Maio 2013 - R-br - DINF UFPR

Acesso ao script da função xyplot do lattice
by Alisson Lucrecio 21 Mai '13

21 Mai '13

Caro Colegas,| Algum de vocês tem acesso ao script da função xyplot do lattice e poderia me envia-lo? Obrigado Alisson Lucrécio da Costa

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ifelse com várias condições
by Fátima Lima Paula 19 Mai '13

19 Mai '13

Prezados, tenho um banco de dados como o abaixo. nome=c("RICARDO CUNHA DA SILVA FILHO","MARIA DE ANDRADE","TEREZA PEREIRA FILHA", "PEDRO ALVARENGA JR","JOSE BRAGANÇA ALMEIDA JR", "GERMANO LIMA BARROS") idade=c(68,67,89,78,65,67) ano=c(1944,1945,1923,1934,1947,1945) dataint=c(20121004,20120907,20120703,20120301,20120805,20121209) banco1=cbind(nome,sobrenome,idade,ano,dataint) banco1=data.frame(banco1) banco1 Separei os nomes em nome1 (primeiro nome), nome2 (nome do meio) e nome3 (último nome), dessa forma: nome=banco1$nome nome=gsub(" D(A|E|O)S? ", " ", nome) separado=strsplit(as.character(nome), split=" ") head(separado) fa=sapply(separado, function(i){ n=length(i) if(n>2) return(c(i[1], paste(i[2:(n-1)],collapse=" "), i[n])) if(n==2) return(c(i[1], NA, i[n])) if(n==1) return(c(i[1], NA, NA)) }) nomenovo=t(fa) head(nomenovo) is.data.frame(nomenovo) nomenovo=as.data.frame(nomenovo) dim(nomenovo) colnames(nomenovo)=c("nome1","nome2","nome3") banco1=cbind(banco1,nomenovo) Depois, vi que existem os apêndices dos nomes (Filho, Filha, Jr etc) Preciso separar os apêndices em uma coluna diferente (nome4). Pensei em criar uma coluna 4 em que tivesse os apêndices do nome3 e no restante viesse NA. Não sei fazer isso. Ainda assim, dessa forma não sei que solução dar para a coluna 3. Pois essa, deveria ter os apêndices substituídos pelos últimos sobrenomes. Minha ideia é: 1)separar o nome2 em 3 de novo assim: nome=banco1$nome2 nome=gsub(" D(A|E|O)S? ", " ", nome) separado=strsplit(as.character(nome), split=" ") head(separado) fa=sapply(separado, function(i){ n=length(i) if(n>2) return(c(i[1], paste(i[2:(n-1)],collapse=" "), i[n])) if(n==2) return(c(i[1], NA, i[n])) if(n==1) return(c(i[1], NA, NA)) }) nomenovo=t(fa) head(nomenovo) is.data.frame(nomenovo) nomenovo=as.data.frame(nomenovo) dim(nomenovo) colnames(nomenovo)=c("nome6","nome7","nome8") banco1=cbind(banco1,nomenovo) 2)Onde for FILHO, JR etc no nome 3, substituir pelo nome8 quando ele não for NA. Pois quando ele é NA, tem que substituir pelo nome6 Não sei se tem como fazer isso. São muitas condições: se for FILHO em nome3 e NA em nome8, substituir por nome6, se for FILHO em nome3 e != de NA em nome8 substituir por nome8. E o pior, tem que fazer isso para FILHO, FILHA, JR etc Alguém sabe fazer isso ou tem outra solução para o problema? Obrigada Fátima -- "Minha felicidade depende da qualidade dos meus pensamentos"

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Indicação de valores fora do intervalo representado em um gráfico.
by Wagner Arbex 17 Mai '13

