Outubro 2016 - R-br

geração de variáveis aleatórias normais com estrutura de correlação
by Adriele Giaretta Biase 19 Out '16

19 Out '16

Olá pessoal, tenho uma dúvida com relação à geração de variáveis aleatórias normais multivariadas no R. Eu gostaria de gerar duas variáveis aleatórias (x1, x2) usando distribuição normal multivariada com estrutura de correlação entre elas. A Estrutura da matriz de correlação foi estimada antes com base num banco de dados reais (com correlação fraca de - 0.2). Porém, essas variáveis não podem ser negativas, Ex. x1 tem média e variância, respectivamente, iguais a 0.0067 e 0.0017; x2 tem média e variância, respectivamente, iguais a 0.1374 e 0.0024. Eu gero as variáveis da seguinte forma: *Programa usado no R:* # Simulando os parâmetros com estrutura de correlação entre eles n <- 1000 # tamanho da amostra gerada p <- 2 # numero de variáveis a serem geradas library(MASS) # construíndo a matriz de correlação para usar nas simulações, baseadas na característica da amostra coletada mu<-rep(0, times = p) rho <- - 0.2 # correlacao negativa - 0.2 sigma2 <- 1 Sigma <- sigma2 * ((1-rho)*diag(p)+rho*matrix(1, p, p)) X1 <- 0.0096 # Media da variavel x1 X2 <- 0.1203 # Media da variavel x2 media <- c(X1,X2) y <- mvrnorm(n, media, Sigma) cor(y) apply(y, 2, mean) y [1,] 0.309910452 1.0642521083 [2,] -0.251583312 1.8909032058 [3,] 1.330362012 -1.1239501814 [4,] -0.793399464 -1.5433056284 [5,] 2.165144843 -0.2645184534 [6,] 0.532777085 1.0910864562 [7,] -1.612135390 2.0489354648 [8,] -0.430529913 1.0312062602 ... Quando gero as simulações para x1 e x2 usando a função *mvrnorm*, o resultado me retorna alguns valores negativos para as variáveis, isso não poderia ocorrer. Teria alguma outra função em que eu possa fornecer a variância de cada uma dessas variáveis, além da estrutura de correlação? Como poderia contornar essa situação, usando o R? *Obs:* No SAS, a seguinte programação funciona perfeitamente: *proc* *iml*; wrksize=*100000*; K=*2*; N=*1000*; /* tamanho da amostra */ M={*0* *0*}; S={ *1* -*0.5283*, -*0.5283* *1* }; X=shape(*0*,K,N); ME=*0*; SI=*1*; DO I=*1* TO K; DO J=*1* TO N; if I>*1* then do; ME=M[I]+(S[*1*:I-*1*,I])`*(inv(S[*1*:I-*1*,*1*:I-*1*])*(X[*1*:I-*1* ,J]-M[*1*:I-*1*])); SI=S[I,I]-(S[*1*:I-*1*,I])`*(inv(S[*1*:I-*1*,*1*:I-*1*])*(S[*1*:I- *1*,I])); end; X[I,J]=ME+NORMAL(*0*)*SQRT(SI); END; END; Z=t(X); varnames='X1':'X2'; create NOVO from Z[colname=varnames]; append from Z; *quit*; *data* MEXT; set NOVO; options ps=*66* ls=*75*; X1=*0.0067*+*0.0017**X1; /* normal */ X2=*0.1374*+*0.0024**X2; /* normal */ *proc* *corr* data=MEXT; var X1 X2; *run*; -- Adriele Giaretta Biase. Mestre em Estatística e Experimentação Agropecuária - UFLA. Doutora em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 98861-0619.

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 70, assunto 18
by Adriele Giaretta Biase 18 Out '16

