Novembro 2015 - R-br

Resíduos e MCMCglmm
by Filipe Cristovão 23 Nov '15

23 Nov '15

Olá, Bom dia. Talvez o assunto aqui abordado não seja tanto sobre o uso geral do software, mas uma questão teórica sobre estatística. Espero estar adequado às “guidelines” do grupo. Recentemente tenho optado por analisar meus dados usando MCMCglmm, isso se deu por várias questões, mas principalmente pela liberdade que o pacote me dá de criar meus “priors" e de poder controlar meus dados filogenéticamente. Contudo, sempre ouvi e li que “os resíduos de um modelo seguindo MCMCglmm devem ter distribuição normal”. Ai sequem algumas questões sobre isso: I) Isso é mesmo verdade absoluta? Pergunto isso porque tenho uma variável que não consigo normalizar. Essa variável apresenta uma distribuição gamma com uma obliqüidade positiva (ou "positive skewed”). Já tentei de tudo inclusive o “milagroso” boxcox. É uma variável que não se normaliza - se é que posso dizer isso =). II) Mesmo com meus resíduos não obedecendo uma distribuição normal, levei em consideração alguns dados importantes do “output” do meu modelo: i) não existe colinearidade entre as variáveis, ii) a influência da filogenia da minha amostra (ou melhor da diversidade filogenetica da minha amostra) é “irrelevante” - pois apresenta um intervalo de confiança exageradamente pequeno, iii) e os resultados são os mesmos (diferentes valores mesma direção) que quando conduzo um glm por exemplo. As questões são: a) poderia ignorar o controle filogenético? b) Ou existe outra maneira de normalizar meus dados? e por fim c) Em algum outro pacote posso controlar meu modelo quanto à filogenia e ainda assim executar meu modelo usando estatística "bayseana"? Obrigado pela paciência ao ler o email =) Atenciosamente, Filipe Cristovão R. da Cunha Anthropological Institute & Museum University of Zurich - Campus Irchel Winterthurerstrasse 190, CH-8057 Zürich Switzerland www.aim.uzh.ch/Research/birdfamilies/filipe.html <http://www.aim.uzh.ch/Research/birdfamilies/filipe.html> <http://www.flickr.com/photos/filipe_cristovao>www.flickr.com/photos/filipe_cristovao <http://www.flickr.com/photos/filipe_cristovao>

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 59, assunto 21
by Wilson Cohen 22 Nov '15

22 Nov '15

Uso R e RStudio atualizados em 3 máquinas: note com Ubuntu Trusty, note com Linux Mint 17 e PC com LInux Mint 17......tudo rodando redondinho!!.....com certeza problemas no Rwindows!! Seja Livre, Use Linux!! Em 22 de novembro de 2015 11:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Problema na ultima versão do RStudio (Leonardo Monteiro) > 2. Re: Problema na ultima versão do RStudio (Jobenil - Gmail) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sat, 21 Nov 2015 15:28:43 +0000 > From: Leonardo Monteiro <monteiroleonardo6(a)gmail.com> > To: Lista R <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Problema na ultima versão do RStudio > Message-ID: > < > CAH4vHCHQjekqJVcS07WU+wa4rnBJBRHbARsFyhJXXP2Ub7-AqA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Prezados, Venho rodando o R em Windows 10.. > > Fiz o update do RStudio dia 13/novembro e nao estou conseguindo a mesma > performance, ou melhor, nem estou conseguindo abrir, e quando o programa > abre, fica tudo travado e nao consigo rodar os meus codigos. > > Para desligar, eu estou conseguindo apenas pelo Gerenciador de tarefas > (ctrl+alt+del). > > Alguem sugere alguma coisa para resolver este problema? (que nao seja > trocar o OS kkk) > > obrigado. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20151121/5b72af39/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Sat, 21 Nov 2015 13:41:05 -0200 > From: Jobenil - Gmail <pjobenil(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Problema na ultima versão do RStudio > Message-ID: <FDEE088F-7613-45F5-80E8-3E4F429CB5A9(a)gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset=utf-8 > > Em três máquinas diferentes, todas com win 10, instalei e uso sem > problemas o RStudio e R. > Acho que você deve verificar a instalação do Windows. Quando ocorre o > travamento ele envia uma mensagem de log para Microsoft. Tente verificar > qual é o tipo de erro e consultar no próprio suporte da Microsoft como > reparar o erro. > At. > Jobenil > > Enviado do meu iPhone > > > Em 21 de nov de 2015, às 13:28, Leonardo Monteiro < > monteiroleonardo6(a)gmail.com> escreveu: > > > > Prezados, Venho rodando o R em Windows 10.. > > > > Fiz o update do RStudio dia 13/novembro e nao estou conseguindo a mesma > performance, ou melhor, nem estou conseguindo abrir, e quando o programa > abre, fica tudo travado e nao consigo rodar os meus codigos. > > > > Para desligar, eu estou conseguindo apenas pelo Gerenciador de tarefas > (ctrl+alt+del). > > > > Alguem sugere alguma coisa para resolver este problema? (que nao seja > trocar o OS kkk) > > > > obrigado. > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 59, assunto 21 > ***************************************** > -- *Prof. MSc. Wilson Martins da Silva* *Mestre em Ecologia Aquática e Pesca - PPGEAP/ICB/UFPA* *Especialista em Biodiversidade Amazônica - UFPA/ATMDepto de Morfologia e Ciências Fisiológicas* *Centro de Ciências Biológicas e da Saúde* *Universidade do Estado do Pará* *Campus IX - Altamira - Pará* http://lattes.cnpq.br/2440617911389759 wilsoncelula(a)gmail.com, wilsonms(a)ufpa.br