17 Mai '13

Olá, meus caros, boa tarde; Por favor, gostaria de saber se algum colega poderia me ajudar a resolver o prob a seguir e que não me parece muito difícil, mas não achei uma solução. O exemplo mínimo a seguir mostra cinco conjuntos de dados para desenho de gráficos boxplot no intervalo [-3,3] (essa é a restrição que cria o problema). boxplot(c(1,2,2.6),c(4,5,6),c(-1.5,-3.5,-5),c(1.5,2.5,3.5),c(-2.1,0.2,1),ylim=c(-3,3),horizontal=T) O primeiro e o quinto conjuntos de dados não apresentam nenhum prob, pois seus valores, (1,2,2.6) e (-2.1,0.2,1), estão compreendidos no intervalo [-3,3]. O quarto apresenta seu último valor (3.5) fora do intervalo, mas a representação de todo o quarto conjunto, ( 1.5,2.5,3.5 ), não é problema. O mesmo ocorre com o terceiro conjunto de dados, (1.5,2.5,3.5), dois dos seus valores estão fora do intervalo, mas sua representação não é problema. O problema ocorre qdo TODOS os valores do conjunto estão fora do intervalo [-3,3], como o segundo conjunto, (4,5,6). Nesse caso, o conjunto de dados não é representado na imagem. Meu prob é a necessidade de indicar que esses valores não estão no intervalo que aparece no gráfico. P. ex., para esse caso do segundo conjunto de dados, se aparecesse uma pequena seta, na segunda linha (onde o gráfico seria desenhado), próxima à margem direita do gráfico, apontando para direita, já faria essa indicação. Desde já, agradeço qq sugestão nesse sentido. []s e obrigado. -- Wagner Arbex, DSc Bioinformática e Modelagem Matemática e Computacional de Biossistemas Embrapa Gado de Leite Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) Juiz de Fora/MG wagner.arbex(a)embrapa.br Tel.: +55 (32) 3311-7459 | Fax: +55 (32) 3311-7401 www.cnpgl.embrapa.br ____________________________________________________________________________ Aviso de confidencialidade Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal no. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, e enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada e ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. Confidentiality note This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure.

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construção de um objecto para calcular os outliers
by alanarocha＠sapo.pt 17 Mai '13

17 Mai '13

Boa tarde estou a criar objectos para poder fazer o calculo dos outliers mas está a dar tudo NULL, eu queria saber porque.. dados lidos: 2008 2009 2010 2011 2012 1 49 54 57 54 56 2 53 54 55 53 59 3 52 51 52 53 52 4 57 59 59 60 63 5 63 60 63 64 62 6 58 57 59 58 63 estatísticas: #estatísticas descritivas porano<-apply(dados[-c(19,23,36,37),-1],2,function(x)c(summary(x),0)[1:7]) desviopadrao<-apply(dados[-c(19,23,36,37),-1],2,sd,na.rm=TRUE) variancia<-apply(dados[-c(19,23,36,37),-1],2,var,na.rm=TRUE) r<-apply(dados[-c(19,23,36,37),-1],2,range,na.rm=TRUE) diffr<-diff(r) iqr<-apply(dados[-c(19,23,36,37),-1],2,function(x){quantile(x,na.rm=TRUE)[4]-quantile(x,na.rm=TRUE)[2]}) besq<-apply(dados[-c(19,23,36,37),-1],2,function(x){quantile(x, na.rm=TRUE)[2]})-1.5*iqr bdt<-apply(dados[-c(19,23,36,37),-1],2,function(x){quantile(x, na.rm=TRUE)[4]})+1.5*iqr outliers<-list() for(i in names(dados[-c(19,23,36,37),-1])){ tmp<-dados[-c(19,23,36,37),i] outliers[[i]]<-tmp[tmp > bdt[i] | dados[-c(19,23,36,37),i] < besq[i]] } row.names(diffr) <- "Diferen?a do range" # Como o resultado do comando diff ? uma matriz, voc? precisa colocar o nome da linha antes de juntar todos os resultados rownames(porano)<-c("Mínimo","Primeiro Quartil","Mediana","Média","Terceiro Quartil","Máximo","NAs") todos_resultados_dados<-rbind(porano,"Desvio padr?o"=desviopadrao, "Vari?ncia"=variancia, diffr, iqr,besq,bdt,outliers) todos_resultados_dados porano resultado: 2008 2009 2010 2011 2012 Mínimo 48 52 56 55.33 58 Primeiro Quartil 4.708149 4.198439 4.554801 5.255589 4.6888 Mediana 22.16667 17.62689 20.74621 27.62121 21.98485 Média 19 19 19 22 18 Terceiro Quartil 6 5 7 6 7 Máximo 43 44.5 41.5 44 41.5 NAs 67 64.5 69.5 68 69.5 Desvio padr?o Numeric,0 44 Numeric,0 43 Numeric,0 Vari?ncia NULL NULL NULL NULL NULL Diferen?a do range NULL NULL NULL NULL NULL iqr NULL NULL NULL NULL NULL besq NULL NULL NULL NULL NULL bdt NULL NULL NULL NULL NULL outliers NULL NULL NULL NULL NULL porquê NULL? Cumprimentos Ana Rocha

