Maio 2014 - R-br - DINF UFPR

Off Topic: As Ferramentas do Cientista de Dados
by Nei 28 Mai '14

28 Mai '14

Oi Pessoal, Um curso do "Coursera" sobre análise de dados que, pelo que eu entendi, vai falar também sobre o R. In this course you will get an introduction to the main tools and ideas in the data scientist's toolbox. The course gives an overview of the data, questions, and tools that data analysts and data scientists work with. There are two components to this course. The first is a conceptual introduction to the ideas behind turning data into actionable knowledge. The second is a practical introduction to the tools that will be used in the program like version control, markdown, git, GitHub, R, and RStudio. Mais informações: https://www.coursera.org/course/datascitoolbox

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Orientação dos pontos cardeais no mapa e escala
by Edson Lira 28 Mai '14

28 Mai '14

Caros amigos e Eder, como faço para ver a escala que estou plotando o mapa? Como coloco a orientação dos pontos cardeais no mapa? (Acho que chama de rosa dos ventos) [ ]'s Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Modelo efeito misto - decomposição R2 marginal
by Fernando Souza 27 Mai '14

27 Mai '14

Caros Amigos, Fiz uma análise de regressão utilizando o modelo de efeito misto. Eu desejo fazer o coeficiente de determinação parcial conforme descrito no livro do Kutner, et al (Applied linear statistical Models, ) <http://www.amazon.com/Applied-Linear-Statistical-Models-Michael/dp/00731087…> 5° edição, paginas 268-269 para obter uma estimativa de quanto cada variável incluída no modelo contribuiu para o R2 geral ( ou seja a contribuição marginal de cada variável para a redução da variação quando todas as outras variáveis estão no modelo- No livro é chamado de coeficiente parcial de determinação). O R2 do modelo deve ser igual a soma do R2 parcial de cada variável individualment (R2modelo= R2variável1+R2variável2...). Fiz uma função para automatizar os passos descritos no livro, como vocês poderão ver a soma do R2 parcial de cada variável difere do R2 geral do modelo. Acredito que eu possa ter entendido algo errado, por isso gostaria de ajuda. Alguém da lista ja fez este tipo de avaliação? DATA<- structure(list(DATA = structure(c(25L, 27L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 26L, 28L, 25L, 27L), .Label = c("01/09/13", "02/09/13", "03/09/13", "04/09/13", "05/09/13", "07/09/13", "08/09/13", "10/09/13", "11/09/13", "14/09/13", "15/09/13", "16/09/13", "17/09/13", "18/09/13", "19/09/13", "20/09/13", "21/09/13", "22/09/13", "23/09/13", "24/09/13", "25/09/13", "26/09/13", "27/09/13", "28/09/13", "29/08/13", "29/09/13", "30/08/13", "30/09/13"), class = "factor"), GEST = c(63L, 64L, 66L, 67L, 68L, 69L, 70L, 72L, 73L, 75L, 76L, 79L, 80L, 81L, 82L, 83L, 84L, 85L, 86L, 87L, 88L, 89L, 90L, 91L, 92L, 93L, 94L, 95L, 63L, 64L), MANEJO = c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), DIAS = c(1L, 2L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 10L, 11L, 13L, 14L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L, 26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 1L, 2L), ANIMAL = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L), .Label = c("5", "4"), class = c("ordered", "factor")), CONSUMO = c(1.43, 1.24, 2, 1.29, 0.94, 1.99, 1.48, 1.25, 1.8, 2.16, 1.36, 1.33, 2.25, 1.1, 1.78, 1.47, 2, 2.07, 1.35, 1.84, 1.86, 1.5, 1.31, 1.45, 1.46, 2.51, 2.77, 1.89, 1.39, 1.68), PV = c(40, 40.06, 40.18, 40.24, 40.3, 