Maio 2013 - R-br - DINF UFPR

Duvida plot base1
by Alisson Lucrecio 22 Mai '13

22 Mai '13

Caro Colegas, Bom dia. Eu estou tentando construir uma PCA no base, mas estou entendo alguns problema. Tenho uma data.frame com uma célula com valor "#F7F7F7" (dm.x[,1+i]) e gostaria de substitui-la por outro valor de acordo com o valor de uma célula especifica, assim tenho: dm.x[,2][which(dm.x[,1] == 0)] <- #D9D9D9 Erro. Mensagens de aviso perdidas: In `[<-.factor`(`*tmp*`, which(dm.x[, 1 + i] == var[[ii, 1]]), value = c(NA_integer_, : invalid factor level, NAs generated Obrigando Alisson Lucrécio da Costa

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Re: [R-br] concatenar dados de muitas estações
by Helena Turon 22 Mai '13

22 Mai '13

prec é a quantidade de precipitação diária, que deveria ser um vetor numérico, você acha que é lista? Como posso resolver isto? Obrigada, Helena

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Tratamento de imagens no R
by Gilbert Queiroz 22 Mai '13

22 Mai '13

Pessoal, Semana passada, um amigo me disse que vium livro sobre tratamento de imagens de satelite no R. É possível isto??? Outra pergunta: sobre aqruivos raster - é possível utilizá-los no R e fazer um tratamento vetorial ("vetorização")?. Abs. Gilbert.

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Ler dados de html
by walmes . 22 Mai '13

22 Mai '13

Saudações, Em sala de aula sempre destaco as funcionalidades que o R tem para facilitar a vida do usuário. Um exemplo que uso é a leitura de dados de páginas html. Encontrei pronto a leitura de uma tabela do google (matéria de blog http://bhoom.wordpress.com/2010/06/07/61/) Reproduzi isso em sala de aula mas quando mudei de site não obtive êxito. Esse é o CMR que reproduzi em sala > library(XML) > u <- "http://www.google.com/adplanner/static/top1000/" > tables <- readHTMLTable(u) > my.table <- tables[[2]] # The first element of the list is empty > str(my.table) 'data.frame': 999 obs. of 7 variables: $ 1 : Factor w/ 999 levels "10","100","1000",..: 112 223 334 445 556 667 778 889 1 13 ... $ facebook.com : Factor w/ 999 levels "01net.com","10086.cn",..: 978 957 499 566 920 161 133 548 697 153 ... $ Social Networks : Factor w/ 231 levels "","Accounting & Auditing",..: 149 224 173 224 59 22 173 183 224 173 ... $ 880,000,000 : Factor w/ 88 levels "10,000,000","11,000,000",..: 74 52 43 39 37 32 28 24 24 21 ... $ 51.3% : Factor w/ 55 levels "0.3%","0.4%",..: 41 34 31 28 26 22 20 15 16 13 ... $ 1,000,000,000,000: Factor w/ 149 levels "1,000,000,000",..: 3 127 133 33 108 90 8 45 72 142 ... $ Yes : Factor w/ 2 levels "No","Yes": 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 ... Alguma minupalação eu tive que fazer após leitura para ficar pronto para trabalhar, como remover os % dos valores na 5ª coluna. O meu desejo é ler os dados disponíveis em http://vestibular.ufrgs.br/listao/letra_A.html. No caso eu iria ler os resultados para todas as letras (A-Z), juntar tudo em um data.frame só e fazer algumas análises. Ao partir do mesmo código resultou em > u <- "http://vestibular.ufrgs.br/listao/letra_A.html" > tables <- readHTMLTable(u) > str(tables) Named list() > tables named list() Ou seja, não veio nada. Eu abri o código fonte da página e pelo visto a tabela está oculta ou coisa assim, ou o endereço dela não é esse link. Eu tenho quase nenhuma experiência com isso. Alguém teria alguma sugestão de como importar esses dados direto da web? Certo de vossa atenção, agradeço. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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Ajuda: HPD em conjunto de valores preditos
by Flavia Cristina M.Queiroz 22 Mai '13