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concatenar dados de muitas estações.
by Helena Turon 17 Mai '13

17 Mai '13

Desculpe-me, o problema é: prect <- matrix(nrow= 15000,ncol=i) prect[[,t]] <- prec Erro em prect[[, t]] <- prec : mais elementos fornecidos do que podem ser substituídos. Eu penso que é por conta do número de observações ser diferente nas estações (por conta dos dados faltantes), será? Obrigada, Helena

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Sortear números....
by andrebvs＠bol.com.br 17 Mai '13

17 Mai '13

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Fwd: Ajuda com modelo misto
by Diogo B. Provete 17 Mai '13

17 Mai '13

Caros, Tenho um problema com a análise de um experimento sobre o efeito da diversidade no funcionamento de ecossitemas aquáticos O experimento manipulou 3 níveis de riqueza de espécies e analisou o seu efeito em 3 propriedades do funcionamento do ecossistema (productivity, decomposition, respiration). Para evitar o confundimento entre o efeito da riqueza e composição de espécies (efeito de amostragem), a autora aninhou 7 diferentes composições de espécie em cada tratamento. Cada uma dessas composições de espécies foi replicada 2 x (as linhas de poças na fig<https://dl.dropboxusercontent.com/u/17547582/Desenho%20experimental.jpg>), tomando aleatoriamente spp de um pool total de 21 espécies. Meu objetivo é usar a diversidade filogenética (PD) como um preditor de cada uma das propriedades do ecossistema. Como a PD é uma medida contínua que diz respeito à composição de espécies e suas relações evolutivas, cada uma dessas 7 composições ≠ terá um PD diferente. O problema é que pra cada tratamento eu terei 7 PD's ≠ aninhados. Além disso, ela tomou 6 medidas ao longo do tempo de cada uma das propriedades. Eu tentei rodar um modelo misto especificando o desenho aninhado para o efeito aleatório (PD e composição de spp) no lme4, mas tá dando erro (veja o m1 no script). dados <- read.csv2("dados1.csv", header = T) attach(dados) m1 <- lmer(prod ~ factor(div)*factor(time) + factor(div)+ factor(time) + (1|comp) + (factor(PD)/factor(tank)/factor(time)), data = dados) Então, o gde problema é conseguir fazer com que o efeito aleatório seja aninhado e ainda adicionar as medidas repetidas, ou seja, indicar que foram feitas várias medidas numa mesma unidade amostral (tank, na tabela abaixo) e que o PD é um efeito aleatório, junto com a composição, e está aninhado no efeito fixo (=tratamento) que são os 3 níveis de riqueza. Meus dados são assim: * tank* *treat* *comp* *PD* *div* time *prod* 1 18 1 1 2141.15 1 1 0.259 2 60 1 1 2141.15 1 1 0.269 3 20 4 1 2141.15 1 1 0.299 4 58 4 1 2141.15 1 1 0.294 5 18 1 1 2141.15 1 2 0.244 6 60 1 1 2141.15 1 2 0.295 Envio em anexo os dados completos e tb o script do R, caso possam me ajudar. O artigo do qual eu extrai esses dados é este<http://www.nature.com/nature/journal/v416/n6883/abs/416837a.html> . Obrigado desde já -- Atenciosamente, *Diogo Borges Provete* ============================== Biólogo Mestre em Biologia Animal (UNESP <http://www.ibilce.unesp.br>) Doutorando PPG Ecologia e Evolução <http://www.ecoevol.ufg.br> Laboratório de Ecologia de Insetos (sl. 222) Departamento de Ecologia <http://www.icb.ufg.br/pages/18570> Instituto de Ciências Biológicas <http://www.icb.ufg.br> - ICB 1 Universidade Federal de Goiás <http://www.ufg.br>, campus II Goiânia-GO 74001-970 Brazil Tel. Lab. +55 62 3521-1732 *Cel. +55 *62 8231-5775 * *: diogoprovete *Personal web page <http://diogoprovete.weebly.com>* Editor Herpetology Notes<http://www.herpetologynotes.seh-herpetology.org/index.html> NorthWestern Journal of Zoology<http://biozoojournals.3x.ro/nwjz/index.html> ==============================

