Novembro 2013 - R-br

Sugestão de artigos sobre modelos mistos
by Alisson Lucrecio 24 Nov '13

24 Nov '13

Caro Colegas da lista r-br, Boa tarde. Eu fiz a analise do crescimento de plantas de café com modelo misto linear de um experimento com 3 solos e 4 doses de lodo de esgoto com amostragem em varias datas de amostragem, mas agora estou com dificuldade de apresentar esses resultados. Eu procurei alguns artigos correlacionado com análise como modelo misto, mas ainda estou com muita dificuldade de apresentar esses resultado, assim, gostaria da ajuda de vocês com algum sugestão de artigos. Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Aplicação shiny na web
by Marcos Silva 24 Nov '13

24 Nov '13

Olá pessoal, Eu estou comaçando a aprender a utilizar o pacote shiny para desenvolvimento de aplicações web. Recentemente consegui uma conta para hospedar aplicações nos servidores do RStudio (spart.rstudio.com) só que não faço a menor idéia de como fazer a coisa funcionar. :) Alguém tem alguma experiência com isso? Abs. -- Marcos F. Silva http://sites.google.com/site/marcosfs2006

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Erro ao fazer a leitura de arquivos shapefiles.
by Rudiney S Pereira 22 Nov '13

22 Nov '13

Boa tarde a todos! Estou tentando realizar a leitura de arquivos shapefiles usando o maptools. O código que estou usando é: Loading required package: sp > require(maptools) Carregando pacotes exigidos: maptools Checking rgeos availability: TRUE > library("sp", lib="/home/est/paulojus/R-lib/") > library("maptools", lib="/home/est/paulojus/R-lib/") > rs <- readShapePoly("43MUE250GC_SIR") Shapefile type: PolygonM (25), # of Shapes: 498 ____________________ A mensagem de erro é: Erro em read.shape(filen = fn, verbose = verbose, repair = repair) : Shapefile type not (yet) handled by this function Alguém pode ajudar! Abraço e muito obrigado. -- Prof. Dr. Rudiney Soares Pereira UFSM - CCR - DER RS 509 KM 9 - Campus Universitário 97.105-900 Santa Maria RS Brasil site: http://www.ufsm.br/geosere skype: rudiney.s.pereira msn: rudiney.s.pereira(a)hotmail.com gtalk: rudiney.s.pereira(a)gmail.com fone: 55 3220-9468 55 9118-4142

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Re: [R-br] dim(X)
by Ivan Bezerra Allaman 21 Nov '13

21 Nov '13

A mensagem de erro é clara. O arquivo não existe ou o diretório não pode ser encontrado. Use o mesmo caminho que estava usando, apagando sep=";", dec=",",header=TRUE e colocando o que o Benilton sugeriu, ou seja, faça: GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE) e prossiga do mesmo jeito que vai dar certo. (s,f,p) Allaman

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Parametrização com lme4
by FHRB Toledo 20 Nov '13