18 Out '16

Amigos, gostaria de agradecer muito a ajuda de vocês (Walmes, Eder e Luiz Roberto). Compreendi que vocês construíram as variáveis normais multivariadas com a estrutura de correlação e variâncias com as características biológicas que eu precisava, usando o R. Muito obrigada mesmo pela contribuição! Adriele. Em 18 de outubro de 2016 17:09, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: geração de variáveis aleatórias normais com estrutura > de correlação (Éder Comunello) > 2. Re: servidor cloud para rodar o R + shiny (Marcio B) > 3. Re: servidor cloud para rodar o R + shiny (Fernando Gama) > 4. Re: geração de variáveis aleatórias normais com estrutura > de correlação (Luiz Roberto Martins Pinto) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Tue, 18 Oct 2016 14:52:22 -0300 > From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > To: Adriele Giaretta Biase <adrielegbiase(a)gmail.com>, a lista > Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] geração de variáveis aleatórias normais com > estrutura de correlação > Message-ID: > <CABmC8gn0eGcp2ROBMvO+H184T2n1aLNgLsAN92PhXj39RRt+ > UA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Adriele, boa tarde! > > Tentei adaptar seu código R com base no que entendi do script em SAS. Veja > se pode ser útil... > > ### <code r> > library(MASS) > { > set.seed(1357) > n <- 1000 # tamanho da amostra gerada (N) > p <- 2 # numero de variáveis a serem geradas (K) > ME <- rep(1, p) > rho <- -0.2 # correlacao negativa - 0.2 > sigma2 <- 1 > sigma <- sigma2 * ((1-rho)*diag(p)+rho*matrix(1, p, p)) > SI <- mvrnorm(n, ME, sigma) > } > apply(SI, 2, mean) # ~ 1 > # [1] 1.037774 1.017846 > > cor(SI) # ~ sigma > # [,1] [,2] > # [1,] 1.0000000 -0.1973338 > # [2,] -0.1973338 1.0000000 > > mu <- c(0.0067, 0.1374) > mean(0.0017*SI[,1]) # ~ 0.0017 > mean(0.0024*SI[,2]) # ~ 0.0024 > > RES <- data.frame(X1=0.0067+0.0017*SI[,1], X2=0.1374+0.0024*SI[,2]) > > round(cbind(RES=colMeans(RES), INI=mu),4) > # RES INI > # X1 0.0085 0.0067 > # X2 0.1398 0.1374 > > cor(RES) > # X1 X2 > # X1 1.0000000 -0.1973338 > # X2 -0.1973338 1.0000000 > ### </code> > > > ================================================ > Éder Comunello > Researcher at Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) > DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) > MSc in Environ. Sciences (UEM), Agronomist (UEM) > --- > Embrapa Agropecuária Oeste, Dourados, MS, Brazil |<O>| > ================================================ > GEO, -22.2752, -54.8182, 408m > UTC-04:00 / DST: UTC-03:00 > > > > > Em 17 de outubro de 2016 16:05, Adriele Giaretta Biase via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > Olá pessoal, > > > > > > tenho uma dúvida com relação à geração de variáveis aleatórias normais > > multivariadas no R. > > > > Eu gostaria de gerar duas variáveis aleatórias (x1, x2) usando > > distribuição normal multivariada com estrutura de correlação entre elas. > A > > Estrutura da matriz de correlação foi estimada antes com base num banco > de > > dados reais (com correlação fraca de - 0.2). Porém, essas variáveis não > > podem ser negativas, Ex. x1 tem média e variância, respectivamente, > iguais > > a 0.0067 e 0.0017; x2 tem média e variância, respectivamente, iguais a > > 0.1374 e 0.0024. Eu gero as variáveis da seguinte forma: > > > > > > > > *Programa usado no R:* > > > > # Simulando os parâmetros com estrutura de correlação entre eles > > > > n <- 1000 # tamanho da amostra gerada > > > > p <- 2 # numero de variáveis a serem geradas > > > > > > > > library(MASS) > > > > # construíndo a matriz de correlação para usar nas simulações, baseadas > na > > característica da amostra coletada > > > > mu<-rep(0, times = p) > > > > rho <- - 0.2 # correlacao negativa - 0.2 > > > > sigma2 <- 1 > > > > Sigma <- sigma2 * ((1-rho)*diag(p)+rho*matrix(1, p, p)) > > > > X1 <- 0.0096 # Media