Janeiro 2013 - R-br

Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
by Pedro Rafael 06 Jul '13

06 Jul '13

Obrigado pela opinião Leonard Mendonça. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael < pedro.rafael.marinho(a)gmail.com> escreveu: > Obrigado pela opinião Leonard Mendonça. > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via R-br] < > ml-node+s2285057n4657102h39(a)n4.nabble.com> escreveu: > > No meu entendimento é uma nova versão >> >> []s >> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >> >> Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu: >> >> Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do R mas >> nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do pacote >> pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz informando >> a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, por >> exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do >> pacote? Isso pode ser feito? >> ---------- Mensagem encaminhada ---------- >> >> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0> >> > >> Data: 16/11/2012 17:50 >> Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1> >> > >> >> >> Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds". >> On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>> >> wrote: >> >>> Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi em >>> alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios. >>> Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios >>> nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN? >>> ---------- Mensagem encaminhada ---------- >>> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>> >>> >>> >>> Data: 16/11/2012 17:01 >>> Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>> >>> >>> >>> >>> Se vc rodar >>> >>> R CMD check pacote >>> >>> ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o conteudo >>> dos logs? >>> >>> 2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0> >>> > >>> >>> O meu path esta configurado da seguinte forma: >>> >>> C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program >>> Files\Common Files\Microsoft >>> Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program >>> Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer >>> >>> Você vê algum problema? >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200 >>> >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois instalei o >>> rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por exemplo) >>> >>> []s >>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>> >>> Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu: >>> >>> O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( R CMD >>> Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9, >>> entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9. >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200 >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> RTools, errei o nome >>> >>> voce acha no CRAN >>> >>> []s >>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>> >>> Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu: >>> >>> Leonard onde eu consigo baixar esse rutil? >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que >>> estamos usando. >>> >>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei >>> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os >>> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava. >>> >>> []s >>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>> >>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu: >>> >>> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu >>> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R >>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão >>> antiga do MikTex que eu não estou usando. >>> >>> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de >>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este >>> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. >>> Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd >>> com algumas mensagens de erro. >>> >>> Espero ter te ajudado. >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro >>> na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da >>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro? >>> >>> OBS: Estou em uma máquina Linux. >>> >>> * using log directory >>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ >>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22) >>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) >>> * using session charset: UTF-8 >>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK >>> * checking extension type ... Package >>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ >>> * checking package namespace information ... OK >>> * checking package dependencies ... OK >>> * checking if this is a source package ... OK >>> * checking if there is a namespace ... OK >>> * checking for executable files ... OK >>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK >>> * checking installed package size ... OK >>> * checking package directory ... OK >>> * checking for portable file names ... OK >>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK >>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK >>> * checking top-level files ... OK >>> * checking index information ... OK >>> * checking package subdirectories ... OK >>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK >>> * checking R files for syntax errors ... OK >>> * checking whether the package can be loaded ... OK >>> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies >>> ... OK >>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK >>> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies >>> ... OK >>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK >>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK >>> * checking S3 generic/method consistency ... OK >>> * checking replacement functions ... OK >>> * checking foreign function calls ... OK >>> * checking R code for possible problems ... OK >>> * checking Rd files ... WARNING >>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section >>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section >>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value >>> * checking Rd metadata ... OK >>> * checking Rd cross-references ... OK >>> * checking for missing documentation entries ... OK >>> * checking for code/documentation mismatches ... OK >>> * checking Rd \usage sections ... OK >>> * checking Rd contents ... OK >>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK >>> * checking examples ... OK >>> * checking PDF version of manual ... ERROR >>> Rd conversion errors: >>> Warning: unknown option '-' >>> Warning in file(con, "r") : >>> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or >>> directory >>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection >>> >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9> >>> > escreveu: >>> >>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas >>> informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei >>> meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que >>> eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. >>> Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar >>> algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome >>> dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por >>> uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara >>> de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e >>> depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". >>> Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção >>> do pacote que deve ser respeitada? >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden >>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu: >>> >>> >>> >>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote: >>> >>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo >>> de submissão? >>> >>> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto >>> em >>> detalhes. >>> >>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote : >>> >>> R CMD check SEU_PACOTE >>> >>> e corrija todos os eventuais problemas >>> >>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira >>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu >>> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as >>> atualizações >>> > fiquem disponíveis? >>> >>> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION >>> >>> > >>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote >>> não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele >>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem >>> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela >>> primeira >>> > vez? >>> > >>> >>> Bem vindo ao Universo do Software livre >>> >>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que >>> quiser >>> >>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. >>> Leia sobre licxancas GPL e análogas >>> >>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e >>> livre-se destas preocupacoes >>> >>> > >>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. >>> >>> Nao sao somente suas. >>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem >>> controvérsias! >>> >>> > >>> > Obrigado à todos. >>> > [ ], >>> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> > >>> > >>> > >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >>> ------------------------------ >>> If you reply to this email, your message will be added to the >>> discussion below: >>> >>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp46… >>> To unsubscribe from R-br, click here. >>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >>> >>> >>> >>> >>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=11> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de >>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo >>> reproduz�vel. >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list[hidden email] 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Índice fora de limites
by Thiago de Andrade 01 Fev '13