40.36, 40.42, 40.54, 40.6, 40.72, 40.78, 40.99, 41.04, 41.08, 41.13, 41.17, 41.22, 41.26, 41.31, 41.35, 41.4, 41.45, 41.49, 41.54, 41.58, 41.63, 41.67, 41.9, 32.3, 32.47), TEMPMIN = c(11.85, 11.85, 17.9, 18.45, 18.6, 19.6, 19.2, 17.8, 18.7, 15.5, 15.55, 18.7, 18.15, 17.55, 17.85, 18.75, 20.95, 19.3, 19.35, 19.4, 18.8, 17.65, 17.75, 16.45, 16.95, 18.4, 21.1, 18.2, 11.85, 11.85), TEMPMAX = c(28.05, 28.05, 30, 30.9, 30.8, 30.35, 31.2, 27.9, 31.3, 28.6, 28.25, 31.95, 32.75, 30.7, 31.65, 32.85, 32.65, 33.2, 33.05, 24.7, 24.35, 24.95, 28, 28.15, 30.9, 33.1, 34.95, 26.65, 28.05, 28.05), URAMIN = c(38, 38, 40, 41.5, 43, 42.5, 41, 61.5, 44.5, 41.5, 41, 18, 19.5, 26.5, 19.5, 19.5, 20, 25.5, 29, 70, 71.5, 42.5, 50, 44, 31, 23, 15.65, 46.5, 38, 38), URAMAX = c(89, 89, 94, 91, 91, 96.5, 94.5, 99, 95.5, 91, 93, 74.5, 74.5, 75.5, 77, 76, 80, 88, 92, 94, 93.5, 94, 91.5, 85.5, 83.5, 79, 51.75, 77.5, 89, 89), TEMPMEC = c(19.95, 19.95, 23.95, 24.68, 24.7, 24.98, 25.2, 22.85, 25, 22.05, 21.9, 25.33, 25.45, 24.13, 24.75, 25.8, 26.8, 26.25, 26.2, 22.05, 21.58, 21.3, 22.88, 22.3, 23.93, 25.75, 28.03, 22.43, 19.95, 19.95), URAMED = c(63.5, 63.5, 66.25, 69.5, 67.75, 80.25, 70, 67, 47.75, 47, 48.25, 56.75, 60.5, 82.5, 68.25, 70.75, 64.75, 51, 63.5, 62, 56.75, 84.25, 84.25, 64.25, 64.5, 57.75, 72.25, 74.75, 63.5, 63.5 ), ITH = c(4, 4, 151, 220, 212, 304, 267, 82, 133, 20, 16, 201, 231, 246, 218, 317, 343, 230, 302, 40, 21, 49, 147, 51, 143, 238, 409, 82, 4, 4), IMS = c(0.9, 0.62, 0.69, 1.62, 0.81, 1.16, 1.45, 0.87, 0.86, 0.86, 1.04, 1.68, 0.68, 0.56, 1.47, 1.04, 1.14, 0.66, 0.97, 1.35, 1.14, 1.05, 1.52, 0.77, 0.95, 0.84, 1.31, 1.52, 1, 1.37), cook = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0)), .Names = c("DATA", "GEST", "MANEJO", "DIAS", "ANIMAL", "CONSUMO", "PV", "TEMPMIN", "TEMPMAX", "URAMIN", "URAMAX", "TEMPMEC", "URAMED", "ITH", "IMS", "cook"), row.names = c("178", "179", "181", "182", "183", "184", "185", "187", "188", "190", "191", "194", "195", "196", "197", "198", "199", "200", "201", "202", "203", "204", "205", "206", "207", "208", "209", "210", "211", "212"), class = c("nffGroupedData", "nfGroupedData", "groupedData", "data.frame"), formula = CONSUMO ~ I(PV^0.75) + IMS + GEST + TEMPMAX + TEMPMIN + URAMIN + URAMAX + as.numeric(ITH) | ANIMAL, FUN = function (x) max(x, na.rm = TRUE), order.groups = TRUE) modelocompleto<-lme(fixed=CONSUMO~GEST+as.numeric(ITH),data=DATA,correlation=corAR1(form=~GEST|ANIMAL),na.action=na.omit,weights=varIdent(form=~1|ANIMAL),random=~1|ANIMAL,method="REML") modeloreduzidoGEST<-update(modelocompleto,fixed=CONSUMO~as.numeric(ITH),random=~1|ANIMAL,method="REML",control=ctrl) modeloreduzidoITH<-update(modelocompleto,fixed=CONSUMO~GEST,random=~1|ANIMAL,method="REML",control=ctrl) R2partial<-function(modelocompleto,modeloreduzidoGEST,modeloreduzidoITH){ SSRGEST<-(sum(resid(modeloreduzidoGEST)^2) - sum(resid(modelocompleto)^2)) SSRITH<-(sum(resid(modeloreduzidoITH)^2) - sum(resid(modelocompleto)^2)) SSEGEST<-sum(resid(modeloreduzidoGEST)^2) SSEITH<-sum(resid(modeloreduzidoITH)^2) R2partialGEST<-SSRGEST/SSEGEST R2partialITH<-SSRITH/SSEITH resultado1<-paste("R2parcial-GEST",R2partialGEST,sep=":") resultado2<-paste("R2parcial-ITH",R2partialITH,sep=":") R2total<-paste("R2total",sum(R2partialGEST,R2partialITH),sep=":") return(c(resultado1,resultado2,R2total)) } R2partial(modelocompleto,modeloreduzidoGEST,modeloreduzidoITH) # R2 parcial para cada uma das vaiáveis install.packages("MuMIn") library(MuMIn) r.squaredGLMM(modeloreduzidoGEST) #R2 Geral