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problema com a lenda de um line plot de ggplot2
by Carlos pombo sonderblohm 17 Mai '13

17 Mai '13

caros, estou a fazer uma figura com a poderosa ggplot2, mas infelizmente não consigo deixar como quero, e só a lenda, que ficou oscura por causa de um recheio que faz o segundo layer que estou a plotar: aqui vai o codigo: library(ggplot2) library(scales) #primer plot p4 = ggplot(CPUE_GRAPH, aes(x=HAUL, y=CPUE, linetype=CodEnd)) + geom_line() + scale_colour_brewer(palette="Set1")+ xlab("Time") + ylab("CPUE (Kg/h)") #assim e a lenda que eu quero, a que aparece aqui agora p4 #ficheiro adicional para classificar pela luz do dia LIGHT2 <- read.csv('C:/projects/masterthesis/LIGHT2.csv') #estabelescer os ranges yrng <- range(CPUE_GRAPH$CPUE) xrng <- range(CPUE_GRAPH$HAUL) #adicionar as listras obscuras p4 + geom_rect(aes(NULL, NULL, xmin = start, xmax = end, fill = light), ymin = yrng[1], ymax = yrng[2], data = LIGHT2) + scale_fill_manual(values = alpha(c("white", "black"), 0.05)) # modificar o eixo x last_plot() + scale_x_discrete(limits=c('17:20', '21:55', '4:40', '10:20', '16:05', '22:10', '4:10', '10:25', '13:35', '18:45', '00:50', '7:20', '13:00', '18:35', '1:35', '6:15', '10:05', '16:10', '00:35', '6:30')) # modificar ao orientação do eixo x last_plot()+theme(axis.text.x = element_text(angle=90, vjust=0.5, size=10)) #como posso deixar a lenda só de ConEnd com a primeira figura? agradeço sua ajuda mando os dados em adjunto muito obrigado Carlos meu R e a versão 2.15.2 (2012-10-26) trabalho em R studio com SO Windows 7 home premium -- Carlos A. Pombo Sonderblohm PhD Student on Marine Science (Fisheries) Faculdade de Ciências e Tecnología Universidade do Algarve, Campus de Gambelas 8005-139 Faro Portugal Tef. 289 800 905 ext. 7605

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concatenar dados de muitas estações.
by Helena Turon 17 Mai '13

