou pull request). Basta > me indicar o link para um blog que eu incluo lá. > > O critério de inclusão é bem frouxo: basta ser um blog (ou página similar) > que trate do uso do R, que seja brasileiro e com material em português. > Mesmo blogs parados mas que continuam online podem ser adicionados, caso > tenham recursos úteis. > > Desde já agradeço qualquer contribuição! > > Abraços > > Marcos > > -- > Marcos Vinícius Carneiro Vital > Universidade Federal de Alagoas > Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde > Setor de Biodiversidade e Ecologia > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20170121/30ec57bb/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 73, assunto 14 > ***************************************** > -- *Prof. MSc. Wilson Martins da Silva* *Mestre em Ecologia Aquática e Pesca - PPGEAP/ICB/UFPA* *Especialista em Biodiversidade Amazônica - UFPA/ATMDepto de Morfologia e Ciências Fisiológicas* *Centro de Ciências Biológicas e da Saúde* *Universidade do Estado do Pará* *Campus IX - Altamira - Pará* http://lattes.cnpq.br/2440617911389759 wilsoncelula(a)gmail.com, wilsoncelula(a)hotmail.com <wilsonms(a)ufpa.br>

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Inputação Múltipla (IM) com MICE
by Elias Carvalho 20 Jan '17

20 Jan '17

Bom dia pessoal Preciso de uma orientação. Tenho uma base de dados com missing em uma quantidade razoável. As variáveis com missing são: 4 dicotômicas (0 e 1) e 5 quantitativas contínuas. Lendo sobre sobre os métodos para váriáveis quantitativas eu percebi que se usa muito o Predicitive Mean Matching (PMM) como um bom método de machine learning para IM, então pensei em usar este, mas tem outros. Já para variáveis qualitativas dicotomicas vi na documentação: logreg, logreg.boot, porém vi em uma dissertação de mestrado que se utilizou o polyreg que é indicada para variáveis qualitativa nominal, assim como o método lda. Portanto, minha dúvida é: como escolher/avaliar o melhor método de imputação? -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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