da variavel x1 > > > > X2 <- 0.1203 # Media da variavel x2 > > > > media <- c(X1,X2) > > > > y <- mvrnorm(n, media, Sigma) > > > > cor(y) > > > > apply(y, 2, mean) > > > > y > > > > > > [1,] 0.309910452 1.0642521083 > > > > [2,] -0.251583312 1.8909032058 > > > > [3,] 1.330362012 -1.1239501814 > > > > [4,] -0.793399464 -1.5433056284 > > > > [5,] 2.165144843 -0.2645184534 > > > > [6,] 0.532777085 1.0910864562 > > > > [7,] -1.612135390 2.0489354648 > > > > [8,] -0.430529913 1.0312062602 > > > > ... > > > > > > > > Quando gero as simulações para x1 e x2 usando a função *mvrnorm*, o > > resultado me retorna alguns valores negativos para as variáveis, isso não > > poderia ocorrer. Teria alguma outra função em que eu possa fornecer a > > variância de cada uma dessas variáveis, além da estrutura de correlação? > > Como poderia contornar essa situação, usando o R? > > > > > > > > *Obs:* No SAS, a seguinte programação funciona perfeitamente: > > > > > > *proc* *iml*; > > > > wrksize=*100000*; > > > > K=*2*; > > > > N=*1000*; /* tamanho da amostra */ > > > > M={*0* *0*}; > > > > S={ *1* -*0.5283*, > > > > -*0.5283* *1* }; > > > > X=shape(*0*,K,N); > > > > ME=*0*; SI=*1*; > > > > DO I=*1* TO K; > > > > DO J=*1* TO N; > > > > if I>*1* > > > > then > > > > do; > > > > ME=M[I]+(S[*1*:I-*1*,I])`*(inv(S[*1*:I-*1*,*1*:I-*1*])*( > X[*1*:I- > > *1*,J]-M[*1*:I-*1*])); > > > > SI=S[I,I]-(S[*1*:I-*1*,I])`*(inv(S[*1*:I-*1*,*1*:I-*1*])*(S[*1* > > :I-*1*,I])); > > > > end; > > > > X[I,J]=ME+NORMAL(*0*)*SQRT(SI); > > > > > > > > END; > > > > > > > > END; > > > > Z=t(X); > > > > > > > > varnames='X1':'X2'; > > > > create NOVO from Z[colname=varnames]; > > > > append from Z; > > > > *quit*; > > > > > > > > *data* MEXT; set NOVO; > > > > options ps=*66* ls=*75*; > > > > X1=*0.0067*+*0.0017**X1; /* normal */ > > > > X2=*0.1374*+*0.0024**X2; /* normal */ > > > > > > > > *proc* *corr* data=MEXT; > > > > var X1 X2; > > > > *run*; > > > > -- > > Adriele Giaretta Biase. > > Mestre em Estatística e Experimentação Agropecuária - UFLA. > > Doutora em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP > > Contato: (19) 98861-0619. > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20161018/8311c3ef/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Tue, 18 Oct 2016 16:23:33 -0200 > From: Marcio B <marciobar(a)gmail.com> > To: Raphael Saldanha <rfsaldanha(a)gmail.com> > Cc: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] servidor cloud para rodar o R + shiny > Message-ID: > <CAHL8Jho88ReiZabFeB3PuMwftD-9e8ts1_UWJ3p68s2NLPrXpQ@mail. > gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Raphael, obrigado > > Observei a Digital Ocean, mas ela não fornece todas as vantagens que > buscamos. Somos uma empresa de desenvolvimento de software. > > No momento montei um servidor R na Amazon e vamos testar outros ambientes, > como a IBM. > > Mesmo assim agradeço. > > Abs., > > Em 29 de setembro de 2016 14:18, Raphael Saldanha <rfsaldanha(a)gmail.com> > escreveu: > > > Olá Márcio, > > > > Tenho uma experiência muito boa com a Digital Ocean: https://www. > > digitalocean.com/ > > > > 2016-09-29 12:53 GMT-03:00 Marcio B via R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>: > > > >> Olá pessoal boa tarde. > >> > >> Estou pesquisando um serviço de cloud para utilizar o R + Shiny. > >> > >> Minha duvida esta no custo e por isso gostaria de saber se alguém pode > me > >> ajudar para entender melhor: > >> > >> Quem é a empresa (cloud) que esta usando? AWS, Azure, Google ou IBM > >> Qual o tipo de serviço para configurar o R + Shiny? Nestes servidores > >> oferecem vários tipos, o que mais encontro na web é o EC2 - AWS, como > >> vários tutoriais de instalação e configuração > >> Se puder nos informar o uso e o custo deste serviço? Principalmente no > >> uso de Memoria e Storage de dados, algum parâmetro para temos uma noção. > >> > >> Somos