Agosto 2015 - R-br

Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação
by Fernando Antonio de souza 29 Ago '15

29 Ago '15

Caros colegas. Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira automática? Qual a melhor forma de resolver Att -- ======================================================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção Animal e-mail:nandodesouza@gmail.com https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ========================================================================

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ANOVA via bootstrap não-paramétrico
by Euriann Yamamoto 28 Ago '15

28 Ago '15

Bom dia. Meu nome é Euriann e uso a versão 0.98.1028 do RStudio. Estamos trabalhando com adaptabilidade e estabilidade utilizando um índice de seleção de distância para o ideótipo. Entretanto preciso gerar uma análise de variância via bootstrap não-paramétrico. Comecei a trabalhar com o R tem pouco tempo. Alguém poderia me ajudar a como fazer essa análise pelo R? Ou sugerir algum material para estudo? Obrigada Euriann YamamotoDoutoranda em AgronomiaUniversidade Federal da Grande Dourados

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duvida em if else
by Leonardo Monteiro 28 Ago '15

28 Ago '15

Prezados, eu sei que existem outras maneiras (funcoes, tipo ifelse) de se fazer isso, porem eu gostaria de fazer pelo if else , pq fica mais claro no meu script. bom.. eu venho tentando aplicar a condicao em um vetor, por exemplo x<- 1:10 if(x < 4) {print ("a")} else {"print ("b)} porem isso nao esta funcionando. Há algum outra maneira de aplicar a funcao if else para teste e/ou avaliacao dos dados de um vetor? obrigado, Leonardo.

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conversão caracter para formato hora
by Heloíse Pavanato 28 Ago '15

28 Ago '15

Cara lista, Tenho uma dúvida quanto a conversão de um vetor (importado por read.table) com caracteres em formato de hora (H:M:S). Por exemplo, este vetor: hora <- c('10:57:41', '11:04:41', '11:04:41', '11:05:56') Agradeço qualquer ajuda. Heloise

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tamanho da amostra em experimentos com 4 tratamentos (proporção)
by Manoel Galdino 27 Ago '15