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Mapa de doações de Manaus
by Edson Lira 27 Mai '14

27 Mai '14

Bom dia a todos, estou tentando montar um mapa com as doações de Manaus em 2011. Gostaria de identificar as zonas e as quantidades de doações nos mapas. Nos links abaixo o conjunto de dados, o mapa e o script para vossa avaliação. BANCO DE DADOS http://www.datafilehost.com/d/5788408d BAIRRO SHP http://www.datafilehost.com/d/a2152f59 SCRIPT http://www.datafilehost.com/d/65374a09 FIGURA GERADA - MAPA DE DOAÇÕES 2011 http://www.datafilehost.com/d/fabd9abc [ ]'S Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Curvas de Índice de Sítio no R
by Maciel Paulino 24 Mai '14

24 Mai '14

Caro Colegas, boa tarde! Gostaria de saber se alguém já trabalhou no desenvolvimento de curvas de índice de sítio para povoamentos florestais no R? Estou tentando desenvolver os scripts e até agora consigo trabalhar com modelos lineares (Schumacher, Backmann) no R, mas os não-lineares (Chapman & Richards) estão dando um pouco mais de trabalho. Se alguém pudesse me passar alguns exemplos ou indicar alguém, já seria de grande valia! Um ótimo final de semana. Att. Maciel -- *Maciel Batista Paulino* Engenheiro Florestal - UFPR Mestre em Engenharia Florestal - UFPR *macielufpr(a)gmail.com <macielufpr(a)gmail.com>* Skype: macielfloresta (41) 9862-3732

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Erro na função integrate
by Alisson Lucrecio 24 Mai '14

24 Mai '14

Caro Colegas, Boa noite. Eu estou tentando solução a integral dessa equação dvg com a função integrate, mas o resultado é muito superior ao esperado, algum colega poderia me ajudar apontando possíveis erros? Obrigado. > dvg <- function(x, ts, tr, a, n){+ tr+(ts-tr)/((1+(a*x)^n)^(1-1/n))+ }> dvg <- function(x){+ 0.23+(0.64-0.23)/((1+(1.22*x)^1.34)^(1-1/1.34))+ }> dvg(10) - dvg(1500)[1] 0.1417496> integrate(dvg, lower = 10, upper = 1500)412.4841 with absolute error < 0.0011 -- Alisson Lucrecio da Costa

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Erro em função out_rem
by Alisson Lucrecio 22 Mai '14

