Agosto 2015 - R-br

Loop para mudar nomes de colunas em data.frames
by André Vieira 20 Ago '15

20 Ago '15

Pessoal, Quero rodar um loop que, em um dos comandos, adicione números em sequência (e.g. 1, 2, 3) apenas à segunda coluna de várias bases de dados. No meu caso, imaginei que precisaria usar um loop dentro de outro, mas não funcionou. (Ainda estou começando no R, como vocês podem perceber). Segue um exemplo mais simples com a base "iris": data1 <- iris data2 <- iris data3 <- iris list_data <- list(data1, data2, data3) list_emp <- vector("list", length(list_data)) for(i in 1:length(list_data)){ file <- list_data[[i]] Sepal.Length <- tapply(file$Sepal.Length, file$Species, length) newData <- as.data.frame(Sepal.Length) newData <- cbind(Species = rownames(newData), newData) rownames(newData) <- NULL list_emp[[i]] <- newData for(j in 1:3){ colnames(list_emp[[i]][2]) <- paste("Sepal.Length", j, sep = "_") # Nao funciona } rm(Sepal.Length, file, i, newData) } O loop deveria retornar uma lista com data frames na forma: # Species | Sepal.Length_1 # setosa | 50 # versicolor | 50 # virginia | 50 # Species | Sepal.Length_2 # setosa | 50 # versicolor | 50 # virginia | 50 # Species | Sepal.Length_3 # setosa | 50 # versicolor | 50 # virginia | 50 Alguém pode me ajudar a corrigir a linha que não funciona? Além disso, aceito sugestões que não sejam com for loops. Abs., André -- *André Vieira* Mestre, Sociologia, UFMG (M.Sc., Sociology, UFMG) Bacharel, Sociologia, UnB (B.Sc., Sociology, UnB) Licenciado, Sociologia, UnB (B.Ed., Sociology, UnB) GitHub <http://github.com/ahpvieira> Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/6721713322923268> Skype: andre.hpv

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Função para comparar acessos. Dados binários. RAPD.
by Luiz Roberto Martins Pinto 20 Ago '15

20 Ago '15

Caros companheiros da Lista R, # Os dados abaixo referem-se a 2 acessos de mandioca (A1 e A2), e 101 marcadores RAPD (1=presença da marca; 0=ausência da marca; NA=dado perdido); portanto os dados são binários. # Preciso de uma função que me retorne a probabilidade (p-value) do acesso A1 ser semelhante ao acesso A2. A1=c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","0") A2=c("1","1","1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"1","0","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1",NA,NA,"1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1") Agradeço a boa-vontade de quem puder ajudar. Abraços, Luiz Roberto. Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz Ilhéus-Bahia-Brasil luizroberto.uesc(a)gmail.com skype: lrmpinto http://lattes.cnpq.br/2732314327604831

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Re: [R-br] Criar um txt com cabeçalho
by Alexandre Santos 18 Ago '15

