Maio 2012 - R-br - DINF UFPR

Loop varrendo quantidade enorme de arquivos
by Thiago Veloso 02 Mai '12

02 Mai '12

Boa noite pessoal, Preciso de ajuda para fazer um loop que percorra uma lista enorme de arquivos. Organizei uma série (+50GB) de imagens de satélite que está organizada em anos (2001 a 2011) e, por ano, a cada oito dias (julianos). lai200101.tif lai200109.tif lai200117.tif lai200125.tif . . . lai2011361.tif onde a nomenclatura segue o padrão: lai{ano}{diajuliano}.tif. Percebam que o incremento entre os dias é sempre oito. Preciso fazer duas operações nesse banco de dados: 1) um loop para abrir cada um dos arquivos, nomeando a variável com o ano e mês, e multiplicar a mesma por 0.001. Algo assim: library(raster) lai{ano}{diajuliano}<-raster('lai{ano}{diajuliano}.tif') #carregando imagem lai{ano}{diajuliano}<-lai{ano}{diajuliano}*0.001 #calibrando imagem 2) Ao longo de todos os arquivos, somar cada quatro para produzir um mês de dados, por exemplo: lai_jan_2001 <- lai200101.tif + lai200109.tif + lai200117.tif + lai200125.tif lai_feb_2001 <- lai200133.tif + lai200141.tif + lai200149.tif + lai200157.tif . . . lai_dec_2011 <- lai2011337.tif + lai2011345.tif + lai2011353.tif + lai2011361.tif Um verdadeiro desafio de programação, concordam? Alguém pode me dar uma ideia de como começar? Agradece desde já, Thiago.

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precisão numérica e which.max com empates
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 02 Mai '12

02 Mai '12

Amigos de R, Estou tentando comparar alguns métodos de estimação e um dos passos necessários é encontrar valores maximos ou minimos de vetores numéricos. O problema numero 1 é que quando comparo visualmente os vetores ocorre que ocasionalmente acontece 2 ou 3 empates nos valores máximos ou mínimos como no vetor abaixo. Reparem que o valor .7 aparece na posição 21 e 23. Mas quando utilizo a função which.max ou max eu so encontro a posição 23. POssivlemente ha alguma coisa relacionado com precisão nume´rica apesar de não fazer muito sentido no momento. > test.values$Youden [1] 0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50 0.55 0.60 0.55 0.60 0.65 0.60 0.65 0.60 0.65 [21] 0.70 0.65 0.70 0.65 0.60 0.65 0.60 0.65 0.60 0.55 0.50 0.45 0.40 0.35 0.30 0.25 0.20 0.15 0.10 0.05> max(test.values$Youden)[1] 0.7 > which.max(test.values$Youden)[1] 23 > which(test.values$Youden==max(test.values$Youden)) [1] 23 > test.values$Youden[21]==test.values$Youden[23] [1] FALSE O problema 2 é que quando de fato ocorrem empates a função which.max retorna somente a primeira posição. Então, a questão seria como retornar todas as posições com valores máximos ou encontrar uma mediana dos valores empatados? Qualquer luz é bem vinda. Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/6597654894290806 Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Retirar coordenadas de cidade do google maps com R
by Augusto Ribas 02 Mai '12

