Novembro 2015 - R-br

Re: [R-br] Chi-quadrado demonstra associação, mas e daí?
by andremoreirazoo 08 Nov '15

08 Nov '15

Oi pessoal, agradeço pela atenção e ajuda. Francisco, possuo dados categóricos apenas, presença ou ausência de parasitas. Felipe, acho que o caminho é esse mesmo, mas você poderia me ajudar com comentários nas linhas dos comandos? Apesar de gostar de estudar estatística a matemática da coisa não é o meu forte. Então, uma ajuda para sabe do que se tratacada comando/resultado me faria entender melhor. Obrigado a todos, André Enviado do tablet Samsung. -------- Mensagem original -------- De : putini(a)outlook.com Data:03/11/2015 19:45 (GMT-03:00) Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br,r-br@listas.c3sl.ufpr.br Assunto: Re: [R-br] Chi-quadrado demonstra associação, mas e daí? Não seria o caso de fazer uma matriz de correlação, para estabelecer a intensidade da relação entre dois fatores? De qualquer maneira esse é um passo para fazer a regressão, estou certo? Att. Francisco Putini Enviado pelo Outlook para Android On Tue, Nov 3, 2015 at 1:44 PM -0800, "Leonardo Ferreira Fontenelle" <leonardof(a)leonardof.med.br> wrote: Em Ter 3 nov. 2015, às 17:21, Leonardo Ferreira Fontenelle escreveu: [...] além do prop.diff(), que já vem de fábrica. [...] Ops! A função é prop.test(), não prop.diff(). Leonardo Ferreira Fontenelle

6 7

Re: [R-br] Média ponderada de salário para cada idade
by Thaís Brenda Martins 08 Nov '15

08 Nov '15

Boa noite pessoal, quando escrevi fiquei com medo de vocês terem essa dúvida e realmente aconteceu. Mas o que eu quero, conforme o Leandro e o Cesar falaram, é calcular a média de salário ponderada (pelo peso) para cada idade (que vai de 12 a 100 anos). Tem alguma função que faça isso? Cesar vou dar uma olhada nessa documentação da família de funções apply do R.Muito obrigada pessoal, espero ter explicado melhor.Abraços. Att.,Thaís Brenda Martins

2 1

Média ponderada de salário para cada idade
by Thaís Brenda Martins 06 Nov '15

06 Nov '15

Boa tarde pessoal, Tenho três vetores no R: idade, salario e peso.Preciso fazer uma média ponderada desses salários por idade. Por exemplo:Idade Média Salarial16 20017 35018 40019 800...Se fosse apenas a média salarial, desconsiderando a idade da pessoa usaria o comando weighted.mean(salario,peso). Mas preciso da média por idade. (os vetores são correspondentes, por exemplo, a posição 1 de cada vetor corresponde a mesma pessoa). O vetor de idade não está ordenado. Como posso fazer isso no R? Obrigada, Att.,Thaís Brenda Martins