22 Mai '13

Elias... obrigada por responder... Então não tem como eu calcular o HPD para meus dados? Acontece que eu estou achando a distribuição empírica das minhas predições e gostaria de obter um certo limite que me dê uma alta cobertura (um limite onde tenho máxima densidade)... Como eu poderia fazer isso?? Att. Flávia Cristina ---------------------------------------------------------------------- Message: 5 Date: Tue, 21 May 2013 18:21:57 -0300 From: Elias Teixeira Krainski <eliaskrainski(a)yahoo.com.br> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Ajuda: HPD em conjunto de valores preditos Message-ID: <519BE575.5040900(a)yahoo.com.br> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed" Faz sentido calcular HPD de uma distribuição, não de um grid de valores como vc fez. A função HPDinterval() aplica-se especificamente a amostras de uma distribuição. Você aplicou-a a uma sequencia de valores para os quais foi avaliada uma densidade. Ou seja, exatamente o mesmo que fazer: HPDinterval(as.mcmc(seq(-1, 1, length=512))) On 21/05/13 14:04, Flavia Cristina M.Queiroz wrote: > Olá pessoal, > Estou precisando de uma ajuda com o cálculo de intervalo de credibilidade: > > Tenho um conjunto de dados (valores preditos) com os quais tenho que > calcular o intervalo de credibilidade de predição. > Estes valores preditos foram calculados em uma implementação de redes > neurais. > > Daí eu calculei o HPD usando a função HPDinterval(), do pacote coda. > Fiz assim: > despad <- read.table('vintemaio_pad.txt',h=F) > dados <- as.matrix(despad) > a=density(dados,bw=0.45,from = -1, to = 1) > library(coda) > arq<-as.mcmc(a$x) > mcmcsamp(a$x) > HPD<-HPDinterval(arq) > HPD > Contudo, meu intervalo é muito amplo.. tipo, meus dados vão de -1 a 1 > e meu HPD deu [-0.9882583, 0.9138943]. > Porque meu intervalo deu tão amplo?? O que teria que fazer de diferente?? > ------------------------------------------------------------------------------- > Aguardo alguma dica ou solução!! > Att., > Flávia Cristina

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Legenda externa do gráfico no base
by Alisson Lucrecio 22 Mai '13

22 Mai '13

Caro Colegas, Bom dia. Eu estou construindo 4 PCAs no R e gostaria de plota-las na mesma janela "par(mfrow=c(2,2))", entretanto não sei como fazer "par" ou mesmo redimensionar a janela para colocar a legenda no centro e no lado direito. Alguém sabe como fazer? Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Classificar fosforo e textura do solo
by Hélio Gallo Rocha 22 Mai '13

22 Mai '13

Bom dia a todos, Para recomendar adubação fosfatada é necessário classificar a quantidade de fósforo da análise em conjunto a textura do solo. Tabela da quinta aproximação Nível de Fósforo mg/dm3 Argila% muito baixo Baixo Médio Bom Muito Bom 60-100 <2.7 (menor e igual) 2.8-5.4 5.5-8 8.1-12 >12 35-60 <4 4.1-8 8.1-12 12.1-18 >18 15-35 <6.6 6.7-12 12.1-20 20.1-30 >30 0-15 <10 10.1-20 20.1-30 30.1-45 >45 Fiz o seguinte: solo=c(1:50) # resultado da análise do solo argila=c(60,35,15,0) # teor de argila p1=c(0,2.7,5.4,8,12) # fósforo com + de 60% de argila p2=c(0,4,8,12,18) # fósforo com 35 a 60% de argila p3=c(0,6.6,12,20,30) # fósforo com 15 a 35% de argila p4=c(0,10,20,30,45) # fósforo com < 15% de argila res=c("Muito.Baixo","Baixo", "Medio", "Alto", "Muito.alto") Assim se o resultado de P é 3.5 : 60% de arg, seria classificado como Baixo 35% de arg. seria classificado como muito baixo andei dando uma olhada na solução do post Uso do ifelse A saida desta função seria casada com uma recomendação, Grato a todos -- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho

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Ajuda: HPD em conjunto de valores preditos
by Flavia Cristina M.Queiroz 21 Mai '13

21 Mai '13

Olá pessoal, Estou precisando de uma ajuda com o cálculo de intervalo de credibilidade: Tenho um conjunto de dados (valores preditos) com os quais tenho que calcular o intervalo de credibilidade de predição. Estes valores preditos foram calculados em uma implementação de redes neurais. Daí eu calculei o HPD usando a função HPDinterval(), do pacote coda. Fiz assim: despad <- read.table('vintemaio_pad.txt',h=F) dados <- as.matrix(despad) a=density(dados,bw=0.45,from = -1, to = 1) library(coda) arq<-as.mcmc(a$x) mcmcsamp(a$x) HPD<-HPDinterval(arq) HPD Contudo, meu intervalo é muito amplo.. tipo, meus dados vão de -1 a 1 e meu HPD deu [-0.9882583, 0.9138943]. Porque meu intervalo deu tão amplo?? O que teria que fazer de diferente?? ------------------------------------------------------------------------------- Aguardo alguma dica ou solução!! Att., Flávia Cristina