uma startup e queremos oferecer nos serviços utilizando o R + > >> Shiny. Porem gostaríamos de um parâmetro para tomar a decisão de > configurar > >> este serviço e começar a utilizar. > >> > >> Espero que fui claro e toda a ajuda será bem vinda. > >> > >> Obrigado desde já. > >> > >> Marcio. > >> -- > >> Marcio B. > >> > >> Cel.: 19 99648.3949 tim 99798.0104 vivo > >> skype: maborbaa > >> http://www.linkedin.com/in/marciobar > >> https://www.facebook.com/marciobar > >> > >> Empresa > >> http://www.techagr.com/ > >> > >> ==== PAZ E BEM ==== > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > > > > > > > -- > Marcio B. > > Cel.: 19 99648.3949 tim 99798.0104 vivo > skype: maborbaa > http://www.linkedin.com/in/marciobar > https://www.facebook.com/marciobar > > Empresa > http://www.techagr.com/ > > ==== PAZ E BEM ==== > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20161018/a5513393/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Tue, 18 Oct 2016 15:49:22 -0300 > From: Fernando Gama <f.fabiogama88(a)gmail.com> > To: Marcio B <marciobar(a)gmail.com>, a lista Brasileira oficial de > discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] servidor cloud para rodar o R + shiny > Message-ID: > <CAOwqRysOgYTBitciwDr3VhEpmALmNBEwV8c8jr=LDrqEYskrNw@mail. > gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Marcio por questão de curiosidade, > > tive um problema na empresa que trabalhava quanto a uso do shiny haja vista > que os servidores disponíveis não forneciam (na sua versão gratuita) a > disponibilização de um serviço multithread para que os usuários das > aplicações pudessem acessar de forma simultânea os serviços disponíveis... > > Como pretendes lidar com essa limitação já que o valor para habilitar esse > serviço é extremamente elevado? > > Em 18 de outubro de 2016 15:23, Marcio B via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > escreveu: > > > Raphael, obrigado > > > > Observei a Digital Ocean, mas ela não fornece todas as vantagens que > > buscamos. Somos uma empresa de desenvolvimento de software. > > > > No momento montei um servidor R na Amazon e vamos testar outros > ambientes, > > como a IBM. > > > > Mesmo assim agradeço. > > > > Abs., > > > > Em 29 de setembro de 2016 14:18, Raphael Saldanha <rfsaldanha(a)gmail.com> > > escreveu: > > > >> Olá Márcio, > >> > >> Tenho uma experiência muito boa com a Digital Ocean: > >> https://www.digitalocean.com/ > >> > >> 2016-09-29 12:53 GMT-03:00 Marcio B via R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >: > >> > >>> Olá pessoal boa tarde. > >>> > >>> Estou pesquisando um serviço de cloud para utilizar o R + Shiny. > >>> > >>> Minha duvida esta no custo e por isso gostaria de saber se alguém pode > >>> me ajudar para entender melhor: > >>> > >>> Quem é a empresa (cloud) que esta usando? AWS, Azure, Google ou IBM > >>> Qual o tipo de serviço para configurar o R + Shiny? Nestes servidores > >>> oferecem vários tipos, o que mais encontro na web é o EC2 - AWS, como > >>> vários tutoriais de instalação e configuração > >>> Se puder nos informar o uso e o custo deste serviço? Principalmente no > >>> uso de Memoria e Storage de dados, algum parâmetro para temos uma > noção. > >>> > >>> Somos uma startup e queremos oferecer nos serviços utilizando o R + > >>> Shiny. Porem gostaríamos de um parâmetro para tomar a decisão de > configurar > >>> este serviço e começar a utilizar. > >>> > >>> Espero que fui claro e toda a ajuda será bem vinda. > >>> > >>> Obrigado desde já. > >>> > >>> Marcio. > >>> -- > >>> Marcio B. > >>> > >>> Cel.: 19 99648.3949 tim 99798.0104 vivo > >>> skype: maborbaa > >>> http://www.linkedin.com/in/marciobar > >>> https://www.facebook.com/marciobar > >>> > >>> Empresa > >>> http://www.techagr.com/ > >>> > >>> ==== PAZ E BEM ==== > >>> > >>> _______________________________________________ > >>> R-br mailing list > >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >>> código mínimo reproduzível. > >>> > >> > >> > > > > > > -- > > Marcio B. > > > > Cel.: 19 99648.3949 tim 99798.0104 vivo > > skype: maborbaa > > http://www.linkedin.com/in/marciobar > > https://www.facebook.com/marciobar > > > > Empresa > > http://www.techagr.com/ > > > > ==== PAZ E BEM ==== > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Att, > > | Fernando Gama da Mata | > | Database Specialist | Master's Degree UFPA | > > | Contacts: +55 91 99150 0365 | f.fabiogama88(a)gmail.com | Social > Networks: [ > <https://www.facebook.com/fernando.gama.13>][ > <https://plus.google.com/+FernandoGama13>][ > <https://www.linkedin.com/in/fernandogama>] | > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20161018/7b9f2b7d/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Tue, 18 Oct 2016 16:09:12 -0300 > From: Luiz Roberto Martins Pinto <luizroberto.uesc(a)gmail.com> > To: comunello.eder(a)gmail.com, a lista Brasileira oficial de > discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] geração de variáveis aleatórias normais com > estrutura de correlação > Message-ID: > <CAK4=-FBYwLbRMFfh3KYBOAJ+ktXi0MQm+xWDRKVL6SkXjE-4Ow@ > mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Se você desejar entender o significado de correlação experimente: > > n=10000000 > cor_x1x2=-0.2 > medx1=0.0067 > varx1=0.0017 > sdx1=varx1^0.5 > medx2=0.1374 > varx2=0.0024 > sdx2=varx2^0.5 > cov_x1x2=-cor_x1x2*(sdx1*sdx2) > > sda=(varx1-cov_x1x2)^0.5 > sdb=(varx2-cov_x1x2)^0.5 > a=rnorm(n,medx1,sda);var(a) > b=rnorm(n,medx2,sdb);var(b) > c=rnorm(n,0,cov_x1x2^0.5);var(c) > > x1=a+c > x2=b-c > var(x1) > var(x2) > cor(x1,x2) > > > Abraços, > > Luiz Roberto. > > > Luiz Roberto Martins Pinto > Prof. Pleno/DCET/UESC > Laboratório de Estatística Computacional > Universidade Estadual de Santa Cruz > Ilhéus-Bahia-Brasil > > luizroberto.uesc(a)gmail.com > skype: lrmpinto > http://lattes.cnpq.br/2732314327604831 > > "*The s**cience exists because there are patterns. The patterns exist > because God created them*. > * The statistic exists to research the patterns that God created.*" > > > > Em 18 de outubro de 2016 14:52, Éder Comunello via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > Adriele, boa tarde! > > > > Tentei adaptar seu código R com base no que entendi do script em SAS. > Veja > > se pode ser útil... > > > > ### <code r> > > library(MASS) > > { > > set.seed(1357) > > n <- 1000 # tamanho da amostra gerada (N) > > p <- 2 # numero de variáveis a serem geradas (K) > > ME <- rep(1, p) > > rho <- -0.2 # correlacao negativa - 0.2 > > sigma2 <- 1 > > sigma <- sigma2 * ((1-rho)*diag(p)+rho*matrix(1, p, p)) > > SI <- mvrnorm(n, ME, sigma) > > } > > apply(SI, 2, mean) # ~ 1 > > # [1] 1.037774 1.017846 > > > > cor(SI) # ~ sigma > > # [,1] [,2] > > # [1,] 1.0000000 -0.1973338 > > # [2,] -0.1973338 1.0000000 > > > > mu <- c(0.0067, 0.1374) > > mean(0.0017*SI[,1]) # ~ 0.0017 > > mean(0.0024*SI[,2]) # ~ 0.0024 > > > > RES <- data.frame(X1=0.0067+0.0017*SI[,1], X2=0.1374+0.0024*SI[,2]) > > > > round(cbind(RES=colMeans(RES), INI=mu),4) > > # RES INI > > # X1 0.0085 0.0067 > > # X2 0.1398 0.1374 > > > > cor(RES) > > # X1 X2 > > # X1 1.0000000 -0.1973338 > > # X2 -0.1973338 1.0000000 > > ### </code> > > > > > > ================================================ > > Éder Comunello > > Researcher at Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) > > DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) > > MSc in Environ. Sciences (UEM), Agronomist (UEM) > > --- > > Embrapa Agropecuária Oeste, Dourados, MS, Brazil |<O>| > > ================================================ > > GEO, -22.2752, -54.8182, 408m > > UTC-04:00 / DST: UTC-03:00 > > > > > > > > > > Em 17 de outubro de 2016 16:05, Adriele Giaretta Biase via R-br < > > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > >> Olá