18 Ago '15

Muito obrigado Marcus, resolvido!!!!! De:"Marcus Nunes" <marcus.nunes(a)gmail.com> Data:17:20 Seg, 17 de Ago de PM Assunto:Re: [R-br] Criar um txt com cabeçalho Alexandre, substitua o último comando de seu CMR pelo seguinte: write.table(x=dados, file="dados_f.txt", append=TRUE, quote=FALSE). 2015-08-17 17:19 GMT-03:00 ASANTOS <alexandresantosbr(a)yahoo.com.br>: Prezados listeiros, Quase consegui fazer o que queria no meu dados_f.txt, alguém teria alguma solução de como remover os sinais " ", no meu txt final? Segue CRM: lat<-c(343248.0,342784.4,342796.2, 343084.7,343020.3) long<-c(8212396.7,8212346.0,8212263.4,8212369.7,8212404.6) coords<-cbind(lat,long) w<-rep("w", 5) utm<-rep("utm",5) id<-seq(1:5) zon<-rep("21L", 5) id2<-seq(1:5) d1<-rep("00/00/00",5) h2<-rep("00:00:00",5) n1<-rep(0,5) n2<-rep(2,5) n3<-rep(48,5) n4<-rep(0,5) n5<-rep(13,5) dados<-cbind(w,utm,id,zon,lat,long,id2,d1,h2,n1,n2,n3,n4,n5) dados dados = read.table("dados.txt", dec=".", sep = ",", h=T ,col.names = c("w","utm","id","zon","lat","long","id2","d1","h2","n1","n2","n3","n4","n5")) summary(dados) write.table(dados, file= "dados.txt", row.names= T, sep=", ", quote=F) dados = read.table("dados.txt", h=T) names(dados) <- NULL header <- c("Version,212\n\nWGS1984(GPS),217,6378137,298.257223563,0,0,0\nUSERGRID,0,0,0,0,0\n") writeLines(text=header, con="dados_f.txt") write.table(x=dados, file="dados_f.txt", append=TRUE) Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== Em 17/08/2015 10:55, ASANTOS escreveu: Bom dia Walmes, Quase deu quase certo, apenas preciso que: Version,212 WGS1984(GPS),217,6378137,298.257223563,0,0,0 ### Dê um espaço USERGRID,0,0,0,0,0### Fique logo abaixo do WGS1984 sem espaço "w." "utm." "id." "zon." "lat." "long." "id2." "d1." "h2." "n1." "n2." "n3." "n4." "n5" ### Desapareça essa linha "1," "w," "utm," "1," "21L," "343248," "8212396.7," "1," "00/00/00," "00:00:00," "0," "2," "48," "0," 13 ### Desapareçam todos os " " "2," "w," "utm," "2," "21L," "342784.4," "8212346," "2," "00/00/00," "00:00:00," "0," "2," "48," "0," 13 "3," "w," "utm," "3," "21L," "342796.2," "8212263.4," "3," "00/00/00," "00:00:00," "0," "2," "48," "0," 13 "4," "w," "utm," "4," "21L," "343084.7," "8212369.7," "4," "00/00/00," "00:00:00," "0," "2," "48," "0," 13 "5," "w," "utm," "5," "21L," "343020.3," "8212404.6," "5," "00/00/00," "00:00:00," "0," "2," "48," "0," 13 Segue CRM: lat<-c(343248.0,342784.4,342796.2, 343084.7,343020.3) long<-c(8212396.7,8212346.0,8212263.4,8212369.7,8212404.6) coords<-cbind(lat,long) w<-rep("w", 5) utm<-rep("utm",5) id<-seq(1:5) zon<-rep("21L", 5) id2<-seq(1:5) d1<-rep("00/00/00",5) h2<-rep("00:00:00",5) n1<-rep(0,5) n2<-rep(2,5) n3<-rep(48,5) n4<-rep(0,5) n5<-rep(13,5) dados<-cbind(w,utm,id,zon,lat,long,id2,d1,h2,n1,n2,n3,n4,n5) dados dados = read.table("dados.txt", dec=".", sep = ",", h=T ,col.names = c( "w","utm","id","zon","lat","long","id2","d1","h2","n1","n2","n3","n4","n5")) summary(dados) write.table(dados, file= "dados.txt", row.names= T, sep=", ", quote=F) dados = read.table("dados.txt", h=T) header <- c("Version,212\nWGS1984(GPS),217,6378137,298.257223563,0,0,0\n\n USERGRID,0,0,0,0,0\n\n") writeLines(text=header, con="dados_f.txt") write.table(x=dados, file="dados_f.txt", append=TRUE) Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== Em 17/08/2015 09:58, Walmes Zeviani escreveu: Combine writeLines() com write.table(). header <- c("Walmes Zeviani\n 2015-08-17\n\n") writeLines(text=header, con="my.txt") write.table(x=cars, file="my.txt", append=TRUE) À disposição. Walmes. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Marcus Nunes http://marcusnunes.me/ _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Meetup R São Paulo Users Group (IME-USP) Sexta 21 de agosto do 2015
by Luis Benites Sánchez 18 Ago '15