17 Mai '13

Prezados, Tenho dados (em torno de 60.000) de 400 estações meteorológicas. Fiz um programa que lê todas de uma vez. Mas, não consigo concatenar os dados para representar só um Gráfico boxplot de cada região. Me ensinaram estes comandos, que não consegui usar o “rbind” ao meu caso (com muitos arquivos). Aliás não consegui nem guardar os arquivos lidos (no caso prec e chuvav), não consigo colocar número neles. Os arquivos não têm o mesmo comprimento (por conta dos dados faltantes, dias sem observações). Por favor, alguém pode me ajudar? Abraço, setwd("F:/MyStuff/Coursera/StatsCourse/") fil1<-"weather1.txt" fil2<-"weather2.txt" weather1<-read.csv(fil1, header=TRUE) weather2<-read.csv(fil2, header=TRUE) head(weather1) head(weather2) # Combine weather records weather<-rbind(weather1, weather2) # Boxplot on TempMaxima boxplot(weather[, "TempMaxima"]) Segue uma simplificação do programa (para uma variável) x1=list.files() i=length(x1) nome <- vector(mode="character",length=i) listarq <- vector(mode="list",length=i) for(t in 1:i){ listarq[[t]] <- read.table(paste(x1[t]), header=TRUE, sep=",", na.strings="NA", dec=".", strip.white=TRUE) nome[t] <- substr(paste(x1[t]),start=1,stop=(nchar(x1[t])-4)) lugar <- getwd() nome2 <- substr(nome[t],start=1,stop=(nchar(lugar))) if (nome2=="") return(); diretorio.nome <- strsplit(lugar,"/")[[1]] diretorio.nome1 <- diretorio.nome[1] for(j in 2:(length(diretorio.nome)-1)) diretorio.nome1<-paste(diretorio.nome1,diretorio.nome[j],sep="/") est <- listarq[[t]][,1] tempdma <- listarq[[t]][,2] prec <- listarq[[t]][,4] h=length(est) tempdma <- as.character(tempdma) mes <- vector(mode="character",length=h) mes <- substr (paste(tempdma),start=4,stop=(nchar(tempdma)-5)) chuvav <- vector(mode="numeric") pre1 <- paste(diretorio.nome1,"prec.jpg", sep="/") prec_ver <- paste(diretorio.nome1,"precv.jpg", sep="/") prec <- prec[prec > 0.25] for(jj in 1:h){ nmes <- as.numeric(mes[jj]) aux <- prec[jj] if(!is.na(aux)){ if (aux >= 0.25){ if (nmes ==12| nmes ==1| nmes ==2){ chuvav[jj]<- aux } } } } boxplot(prec, range=0,ylim=c(0,200), ylab = "Precipitação (mm)") dev.print(jpeg, filename= pre1, width=25, height=17, pointsize=17, units="cm", res=80) dev.off() boxplot(chuvav, range=0,ylim=c(0,200), ylab = "Precipitação (mm)") dev.print(jpeg, filename= prec_ver, width=25, height=17, pointsize=17, units="cm", res=80) dev.off() } Exemplo dos dados: Estacao,Data,Hora,Precipitacao,TempMaxima,TempMinima,UmidadeRelativa, 82294,01/01/1961,0000,,32.5,,, 82294,01/01/1961,1200,,,22.1,, 82294,02/01/1961,0000,,32.9,,, 82294,02/01/1961,1200,0,,22.1,, 82294,03/01/1961,0000,,33.3,,, 82294,03/01/1961,1200,0,,23.1,, 82294,04/01/1961,0000,,33.3,,, 82294,04/01/1961,1200,0,,23.3,, 82294,05/01/1961,0000,,32.9,,, 82294,05/01/1961,1200,0,,20.7,, 82294,06/01/1961,0000,,33.1,,, 82294,06/01/1961,1200,0,,20.7,, 82294,07/01/1961,0000,,33.5,,, 82294,07/01/1961,1200,0,,22.1,, Estacao,Data,Hora,Precipitacao,TempMaxima,TempMinima,UmidadeRelativa, 83714,01/01/1961,0000,,20.2,,, 83714,01/01/1961,1200,,,14.8,94, 83714,01/01/1961,1800,,,,89, 83714,02/01/1961,0000,,20.3,,98, 83714,02/01/1961,1200,16.3,,15,98, 83714,02/01/1961,1800,,,,100, 83714,17/01/1961,0000,,23.1,,100, 83714,17/01/1961,1200,15.5,,13.6,100, 83714,17/01/1961,1800,,,,70, 83714,18/01/1961,0000,,24.2,,97, 83714,18/01/1961,1200,0,,11.7,82, 83714,18/01/1961,1800,,,,65,

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Valor Esperado....
by andrebvs＠bol.com.br 17 Mai '13

17 Mai '13

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