Janeiro 2013 - R-br

Método de Agrupamento Ward
by bruno vidigal 26 Jan '13

26 Jan '13

Boa noite, pelo o que eu li sobre o método de Ward, este não precisa calcular a matriz de distância para efetuar o método de agrupamento já que trabalha o tempo todo com os dados reais calculando soma de quadrados, diferente de outros métodos hierárquicos como o Vizinho mais próximo que, uma vez calculada a matriz de distâncias d, não utiliza mais os dados, pois fica atualizando-a. No R, usando a função hclust ele pede pra colocar a matriz de distância d. Daí queria saber como o R faz esse agrupamento. Valeu -- Bruno C. Vidigal

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MÉTODO DE GAUSS-NEWTON
by Tiago Souza Marçal 26 Jan '13

26 Jan '13

Boa tarde colegas, Estou tentando reproduzir o algoritmo de GAUSS-NEWTOM em linguagem r, entretanto não estou conseguindo automatizar os comandos. Na parte da automatização eu estou seguindo o script que o Walmes postou no site <http://ridiculas.wordpress.com/?s=newton> sobre o metodo de NEWTON-RAPHSON. A titilo de exemplo estou utilizando um ajuste para o modelo y=a*exp(b*x) conforme segue a baixo: CMR: x<-c(2,5,7,10,14,19,26,31,34,38,45,52,53,60,65) y<-c(54,50,45,37,35,25,20,16,18,13,8,11,8,4,6) a<-56.6646 #parâmetro obtido obtido pela linearização da função y=a*exp(b*x) b<-(-0.03797) #parâmetro obtido obtido pela linearização da função y=a*exp(b*x) # a função fx fornece as estimativas de (y~x) dados os coeficientes a e b. fx<-function(xi,yi,a,b,i,n){resp<-numeric(0)for(i in i:n){t<-(a*exp(b*xi[i]))resp<-c(resp,t) }resp} # a função dfa fornece as estimativas da primeira derivada (dfx/da ~ x) dado o coeficientes b. dfa<-function(xi,yi,b,i,n){resp<-numeric(0)for(i in i:n){ t<-exp(b*xi[i]) resp<-c(resp,t) } resp } # a função dfb fornece as estimativas da primeira derivada (dfx/db~x) dados os coeficientes a e b. dfb<-function(xi,yi,a,b,i,n){resp1<-numeric(0)for(i in i:n){ t1<-a*xi[i]*exp(b*xi[i]) resp1<-c(resp1,t1) } resp1 } # A matrix betas contem os chutes para a e b betas<-matrix(c(a,b),nc=1) # bcor fornece os parâmetros a e b corrigidos para a primeira interação. Estes parâmetros serão substituídos no lugar dos valores de a e b iniciais e o processo sera repetido. bcor<-(betas)+((solve((t(matrix(c((dfa(dia,diag,b,1,15)),(dfb(dia,diag,a,b,1,15))),nc=2))%*%(matrix(c((dfa(dia,diag,b,1,15)),(dfb(dia,diag,a,b,1,15))),nc=2)))))%*%((t(matrix(c((dfa(dia,diag,b,1,15)),(dfb(dia,diag,a,b,1,15))),nc=2))%*%(matrix(c(diag-(fx(dia,diag,a,b,1,15))),nc=1))))) # a função Sqerro fornece a soma de quadrados dos desvios Sqerro<-sum((diag-fx(dia,diag,a,b,1,15))^2) O problema é que eu não estou conseguindo usar os parâmetros corrigidos para fazer a nova interação: Ex: bcor[i+1]<-bcor[i]+betas[i] # este comando aproximaria mais vezes os parâmetros. dif(Sqerro[i+1]-Sqerro[i]) #Este seria o critério de parada quando a variação no Sqerro fosse insignificante (10^(-6) por exemplo) Agradeço desde já pela ajuda e peço desculpas se não fui muito claro. Att. Tiago.