18 Ago '15

Prezados usuários de R no Brasil, Gostaria poder compartilhar com todos você a seguinte noticia: O Meetup R São Paulo Users Group (www.meetup.com/pt/useR-SP/) organizado por as Prof. Márcia D'elia Branco (IME), Viviana Giampioli (IME) e os estudantes de doutorado em Estatística do IME, Luis Benites e Paola Maehara começa nesta sexta feira, 21 de agosto ate 4 de dezembro do 2015. Para poder conhecer mais sobre o Meetup a continução uma pequena descrição: Descrição do Meetup As reuniões do Meetup do R serão geralmente de duas vezes por mês, nas sextas das 14 até as 16 horas. Em cada reunião teremos a apresentação de duas palestras de uma duração de 45 min cada e 10 min de perguntas. As palestras serão ministradas por professores e estudantes de pós-graduação de diversas universidades do interior como do exterior. A maioria delas serão presenciais, mais também teremos palestras online. As palestras serão no Auditório Jacy Monteiro do IME-USP. A programação desta semana será 14 a 15 horas - Apertura - Conferência: Prof. Dr. Paulo Justiniano (UFPR - Brasil) - Por que o R? 15 a 16 horas - Conferência: Prof. Msc Christian Galarza (ESPOL - Equador) - Modelos em Regressão Quantílica. Perguntas frequentes: 1) Tem algum preço participar dos Meetups? Não, é gratuito 2) Como posso participar dos Meetups? O participante deve-se cadastrar no site do meetup e confirmar sua apresentação Para mais informações: Site: www.meetup.com/pt/useR-SP e-mail: meetuprsp(a)gmail.com Atenciosamente Luis Benites Sánchez

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(sem assunto)
by Gleyson Vieira dos Santos 18 Ago '15

18 Ago '15

Olá. Pessoal estou tentando analisar uma característica de OPG, utilizando o pacote MCMCglmm, no entanto o mesmo requer uma matriz de parentesco. Quando tento calcular a matriz 9a partir de um pedigree) utilizando a função kin.morgan do pacote "gap" o programa R para e fecha. Creio que seja o número de animais existente no pedigree (2011 animais), pois quando utilizo um pedigree com menos animais (até 1000 animais) consigo calcular. setwd("D:\\ANALISES\\Alencariano J. S. Falcão - LINDENBERG") dados=read.table("dados.txt",h=T) dim(dados) ped=read.table("gre.txt") colnames(ped)=c("ani","pai","mae") dim(ped) outersect = function(x, y) {sort(c(setdiff(x, y), setdiff(y, x)))} out=outersect(dados[,1],ped[,1]) length(out) int=merge(dados,ped,by=intersect("ani","ani")) dim(int) library("gap") # pacote para calcular matriz de parentesco A0=kin.morgan(ped) #funcao do pacote A=2*A0$kin.matrix Como posso calcular essa matriz? -- GLEYSON VIEIRA DOS SANTOS ZOOTECNISTA - UFPI DOUTORANDO EM CIÊNCIA ANIMAL-UFPI TEL: (89) 9985-5488

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Criar um txt com cabeçalho
by ASANTOS 18 Ago '15