27 Ago '15

Caros, alguém sabe como faço para calcular o tamanho de uma amostra para um experimento com 3 tratamentos e um controle, rodados em paralelo, para um nível de significância de 5% e poder do teste de 80%? A variável é uma proporção (taxa de usuários que se cadastraram num site). Eu sei calcular o tamanho da amostra para um teste de duas proporções, mas aqui eu quero testar quatro proporções e escolher a maior das quatro. Eu tenho a proporção esperada de cada um dos tratamentos e controle (seja p1 o controle, e p2, p3 e p4 o tratamento, p1 = .2, p2= .22, p3=.24 e p4 = .3). O caminho mais simples é calcular o tamanho da amostra para duas proporções, considerando p1 e p4 (maior e menor, sendo que o menor é também o controle). Mas parece que assim estou subestimando a variabilidade em p2 e p3 e a possibilidade de que eles sejam maiores que p4 e p1. Além disso, parece haver o problema de múltiplas comparações. Li um pouco e eu poderia tentar a correção de Bonferroni para múltiplos experimentos, e calcular o tamanho da amostra para duas propoções com p1 e p4, e usar alhpa_novo = alpha/m, em que alpha é o nível de significância original (5%) e m é o número de tratamentos (4... ou seria 3?). Porém esse método não leva em conta os valores esperados de p2 e p3, apenas p1 e p4, e isso nåo parece certo. Por fim, vale mebrar que o que quero é descobrir o melhor tratamento (conversão), e nåo testar se as propoções são iguais (eu já sei que não são exatamente iguais). Eu fiz um script simulando para o meu caso particular vários tamanhos de amostra, e qual a probabilidade de eu escolher o melhor tratamento [ ou seja, prob(escolher p4| dados e que p4 é o melhor). Mas não estou seguro nem que meu script está certo e, mais do que isso, qual a relação entre o número de tratamtnos, e as diferenças esperadas no efeito de cada tratamento sobre o tamanho da amostra (no caso de duas propoções, é fåcil estabelecer quanto minha amostra aumenta pela diferença esperada entre p1 e p2, para um dado alpha e beta). Se alguém tiver também referência na litertatura, já ajuda. Obrigado. Manoel segue o script: n.sim <-2000 # número de simulações mat <- matrix( nrow=n.sim, ncol=4) n.sample <- seq(500, 5500, by=1000) # tamanho de amostras para ver taxa de acerto para cada tamanho ## proporção de cada tratamento ## vou criar 10 combinações de proporção para 4 tratamentos ## a primeira todos os tratamentos têm a mesma proporção, igual a 20% ## me ajuda a ter uma base do resultado da simulação. set.seed(2) # fixa a semente, para resultados serem reproduíveis p1 <- c(.2, runif(9, .15, .3)) p2 <- c(.2, runif(9, .15, .3)) p3 <- c(.2, runif(9, .15, .3)) p4 <- c(.2, runif(9, .15, .3)) mat.p <- matrix(c(p1, p2, p3, p4), nrow=10, ncol=4, byrow=F) # para armazenar qual é o melhor tratamento, entre 10 combinações de efeitos diferentes dos tratamentos maior <- numeric() # simulação for ( i in 1:10) maior[i] <- which.max(mat.p[i,]) mat.true.max <- matrix(nrow=length(n.sample), ncol=10) num.true.max <- 0 for (h in 1:6) { for ( k in 1:10) { for ( i in 1:n.sim) { for ( j in 1:4) { mat[i,j] <- sum(rbinom(n.sample[h], 1, mat.p[k,j])) } num.true.max <- num.true.max + as.numeric(which.max(mat[i,]) == maior[k]) } mat.true.max[h,k] <- num.true.max/n.sim num.true.max <- 0 } } # verifito taxa de acerto para cada um dos tamanhos da amostra. Acerto é escolher a maior proporção. mat.true.max 2015-08-24 19:04 GMT-03:00 Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br>: > Pessoal boa noite, > seria de grande valia divulgar as próximas transmissões no grupo rbr. > > André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística > aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito > Santo. IFES > > > > Em Sábado, 22 de Agosto de 2015 21:26, David Feitosa < > contato(a)davidfeitosa.com> escreveu: > > > Eu tb achei muito boa. > > Sabia nem que o ShareLatex estava com integração com o R. > Fico usando o knitr local no RStudio mesmo. > > Aqui em Fortaleza não há muitos usuários de R. > Só conheço duas pessoas por aqui e uma delas sou eu. Hahaha > > Python tem recebido mais destaque por aqui do que o R. > Java ainda domina desenvolvimento e pesquisa na região. > > > Atenciosamente, > > David F. > > Em 22 de agosto de 2015 17:45, Luis Benites Sánchez < > lbenitesanchez(a)gmail.com> escreveu: > > Prezado Jobenil, > > Muito obrigado, temos ainda mais palestras no Meetup de usuários de R em > São Paulo, ainda temos 13 palestras mais. Em todos os meetup (se os > palestrantes concordam) teremos as filmações das reuniões e estarão > disponíveis no canal de YouTube do Meetup. > > Não esqueçam de junstar-se ao Meetup de usuários de R em São Paulo em > nosso site www.meetup.com/pt/useR-SP/ para que possa conhecer mais > detalhes sobre as futuras reuniões que estão sendo realizadas no IME-USP > (Auditório Jacy Monteiro e que são transmitidas ao vivo). > > A palestra do 4 e 18 de setembro que minha colega e esposa Rocío Maehara > comentou em seu e-mail serão de 14 a 16 horas (sextas). > > Um abraço > > Luis Benites Sánchez > Organizador del Meetup de usuários de R em São Paulo > > > 2015-08-22 17:26 GMT-03:00 Jobenil - Gmail <pjobenil(a)gmail.com>: > > Prezados, > > Acabei de assistir à apresentação dos Professores Paulo, Walmes e > Fernando. Parabéns pelo evento e aos organizadores do Meetup pela > iniciativa. > Este é uma grande oportunidade para quem trabalha isolado em alguns > rincões do país a fora. > Abraços > Jobenil Júnior > > > *De:* R-br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] *Em nome de *Luiz > Roberto Martins Pinto > *Enviada em:* sexta-feira, 21 de agosto de 2015 19:27 > *Para:* r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > *Assunto:* Re: [R-br] (Transmissão ao vivo) Meetup R São Paulo Users > Group (IME-USP) Sexta 21 de agosto do 2015 > > Walmes, > > Agradeço o link. > > Tive dificuldades para acessar. E ainda não entendi o que aconteceu. > > Luiz Roberto. > > Luiz Roberto Martins Pinto > Prof. Pleno/DCET/UESC > Laboratório de Estatística Computacional > Universidade Estadual de Santa Cruz > Ilhéus-Bahia-Brasil > > luizroberto.uesc(a)gmail.com > skype: lrmpinto > http://lattes.cnpq.br/2732314327604831 > > > Em 21 de agosto de 2015 16:54, Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> > escreveu: > > Para os que não estiveram presentes, passaram por dificuldades ou querer > rever, o vídeo também está disponível em > https://www.youtube.com/watch?v=UgPX49gkby4. Caso interessar, o endereço > memorizável do canal é http://www.leg.ufpr.br/youtube, e o perfil na > Google+ é http://www.leg.ufpr.br/g+. > À disposição. > Walmes. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > -- > > Luis B. Sánchez > Ph.D Candidate > Dept. of Statistics-IME, University at São Paulo (USP) > São Paulo, BRAZIL > lsanchez(a)ime.usp.br > Skype: lbenitesanchez > Twitter: @lbenitesanchez > www.luis-benites.com/ > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- Manoel Galdino https://sites.google.com/site/galdinomcz/