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Como não plotar níveis não usados de um fator com bwplot - pacote LATICCE
by Augusto Ribas 25 Jan '13

25 Jan '13

Ola, estou com essa duvida. Eu tenho a seguinte situação ########################################## raca<-factor(c(rep(c("Controle"),each=10),rep(c("Labrador","Outros"),each=30)),) sint<-factor(c(rep(c("Controle"),each=10),rep(rep(c("ASSI","OLIGO","POLI"), each=10),2)),levels=c("Controle","ASSI","OLIGO","POLI")) medida<-rnorm(length(sint),5,1) library(lattice) bwplot(medida~sint|raca,layout = c(3, 1),drop.unused.levels=T) ############################################### O que eu gostaria era que o bwplot fize-se o boxplot para a raça controle, somente 1 boxplot chamado controle (nivel controle do fator sint), para a raça labrador e outros, eu gostaria que aparecessem os níveis ASSI OLIGO e POLI do fator sint, mas que nesses 2 (labrador e outros) o nivel controle do sint sumi-se. Eu tentei usar os argumentos drop.unused.levels e subset, mas não conseguir o resultado que gostaria, intuitivamente isso seria o que o drop.unused.levels deveria fazer não?. Existe alguma forma simples de conseguir isso usando o bwplot, que os niveis de fatores que não possuem dados não sejam plotados e não ocupem espaço dentro do quadradinho do grafico, sumam ali do eixo X nos quadradinhos que não tem dados? -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://recologia.wordpress.com/ Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Rcpp
by ctrucios 25 Jan '13

25 Jan '13

Pessoal, estou utilizando o pacote Rcpp para fazer um link entre C++ e R. Já consegui passar algumas funções (na verdade alguns loop) que tinha no meu codigo em R para C++, quando testo as funções que fiz (fiz 3) rodam certoinho, mas cuando coloco as 3 funções no programa e tento rodar meu programa todo o R trava. Alguem pode me ajudar? library(Rcpp) library(rugarch) nbur = 500 nobs = 1000 N = ntot = nbur + nobs data = rnorm(nobs) eboot = rnorm(nobs) n.ahead = 5 d = 2;p = 2,q= 2 garchorder = c(p,q) aux3 = cumsum(garchorder) Coeff_b = c(0.01,0.1,0.05,0.4,0.35) aux1 = Coeff_b[1]/(1-sum(Coeff_b[2:(p+1)])-sum(Coeff_b[(p+2):(aux3[2]+1)])) n.boot = 10 garchboot(data, n.boot, n.ahead, garchOrder = c(1,1), distribution.model = "norm", solver = "solnp", fit.control = list(stationarity = 1), n.burn = 500, simulation = list(simulation = FALSE, skew = NULL, shape = NULL), quant = c(0.90,0.95,0.99)) Para que este email não fique muito cumprido as funções que as coloquei no link aqui: https://www.dropbox.com/sh/5f8bpx6pt2cgam6/ELfL6BhGim/Rcpp Quem puder me dar um help agradecerei muito. *Carlos Trucíos Maza ** : ctrucios(a)gmail.com

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verificar dados
by alanarocha＠sapo.pt 25 Jan '13

25 Jan '13

Olá rodrigo eu ja tinha enviado um excerto dos dados o que eu pretendo é saber quais são as clinicas que tem percentagem >=70% em cada trimestre. Eu não consigo enviar os dados num ficheiro em anexo para aqui mas posso enviar para seu mail se mo disser. Cumprimentos Ana Rocha

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verificar dados
by alanarocha＠sapo.pt 25 Jan '13

25 Jan '13

Olá rodrigo eu ja tinha enviado um excerto dos dados o que eu pretendo é saber quais são as clinicas que tem percentagem >=70% em cada trimestre. Eu não consigo enviar os dados num ficheiro em anexo para aqui mas posso enviar para seu mail se mo disser. Cumprimentos Ana Rocha

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verificar dados
by alanarocha＠sapo.pt 25 Jan '13

