Maio 2012 - R-br - DINF UFPR

Componentes de variância - dúvida
by Fernando Colugnati 18 Mai '12

18 Mai '12

#Pessoal, estou analisando um experimento que procura avaliar as fontes de variabilidade em um processo de medição. São 101 pacientes, #onde são realizadas 5 medidas em 2 imagens de endotélio, ou seja, para cada paciente tenho 10 replicações, 5 em cada imagem (variável #medida no dataframe abaixo). Entendo que tenho um modelo misto, pois considero os pacientes como efeito aleatório (a variablidade entre eles #é enorme) e também as imagens, já que podem ser tiradas de diferentes partes do antebraço do paciente. #Especifiquei este modelo com o lme4 para uma das medidas que quero analisar, o diâmetro do endotélio pós-oclusão: fm1 <- lmer(abps ~ replicacao + (replicacao|medida) + (medida|id3), medidas) #e gostaria de estimar o % da variância de cada componente, e para isso preciso da variância total, que é a soma de todas, inlcuindo dos #efeitos fixos, do aleatório e tbm dos resíduos. Está especificação está correta, na opinião dos especialistas em experimentos? (não é meu #caso) #Rodando, após o modelo VarCorr(fm1, type="varcov") anova(fm1) #como identifico a variância residual? Na verdade me enrolei um pouco com a saída do VarCorr, e mesmo pesquisando no Google, não achei nada que #apresente este tipo de propósito de análise (é um estudo de R&R, onde quero mostrar que a variabilidade das replicações, ou do operador, é a #de menor culpa neste processo). #Segue um pedaço dos dados: #> dput(medidas[1:20,]) structure(list(abpre = c(0.382, 0.383, 0.386, 0.386, 0.383, 0.386, 0.384, 0.387, 0.386, 0.383, 0.339, 0.335, 0.342, 0.335, 0.339, 0.357, 0.342, 0.346, 0.343, 0.35), abps = c(0.412, 0.412, 0.415, 0.404, 0.408, 0.408, 0.393, 0.408, 0.408, 0.408, 0.382, 0.386, 0.386, 0.386, 0.386, 0.383, 0.383, 0.379, 0.379, 0.379), abs = c(0.03, 0.029, 0.029, 0.018, 0.025, 0.022, 0.009, 0.021, 0.022, 0.025, 0.043, 0.051, 0.044, 0.051, 0.047, 0.026, 0.041, 0.033, 0.036, 0.029), id3 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), replicacao = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L ), medida = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), abpre2 = c(0.407, 0.408, 0.399, 0.404, 0.401, 0.404, 0.413, 0.413, 0.416, 0.407, 0.318, 0.318, 0.325, 0.325, 0.318, 0.314, 0.315, 0.316, 0.322, 0.322), abps2 = c(0.458, 0.452, 0.452, 0.455, 0.459, 0.465, 0.456, 0.459, 0.462, 0.462, 0.372, 0.382, 0.392, 0.386, 0.365, 0.386, 0.382, 0.369, 0.382, 0.382), abs2 = c(0.051, 0.044, 0.053, 0.051, 0.058, 0.061, 0.043, 0.046, 0.046, 0.055, 0.054, 0.064, 0.067, 0.061, 0.047, 0.072, 0.067, 0.053, 0.06, 0.06), X_Imedida_1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), X_ImedXrepli_1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L)), .Names = c("abpre", "abps", "abs", "id3", "replicacao", "medida", "abpre2", "abps2", "abs2", "X_Imedida_1", "X_ImedXrepli_1"), row.names = c(NA, 20L ), class = "data.frame") Abraço -- Fernando A.B. Colugnati -- Fernando A.B. Colugnati

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Plot precipitação + temperatura no mesmo frame
by Marcelo Claro de Souza 18 Mai '12

18 Mai '12

Algém poderia me explicar como plotar um gráfico de precipitação e temperatura no mesmo frame, sendo a precipitação representada por barras e as temp max min e média como linhas. Meu conjunto de dados está organizado da suinte forma: month tmax tmin tmed rainfall Jan 30,21 16,82 23,51 17,54 Feb 30,71 16,36 23,53 7,68 Mar 27,23 15,91 21,57 9,87 Apr 28,23 15,80 22,02 5,45 May 25,19 11,57 18,38 0,15 Jun 24,39 9,07 16,73 1,61 Jul 26,59 13,07 19,83 0,01 Aug 28,39 12,65 20,52 0,33 Sep 29,77 12,98 21,38 1,53 Oct 28,49 15,47 21,98 4,85 Nov 28,61 16,21 22,41 3,77 Dec 29,79 17,26 23,53 9,35 Muito obrigado pela ajuda. Abraço. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

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simulação de mutinomiais
by Márcio Augusto Ferreira Rodrigues 17 Mai '12

17 Mai '12

Senhores, estou interessado em simular uma amostra de multinomiais em que suas probabilidades sao geradas por uma regressão logistica, isto é Y ~ Multinomial(1, Pk0i ,Pk1i ,Pk2i , Pk3i) em que i = 1, ..., 100 ( tamanho da amostra) e k= 1,2,3. Assim, k assume 3 valores para cada i. A dúvida é: como faço para informar essa variação das probabilidades na função rmultinom? ou teria outra maneira de fazer isso? Grato, Márcio

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pergunta simples - aplicar função para rows de um dataframe
by Vitor Aguiar 17 Mai '12