3 2

Teste de distribuição de erros tabajara
by ASANTOS 06 Nov '15

06 Nov '15

Prezados listeiros, Estou tentando criar uma função para testar a distribuição de erros de normal, poisson e binomial negativa por enquanto, porém não sei o que estou fazendo de errado na minha função e solicito a ajuda de vocês para conseguir achar o erro, segue CRM: ## Teste de distribuição de erros tabajara require(MASS) BD<-rpois(1000,10) ### Valores a serem testados Dist<-c("negative binomial","normal","Poisson") for(typeD in 1:Dist){ k <- fitdistr(BD,typeD[Dist]) par <- k$estimate size <- par[1]#Parametro mu <- par[2]#Média SD<-sd(BD) N <- length(BD) if (typeD[Dist]=='negative binomial'){ ### Para binomial negativa est <-N*dnbinom(BD,size=size,mu=mu) ## Estimativas fecdf <- ecdf(BD) ###ecdf- Função de distribuição cumulativa empírica knotsX <- knots(fecdf) emp <- fecdf(c(knotsX,Inf)) # Empírica chisq.test(table(emp),table(est),correct=TRUE) ##Teste Chi - Quadrado para valiar a significância da distribuição } if (typeD[Dist]=='normal'){ ### Para normal est <-N*dnorm(BD,mean=mu, sd=SD) ## Estimativas fecdf <- ecdf(BD) ###ecdf- Função de distribuição cumulativa empírica knotsX <- knots(fecdf) emp <- fecdf(c(knotsX,Inf)) # Empírica chisq.test(table(emp),table(est),correct=TRUE) ##Teste Chi - Quadrado para valiar a significância da distribuição } if (typeD[Dist]=='Poisson'){ ### Para Poisson est <-N*dpois(BD,lambda=mu) ## Estimativas fecdf <- ecdf(BD) ###ecdf- Função de distribuição cumulativa empírica knotsX <- knots(fecdf) emp <- fecdf(c(knotsX,Inf)) # Empírica chisq.test(table(emp),table(est),correct=TRUE) ##Teste Chi - Quadrado para valiar a significância da distribuição } } # Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

2 2

Re: [R-br] OFF TOPIC - Criar função no emacs para trocar # por ###
by Rafael Tieppo 05 Nov '15