20 Nov '13

Senhores, Seguindo no assunto proposto pelo Alisson, no thread sobre pvalor com a lme4, estou tentando parametrizar um modelo misto com o intuito de fazer a inferência pelo perfil da verossimilhança. Entretanto, estou tentando "traduzir" um modelo da lm() pela parametrização da lme4 e enfrento grandes dificuldades, assim gostaria da ajuda de vocês com esse intento... Seguem dois modelos da lm() que são equivalentes, visto que o fator "trat" tem 9 níveis e "eras" tem um certo confundimento com "trat", assim procedo: mf1 <- lm(terms(resp ~ local/rep + trat + local:trat, keep = TRUE), data = dados) mf2 <- lm(terms(resp ~ local/rep + eras/trat + local:eras/trat, keep = TRUE), data = dados) Esses dois modelo tem o mesmo erro e gostaria de reproduzi-los usando a lmer(). Quando faço o primeiro modelo, sem problemas: mm1 <- lmer(resp ~ ( 1 | local/rep ) + ( 1 | trat ) + ( 1 | local:trat ), data = dados) Recupero a mesma variância do resíduo da lm(), todavia não consgigo fazer o segundo modelo recuperar essa mesma variância... Alguém tem alguma sugestão? P.S.: Se, por acaso alguém tiver outra sugestão, que use a lme(), ou lme2() gostaria de saber... como disse, meu objetivo a obter os perfis da verossimilhança! Seja os dados de exemplo: dados <- dput(dados) structure(list(local = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("1", "2", "3", "4"), class = "factor"), rep = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("1", "2", "3", "4"), class = "factor"), trat = structure(c(1L, 6L, 2L, 3L, 5L, 8L, 7L, 4L, 9L, 1L, 3L, 7L, 6L, 5L, 4L, 2L, 8L, 9L, 1L, 8L, 4L, 6L, 3L, 9L, 2L, 5L, 7L, 1L, 5L, 9L, 6L, 8L, 7L, 2L, 3L, 4L, 9L, 8L, 3L, 2L, 7L, 4L, 1L, 6L, 5L, 9L, 2L, 1L, 8L, 7L, 6L, 3L, 4L, 5L, 9L, 4L, 6L, 8L, 2L, 5L, 3L, 7L, 1L, 9L, 7L, 5L, 8L, 4L, 1L, 3L, 2L, 6L, 4L, 9L, 2L, 3L, 8L, 6L, 5L, 1L, 7L, 4L, 3L, 5L, 9L, 8L, 1L, 2L, 6L, 7L, 4L, 6L, 1L, 9L, 3L, 7L, 2L, 8L, 5L, 4L, 8L, 7L, 9L, 6L, 5L, 2L, 3L, 1L, 9L, 2L, 7L, 8L, 4L, 5L, 6L, 3L, 1L, 9L, 8L, 6L, 2L, 4L, 3L, 7L, 5L, 1L, 9L, 5L, 3L, 2L, 8L, 1L, 7L, 4L, 6L, 9L, 4L, 1L, 2L, 5L, 6L, 7L, 8L, 3L), .Label = c("a", "b", "c", "d", "e", "f", "g", "h", "i"), class = "factor"), eras = structure(c(2L, 4L, 2L, 3L, 3L, 1L, 4L, 3L, 1L, 2L, 3L, 4L, 4L, 3L, 3L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 3L, 4L, 3L, 1L, 2L, 3L, 4L, 2L, 3L, 1L, 4L, 1L, 4L, 2L, 3L, 3L, 1L, 1L, 3L, 2L, 4L, 3L, 2L, 4L, 3L, 1L, 2L, 2L, 1L, 4L, 4L, 3L, 3L, 3L, 1L, 3L, 4L, 1L, 2L, 3L, 3L, 4L, 2L, 1L, 4L, 3L, 1L, 3L, 2L, 3L, 2L, 4L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 4L, 3L, 2L, 4L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 2L, 2L, 4L, 4L, 3L, 4L, 2L, 1L, 3L, 4L, 2L, 1L, 3L, 3L, 1L, 4L, 1L, 4L, 3L, 2L, 3L, 2L, 1L, 2L, 4L, 1L, 3L, 3L, 4L, 3L, 2L, 1L, 1L, 4L, 2L, 3L, 3L, 4L, 3L, 2L, 1L, 3L, 3L, 2L, 1L, 2L, 4L, 3L, 4L, 1L, 3L, 2L, 2L, 3L, 4L, 4L, 1L, 3L), .Label = c("0", "1", "2", "3"), class = "factor"), resp = c(1878L, 3417L, 3546L, 2284L, 3220L, 2692L, 2243L, 2088L, 1871L, 1793L, 1983L, 2087L, 2628L, 2909L, 1928L, 3065L, 2650L, 2390L, 2428L, 3125L, 3010L, 2181L, 2478L, 2575L, 2348L, 2492L, 2295L, 1892L, 2257L, 2003L, 3123L, 2673L, 2449L, 3333L, 3040L, 3212L, 1767L, 2514L, 2503L, 2547L, 2055L, 1591L, 1898L, 2748L, 2376L, 1458L, 1709L, 1649L, 1784L, 1724L, 1956L, 1706L, 1043L, 1056L, 1346L, 1657L, 1970L, 1483L, 1103L, 985L, 779L, 915L, 800L, 1155L, 1074L, 1435L, 988L, 1052L, 932L, 1112L, 1728L, 2746L, 5150L, 3101L, 5020L, 5828L, 3927L, 5123L, 5765L, 3620L, 4901L, 5859L, 5050L, 5383L, 2920L, 4002L, 3850L, 4727L, 4998L, 5702L, 5154L, 5098L, 4039L, 3493L, 5417L, 5097L, 4954L, 3964L, 4371L, 5681L, 4090L, 4644L, 3370L, 5529L, 5491L, 5145L, 5158L, 3864L, 2777L, 2697L, 2739L, 1911L, 2103L, 2959L, 3241L, 2457L, 2321L, 2410L, 2085L, 3511L, 2657L, 3349L, 3157L, 2948L, 3491L, 2951L, 2626L, 2396L, 1997L, 2895L, 2244L, 2807L, 3408L, 3350L, 4104L, 2613L, 2589L, 2617L, 2791L, 3063L, 3665L, 2918L, 2092L, 2583L)), .Names = c("local", "rep", "trat", "eras", "resp"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -144L)) att, FH

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dim(X)
by Giselle Davi 20 Nov '13