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Problema na ultima versão do RStudio
by Leonardo Monteiro 21 Nov '15

21 Nov '15

Prezados, Venho rodando o R em Windows 10.. Fiz o update do RStudio dia 13/novembro e nao estou conseguindo a mesma performance, ou melhor, nem estou conseguindo abrir, e quando o programa abre, fica tudo travado e nao consigo rodar os meus codigos. Para desligar, eu estou conseguindo apenas pelo Gerenciador de tarefas (ctrl+alt+del). Alguem sugere alguma coisa para resolver este problema? (que nao seja trocar o OS kkk) obrigado.

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Re: [R-br] : Extensão .DBC
by sznelwar 20 Nov '15

20 Nov '15

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📊 Curso Básico de R + RStudio 📈
by Leonardo Aguirre 18 Nov '15

18 Nov '15

> De: Leonardo Aguirre <leoaguirre32(a)gmail.com> > Data: 18 de novembro de 2015 10:35:48 BRST > Assunto: 📊 Curso Básico de R + RStudio 📈 > > Pessoal, > > Segue divulgação de um curso de R em Brasília, caso alguém tenha interesse. > As inscrições podem ser feitas em http://oddsactions.com.br/cursos/inscricao/ > > Abraços, > > Enviado do meu iPhone > > Início da mensagem encaminhada > >> De: Odds&Actions - Inteligência Analítica <contato(a)oddsactions.com.br> >> Data: 18 de novembro de 2015 09:59:55 BRST >> Para: <leoaguirre32(a)gmail.com> >> Assunto: 📊 Curso Básico de R + RStudio 📈 >> Responder A: Odds&Actions - Inteligência Analítica <contato(a)oddsactions.com.br> >> >> >> Inscrições abertas para o Curso de R e RStudio Veja esse e-mail em seu navegador. >> >> Curso Básico de R + RStudio >> Aprenda a programar na língua universal de análise de dados. >> >> Quem deveria aprender R? >> >> Se você trabalha com análises de dados, sejam eles de planilhas de Excel, dados de pesquisas, bancos de dados da sua empresa ou qualquer outra fonte de informação, o R é para você. E a melhor parte: você não precisa saber programar para aprender R. >> >> O que o R é capaz de fazer? >> >> Manusear bases de dados, gerar relatórios estatísticos com tabelas, gráficos e mapas profissionais, criar aplicações estilo dashboards, criar modelos preditivos, fazer análises de redes sociais, trabalhar com Big Data e muito mais. >> >> Como funciona o curso? >> >> Nossa próxima turma será dos dias 7 a 11 de dezembro, no período da manhã (9:00-12:00), na SCLRN 710 Bloco A. Nesses dias, ensinaremos você: a estrutura básica da linguagem R; como importar, manipular e exportar dados; como gerar estatísticas básicas; como gerar seus primeiros gráficos; e como escrever suas próprias funções. Faremos vários exercícios ao longo do curso e espero que você se divirta com nossos desafios! >> >> Investimento: R$ 700 (setecentos reais) por pessoa. >> (à vista ou em 2x de R$ 350) >> Não é necessário levar notebook. >> >> Que tal aprender a programar em R? Inscreva-se agora! >> Essa é uma turma especial e estamos abrindo apenas 5 vagas! >> Inscreva-se agora >> Odds&Actions © 2015 Odds&Actions - Inteligência Analítica, Todos os direitos reservados. >> Você se inscreveu em nosso mailing pelo site http://oddsactions.com.br/cursos >> >> Nosso endereço: >> Odds&Actions - Inteligência Analítica >> SCN Quadra 2 Bloco D Entrada B Sala 823 Parte A >> Brasília, DF 70712-903 >> Brazil >> >> Add us to your address book >> me remova dessa lista editar preferências de recebimento >> >>