05 Nov '15

Prezado, espero colaborar,Favor add no seu '.emacs' ;;----------------------------------------------------------------------------- ;; Define C-y para fazer linha com 3 sinais de # (global-set-key [?\C-y] (kbd "C-u 0 3 #")) ;;----------------------------------------------------------------------------- Vc pode trocar o y pelo que for mais conveniente para vc. obs: adaptado do Walmes Saudações Rafael Tieppo State University of Mato Grosso - Department of Agricultural Engineering site: http://www2.unemat.br/rafaeltieppo blog: https://sistemasagricolas.wordpress.com "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente". On Thursday, November 5, 2015 11:00 AM, "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Chi-quadrado demonstra associação, mas e daí? (André Figueiras Rutz) 2. Re: Chi-quadrado demonstra associação, mas e daí? (Felipe) 3. Re: quem é o autor de tanks.R ??? (Marcos Vital) 4. Re: Campanha de crowdfunding envolvendo o R e Bioestatística (Marcos Vital) 5. OFF TOPIC - Criar função no emacs para trocar # por ### (Augusto Ribas) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Wed, 4 Nov 2015 16:31:08 -0200 From: André Figueiras Rutz <rutzaf(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Chi-quadrado demonstra associação, mas e daí? Message-ID: <CAE7MPajKj=PL_67o9n-m7bh=8NJxENkErQhUpS-h7my1HWyy1Q(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Caro Leonardo, Acompanhando as perguntas e respostas aprendi coisas interessantes como referência de início de estudo. Sua vontade em ajudar foi sim bastante útil. Obrigado pela sua contribuição. André Rutz Psicólogo Em 04/11/2015 11:53, "Leonardo Ferreira Fontenelle" < leonardof(a)leonardof.med.br> escreveu: > Em Ter 3 nov. 2015, às 22:33, andremoreirazoo escreveu: > > [...] > > Felipe, acho que o caminho é esse mesmo, mas você poderia me ajudar com > comentários nas linhas dos comandos? > > Apesar de gostar de estudar estatística a matemática da coisa não é o > meu forte. Então, uma ajuda para sabe do que se tratacada > comando/resultado me faria entender melhor. > > > André, > > Partindo do princípio de que você saiba os fundamentos de como usar o R, > você pode completar seu conhecimento lendo a ajuda para cada comando que > Felipe usou. Mesmo assim, eu não recomendo que você escreva código assim. > Como você disse, a parte matemática não é seu forte; se você tiver > conhecimento suficiente para escrever alguma coisa, ela provavelmente já > foi escrita. Pior ainda, você pode acabar deixando de usar uma alternativa > melhor, pois existe mais de uma forma de calcular intervalos de confiança. > > Por exemplo, o código que Felipe propões calcula o intervalo de confiança > da diferença de proporções usando o que se costuma chamar método de Wald. > Só que o R já dispõe de uma função para calcular o intervalo de confiança > para a diferença de proporções, que é o prop.test(). Essa função utiliza o > método dos escores de Wilson, que é uma alternativa superior ao método de > Wald > <http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.408.7107&rep=rep1&…>, > especialmente quando a amostra é pequena o suficiente para que isso faça > alguma diferença. > > Repito que existem pacotes como o "PropCIs" e o "binom" com funções que > provavelmente vão atender às suas necessidades, além dos pacotes de > epidemiologia. > > Se você precisa de ajuda para interpretar as estimativas fornecidas pelo > R, você precisa de um livro de estatística (ou epidemiologia). Se você > precisa ajuda para chegar a essas estimativas com o R, a gente pode lhe > ajudar. Mas, agora me ocorreu, talvez você nem precise do R. Dependendo da > complexidade das análises que você pretende realizar, você pode usar o > www.openepi.com. > > Espero ter ajudado mais do que confundido :) > > Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638> > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20151104/439fc86a/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Wed, 4 Nov 2015 18:33:28 -0200 From: Felipe <felipe.e.barletta(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Chi-quadrado demonstra associação, mas e daí? Message-ID: <563A6B98.5070403(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" André, Como o Leonardo disse no e-mail anterior, há pacotes que já calculam medidas como diferença de proporção OR, seus respectivos IC e outras medidas que podem atender suas necessidades no seu estudo. Além dos pacotes que ele já sugeriu, outro que pode consultar é o epiR: https://cran.r-project.org/web/packages/epiR/epiR.pdf Outra sugestão de leitura que gostaria de é o material da professora Silvia Shimakura: http://leg.ufpr.br/~silvia/CE008/ http://leg.ufpr.br/~silvia/CE001/node68.html Veja qual forma se apresenta mais interessante para seu aprendizado, mas quando escrevo as funções no R como calculadora, acredito que os exemplos se tornam mais didáticos mesmo que já implementados em alguns pacotes do R. E como solicitou segue alguns comentários acerca dos comandos que enviei anteriormente: ## Carregando os dados da tabela que enviou no e-mail dados<-matrix(c(250,15,34,14),ncol=2,byrow=T) ## Verificando a existência de associação entre os parasitas através da Estatística Qui-quadrado ## Quando utilizamos o teste o argumento sim=500, há um alerta pois há casela com frequência logo um pressuposto de validade do teste