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MOdelo misto sem o grupo para efeito aleatorio
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 21 Mai '13

21 Mai '13

Amigos de R, Estamos tentando implementar em código R uma rotina para suavizar uma curva ROC que utiliza modelos mistos (Haobo Ren , Xiao-Hua Zhou & Hua Liang (2004): A Flexible Method for Estimating the ROC Curve, Journal of Applied Statistics, 31:7, 773-784). O problema é que na hora de rodar a função lme erros diversos aparecem. Aparentemente não estamos sabendo colocar os argumentos de forma apropriada na função, pois o texto original não especifica uma variável de agrupamento. Os objetos são: Rempi <- c(0.75, 0.80, 0.85, 0.85, 0.85, 0.85, 0.85, 0.85, 0.85, 0.85, 0.85, 0.90, 0.95, 0.95, 0.95, 1.00, 1.00, 1.00, 1.00) X <- matrix(c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.05, 0.1, 0.15, 0.2, 0.25, 0.3, 0.35, 0.4, 0.45, 0.5, 0.55, 0.6, 0.65, 0.7, 0.75, 0.8, 0.85, 0.9, 0.95, 0.0025, 0.01, 0.0225, 0.04, 0.0625, 0.09, 0.1225, 0.16, 0.2025, 0.25, 0.3025, 0.36, 0.4225, 0.49, 0.5625, 0.64, 0.7225, 0.81, 0.9025, 0.000125, 0.001, 0.003375, 0.008, 0.015625, 0.027, 0.042875, 0.064, 0.091125, 0.125, 0.166375, 0.216, 0.274625, 0.343, 0.421875, 0.512, 0.614125, 0.729, 0.857375),nrow=19,byrow=F) Z <- matrix(c(0, 0, 2e-04, 0.0012, 0.0037, 0.0086, 0.0166, 0.0284, 0.0447, 0.0664, 0.0942, 0.1288, 0.171, 0.2214, 0.281, 0.3504, 0.4304, 0.5217, 0.625, 0, 0, 0, 0, 3e-04, 0.0015, 0.0045, 0.0099, 0.0186, 0.0313, 0.0486, 0.0715, 0.1005, 0.1366, 0.1804, 0.2326, 0.2941, 0.3655, 0.4477, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4e-04, 0.002, 0.0054, 0.0114, 0.0208, 0.0343, 0.0527, 0.0768, 0.1072, 0.1447, 0.1901, 0.2441, 0.3075, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 6e-04, 0.0025, 0.0063, 0.013, 0.0231, 0.0376, 0.0571, 0.0823, 0.1141, 0.1531, 0.2002, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1e-04, 9e-04, 0.003, 0.0074, 0.0147, 0.0257, 0.0411, 0.0616, 0.0881, 0.1213, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2e-04, 0.0012, 0.0037, 0.0086, 0.0166, 0.0284, 0.0447, 0.0664, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3e-04, 0.0015, 0.0045, 0.0099, 0.0186, 0.0313, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4e-04, 0.002, 0.0054, 0.0114, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 6e-04, 0.0025, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1e-04), nrow=19,byrow=F) grouping <- 1:19 # isto é o que não faz sentido... só escrevi para tentar rodar Em que a expressão do modelo é: Rempi = X*Beta + Z*b + e Tentamos: > lme(fixed = Rempi ~ X, random = ~ Z|grouping) Erro em MEEM(object, conLin, control$niterEM) : Singularity in backsolve at level 0, block 1 Além disso: Mensagens de aviso perdidas: In lme.formula(fixed = Rempi ~ X, random = ~Z | grouping) : Fewer observations than random effects in all level 1 groups Alguma luz pra poder fazer esse modelo dar certo? Abraço forte, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/6597654894290806 ResearchGate.net: https://www.researchgate.net/profile/Pedro_Brasil2/ Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Painel com o base
by Alisson Lucrecio 21 Mai '13

21 Mai '13

Caro Colegas, Bom dia. Eu estou precisando montar painel com gráfico feitos no base, vocês poderiam me sugerir a melhor forma de fazer isso? Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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