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Classificador Bayesiano
by Jodavid Ferreira 26 Ago '15

26 Ago '15

Existe algum pacote no R para classificação baseada em decisão bayesiana? -- Jodavid Ferreira Mestrando em Estatística - Universidade Federal de Pernambuco - www.ufpe.br/ppge/ Bacharel em Estatística - Universidade Federal da Paraíba - www.de.ufpb.br Site Pessoal - http://blog.jodavidferreira.com Twitter - @JodavidFerreira <http://twitter.com/JodavidFerreira>

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Criar um novo shapefile à partir da seleção de áreas no shapefile original
by ASANTOS 26 Ago '15

26 Ago '15

Caros listeiros, Tenho um shapefile com inúmeras áreas e gostaria de selecionar apenas duas e criar um novo shapefile, no entanto, quanto tento unir os dois polígonos e visualizar a seleção, recebo o erro: Erro em polypath(x = mcrds[, 1], y = mcrds[, 2], border = border, col = col, : Caminho gráfico inválido *Segue o caminho que estou trilhando:* #Arquivo shapefile original contorno_line_a <- readShapeLines ("completo.shp", proj4string=CRS("+proj=utm +zone=23 +south +datum=WGS84 +units=m +no_defs")) df.data = as.data.frame(contorno_line_a) # Seleciono o primeiro polígono df.serra15 = contorno_line_a[contorno_line_a$Link=='00496015',]## Seleciono um talhão no mapa inteiro contorno_serra15<- PolySet2SpatialPolygons(SpatialLines2PolySet(df.serra15), close_polys=TRUE) ## P1 = Polygon (contorno_serra15) # # Seleciono o segundo polígono df.serra16 = contorno_line_a[contorno_line_a$Link=='00496016',]## Seleciono um talhão no mapa inteiro contorno_serra16<- PolySet2SpatialPolygons(SpatialLines2PolySet(df.serra16), close_polys=TRUE) ## P2 = Polygon (contorno_serra16) # #União dos dois polígonos Ps1 = Polygons (list (P1,P2), ID = "t") # Crio uma estrutura em data frame dos polígonos espaciais SPs = SpatialPolygons (list(Ps1), proj4string=CRS("+proj=utm +zone=23 +south +datum=WGS84 +units=m +no_defs")) plot(SPs) SPDF = SpatialPolygonsDataFrame (SPs, data.frame (N = c ("t"), row.names = c("t"))) SPDF@data #Crio o novo shapefile writeOGR(SPDF, getwd(), 'parcial', 'ESRI Shapefile') # #Chamo o shapefile novo e visualizo contorno_line_b <- readShapeLines ("parcial.shp", proj4string=CRS("+proj=utm +zone=23 +south +datum=WGS84 +units=m +no_defs")) plot(contorno_line_b) # Alguém poderia me dar uma ajuda, Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Meetup R São Paulo Users Group (IME-USP) Sexta 4 e 18 de setembro do 2015
by Luis Benites Sánchez 24 Ago '15