22 Mai '14

Caros Colegas, Bom dia. Eu estou tentanto criar uma função para encontrar os outlier em uma data frame e substituir pela média, mas esta acontecendo a seguinte mensagem de erro descrito abaixo. Alguém saberia como solucionar esse problema? Obrigado. > str(tab1) 'data.frame': 40 obs. of 13 variables: $ Tempo : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... $ Fo : int 58 84 69 67 90 85 77 86 85 76 ... $ Fm : int 240 427 290 331 424 373 351 375 393 302 ... $ Fv.Fm : num 0.758 0.803 0.762 0.798 0.788 0.772 0.781 0.771 0.784 0.748 ... $ ETR : num 20 22.4 22.3 23.9 20.1 20.7 18 23.9 27.5 24.2 ... $ Clorofila: num 58.3 67.8 49.8 74.8 59.6 63.6 52.2 56.6 54.4 58.5 ... $ MS : num 0.57 0.69 0.71 0.81 0.48 1.2 0.55 0.68 0.55 0.3 ... $ Umid : num 58.1 62.5 63 58 63.6 ... $ Zn : num 33.5 100.5 93.9 127.4 535 ... $ Cu : num 27.7 27.7 27.7 27.7 27.6 ... $ Fe : num 1714 857 1660 1145 1141 ... $ Mn : num 612 1434 1068 1541 716 ... $ Ca : num 0.158 0.493 0.118 0.355 0.374 ... > dput(tab1) structure(list(Tempo = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 4, 4, 4, 4, 4, 6, 6, 6, 6, 6, 8, 8, 8, 8, 8, 10, 10, 10, 10, 10, 12, 12, 12, 12, 12), Fo = c(58L, 84L, 69L, 67L, 90L, 85L, 77L, 86L, 85L, 76L, 91L, 84L, 81L, 180L, 82L, 126L, 132L, 128L, 136L, 122L, 201L, 247L, 184L, 227L, 221L, 268L, 304L, 284L, 311L, 318L, 249L, 258L, 286L, 243L, 275L, 240L, 241L, 250L, 241L, 228L), Fm = c(240L, 427L, 290L, 331L, 424L, 373L, 351L, 375L, 393L, 302L, 231L, 217L, 207L, 349L, 137L, 233L, 232L, 202L, 239L, 197L, 446L, 533L, 418L, 337L, 492L, 463L, 396L, 429L, 430L, 455L, 481L, 469L, 599L, 524L, 460L, 244L, 543L, 418L, 398L, 474L), Fv.Fm = c(0.758, 0.803, 0.762, 0.798, 0.788, 0.772, 0.781, 0.771, 0.784, 0.748, 0.602, 0.613, 0.609, 0.484, 0.401, 0.459, 0.431, 0.366, 0.431, 0.381, 0.549, 0.537, 0.56, 0.326, 0.551, 0.421, 0.232, 0.338, 0.277, 0.301, 0.482, 0.45, 0.523, 0.536, 0.402, 0.016, 0.556, 0.402, 0.394, 0.519), ETR = c(20, 22.4, 22.3, 23.9, 20.1, 20.7, 18, 23.9, 27.5, 24.2, 14.7, 16.3, 17.2, 6.1, 10.5, 6.5, 7.4, 4.8, 9.7, 7.1, 8, 12.1, 9, 5.5, 5.8, 7.3, 2.9, 4.9, 4.1, 4.6, 5.4, 6.9, 3.9, 6, 4.9, 0.3, 6.3, 4.1, 3.5, 8.2), Clorofila = c(58.3, 67.8, 49.8, 74.8, 59.6, 63.6, 52.2, 56.6, 54.4, 58.5, 58.1, 64.8, 46.4, 49.2, 43.7, 60.1, 48.1, 66, 50.4, 53, 56.2, 61, 50.8, 45.3, 56.6, 46, 45.9, 43, 46.1, 37.3, 57.6, 58.8, 46.7, 48.6, 41.9, 71, 42.6, 45.4, 44.2, 52.5), MS = c(0.57, 0.69, 0.71, 0.81, 0.48, 1.2, 0.55, 0.68, 0.55, 0.3, 0.52, 0.88, 0.46, 0.25, 0.29, 0.54, 0.48, 0.62, 0.26, 0.38, 0.46, 0.39, 0.4, 0.39, 0.37, 0.37, 0.74, 0.33, 0.5, 0.47, 0.54, 0.7, 0.38, 0.36, 0.17, 0.96, 0.54, 0.61, 0.41, 0.48), Umid = c(58.09, 62.5, 63.02, 58.03, 63.64, 52.94, 63.58, 63.83, 60.71, 64.29, 60.9, 51.65, 56.6, 51.92, 50.85, 53.04, 54.29, 40.38, 51.85, 53.66, 57.01, 55.17, 61.54, 63.21, 59.78, 53.75, 56.98, 61.63, 55.36, 60.83, 56.45, 58.08, 62.75, 58.14, 59.52, 22.58, 62.5, 55.15, 55.43, 60.33), Zn = c(33.4872691, 100.4618073, 93.905, 127.4425, 534.995015, 120.1941264, 140.4361914, 180.9215784, 46.88217673, 113.9705147, 95.33502538, 141.1397796, 113.7999002, 53.84846964, 53.79448622, 86.93668993, 87.11038961, 120.4339152, 63.88095238, 173.9600998, 153.9645709, 80.36944583, 93.905, 46.81206381, 100.5622189, 136.1928934, 107.5350701, 53.55289421, 80.77270447, 47.07017544, 93.81118881, 107.2663668, 80.40959041, 107.2663668, 134.15, 142.9980013, 107.1057884, 80.49, 46.9525, 221.3475 ), Cu = c(27.65851223, 27.65851223, 27.7, 27.7, 27.61714855, 27.57590841, 27.61714855, 27.67232767, 27.65851223, 27.68615692, 28.12182741, 27.75551102, 55.28942116, 83.39187155, 27.76942356, 27.61714855, 27.67232767, 27.63092269, 52.76190476, 27.63092269, 27.64471058, 27.65851223, 27.7, 27.61714855, 27.68615692, 28.12182741, 55.51102204, 27.64471058, 55.59458103, 27.76942356, 27.67232767, 27.68615692, 27.67232767, 27.68615692, 27.7, 36.90872751, 110.5788423, 55.4, 27.7, 27.7), Fe = c(1714.328507, 857.1642536, 1659.67, 1144.6, 1141.176471, 569.7361872, 912.9411765, 1257.802198, 1657.184224, 3317.681159, 2614.568528, 2408.476954, 5026.187625, 5168.790768, 688.481203, 1940, 1257.802198, 1712.618454, 981.0857143, 1084.658354, 799.6207585, 3142.935597, 2918.73, 1141.176471, 1029.625187, 2033.553299, 8716.392786, 2741.556886, 5743.100853, 4245.634085, 1372.147852, 1487.236382, 1029.110889, 2002.048976, 3548.26, 762.5582945, 12108.54291, 2174.74, 2174.74, 1945.82), Mn = c(611.9321018, 1433.669496, 1068.11, 1540.88, 715.7627119, 1621.134893, 1536.271186, 717.1928072, 1625.991013, 840.05997, 1457.685279, 789.5290581, 1258.203593, 755.5745108, 737.2631579, 1309.322034, 787.1628372, 1275.042394, 333.5238095, 1327.441397, 1048.502994, 1608.507239, 752.93, 611.0169492, 1137.581209, 871.0558376, 1140.430862, 664.0518962, 1071.861515, 473.9548872, 1311.938062, 1347.596202, 437.3126873, 542.5387306, 595.34, 2053.137908, 2097.005988, 437.75, 1068.11, 1383.29), Ca = c(0.15765352, 0.492667249, 0.1184175, 0.3552525, 0.373867149, 0.432252364, 0.35418993, 0.374614136, 0.433547179, 0.216990255, 0.280515228, 0.435067635, 0.334846557, 0.297083542, 0.197857143, 0.806765952, 0.492913337, 0.452801746, 0.300742857, 0.472488778, 0.630299401, 0.394133799, 0.21709875, 0.295158275, 0.611517991, 0.30055203, 0.37574023, 0.315149701, 0.455528098, 0.336357143, 0.473196803, 0.49315967, 0.177448801, 0.374801349, 0.13815375, 0.631139241, 0.590905689, 0.15789, 0.5131425, 0.53287875)), .Names = c("Tempo", "Fo", "Fm", "Fv.Fm", "ETR", "Clorofila", "MS", "Umid", "Zn", "Cu", "Fe", "Mn", "Ca"), row.names = c(NA, -40L), class = "data.frame") > out_rem <-function(x) { outliers <- boxplot(x, plot = FALSE)$out if (length(outliers) != 0){ x[which(x == outliers)] = NA } return(x) } > tab1[,-1] <- apply(tab1[,-1],2,out_rem) Warning message: In x == outliers : longer object length is not a multiple of shorter object length -- Alisson Lucrecio da Costa