pessoal, > >> > >> > >> tenho uma dúvida com relação à geração de variáveis aleatórias normais > >> multivariadas no R. > >> > >> Eu gostaria de gerar duas variáveis aleatórias (x1, x2) usando > >> distribuição normal multivariada com estrutura de correlação entre > elas. A > >> Estrutura da matriz de correlação foi estimada antes com base num banco > de > >> dados reais (com correlação fraca de - 0.2). Porém, essas variáveis não > >> podem ser negativas, Ex. x1 tem média e variância, respectivamente, > iguais > >> a 0.0067 e 0.0017; x2 tem média e variância, respectivamente, iguais a > >> 0.1374 e 0.0024. Eu gero as variáveis da seguinte forma: > >> > >> > >> > >> *Programa usado no R:* > >> > >> # Simulando os parâmetros com estrutura de correlação entre eles > >> > >> n <- 1000 # tamanho da amostra gerada > >> > >> p <- 2 # numero de variáveis a serem geradas > >> > >> > >> > >> library(MASS) > >> > >> # construíndo a matriz de correlação para usar nas simulações, baseadas > >> na característica da amostra coletada > >> > >> mu<-rep(0, times = p) > >> > >> rho <- - 0.2 # correlacao negativa - 0.2 > >> > >> sigma2 <- 1 > >> > >> Sigma <- sigma2 * ((1-rho)*diag(p)+rho*matrix(1, p, p)) > >> > >> X1 <- 0.0096 # Media da variavel x1 > >> > >> X2 <- 0.1203 # Media da variavel x2 > >> > >> media <- c(X1,X2) > >> > >> y <- mvrnorm(n, media, Sigma) > >> > >> cor(y) > >> > >> apply(y, 2, mean) > >> > >> y > >> > >> > >> [1,] 0.309910452 1.0642521083 > >> > >> [2,] -0.251583312 1.8909032058 > >> > >> [3,] 1.330362012 -1.1239501814 > >> > >> [4,] -0.793399464 -1.5433056284 > >> > >> [5,] 2.165144843 -0.2645184534 > >> > >> [6,] 0.532777085 1.0910864562 > >> > >> [7,] -1.612135390 2.0489354648 > >> > >> [8,] -0.430529913 1.0312062602 > >> > >> ... > >> > >> > >> > >> Quando gero as simulações para x1 e x2 usando a função *mvrnorm*, o > >> resultado me retorna alguns valores negativos para as variáveis, isso > não > >> poderia ocorrer. Teria alguma outra função em que eu possa fornecer a > >> variância de cada uma dessas variáveis, além da estrutura de correlação? > >> Como poderia contornar essa situação, usando o R? > >> > >> > >> > >> *Obs:* No SAS, a seguinte programação funciona perfeitamente: > >> > >> > >> *proc* *iml*; > >> > >> wrksize=*100000*; > >> > >> K=*2*; > >> > >> N=*1000*; /* tamanho da amostra */ > >> > >> M={*0* *0*}; > >> > >> S={ *1* -*0.5283*, > >> > >> -*0.5283* *1* }; > >> > >> X=shape(*0*,K,N); > >> > >> ME=*0*; SI=*1*; > >> > >> DO I=*1* TO K; > >> > >> DO J=*1* TO N; > >> > >> if I>*1* > >> > >> then > >> > >> do; > >> > >> ME=M[I]+(S[*1*:I-*1*,I])`*(inv(S[*1*:I-*1*,*1*:I-*1*])*( > X[*1*:I- > >> *1*,J]-M[*1*:I-*1*])); > >> > >> SI=S[I,I]-(S[*1*:I-*1*,I])`*(inv(S[*1*:I-*1*,*1*:I-*1*])*( > S[*1* > >> :I-*1*,I])); > >> > >> end; > >> > >> X[I,J]=ME+NORMAL(*0*)*SQRT(SI); > >> > >> > >> > >> END; > >> > >> > >> > >> END; > >> > >> Z=t(X); > >> > >> > >> > >> varnames='X1':'X2'; > >> > >> create NOVO from Z[colname=varnames]; > >> > >> append from Z; > >> > >> *quit*; > >> > >> > >> > >> *data* MEXT; set NOVO; > >> > >> options ps=*66* ls=*75*; > >> > >> X1=*0.0067*+*0.0017**X1; /* normal */ > >> > >> X2=*0.1374*+*0.0024**X2; /* normal */ > >> > >> > >> > >> *proc* *corr* data=MEXT; > >> > >> var X1 X2; > >> > >> *run*; > >> > >> -- > >> Adriele Giaretta Biase. > >> Mestre em Estatística e Experimentação Agropecuária - UFLA. > >> Doutora em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP > >> Contato: (19) 98861-0619. > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20161018/d54ee426/attachment.html> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 70, assunto 18 > ***************************************** > -- Adriele Giaretta Biase. Mestre em Estatística e Experimentação Agropecuária - UFLA. Doutora em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 98861-0619.