24 Ago '15

Caros, O Meetup R São Paulo Users Group, iniciativa dos estudantes de Doutorado em Estatística do IME, Luis Benites Sánchez e Rocío Paola Maehara com a colaboração das professoras Viviana Giampioli e Márcia D'Elia Branco, anuncia a seguinte série de palestras do Meetup em R do mês de setembro (lembrar que temos atividades planejadas até o 4 de dezembro). Breve descrição do Meetup: As reuniões do Meetup R acontecerão geralmente duas vezes por mês, as sextas, das 14h às 16h. Em cada reunião teremos a apresentação de duas palestras com duração de 45 minutos cada e 10 minutos de perguntas. As palestras serão ministradas por professores e estudantes de pós-graduação de diversas universidades do interior como do exterior. A maioria de las serão online, mais também teremos algumas palestras presenciais. Para o mês de setembro a programação é a seguinte: *Sexta 4 de setembro (14h-16h)* - Conferências: 1) Uma introdução a Séries Temporais em R - Prof. Carlos Abanto Valle, Departamento de Métodos Estatísticos, Universidade Federal de Rio de Janeiro. 2) Uma Introdução ao Rcpp - Msc. Carlos Trucíos, Doutorado em andamento em Estatística, IMECC-UNICAMP. *Sexta 18 de setembro (14h-16h)* - Conferências: 1) Gauss Hermite Quadrature with Pruning - Prof. Freddy Hernández Barajas, Universidad Nacional de Colombia. 2) R Markdown - Prof. Fernando Mayer, Departamento de Estatística, Universidade Federal de Paraná. Obs. As palestras serão transmitidas ao vivo pela USP e YouTube (os links de transmissão serão disponibilizados no site do meetup). As sessões são filmados (se os palestrantes concordar) e ditos vídeos serão disponibilizados no Canal de YouTube do Meetup. Para mais informações: Site: www.meetup.com/pt/useR-SP e-mail: meetuprsp(a)gmail.com Um abraço, Luis Benites Sánchez Organizador do São Paulo R Users Group

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(Transmissão ao vivo) Meetup R São Paulo Users Group (IME-USP) Sexta 21 de agosto do 2015
by Luis Benites Sánchez 24 Ago '15

24 Ago '15

Caros, Foi disponibilizado no site do Meetup de R (www.meetup.com/pt/useR-SP) o link de transmissão ao vivo. Mais para que possam aceder ao link precisam cadastrar-se no grupo (em forma gratuita), só os que vão comparecer fisicamente no Auditório Jacy Monterio do IME devem confirmar sua participação no dia de amanha (21 de agosto). Devem lembrar que para poder participar do Meetup, é necessário que se cadastrem no site do Meetup e confirmem sua participação. -- Luis B. Sánchez Organizador do Meetup R São Paulo Users Group e-mail: meetuprsp(a)gmail.com site: www.meetup.com/pt/useR-SP

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Calcular média e construir histogramas na função split
by Argemiro Midones Bastos 23 Ago '15

23 Ago '15

Boa tarde. Tenho um data.frame e pós aplicar a função split, gostaria de calcular a média e o desvio padrão dos grupos, qual a outra função poderia utilizar? lapply? É possível fazer um histograma juntando 4 grupos em um mesmo gráfico? Agradeço esclarecimentos, Att -- Argemiro M Bastos Professor - Câmpus Macapá (96) 98117-7014

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