18 Ago '15

*Prezados listeiros,** ** ** Tenho um data frame com coordenadas geográficas sendo:* lat<-c(343248.0,342784.4,342796.2, 343084.7,343020.3,342711.5) long<-c(8212396.7,8212346.0,8212263.4,8212369.7,8212404.6,8212307.6) coords<-cbind(lat,long) * E informações adicionais como* w<-rep("w", 5) utm<-rep("utm",5) id<-seq(1:5) zon<-rep("21L", 5) id2<-seq(1:5) d1<-rep("00/00/00",5) h2<-rep("00:00:00",5) n1<-rep(0,5) n2<-rep(2,5) n3<-rep(48,5) n4<-rep(0,5) n5<-rep(13,5) *Junto tudo em um data frame:* dados<-cbind(w,utm,id,zon,lat,long,id2,d1,h2,n1,n2,n3,n4,n5) dados *Agora gostaria de criar um arquivo *txt com a função write.table(), mas antes gostaria de colocar um cabeçalho:* Version,212 WGS1984(GPS),217,6378137,298.257223563,0,0,0 USERGRID,0,0,0,0,0 *De forma que meu arquivo final em *txt ficasse***, sem os "" e separado por vírgula*: * Version,212 WGS1984(GPS),217,6378137,298.257223563,0,0,0 USERGRID,0,0,0,0,0 w,utm,1,21L,343248.0,8212396.7,1,00/00/00,00:00:00,0,2,48,0,13 w,utm,2,21L,342784.4,8212346.0,2,00/00/00,00:00:00,0,2,48,0,13 w,utm,3,21L,342796.2,8212263.4,3,00/00/00,00:00:00,0,2,48,0,13 w,utm,4,21L,343084.7,8212369.7,4,00/00/00,00:00:00,0,2,48,0,13 w,utm,5,21L,343020.3,8212404.6,5,00/00/00,00:00:00,0,2,48,0,13 *Isso é possível de fazer no R, muito obrigado, * -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Ordenamento de matriz by colnames e by rownames
by Luiz Roberto Martins Pinto 17 Ago '15

17 Ago '15

Caros, Fiz: n<-14 pv<-matrix(nrow=(n),ncol=(n)) # estimo valores para pv[i,j], que, obrigatoriamente, seguem a seguinte ordem de entrada na matriz pv rn<-c("SSRY_027","SSRY_021","SSRY_141","SSRY_008","SSRY_185","SSRY_324","SSRY_040","SSRY_035","SSRY_235","SSRY_183","SSRY_043","GA_005","GA_136","GA_012") colnames(pv)<-rn rownames(pv)=<-rn # esta matriz de p-valor é simétrica e tem 1.00 na diagonal principal # Necessito gerar a pvC, com pv sorteada para rownames e colnames. Consequentemente esta matriz também é simétrica, com 1.00 na diagonal principal sort(rn) "GA_005" "GA_012" "GA_136" "SSRY_008", "SSRY_021", "SSRY_027" "SSRY_035" "SSRY_040" "SSRY_043", "SSRY_141" "SSRY_183" "SSRY_185" "SSRY_235" "SSRY_324 # Não consegui utilizar o comando 'order' para fazer isto. Luiz Roberto. Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz Ilhéus-Bahia-Brasil luizroberto.uesc(a)gmail.com skype: lrmpinto http://lattes.cnpq.br/2732314327604831

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(sem assunto)
by Gleyson Vieira dos Santos 17 Ago '15

17 Ago '15

Olá. Estou tentando calcular uma matriz de parentesco utilizando pacote "gap" porém quando o programa vai calcular ocorre um erro o R trava. Gostaria de saber se existe outro pacote para calcular sendo que existem mais de 100 animais, coisa que o 'gap" não fez ( a matriz so é calculada quando o numero de indivíduos e menor que 999 animais). desde ja grato -- GLEYSON VIEIRA DOS SANTOS ZOOTECNISTA - UFPI DOUTORANDO EM CIÊNCIA ANIMAL-UFPI TEL: (89) 9985-5488

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glmer e colinearidade
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 16 Ago '15

16 Ago '15

Amigos de R, FIz um modelo logistico multinivel com a função glmer. Depois um parecerista fez alguns comentários pertinentes a respeito da modelagem e um deles é que há razões para acreditar que ha variáveis colineares. Há alguma função que testa colinearidade em objetos criados pela glmer? Procurei aqui e não achei. Eu estava habituado a usar a rms::vif (variance inflation factor). Mas so funciona para objetos classe rms. Alguma dica de como fazer isso? Abraço, Pedro Brasil

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Como analisar várias variáveis ao mesmo tempo com o R
by Ederson Civardi 15 Ago '15

15 Ago '15

*Obrigado Walmes por vossa ajuda. Irei consultar as funções apply que sugeriu.* *Quero fazer testes de hipóteses, Anova, regressões, testar pressuposições, transformações, entre outras e utilizar a mesma rotina, porém para várias variáveis em estudo. Desde que sejam possíveis de serem realizadas.* *Att.* *Ederson*

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