01 Fev '13

Amigos, estou tentando rodar uns dados de um amigo com o pacote ltm, (Teoria da Resposta ao Item). Estou recebendo uma mensagem de erro "índice fora de limites". Algum de vocês pode me dar alguma luz acerca da localização deste problema? Obrigado. -- Thiago de Andrade Mestrando em Psicologia Social, PPGP-UFPB Núcleo de Pesquisas em Desenvolvimento Sócio-Moral (NPDSM) (83) 9642 4099

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Informação: R como software livre...
by andrebvs＠bol.com.br 01 Fev '13

01 Fev '13

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Nayara Santos is out of the office.
by Nayara Santos 31 Jan '13

31 Jan '13

I will be out of the office starting 30/01/2013 and will not return until 14/02/2013. Gentileza entrar em contato com: Flávia Novaes para testes. Marcelo Prieto e Vicente Venancio para definições, dúvidas e aprovações.

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Gráfico no ggplot com escala x variável
by Alisson Lucrecio 31 Jan '13

31 Jan '13

Caros colegas, Boa noite. Classifiquei um conjunto de dados de poros por diâmetro em diferentes classes levando em consideração o numero de poros em cada classe. Os resultados me geraram outro conjunto de dados com o numero de poros em cada classe, sendo 30 classes de 0.1 a 1 mm e 1 classes de 1 a 5 mm. Preciso plotar um gráfico no ggplot2 com o diâmetro no x e numero de poros em cada classe no y, mas quando plot gera um gráfico da figura em anexo. Não consigo ter uma boa visualização dos resultado nesse plot. Então preciso fazer um corte no eixo x ou tentar uma escala x automática de 0.1 a 1 mm e escala x fixa de 1 a 5 mm (fixo no x igual a 3 mm). Alguém sabe como fazer isso? Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Ajuda com o pacote randomLCA
by Victor Eduardo 31 Jan '13

31 Jan '13

Pessoal, alguém poderia me ajudar def.lcarandom <- randomLCA(definicao[,1:4], freq=definicao$x, initmodel=def.lca, random=TRUE, blocksize=1, quadpoints=190, probit=TRUE) > summary(def.lcarandom) Classes AIC BIC logLik penlogLik Link 2 3842.735 3896.336 -1911.368 -1911.373 Probit Class probabilities Class 1 Class 2 0.8213 0.1787 Conditional outcome probabilities Group.1 Group.2 Group.3 Group.4 Class 1 0.0000 0.0065 0 0.0011 Class 2 0.9612 1.0000 1 1.0000 Marginal Outcome Probabilities Group.1 Group.2 Group.3 Group.4 Class 1 0.0000 0.1987 0 0.1479 Class 2 0.7253 0.9545 1 1.0000 Loadings 2.76629> def.lcarandom$outcomep [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 5.653499e-50 0.006483299 5.024727e-33 0.001059331 [2,] 9.612131e-01 0.999999659 1.000000e+00 1.000000000 A primeira parte postada acima funciona normalmente, sendo que quando vou utilizar a função outcome.probs ela não funciona, ela fica "rodando" o tempo inteiro e não sai mais disso. def.lcarandom.probs<-outcome.probs(def.lcarandom, boot=T, R=100) Abraços!