20 Nov '13

Prezados, estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: Genomic prediction with rrBLUP 4 Jeffrey Endelman,June 15, 2013 . Ao rodar a análise igual ao solicitado no manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a dimensão correta desta matriz ?? Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de dados: https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-… OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo site, o arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo, porém é o mesmo arquivo com os mesmos dados. Abaixo segue a rotina: GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";", dec=",",header=TRUE) parse.GBS <- function(x) { unique.x <- unique(x) alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N")) y <- rep(0,length(x)) y[which(x==alleles[1])] <- -1 y[which(x==alleles[2])] <- 1 y[which(x=="N")] <- NA return(y) } X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS) dim(X) frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)}) length(which(frac.missing<0.5)) hist(frac.missing) Desde já agradeço. Att, Giselle

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Selecionar as variáveis físicas e químicas que melhor correlacionam com uma variável visual em experimento em fatorial 2x3
by Alisson Lucrecio 20 Nov '13

20 Nov '13

Caro Colegas, Eu analisei, em laboratório, 15 propriedades físicas e 10 propriedades químicas do solo e, no campo, 1 score com nota de 1 a 5, relacionado com atributos visual e indicando a qualidade do solo, essas analise foram feitas em um experimento em fatorial com 3 solo (LV, CX e NV) e com 3 profundidade (0-20, 20-40, 40-60 cm). Eu gostaria selecionar as variáveis físicas e químicas, medidas em laboratório, que melhor relacionam com esse score visual. Assim. gostaria de algum sugestão de vocês de como poderia fazer essa análise. Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Como tirar a moldura que o knitr poe nos outputs de chunks durante o knitting
by Danielle Steffen 20 Nov '13

20 Nov '13

Ola, A pergunta eh exatamente essa: no hora de mandar o knit gerar a pagina partindo de um documento R markdown, ele (por default) coloca os outputs dos chunks dentro de uma moldura, acho que o nome eh fence. Gostaria de tirar essas molduras, tem como? So atraves de CSS? Como? Agradeco de antemao aos sugestoes, Danielle

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Re: [R-br] gráfico linhas
by Ivan Bezerra Allaman 19 Nov '13

19 Nov '13

Você não explorou o suficiente o argumento "par". Veja se é isto aí! op <- par(mfrow=c(3,1), mai = c(2,1,0,0), oma = c(3,0,0,0), pin = c(5.5,1.6), xpd = T) tempo<-c(5,7,9,11,13) m1A<-rnorm(5,90,4) m2A<-rnorm(5,90,4) m3A<-rnorm(5,90,4) m4A<-rnorm(5,90,4) plot(m1A ~ tempo, axes = F, xlab = '', ylab ="%", main = 'Intercepto', type = 'b', xlim=c(5,13), ylim=c(75,100)) lines(m2A~tempo,col="red",type="b") lines(m3A~tempo,col="green",type="b") lines(m4A~tempo,col="black",type="b") axis(2) mtext('GRÁFICOS', line = 1) m1B<-rnorm(5,90,4) m2B<-rnorm(5,90,4) m3B<-rnorm(5,90,4) m4B<-rnorm(5,90,4) plot(m1B ~ tempo, axes = F, xlab = '', ylab ="%", main = 'Tratamento B', type = 'b', xlim=c(5,13), ylim=c(75,100)) lines(m2B~tempo,col="red",type="b") lines(m3B~tempo,col="green",type="b") lines(m4B~tempo,col="black",type="b") axis(2) legend(13.5, 100, letters[1:4], col = 1:4, lty = rep(1,4), ncol = 1) m1C<-rnorm(5,90,4) m2C<-rnorm(5,90,4) m3C<-rnorm(5,90,4) m4C<-rnorm(5,90,4) plot(m1C ~ tempo, axes = F, xlab = "medidas de tempo", ylab ="%", main = 'Tratamento C', type = 'b', xlim=c(5,13), ylim=c(75,100)) lines(m2C~tempo,col="red",type="b") lines(m3C~tempo,col="green",type="b") lines(m4C~tempo,col="black",type="b") axis(1, at = seq(5, 13, 2)) axis(2) mtext('medidas de tempo', line = -15, cex = .8) (s,f,p) Allaman

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xyplot e repeticao
by Elias T Krainski 19 Nov '13

19 Nov '13

Pessoal, ## como fazer repeticao com xyplot para colocar numa mesma janela? xyl = lapply(1:4, function(i) data.frame(x=1:100, y=dnorm(1:100,50,10*i))) require(lattice); require(gridExtra) grid.arrange(xyplot(y~x, xyl[[1]], panel='llines'), xyplot(y~x, xyl[[2]], panel='llines'), xyplot(y~x, xyl[[3]], panel='llines'), xyplot(y~x, xyl[[4]], panel='llines'), nrow=2) ## como evitar repetir essas linhas para cada elemento? ## uma forma que sei e' assim: do.call(function(...) grid.arrange(...), lapply(xyl, function(d) xyplot(y~x,d, panel='llines'))) ## mas neste caso as escalas sao diferentes...

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