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ajuste com glmmADMB
by Iábita Fabiana 18 Nov '15

18 Nov '15

Boa noite! Estou tentando analisar um conjunto de dados de germinação, utilizando o pacote glmmADMB, o meu conjunto de dados é como o que se segue: dose dias Rep germ Incrustrado 0 1 1 0 Sim 0 2 1 0 Sim 0 3 1 0 Sim 0 4 1 0 Sim 0 5 1 12 Sim 0 6 1 13 Sim 0 7 1 0 Sim 0 8 1 4 Sim 0 9 1 0 Sim 0 10 1 1 Sim 0 11 1 3 Sim 0 12 1 0 Sim 0 1 2 0 Sim (...) (...) (...) (...) 0 12 6 0 Sim (...) (...) (...) (...) 16 6 6 2 Sim 16 7 6 0 Sim 16 11 6 0 Sim 16 12 6 0 Sim 0 1 1 8 Não 0 2 1 23 Não (...) (...) (...) (...) 0 11 6 0 Não 0 12 6 0 Não (...) (...) (...) (...) (...) 8 12 4 0 Não 16 10 6 0 Não 16 11 6 0 Não 16 12 6 0 Não Em que Dose= são 6 diferentes doses (0,1,2,4,8,16) de composto para acelerar a germinação Rep= 6 repetições (gerbox com 50 sementes cada) Germ= quantidade de sementes germinadas no dia Dias= dias em que foi feita a contagem Incrustrado= Informação se era incrustrada ou não A cada dia, durante 12 dias era observado a quantidade de sementes germinadas. Os dados são inflacionados de zeros. Então estou tentando analisar usando uma distribuição binomial negativa com inflação de zeros. Com o seguinte código para ajustar, porém estou com dúvida quanto se essa seria a especificação correta do modelo, pois obtive umas estimativas negativas que não fazem sentido. Se alguém tiver mais familiaridade nesse tipo de análise qualquer ajuda seria bem vinda. M1<-glmmadmb(germ~(dose+dias)*incrustrado,random=~(1|rep),data=da,family="nbinom1",zeroInflation=TRUE) Desde já agradeço a atenção, Fabiana

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Extensão .DBC
by Rafael Costa 18 Nov '15

18 Nov '15

Prezados, Existe alguma forma de ler o formato .dbc diretamente no R? A forma que faço geralmente é utilizar o programa tabwin para converter .dbc para .dbf. O problema todo reside no fatos que os dados ficam muito pesados. Certo de sua colaboração, agradeço desde já! Respeitosamente, -- *Rafael Carneiro da CostaDoutorando em EconomiaCentro de Pós-Graduação em Economia - CAENUniversidade Federal do Ceará - UFC*

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Excluir linhas com NA de um dataframe
by Yury Duarte 17 Nov '15

17 Nov '15

Boa tarde! Estou tentando excluir as linhas de uma coluna em especifico, na qual ocorrem algumas falhas de dados, representadas por NA. Tentei o comando: is.na(dados$coluna) Com ele, obtive uma saída no formato T/F. Gostaria de saber como aplico ao meu objeto "dados" apenas os valores de TRUE, onde não há falha de dados. Desde já, agradeço pela ajuda! Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Laço para gerar Subconjuntos
by Michelle Bau Graczyk 16 Nov '15