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Contagem de comparecimento de um indivíduo
by Edson Lira 22 Mai '14

22 Mai '14

Caros amigos, tenho banco que postei algumas linhas no link abaixo: http://www.datafilehost.com/d/2fdf3b02 As variáveis estão listadas abaixo NUMEROBOLSADATAHORADOACAOAPTO mêsano NUMEROGENTE QTDE_DOACOES DATA_PRIMEIRA_DOACAO DATA_ULTIMA_DOACAO comp Para gerar a variável comp, usei a rotina abaixo: teste$comp<-ifelse(teste$NUMEROBOLS=="","",1) Com esta rotina atribuo 1 para cada vez que o doador efeua uma doação na variável comp no ano corrente. A variável QTDE_DOACOES indica quantas doações ele fez entre a primeira e última doação que pode não ser no ano corrente, o que quero é contar as doações no ano corrente. Espero ter sido claro. [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Re: [R-br] Erro em função out_rem
by Robert Iquiapaza 21 Mai '14

21 Mai '14

Allison, Você esta substituindo por NA não pela média. Mas o alerta deve-se a um erro na sua função quando usa which(x == outliers), x e outliers têm cumprimento diferente e a comparação produz resultados inesperados, use o operador %in%: tab2 <- apply(tab1[,-1],2,out_rem) out_rem1 <-function(x) { outliers <- boxplot(x, plot = FALSE)$out if (length(outliers) != 0){ x[which(x %in% outliers)] = NA # mean(x,na.rm=T) } return(x) } tab3 <- apply(tab1[,-1],2,out_rem1) tab1[,-1]==tab3 apply(tab2,2,function(x)sum(is.na(x))) #alguns outliers não são identificados corretamente apply(tab3,2,function(x)sum(is.na(x))) # ok Sds From: Alisson Lucrecio Sent: Wednesday, May 21, 2014 8:46 AM To: r-br Subject: [R-br] Erro em função out_rem Caros Colegas, Bom dia. Eu estou tentanto criar uma função para encontrar os outlier em uma data frame e substituir pela média, mas esta acontecendo a seguinte mensagem de erro descrito abaixo. Alguém saberia como solucionar esse problema? Obrigado. > str(tab1) 'data.frame': 40 obs. of 13 variables: $ Tempo : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... $ Fo : int 58 84 69 67 90 85 77 86 85 76 ... $ Fm : int 240 427 290 331 424 373 351 375 393 302 ... $ Fv.Fm : num 0.758 0.803 0.762 0.798 0.788 0.772 0.781 0.771 0.784 0.748 ... $ ETR : num 20 22.4 22.3 23.9 20.1 20.7 18 23.9 27.5 24.2 ... $ Clorofila: num 58.3 67.8 49.8 74.8 59.6 63.6 52.2 56.6 54.4 58.5 ... $ MS : num 0.57 0.69 0.71 0.81 0.48 1.2 0.55 0.68 0.55 0.3 ... $ Umid : num 58.1 62.5 63 58 63.6 ... $ Zn : num 33.5 100.5 93.9 127.4 535 ... $ Cu : num 27.7 27.7 27.7 27.7 27.6 ... $ Fe : num 1714 857 1660 1145 1141 ... $ Mn : num 612 1434 1068 1541 716 ... $ Ca : num 0.158 0.493 0.118 0.355 0.374 ... > dput(tab1) structure(list(Tempo = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 4, 4, 4, 4, 4, 6, 6, 6, 6, 6, 8, 8, 8, 8, 8, 10, 10, 10, 10, 10, 12, 12, 12, 12, 12), Fo = c(58L, 84L, 69L, 67L, 90L, 85L, 77L, 86L, 85L, 76L, 91L, 84L, 81L, 180L, 82L, 126L, 132L, 128L, 136L, 122L, 201L, 247L, 184L, 227L, 221L, 268L, 304L, 284L, 311L, 318L, 249L, 258L, 286L, 243L, 275L, 240L, 241L, 250L, 241L, 228L), Fm = c(240L, 427L, 290L, 331L, 424L, 373L, 351L, 375L, 393L, 302L, 231L, 217L, 207L, 349L, 137L, 233L, 232L, 202L, 239L, 197L, 446L, 533L, 418L, 337L, 492L, 463L, 396L, 429L, 430L, 455L, 481L, 469L, 599L, 524L, 460L, 244L, 543L, 418L, 398L, 474L), Fv.Fm = c(0.758, 0.803, 0.762, 0.798, 0.788, 0.772, 0.781, 0.771, 0.784, 0.748, 0.602, 0.613, 0.609, 0.484, 0.401, 0.459, 0.431, 0.366, 0.431, 0.381, 0.549, 0.537, 0.56, 0.326, 0.551, 0.421, 0.232, 0.338, 0.277, 0.301, 0.482, 0.45, 0.523, 0.536, 0.402, 0.016, 0.556, 0.402, 0.394, 0.519), ETR = c(20, 22.4, 22.3, 23.9, 20.1, 20.7, 18, 23.9, 27.5, 24.2, 14.7, 16.3, 17.2, 6.1, 10.5, 6.5, 7.4, 4.8, 9.7, 7.1, 8, 12.1, 9, 5.5, 5.8, 7.3, 2.9, 4.9, 4.1, 4.6, 5.4, 6.9, 3.9, 6, 4.9, 0.3, 6.3, 4.1, 3.5, 8.2), Clorofila = c(58.3, 67.8, 49.8, 74.8, 59.6, 63.6, 52.2, 56.6, 