não foi atendido. ## Uma alternativa então é calcular o p-valor através de simulação ou o teste exato de Fisher. Note que quando simulamos o p-valor não é necessário usar a correção de continuidade de Yates. Q<-chisq.test(dados,sim=500) Q Q$observed ### frequência observada Q$expected ### frequência esperada ##Há evidências de se rejeitar H0 # Comandos para obtenção da diferença entre proporções e seu IC(95%) ## Calculando as proporções entre Cryptosporidium negativo e Cryptosporidium positivo p11<-(dados[1,1]/(sum(dados[1,]))) p22<-(dados[1,1]/(sum(dados[1,]))) d<-p11-p21 # diferença entre as proporções vd<-((p11*(1-p11))/(sum(dados[1,])-1)) + ((p21*(1-p21))/(sum(dados[2,])-1)) ## Estimativa para a variância dvd<-sqrt(vd) ## raíz quadrada da variância z<-qnorm(0.975) #percentil da Normal padrão li<- d - (z*dvd) # Limite inferior ls<- d + (z*dvd) # Limite superior cbind(d,li,ls) # Intervalo de Confiança de 95%. Como o valor zero não está contido no IC a diferença é significativa ao nível de 95% de confiança. ##Razão de Chances ou Odds Ratio (OR) e IC95%(OR) OR<-(dados[1,1]*dados[2,2])/(dados[1,2]*dados[2,1]) ## Calculando a /*odds ratio (n11*n22/n12*n21) */## Quando OR=1 indica chances iguais. Se for OR>1, o grupo 1 apresenta maior chance que o grupo 2. ## Para o cálculo do IC para a OR, usamos o logaritmo da OR na base /e./ vf<-(1/dados[1,1])+(1/dados[1,2])+(1/dados[2,1]+(1/dados[2,2])) ##Estimativa para variância dpf<-sqrt(vf) ## raíz quadrada da variância z<-qnorm(0.975) #Percentil da Normal padrão liOR<-exp(log(OR)-z*dpf) #Limite inferior lsOR<-exp(log(OR)+z*dpf) # Limite Superior cbind(OR,liOR,lsOR) ## A chance de não haver Cryptosporidium e Giardia é 6,8 vezes maior que a presença podendo variar entre 3 e 15,4 vezes ao nível de confiança de 95%. -- Atenciosamente Felipe E. Barletta Mendes Estatístico - Conre3 9766-A +55 (41)-92077191 +55 (41)-33287216 -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20151104/ae036f7d/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Wed, 4 Nov 2015 18:17:27 -0300 From: Marcos Vital <marcosvital(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] quem é o autor de tanks.R ??? Message-ID: <CAKLUGQ_d+SyHWigkh=byZMer0+=jiDdYyJt1WQB8Aczc1dLncQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Olá, Rodrigo. Fiz uma postagem falando da sua função, e mencionando alguns outros joguinhos no R. Está aqui, caso queira dar uma olhada: https://cantinhodor.wordpress.com/2015/10/25/tiros-explosoes-e-destruicao-a… Abraços! -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20151104/62339867/atta…> ------------------------------ Message: 4 Date: Wed, 4 Nov 2015 18:20:38 -0300 From: Marcos Vital <marcosvital(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Campanha de crowdfunding envolvendo o R e Bioestatística Message-ID: <CAKLUGQ9W5A2kT0jqZexPAu4u=nOTpuBgHknAVqUhLDjarnubEQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Oi, pessoal Estou passando só para divulgar nossa campanha de financiamento uma última vez, pois estamos a uma semana do final. Relembrando: estamos usando uma campanha de financiamento coletivo para equipar o nosso laboratório e produzir material didático sobre diversos assuntos, incluindo um bocado de Bioestatística e suas aplicações no R. A campanha está aqui, para quem se interessar: http://www.kickante.com.br/campanhas/ciencia-livre-ecologia-e-bioestatistic… Abraços! -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20151104/1d033226/atta…> ------------------------------ Message: 5 Date: Thu, 5 Nov 2015 10:38:13 -0300 From: Augusto Ribas <ribas.aca(a)gmail.com> To: R-br Lista <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] OFF TOPIC - Criar função no emacs para trocar # por ### Message-ID: <CACMkfRwN6HdTp_912PKHpLWYzJjLCaL+zAxkffuu9y26VTWGHQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Ola a todos. Bem eu tenho usado o emacs como ide para o R, mas sempre tive alguns problemas com identação. Pelo que entendo, no emacs, ele le comentário como três #, tipo ###. Mais ou menos esse problema, mas com hashtag http://stackoverflow.com/questions/26312317/wrong-indentation-of-comments-i… Assim quando eu ponho o comentário como um #, se dou um enter logo a frente desse #, o emacs identa e joga la pra frente. Pesquisando no google, eu achei gente reclamando da mesma coisa, e a solução que vi foi desligar a identação automática, o que é ruim, porque é legal o código identado bonitinho. Dai eu pensei, se teria como fazer uma função e deixar no .emacs , para que o emacs pega-se toda hora que eu digita-se #, ele transformasse em ###, porque ### funciona perfeito, mas é chato digitar três ###. Ai estou lendo esse tutorial https://www.masteringemacs.org/article/mastering-key-bindings-emacs E vendo que da para alterar o key-map do teclado, se entendi bem, e trocar teclas para outras funções, mas não estou conseguindo implementar isso pra deixar no .emacs para quando iniciar o emacs, toda hora que eu digitar #, na tela vira três ### Será que alguém poderia dar uma luz aqui? -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://recologia.com.br/ <http://augustoribas.heliohost.org> Github: https://github.com/Squiercg Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20151105/2c14d559/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 59, assunto 5 ****************************************