16 Nov '15

Caros, bom dia… Estou com uma dúvida bem boba mas não consigo resolver! Eu tenho um data frame que a primeira coluna é a data, a segunda é o horário e as outras seis são dados como preço e volume. Os dias estão em forma numérica e eu os deixei assim porque achei que seria mais fácil fazer o laço. O objetivo é que para cada daia eu ache o valor inicial e final do preço assim como o seu máximo e seu mínimo. Estou tendo problemas somente em trocar de dia. Abaixo segue um pedaço reduzido do data frame e o código. Alguém poderia me dar uma dica? Muito obrigada! AA<-read.table("/Users/bau/Dropbox/AA.N_ExemploReduzido.csv",header=TRUE + ,dec=".",as.is=TRUE, sep=",") > #AA > dput(AA) structure(list(X37988 = c(37988L, 37988L, 37988L, 37988L, 37988L, 37988L, 37991L, 37991L, 37991L, 37991L, 37992L, 37992L, 37992L, 37992L), X34244.059 = c(34251.038, 34263.36, 34296.73, 34301.369, 34318.91, 34324.707, 34398.295, 34400.585, 34416.511, 34425.892, 34250.443, 34252.127, 34266.757, 34273.928), X.1 = c(-1, -1, 38.05, 38.06, 38.06, 38.04, 37.8, 37.8, 37.85, 37.85, -1, -1, 38.85, 38.85), X.1.1 = c(-1L, -1L, 32L, 2L, 4L, 1L, 50L, 50L, 1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 1L), X.1.2 = c(-1, -1, 38.08, 38.08, 38.07, 38.07, 38.3, 38.3, 37.95, 37.95, -1, -1, 38.95, 38.95), X.1.3 = c(-1L, -1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 203L, 203L, 1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 1L), X38 = c(38, 38, 38.05, 38.06, 38.06, 38.05, 37.9, 37.9, 37.9, 37.9, 38.9, 38.9, 38.9, 38.9), X55900 = c(600L, 5000L, 6000L, 1500L, 500L, 4500L, 161800L, 500L, 3700L, 1100L, 125000L, 1100L, 400L, 1000L )), .Names = c("X37988", "X34244.059", "X.1", "X.1.1", "X.1.2", "X.1.3", "X38", "X55900"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -14L)) > > matriz<-matrix(NA,230,4)## numero de linhas é o numero de dias. > colnames(matriz)<-c("open","close","low","higth") > i<-1 > for( x in 37988:38000){ + + + #x<-37988 + + if(AA$data==x){ + AA1<-subset(AA,AA$data==x) + matriz[i,1]<-AA1[1,7] + matriz[i,2]<-AA1[nrow(AA1),7] + matriz[i,3]<-min(AA1$last) + matriz[i,4]<-max(AA1$last) + + i=i+1 + } + AA<-read.table("/Users/bau/Dropbox/AA.N_ExemploReduzido.csv",header=TRUE + ,dec=".",as.is=TRUE, sep=",") + #AA + dput(AA) + + matriz<-matrix(NA,3,4)## numero de linhas é o numero de dias. + colnames(matriz)<-c("open","close","low","higth") + i<-1 + for( x in 37988:37992){ + + + + + if(AA$data==x){ + AA1<-subset(AA,AA$data==x) + matriz[i,1]<-AA1[1,7] + matriz[i,2]<-AA1[nrow(AA1),7] + matriz[i,3]<-min(AA1$last) + matriz[i,4]<-max(AA1$last) + + i=i+1 + } + } + matriz + write.table(matriz,"Matriz4ParametrosPreço.txt") +

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Reorganizar um data.frame
by Michelle Bau Graczyk 15 Nov '15

15 Nov '15

Caros, boa noite, Eu usei a função dcast() para reorganizar meu data frame pois meu objetivo era calcular a media do volume por hora. Eu tinha: AA1 data hora preco volume horaid 1 01.07.2004 09:31 51.37 27900 1 2 01.07.2004 09:32 51.32 100 2 3 01.07.2004 09:33 51.45 700 3 e fiz ficar: require(reshape2) AA2 <- dcast(AA, data~hora, value.var='volume') head(AA2[,1:8], 3) # data 09:31 09:32 09:33 09:34 09:35 09:36 09:37 # 1 2004-07-01 27900 100 700 1000 800 3000 1600 # 2 2004-07-02 145400 500 NA 500 6900 NA 4400 # 3 2004-07-06 3200 2300 3800 1500 NA 1100 3700 Porém, quero dividir o meu volume de AA1 pela media por hora de AA2, ou seja, para todos os volumes de 09:31 de AA1, quero dividir pela média de AA2[,2](media do volume da hora 09:31). Eu consigo fazer isso no formato de AA2: seria AA2[,2]/mean(AA2[,2]).Porém, eu quero que fique no formato de AA1. Alguém saberia me dar uma dica como eu devo proceder? Como a quantidade de horários e cada dia são diferentes, não consigo fazer de uma forma mais simples. Muito obrigada, Michelle

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