17 Mai '12

Boa tarde a todos, tenho um dataframe composto de milhares de linhas e queria calcular o proporção de NAs que tenho em cada linha em relação ao total de dados para essa linha. Exemplo de linha no dataframe: 1 NA NA 15 16 23 22 NA NA NA NA 4 10 18 19 14 21 NA NA 11 8 6 11 NA NA Então pensei em fazer algo como: funçãoNA = function( x ) { naind = table(is.na( x[i, ])) naind[[2]] / length(x[i, ]) } Sou novo em programação e não sei como aplicar isso pra todas as linhas. Não consigo aplicar a função acima com a função apply, pois ela não reconhece o "i". Tenho que usar um loop pra isso? Desde já, muito obrigado. Vitor

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Nomear linhas de matrizes em lista de matrizes
by Emmanuel Arnhold 17 Mai '12

17 Mai '12

Pessoal, estou tentando nomear linhas de matrizes em uma lista de matrizes. Alguém tem a solução? # Dados m1=matrix(c(1,2,4,5,7,8), nc=2) m2=matrix(c(1,5), nc=2) l=list(m1,m2) n=factor(letters[1:4]) n1=lapply(levels(n), list) # resultado que quero obter usando lapply se possível ou outro recurso rownames(m1)=n[c(1,2,3)] rownames(m2)=n[4] l=list(m1,m2)

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Re: [R-br] Alteração em função de pacote
by Junior Beleti 17 Mai '12

17 Mai '12

O nome da função "criada" é eigem.f e que deve ser criada no pacote Base. Sua execução se dá da mesma forma da função original (eigen.f). Att, Carlos.

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Alteração em função de pacote
by Junior Beleti 16 Mai '12

16 Mai '12

Boa noite a todos. Estou fazendo testes com algumas funções e pacotes do R. Em um desses testes tentei duplicar a função (eigen.f), alterando seu nome para (eigem.f) e os locais onde ela aparecia. Com tais alterações consegui compilar normalmente e até criar o código objeto (eigem.o). O problema ocorre ao utilizar a função pois obtenho a seguinte mensagem: Erro: não foi possível encontrar a função "eigem" Gostaria de saber se existe algum outro local que precisa ser alterado para que tal função execute normalmente. PS: Já estou ciente que essa não é a melhor forma de "criar" uma função, mas como já disse anteriormente, estou apenas realizando testes. Muito obrigado. Att, Carlos.

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Teste glht:multcomp com lista de contrastes
by Emmanuel Arnhold 16 Mai '12

16 Mai '12

Estou tentando usar a função glht com uma lista de contrastes. Tem solução? require(multcomp) x=structure(list(t = structure(c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 3L, 4L, 4L ), .Label = c("t1", "t2", "t3", "t4"), class = "factor"), r = c(5L, 6L, 23L, 29L, 12L, 16L, 45L, 49L)), .Names = c("t", "r"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L)) m=lm(r~t, data=x) teste3=glht (m, linfct = mcp(t = "Tukey" )) mc=teste3$linfct y=row.names(mc) dd=list(y[c(1,2)],y[3]) c=lapply(dd, function(ddi) { mc[ddi,] }) # ?????lapply(c, function(ci) {summary(glht(m, linfct =ci))})

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encoding="macroman"
by Edson Lira 16 Mai '12

16 Mai '12

Estou lendo um arquivo em csv2, cujas respostas são acentuadas, quando leio no excell xlsx, uso o encoding="macroman" para identificar a acentuação, qual a rotina para o csv2? O macroman não resolveu. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Re: [R-br] xlsx no R 2.15
by Fernando Mayer 15 Mai '12

15 Mai '12

Pelo resultado do build do pacote parece que realmente houve algum problema com a versão para Mac http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/checks/check_results_xlsx.html Aconselho entrar em contato com o administrador do pacote ou esperar até que resolvam. --- Fernando Mayer Universidade Federal de Santa Catarina - UFSC Departamento de Ecologia e Zoologia - ECZ/CCB URL: http://sites.google.com/site/fernandomayer e-mail: fernandomayer [@] gmail.com 2012/5/15 Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br>: > Usei o comando sugerido mas me deu a mensagem abaixo: > >> install.packages("xlsx", dependencies = TRUE, repos >> ="http://cran-r.c3sl.ufpr.br") > Mensagens de aviso perdidas: > package ‘xlsx’ is not available (for R version 2.15.0) >> > > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > ________________________________ > De: Fernando Mayer <fernandomayer(a)gmail.com> > Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > Enviadas: Terça-feira, 15 de Maio de 2012 18:29 > Assunto: Re: [R-br] xlsx no R 2.15 > > Qual comando vc tentou? > > O que significa não encontrou? O pacote está disponível no CRAN > > http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/packages/xlsx/index.html > > Tente > > install.packages("xlsx", dependencies = TRUE, repos = > "http://cran-r.c3sl.ufpr.br") > > > --- > Fernando Mayer > Universidade Federal de Santa Catarina - UFSC > Departamento de Ecologia e Zoologia - ECZ/CCB > URL: http://sites.google.com/site/fernandomayer > e-mail: fernandomayer [@] gmail.com > > > 2012/5/15 Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br>: >> Boa noite, tentei instalar o pacote xlsx no R 2.15 e não encontrei o >> pacote. >> >> Estou usando o R para o macbook pro 2.3 ghz i7, 4 giga de ram >> >> Alguma sugestão? >> Edson Lira >> Estatístico >> Manaus-Amazonas >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código >> mínimo reproduzível. > >

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