2 1

OFF TOPIC - Criar função no emacs para trocar # por ###
by Augusto Ribas 05 Nov '15

05 Nov '15

Ola a todos. Bem eu tenho usado o emacs como ide para o R, mas sempre tive alguns problemas com identação. Pelo que entendo, no emacs, ele le comentário como três #, tipo ###. Mais ou menos esse problema, mas com hashtag http://stackoverflow.com/questions/26312317/wrong-indentation-of-comments-i… Assim quando eu ponho o comentário como um #, se dou um enter logo a frente desse #, o emacs identa e joga la pra frente. Pesquisando no google, eu achei gente reclamando da mesma coisa, e a solução que vi foi desligar a identação automática, o que é ruim, porque é legal o código identado bonitinho. Dai eu pensei, se teria como fazer uma função e deixar no .emacs , para que o emacs pega-se toda hora que eu digita-se #, ele transformasse em ###, porque ### funciona perfeito, mas é chato digitar três ###. Ai estou lendo esse tutorial https://www.masteringemacs.org/article/mastering-key-bindings-emacs E vendo que da para alterar o key-map do teclado, se entendi bem, e trocar teclas para outras funções, mas não estou conseguindo implementar isso pra deixar no .emacs para quando iniciar o emacs, toda hora que eu digitar #, na tela vira três ### Será que alguém poderia dar uma luz aqui? -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://recologia.com.br/ <http://augustoribas.heliohost.org> Github: https://github.com/Squiercg Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

1 0

Re: [R-br] Campanha de crowdfunding envolvendo o R e Bioestatística
by Marcos Vital 04 Nov '15

04 Nov '15

Oi, pessoal Estou passando só para divulgar nossa campanha de financiamento uma última vez, pois estamos a uma semana do final. Relembrando: estamos usando uma campanha de financiamento coletivo para equipar o nosso laboratório e produzir material didático sobre diversos assuntos, incluindo um bocado de Bioestatística e suas aplicações no R. A campanha está aqui, para quem se interessar: http://www.kickante.com.br/campanhas/ciencia-livre-ecologia-e-bioestatistic… Abraços! -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

1 0

Re: [R-br] quem é o autor de tanks.R ???
by Marcos Vital 04 Nov '15

04 Nov '15

Olá, Rodrigo. Fiz uma postagem falando da sua função, e mencionando alguns outros joguinhos no R. Está aqui, caso queira dar uma olhada: https://cantinhodor.wordpress.com/2015/10/25/tiros-explosoes-e-destruicao-a… Abraços! -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

1 0

Chi-quadrado demonstra associação, mas e daí?
by André Lucas de Oliveira Moreira 03 Nov '15

03 Nov '15

Prezados membros da lista R-br, Solicito a ajuda de vocês para resolver o seguinte problema: Tenho duas espécies de parasitas e alguns fatores que podem estar associados a incidência deles, como o período climático e a própria presença de um dos parasitas. Então executei o qui-quadrado para os seguintes dados: Giardia negativa Giardia positiva Cryptosporidium negativo 79,9% (250/313) 4,8% (15/313) Cryptosporidium positivo 10,9% (34/313) 4,5% (14/313) O resultado do chi-quadrado é siginificativo, mas como interpretar/extrair mais informações além do fato de os fatores estarem associados? O teste fala que há associação, mas apenas 4,5% das amostras continham os dois parasitas ao mesmo tempo. Pesquisei bastante sobre isso e o que achei foi algo muito sucinto sobre odds ratio, mas não entendi, nem saberia fazer no R. Agradecido, André -- *MSc. André Lucas de O. Moreira* http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562 79 9132-9093

4 4

(sem assunto)
by Lester Cavero 03 Nov '15

03 Nov '15

1 0