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Ajuste de modelo não linear
by Andre Oliveira 17 Out '16

17 Out '16

Boa noite pessoal,o que eu poderia modificar neste ajuste para obter exito? Já variei os chutes iniciais e não consegui. Brasil<- c(13.63 ,13.93,14.09,15.12,15.98,16.08,16.45,17.96,18.83,19.28,19.18,20.89,21.87,21.85,23.43,25.38,25.64,26.99,28.68,31.92,32.92,33.32,34.37,34.99,36.08,37.72,40.41,42.81,44.18,44.91,48.97,51.59,53.44,56.49,62.2,66.49,67.01,68.41,74.14,77.58,80.39,85.71,89.58,96.3,100.9,102.8,107.69,111.51,111.42,116.59,118.85,121.42,127.53); anos <- c(1961,1962,1963,1964,1965,1966,1967,1968,1969,1970,1971,1972,1973,1974,1975,1976,1977,1978,1979,1980,1981,1982,1983,1984,1985,1986,1987,1988,1989,1990,1991,1992,1993,1994,1995,1996,1997,1998,1999,2000,2001,2002,2003,2004,2005,2006,2007,2008,2009,2010,2011,2012,2013); fit<-nls(Brasil~a*(b^(anos)), start = list(a =18, b=1.4)) Error in nls(Brasil ~ a * (b^(anos)), start = list(a = 18, b = 1.4)) : número de iterações excedeu o máximo de 50 André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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(sem assunto)
by Wilmar Freitas 17 Out '16

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(sem assunto)
by Wilmar Freitas 17 Out '16

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Regressão linear - Excluindo outliers
by Mac David S. Pinto 15 Out '16

15 Out '16

Pessoal, bom dia Estou fazendo algumas regressões lineares entre Comprimento x Peso de peixes com um conjunto de dados bastante extenso (+- 1000 linhas). Acontece que alguns destes valores são outliers (+- 50) e na analise, eles não são importantes. Tem alguma função no R que eu consiga "selecionar" os outliers e pedir que não seja considerado na analise? Sem precisa mudar minha planilha original (já que vou utilizar para outras coisas futuramente) Tem alguns valores que estão no meio dos planilhas de dados. Eu consegui resolver os extremos selecionado um conjunto de linhas Exemplo: Local.F.1<-lm(pt[4:970,7]~ls[4:970,6]) ## Com este comando eu retire os outliers dos extremos (linhas 1 a 3 e linhas 971 a 1000), mais ainda tem alguns valores no meio do analise (+- entre as linhas 251 a 260) De já, eu agradeço a ajuda David

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Re: [R-br] Contents of Digest R-br, volume 70, assunto 13 Regressão linear - Excluindo outliers
by sirio＠ig.com.br 14 Out '16