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geoestatistica
by Natalia Martins 30 Jan '13

30 Jan '13

Prezados, estou tentando comparar a interpolação por krigagem e pelo inverso da distancia, sempre usei somente a krigagem e agora fui questionada e resolvi procurar e e estudar mais métodos..no entanto no exemplo da cran (a seguir), nao consegui entender de onde vem os dados "meuse.grid", uma vez que estes contem as distancias. Alguem poderia me ajudar? # Inverse distance interpolation with inverse distance power set to .5: # (kriging variants need a variogram model to be specified) data(meuse) data(meuse.grid) meuse.gstat <- gstat(id = "zinc", formula = zinc ~ 1, locations = ~ x + y, data = meuse, nmax = 7, set = list(idp = .5)) meuse.gstat z <- predict(meuse.gstat, meuse.grid) library(lattice) # for levelplot levelplot(zinc.pred~x+y, z, aspect = mapasp(z)) -- Att, Natália da Silva Martins Bacharel em Estatística - Universidade Estadual de Maringá/ UEM Mestranda em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 8306-4743

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rodar função para cada nível de um fator
by marcelo costa 30 Jan '13

30 Jan '13

Prezados membros, Peço a ajuda de vocês para o seguinte problema: Eu tenho uma planilha com dois fatores (“espécie” e “sexo”) e uma variável contínua (“tamanho”). Quero analisar se existe diferença no tamanho de machos e fêmeas para cada espécie. Assim, preciso fazer um teste T para cada espécie. O problema é que eu tenho 288 espécies (uma planilha de 6638 linhas) e, portanto, fazer um subset para cada espécie não me parece uma solução muito boa (e provavelmente não é!). Eu queria fazer um teste T para cada nível do fator "especie".Alguém tem alguma ideia de como eu poderia fazer isso sem precisar fazer um subset para cada espécie? A princípio eu achei que isso seria fácil (e provavelmente seja), no entanto o meu pouco conhecimento sobre o R não está me ajudando. Eu estou enviando um exemplo hipotético do formato da minha planilha: especie<-rep(c("a","b","c"),each=6) sexo<-rep(c("f","m"), each = 3, len = 18) tamanho<-c(1.5,1.6,1.8,1.3,1.1,1.2,2.5,2.7,2.6,2.1,2.2,2.1,3.5,3.6,3.7,3.1,3.3,3.2) data<-data.frame(especie,sexo,tamanho) Um abraço a todos e obrigado pela atenção. Marcelo Costa

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Summary com todos os tipos da variável
by Fátima Lima Paula 28 Jan '13

28 Jan '13

Prezados, tenho uma variável (diagnóstico principal) que apresenta muitos tipos diferentes. Quando peço summary dessa variável, retorna dessa forma: summary(reinter$diagprinc) S720 S721 S722 T845 J189 T931 A419 N390 I500 I64 493 300 77 40 34 29 28 27 21 20 T840 J159 J158 M861 R02 S730 T814 I792 A499 I802 20 19 16 14 14 14 14 13 12 12 M966 R262 A408 L89 T813 T818 J188 J960 M840 T981 12 12 11 11 11 11 10 10 10 10 A46 I739 L989 M009 S723 T018 Y881 A418 A480 E46 9 9 9 9 9 9 9 7 7 7 E86 S525 A488 E43 G459 I509 I702 K921 K928 M171 7 7 6 6 6 6 6 6 6 6 M868 T841 T847 T857 Z470 A490 E145 I269 K566 R69 6 6 6 6 6 5 5 5 5 5 T848 Z988 A415 A498 E878 G319 I10 I743 J180 J449 5 5 4 4 4 4 4 4 4 4 K920 L97 M841 M869 N179 N189 S818 T888 E148 G20 4 4 4 4 4 4 4 4 3 3 I110 I200 I608 I635 I809 J80 K818 L031 L038 M169 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 M842 M848 M860 N111 N180 R33 S065 S423 S424 (Other) 3 3 3 3 3 3 3 3 3 218 Como faço para que apareçam todas? Obrigada Fátima

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Re: [R-br] Método de Agrupamento Ward (bruno vidigal)
by Marcos Vital 28 Jan '13

28 Jan '13

Bruno, na verdade o método de Ward precisa sim da matriz de distância como os outros métodos de clsuter; o que muda é a forma como ele cria o dendograma. Ele calcula a soma dos quadrados das distâncias entre os objetos, dividida pelo número de objetos, buscando minimizá-la. Então é necessária uma matriz de distância como nos outros casos, e o que muda na função hclust é o argumento method="ward". Se tiver acesso, veja o excelente *Numerical Ecology with R* (Bocard, Gillet & Legendre, 2011), que é uma excelente fonte para estudar métodos multivariados no R (o foco é em Ecologia, mas com certeza pode ser útil em outros casos). Abraços Marcos -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

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