25 Jan '13

Olá rodrigo eu ja tinha enviado um excerto dos dados o que eu pretendo é saber quais são as clinicas que tem percentagem >=70% em cada trimestre. Eu não consigo enviar os dados num ficheiro em anexo para aqui mas posso enviar para seu mail se mo disser. Cumprimentos Ana Rocha

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Teste de Média Anova type II
by Fernando A. Souza 25 Jan '13

25 Jan '13

Caros amigos, Possuo a seguinte dúvida. Estou analisando uns dados sobre produção de calor em ovelhas. Quando realizei a análise de variância tipo II ela indicou haver efeito dos tratamentos no entanto a função glht (Multcomp) não indicou nenhuma diferença para o método single-step. O resultado da função glht entretanto esteve de acordo com o resultado da análise de variância tipo III. Em ambos os casos não houve efeito de interação entre os tratamentos. Minha dúvida é a seguinte, Porque isto acontece? há um meio de comparar as médias condizente com a ANOVA tipo II. att -- Fernando Antônio de Souza Zootecnista, Msc. Nutricão Animal, UFMG lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307

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verificação de dados
by alanarocha＠sapo.pt 24 Jan '13

24 Jan '13

Bom dia, eu tenho um ficheiro excel com os nomes de clinicas e suas percentagens de hemoglobina em cada mes. queria uma orientação para fazer uma função que verificasse em cada trimestre se é maior que 70% e depois que me devolvesse como resultado o nome de todas as clinicas maiores que 70% e o trimestre correspondente. aqui deixo os dados: > = 70% 2012 Clinica Jan Fev Mar Abr Mai Jun Jul Ago Set Out Nov Dez Ponte da Barca 76,1% 80,0% 82,8% 83,3% 84,6% 79,4% 84,1% 86,6% 73,1% 63,2% 66,7% 68,7% Braga 67,3% 74,0% 72,7% 76,8% 70,7% 79,0% 70,4% 75,5% 72,5% 72,2% 75,5% 73,9% Fafe 68,2% 69,1% 73,2% 79,0% 72,6% 84,5% 82,1% 77,4% 79,8% 75,3% 79,3% 76,7% Maia 77,4% 80,9% 76,8% 76,0% 76,6% 80,8% 81,1% 81,4% 80,6% 82,6% 83,3% 84,9% VNGaia 82,1% 80,7% 82,7% 84,4% 82,0% 78,9% 81,8% 80,9% 77,8% 76,5% 81,4% 80,4% SMFeira 78,2% 81,4% 77,0% 80,6% 81,8% 77,6% 63,6% 67,7% 74,2% 71,4% 73,7% 76,0% Viseu 75,6% 69,6% 72,5% 74,3% 77,3% 77,8% 73,7% 79,0% 76,9% 77,8% 78,8% 75,4% Guarda 77,6% 81,4% 80,2% 80,2% 78,8% 75,3% 80,8% 85,0% 82,8% 86,7% 78,6% 80,0% Covilhã 78,5% 81,4% 78,2% 83,3% 84,2% 82,5% 81,1% 75,3% 75,0% 76,8% 80,0% 75,5% Coimbra 73,2% 80,4% 79,6% 76,1% 79,1% 77,6% 75,8% 72,3% 78,7% 76,1% 78,6% 79,1% Abrantes 76,0% 76,9% 79,0% 79,0% 81,8% 81,8% 