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David, a função boxplot oferece a possibilidade de identificar outliers e logo após excluir Como exemplo: boxplot.stats(meus_dados)$out outliers <- which(meus_dados%in%boxplot.stats(meus_dados)$out) Você pode usar o outliers para filtrar os dados e trabalhar com eles limpo. Espero ter ajudado Humberto =========================================== Walter Humberto Subiza Piña - Eng. Cart., Dr. Gerencia de Imageamento- Coordenação de Cartografia Diretoria de Geociências IBGE - Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística "In other words, maps hold a clue to what makes us human" Simon Garfield - On the map =========================================== Em 14/10/2016 12:00, r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [1] > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > Tópicos de Hoje: > > 1. Pacotes do R (Edmar Caldas) > 2. Re: Pacotes do R (Tito Conte) > 3. Re: Pacotes do R (Daniela Petruzalek) > 4. Regressão linear - Excluindo outliers (Mac David S. Pinto) > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Fri, 14 Oct 2016 12:57:57 +0000 (UTC) > From: Edmar Caldas <edmar_caldas(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Pacotes do R > Message-ID: <1259226042.208586.1476449877464(a)mail.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Bom Dia! > Preciso baixar vários pacotes do R. São 120 pacotes onde posso encontrar porque ficar pesquisando um por um não dá. Edmar > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161014/d53aaf45/atta… [3]> > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Fri, 14 Oct 2016 10:33:36 -0300 > From: Tito Conte <tito.conte(a)gmail.com> > To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Pacotes do R > Message-ID: > <CACqq46zTwEcC=2zzWGjOf7vCEV1+_EPc_90WF+hzbEGkez59rA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Edmar, o que você precisa fazer exatamente? É mais fácil buscar o que você > precisa fazer na internet do que ficar consultando pacote por pacote. > > Tito Conte > > Em 14 de outubro de 2016 09:57, Edmar Caldas via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > >> Bom Dia! Preciso baixar vários pacotes do R. São 120 pacotes onde posso encontrar porque ficar pesquisando um por um não dá. Edmar _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [1] Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia [2]) e forneça código mínimo reproduzível. > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161014/47d8fb25/atta… [4]> > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Fri, 14 Oct 2016 13:51:43 +0000 > From: Daniela Petruzalek <daniela.petruzalek(a)gmail.com> > To: Edmar Caldas <edmar_caldas(a)yahoo.com.br>, a lista Brasileira > oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Pacotes do R > Message-ID: > <CA+=iygtmtjXTpkvPEvt3i8nYnZtccVwuj0wLdvuyEAi1DHLVuw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > A melhor resposta para esta pergunta é "depende" :) > > Se estes pacotes estiverem na CRAN você não precisa baixá-los de um site, > basta rodar a função install.packages passando o nome do pacote para a > função. > > Se não estiverem na CRAN você vai ter que descobrir onde os autores > disponibilizam eles e seguir as instruções para cada pacote. Aí a internet > é o caminho. > > Em sex, 14 de out de 2016 às 09:58, Edmar Caldas via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > >> Bom Dia! Preciso baixar vários pacotes do R. São 120 pacotes onde posso encontrar porque ficar pesquisando um por um não dá. Edmar _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [1] Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia [2]) e forneça código mínimo reproduzível. > > -- > -- > Daniela Petruzalek > Consultora de TI, OCP DBA, OCP PL/SQL > daniela.petruzalek(a)gmail.com > +55 42 9116-1104 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161014/af340a63/atta… [5]> > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Fri, 14 Oct 2016 14:26:08 +0000 (UTC) > From: "Mac David S. Pinto" <macdavidsp(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Regressão linear - Excluindo outliers > Message-ID: <186111342.346980.1476455168933(a)mail.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Pessoal, bom dia > Estou fazendo algumas regressões lineares entre Comprimento x Peso de peixes com um conjunto de dados bastante extenso (+- 1000 linhas). > Acontece que alguns destes valores são outliers (+- 50) e na analise, eles não são importantes. > Tem alguma função no R que eu consiga "selecionar" os outliers e pedir que não seja considerado na analise? Sem precisa mudar minha planilha original (já que vou utilizar para outras coisas futuramente) > Tem alguns valores que estão no meio dos planilhas de dados. > Eu consegui resolver os extremos selecionado um conjunto de linhas > Exemplo: > Local.F.1<-lm(pt[4:970,7]~ls[4:970,6]) > ## Com este comando eu retire os outliers dos extremos (linhas 1 a 3 e linhas 971 a 1000), mais ainda tem alguns valores no meio do analise (+- entre as linhas 251 a 260) > De já, eu agradeço a ajuda > David > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161014/723ff501/atta… [6]> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [1] > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 70, assunto 13 > ***************************************** Links: ------ [1] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [2] http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia [3] http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161014/d53aaf45/atta… [4] http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161014/47d8fb25/atta… [5] http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161014/af340a63/atta… [6] http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161014/723ff501/atta…

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Pacotes do R
by Edmar Caldas 14 Out '16

14 Out '16

Bom Dia! Preciso baixar vários pacotes do R. São 120 pacotes onde posso encontrar porque ficar pesquisando um por um não dá. Edmar

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Aprendendo a manipular dados netcdf no R
by Paulo Henrique Pimenta 13 Out '16

13 Out '16

Olá Listeiros, Estou começando a manipular dados netcdf no R, antes usava o software grads para manipular dados netcdf de tempo e clima, por isso gostaria de opinião e ajuda de vcs sobre tutoriais ou materiais para quem está iniciando. Gostaria de aprender a manipular e criar os mapas. Caso alguém tenha alguma dica ou até mesmo códigos por favor, peço que me informe. Desde já agradeço a todos! Paulo Henrique Pimenta Graduando em Meteorologia - IAG USP Celular/WhatsApp/Telegram: +5511981418435 Este email foi enviado de um telemóvel Samsung Galaxy S5 mini Obter o Outlook para Android

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Problemas para instalar RNetCDF no Rstudio (linux)
by Paulo Henrique Pimenta 13 Out '16

13 Out '16

Ol? listeiros! Usando as dicas do link do stack over flow tive ?xito na instala??o dos pacotes RNetCDF e ncdf4. Muito obrigado pela ajuda de todos vcs! Abra?os a todos. Paulo Henrique Pimenta Graduando em Meteorologia - IAG USP Celular/WhatsApp/Telegram: +5511981418435 Este email foi enviado de um telem?vel Samsung Galaxy S5 mini Obter o Outlook para Android

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