54.4, 58.5, 58.1, 64.8, 46.4, 49.2, 43.7, 60.1, 48.1, 66, 50.4, 53, 56.2, 61, 50.8, 45.3, 56.6, 46, 45.9, 43, 46.1, 37.3, 57.6, 58.8, 46.7, 48.6, 41.9, 71, 42.6, 45.4, 44.2, 52.5), MS = c(0.57, 0.69, 0.71, 0.81, 0.48, 1.2, 0.55, 0.68, 0.55, 0.3, 0.52, 0.88, 0.46, 0.25, 0.29, 0.54, 0.48, 0.62, 0.26, 0.38, 0.46, 0.39, 0.4, 0.39, 0.37, 0.37, 0.74, 0.33, 0.5, 0.47, 0.54, 0.7, 0.38, 0.36, 0.17, 0.96, 0.54, 0.61, 0.41, 0.48), Umid = c(58.09, 62.5, 63.02, 58.03, 63.64, 52.94, 63.58, 63.83, 60.71, 64.29, 60.9, 51.65, 56.6, 51.92, 50.85, 53.04, 54.29, 40.38, 51.85, 53.66, 57.01, 55.17, 61.54, 63.21, 59.78, 53.75, 56.98, 61.63, 55.36, 60.83, 56.45, 58.08, 62.75, 58.14, 59.52, 22.58, 62.5, 55.15, 55.43, 60.33), Zn = c(33.4872691, 100.4618073, 93.905, 127.4425, 534.995015, 120.1941264, 140.4361914, 180.9215784, 46.88217673, 113.9705147, 95.33502538, 141.1397796, 113.7999002, 53.84846964, 53.79448622, 86.93668993, 87.11038961, 120.4339152, 63.88095238, 173.9600998, 153.9645709, 80.36944583, 93.905, 46.81206381, 100.5622189, 136.1928934, 107.5350701, 53.55289421, 80.77270447, 47.07017544, 93.81118881, 107.2663668, 80.40959041, 107.2663668, 134.15, 142.9980013, 107.1057884, 80.49, 46.9525, 221.3475 ), Cu = c(27.65851223, 27.65851223, 27.7, 27.7, 27.61714855, 27.57590841, 27.61714855, 27.67232767, 27.65851223, 27.68615692, 28.12182741, 27.75551102, 55.28942116, 83.39187155, 27.76942356, 27.61714855, 27.67232767, 27.63092269, 52.76190476, 27.63092269, 27.64471058, 27.65851223, 27.7, 27.61714855, 27.68615692, 28.12182741, 55.51102204, 27.64471058, 55.59458103, 27.76942356, 27.67232767, 27.68615692, 27.67232767, 27.68615692, 27.7, 36.90872751, 110.5788423, 55.4, 27.7, 27.7), Fe = c(1714.328507, 857.1642536, 1659.67, 1144.6, 1141.176471, 569.7361872, 912.9411765, 1257.802198, 1657.184224, 3317.681159, 2614.568528, 2408.476954, 5026.187625, 5168.790768, 688.481203, 1940, 1257.802198, 1712.618454, 981.0857143, 1084.658354, 799.6207585, 3142.935597, 2918.73, 1141.176471, 1029.625187, 2033.553299, 8716.392786, 2741.556886, 5743.100853, 4245.634085, 1372.147852, 1487.236382, 1029.110889, 2002.048976, 3548.26, 762.5582945, 12108.54291, 2174.74, 2174.74, 1945.82), Mn = c(611.9321018, 1433.669496, 1068.11, 1540.88, 715.7627119, 1621.134893, 1536.271186, 717.1928072, 1625.991013, 840.05997, 1457.685279, 789.5290581, 1258.203593, 755.5745108, 737.2631579, 1309.322034, 787.1628372, 1275.042394, 333.5238095, 1327.441397, 1048.502994, 1608.507239, 752.93, 611.0169492, 1137.581209, 871.0558376, 1140.430862, 664.0518962, 1071.861515, 473.9548872, 1311.938062, 1347.596202, 437.3126873, 542.5387306, 595.34, 2053.137908, 2097.005988, 437.75, 1068.11, 1383.29), Ca = c(0.15765352, 0.492667249, 0.1184175, 0.3552525, 0.373867149, 0.432252364, 0.35418993, 0.374614136, 0.433547179, 0.216990255, 0.280515228, 0.435067635, 0.334846557, 0.297083542, 0.197857143, 0.806765952, 0.492913337, 0.452801746, 0.300742857, 0.472488778, 0.630299401, 0.394133799, 0.21709875, 0.295158275, 0.611517991, 0.30055203, 0.37574023, 0.315149701, 0.455528098, 0.336357143, 0.473196803, 0.49315967, 0.177448801, 0.374801349, 0.13815375, 0.631139241, 0.590905689, 0.15789, 0.5131425, 0.53287875)), .Names = c("Tempo", "Fo", "Fm", "Fv.Fm", "ETR", "Clorofila", "MS", "Umid", "Zn", "Cu", "Fe", "Mn", "Ca"), row.names = c(NA, -40L), class = "data.frame") > out_rem <-function(x) { outliers <- boxplot(x, plot = FALSE)$out if (length(outliers) != 0){ x[which(x == outliers)] = NA } return(x) } > tab1[,-1] <- apply(tab1[,-1],2,out_rem) Warning message: In x == outliers : longer object length is not a multiple of shorter object length -- Alisson Lucrecio da Costa -------------------------------------------------------------------------------- _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Re: [R-br] Função usando sample
by Robert Iquiapaza 21 Mai '14