76,4% 84,8% 82,4% 82,4% 82,9% 82,9% Entroncamento 72,2% 69,4% 67,6% 71,7% 75,0% 75,9% 74,8% 75,5% 79,7% 79,7% 72,0% 81,2% Santarém 83,9% 83,7% 84,1% 87,3% 82,9% 78,0% 82,4% 85,7% 89,9% 83,1% 78,4% 80,0% TVedras 69,8% 77,0% 81,4% 83,3% 81,9% 77,8% 81,5% 81,9% 85,4% 85,0% 80,7% 81,5% VFXira 77,1% 79,2% 79,1% 80,9% 84,7% 77,5% 73,8% 78,8% 79,5% 82,1% 79,1% 77,1% Alverca 71,6% 75,6% 85,9% 83,7% 82,3% 82,1% 80,9% 82,7% 78,0% 77,1% 78,9% 76,2% Amadora 73,9% 76,1% 71,9% 72,2% 79,3% 79,3% 74,2% 71,8% 72,1% 77,0% 73,2% 74,1% Lumiar 77,9% 76,6% 75,7% 80,1% 78,1% 73,3% 75,4% 72,5% 75,8% 75,9% 78,5% 74,1% Restelo 77,7% 72,1% 73,5% 76,2% 72,1% 72,5% 73,1% 67,0% 69,8% 69,8% 75,2% 86,5% CUF 74,7% 64,7% 62,5% 58,4% 64,8% 73,9% 79,3% 81,1% 75,6% 77,5% 70,7% 65,6% SAMS 87,8% 80,8% 80,3% 81,1% 87,1% 76,9% 77,9% 80,6% 83,1% 79,7% 72,6% 83,6% APDP 50,0% 50,0% 87,5% 62,5% 62,5% 33,3% 36,4% 63,6% 58,3% 66,7% 58,3% 57,1% Montijo 77,9% 90,3% 81,3% 88,9% 87,3% 80,3% 89,7% 84,1% 87,3% 84,2% 82,5% 81,8% Barreiro 75,1% 74,3% 76,5% 79,1% 80,6% 80,0% 78,5% 77,0% 72,7% 78,3% 81,3% 78,8% Almada 81,0% 76,0% 81,3% 71,8% 75,9% 83,1% 83,0% 79,0% 79,3% 76,4% 75,9% 82,1% Seixal 75,4% 79,8% 82,8% 81,9% 78,3% 81,9% 80,5% 80,8% 85,8% 82,6% 81,7% 83,9% Setúbal 73,7% 72,0% 66,2% 76,7% 77,6% 82,4% 78,3% 75,3% 77,2% 82,1% 80,8% 83,0% Portalegre 76,0% 77,6% 74,2% 80,0% 85,0% 73,7% 70,2% 77,6% 71,4% 79,2% 73,5% 71,7% Évora 81,5% 83,1% 85,1% 80,3% 83,1% 78,0% 77,5% 77,5% 83,9% 81,7% 83,1% 82,0% Grândola 81,7% 80,7% 80,0% 76,5% 75,3% 78,8% 80,0% 82,4% 87,2% 83,7% 73,9% 76,8% Beja 72,5% 69,5% 66,7% 66,7% 70,6% 60,6% 62,6% 66,9% 73,4% 75,2% 73,4% 70,9% Tavira 67,5% 80,5% 76,3% 70,3% 74,4% 81,6% 64,9% 65,8% 64,1% 61,5% 79,0% 71,1% Faro 80,5% 77,2% 68,5% 84,2% 78,7% 76,3% 79,0% 76,9% 76,8% 78,1% 83,9% 77,9% Portimão 78,7% 85,4% 81,4% 80,6% 76,4% 81,0% 78,7% 81,9% 82,7% 83,8% 83,0% 85,3% Funchal 71,5% 73,4% 72,9% 74,0% 71,3% 75,8% 68,0% 71,4% 75,2% 78,9% 80,5% 77,0% pensei em: if(jan>=70%) if(fev>=70%) if(março>=70% else caso contrario imprimir o nome da clinicas >=70% e imprimir falso se for menor depois ver quais as 3 clinicas com menor valor em cada trimestre de cada semestre. obrigada Cumprimentos Ana Rocha

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verificação de dados
by alanarocha＠sapo.pt 24 Jan '13

24 Jan '13

eu tentei fazer assim: else if(dados$Fev>=0.7,dados$Mar>=0.7,dados$Mar>=0.7) return(POnte da Barca, Braga, Maia.... etc) }

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