21 Mai '14

Alexandre, Pela descrição sua também acho que a resposta é essa. A solução do Benilton produz os mesmos resultados fazendo uma pequena alteração. Sds ### dados$nobs=1:length(dados$ab) #só pra conferir str(dados$ab) # na verdade vc não tem 15 níveis, só 5 com casos dados$abf=factor(dados$ab) # eliminar níveis não usados nopar=table(dados$abf) # casos por fator nopara=cumsum(nopar) # acumular casos tam=40 #amostra set.seed(765) seqs=sort(sample(1:nopara[1],tam)) # o sort só ordena for(i in 2:length(nopara))seqs=c(seqs,sort(sample((nopara[i-1]+1):nopara[i],tam))) res1= dados[seqs,] set.seed(765) res2 = do.call(rbind, lapply(split(dados, dados$abf), function(x) x[sample(nrow(x), tam),])) res2o=res2[ order(res2$nobs), ] res2o==res1 #iguais ### From: ASANTOS Sent: Tuesday, May 20, 2014 4:27 PM To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Função usando sample Obrigado Benilton, Mas no caso de meus dados reais não posso usar: res = do.call(rbind, lapply(split(dados, dados$n.talhao), function(x) x[sample(nrow(x), 20),])) Pois eu tenho n.talhao com os mesmos números, mas diferentes proj.talhao, o que constitui uma área diferente, cada um, mas a associação de n.talhao e proj.talhao é que caracterizam verdadeiramente áreas diferentes, sendo: dados$ab<- interaction(dados$proj.talhao, dados$n.talhao) mas quando aplico sua função sobre o objeto dados$ab, tenho o erro: d, lapply(split(dados, dados$ab), function(x) x[sample(nrow(x), 40),])) Erro em sample.int(length(x), size, replace, prob) : impossível tomar uma amostra maior que a população quando 'replace = FALSE' CRM: ## proj.talhao<-sort(rep(c("tamandua","itapagi","corrego"),100)) n.talhao<-sort(rep(c("144","256","356","144","301","180"),50)) dados<-as.data.frame(cbind(proj.talhao,n.talhao)) dados$medida1<-rnorm(nrow(dados),300) dados$medida2<-rnorm(nrow(dados),300) dados$medida3<-rnorm(nrow(dados),300) dados$ab<- interaction(dados$proj.talhao, dados$n.talhao) head(dados) ## Em 20/05/2014 15:04, Benilton Carvalho escreveu: a funcao q passei faz exatamente o que vc descreve... entretanto, o seu conjunto de dados de exemplo nao parece adequado para o problema q vc quer resolver. benilton Em 20 de maio de 2014 15:08, ASANTOS <alexandresantosbr(a)yahoo.com.br> escreveu: Obrigado Robert e Benilton, Mas na verdade ainda não resolveu, vou tentar explicar de outro modo, tenho 15 áreas hipotéticas (str (dados$ab)), sendo: proj.talhao<-sort(rep(c("tamandua","itapagi","corrego"),100)) n.talhao<-sort(rep(c("144","256","356","144","301","180"),50)) dados<-as.data.frame(cbind(proj.talhao,n.talhao)) dados$medida1<-rnorm(nrow(dados),300) dados$medida2<-rnorm(nrow(dados),300) dados$medida3<-rnorm(nrow(dados),300) dados$ab<- interaction(dados$proj.talhao, dados$n.talhao) head(dados) ## Porém para uma mesma variável resposta tenho vetores de tamanhos diferentes e quero compará-los, gostaria de sortear ao acaso um mesmo número de dados das 15 áreas (por exemplo 40 dados) para fazer as análises e não ter problemas com desbalanceamento, para tanto preciso de uma função do tipo a cada modificação em dados$ab realizar a função sample (nomesdasáreas, 40), Obrigado Em 20/05/2014 11:02, Robert Iquiapaza escreveu: Será disso que vc precisa? ## str(dados$ab) dados$nobs=1:length(dados$ab) #só pra conferir nopar=table(dados$ab) nopar=nopar[nopar!=0] nopara=cumsum(nopar) seqs=sort(sample(1:nopara[1],20)) #i=4 for(i in 2:length(nopara))seqs=c(seqs,sort(sample((nopara[i-1]+1):nopara[i],20))) seqs length(seqs) dados[seqs,] ### Sds Robert Em 20 de maio de 2014 11:23, ASANTOS <alexandresantosbr(a)yahoo.com.br> escreveu: Boa tarde Pessoal, Ainda não consegui solucionar meu problema usando uma função com sample: Tenho os seguintes dados artificiais: # set.seed(765) proj.talhao<-sort(rep(c("tamandua","itapagi","corrego"),100)) n.talhao<-sort(rep(c("144","256","356","144","301","180"),50)) dados<-as.data.frame(cbind(proj.talhao,n.talhao)) dados$medida1<-rnorm(nrow(dados),300) dados$medida2<-rnorm(nrow(dados),300) dados$medida3<-rnorm(nrow(dados),300) dados$ab<- interaction(dados$proj.talhao, dados$n.talhao) head(dados) ## E gostaria que a cada alteração em cada área umas das 5 áreas do objeto dados$ab fossem amostradas 20 linhas e o resultado fosse armazenado como: proj.talhao n.talhao medida1 medida2 medida3 ab 1 corrego 144 299.8956 300.5377 300.7281 corrego.144 2 corrego 144 300.7179 298.9645 301.9793 corrego.144 3 corrego 144 300.5074 302.8484 298.4562 corrego.144 Onde tenho somente as linhas sorteadas com todos os identificadores originais, Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) mailto:e-mails%3Aalexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ===================================================================== -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) mailto:e-mails%3Aalexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Benilton Carvalho about.me/benilton _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== -------------------------------------------------------------------------------- _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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