02 Mai '12

Opa a algum tempo postaram uma função aqui pra calcula a distancia entre cidades pelo googe maps. Eu gostaria de pegar a coordenada da cidade. Mas eu não acho onde esta essa informação na pagina do google depois que abro ela no R E também nao sei procurar pra falar a verdade, pq fica gigante depois que le a pagina. Alguém pode me dar uma luz? #Função anteriormente postada distancia <- function(cidade1, uf1, cidade2, uf2){ link <- paste( "http://maps.google.com/maps?saddr=", cidade1, "+-+", uf1, ",+Brasil&daddr=", cidade2, "+-+", uf2, ",+Brasil&hl=pt-BR&ie=UTF8", sep="") link <- iconv(link, 'latin1', 'UTF-8') Encoding(link) <- 'bytes' pagina <- readLines(url(link)) linha <- grep('<div class="altroute-rcol altroute-info"> <span>', pagina) distancia <- pagina[linha] distancia <- strsplit(distancia, '<div class="altroute-rcol altroute-info"> <span>')[[1]][2] distancia <- strsplit(distancia, '</span>')[[1]][1] return(list(distancia = distancia, link=link)) } distancia("Dourados", "MS", "Campo.Grande", "MS") distancia("Brasília", "DF", "Goiânia", "GO") distancia("Brasília", "DF", "Natal", "RN") distancia("Brasília", "DF", "Florianópolis", "SC") distancia("Brasília", "DF", "Porto.Alegre", "RS") #O que eu gostaria por exemplo para a cidade de Dourados MS uf1<-c("MS") cidade1<-c("Dourados") link<-paste( "http://maps.google.com/maps?saddr=%20 ",cidade1,"+-+",uf1,",+Brasil&hl=pt-BR&ie=UTF8",sep="") Encoding(link) <- 'bytes' pagina <- readLines(url(link)) #é saber onde em pagina esta as coordenadas da cidade. #que linha olhar, se é que ela esta nessa pagina, e colocar como o resultado acima algo tipo #coordenadas são tal -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Ajuda com Correlação de Matrizes com tamanhos diferentes
by Débora Martins 02 Mai '12

02 Mai '12

Olá pessoal, Estou analisando alguns dados para um artigo, entretanto não consigo rodar a correlação do jeito que desejo. Meu problema é um pouco parecido com o descrito nesse link http://stats.stackexchange.com/questions/24980/correlation-between-matrices…, pois eu desejo obter um único valor que corresponda a correlação, mas como eu divido os valores do arquivo em algumas dimensões que me interesso, não consigo obter esse valor único. Eu li o arquivo,separo cada coluna na dimensão que desejo analisar e tento fazer a correlação entre as dimensões mas só obtenho a correlação dos itens. teste<-read.table("1_analise.txt", header=T) a<-teste[1] b<-teste[2] c<-teste[3] d<-teste[4] e<-teste[5] estrutura<-cbind(a,b,c,d,e) a<-teste[6] b<-teste[7] c<-teste[8] d<-teste[9] e<-teste[10] f<-teste[11] g<-teste[12] cultura<-cbind(a,b,c,d,e,f,g) correlacao1<-cor(estrutura,cultura) Com a última linha do código, gostaria de obter algo como a tabela 3 deste link http://www.tlainc.com/articl292.htm. -- *Débora de Vasconcelos Martins** *Graduanda em Ciência da Computação Universidade Estadual do Ceará Bolsista do Programa de Educação Tutorial - PET http://petcomp.uece.br

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Diferença entre krigagem ordinária e krigagem externa a deriva
by Mauro Sznelwar 02 Mai '12

02 Mai '12

Quem sabe explicar em poucas palavras a diferença entre elas?

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Duvida Regressão
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 30 Abr '12

30 Abr '12

Olá Estou trabalhando com a taxa de uma doença e gostaria de rodar um modelo de regressão. Meus dados não apresentaram distribuição normal e por teste de aderência deu uma distribuição lognomal -> fitdistr(tx_esqui, "lognormal") meanlog sdlog 6.25725753 1.90754231 (0.11630491) (0.08223999) ->ks.test(tx_esqui, "plnorm", sdlog=1.90754231, meanlog=6.25725753,alternative=c("two.sided")) One-sample Kolmogorov-Smirnov test data: tx_esqui D = 0.0701, p-value = 0.1419 alternative hypothesis: two-sided Tem como eu rodar um modelo de regressão com essa variável? Como fazê-lo? Qual a melhor forma de trabalhar com essa variável? Abraços Segue a minha variável dependente: structure(list(tx_esqui = c(3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 8L, 8L, 8L, 9L, 10L, 10L, 19L, 22L, 22L, 23L, 23L, 25L, 25L, 26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 34L, 36L, 39L, 41L, 42L, 45L, 46L, 49L, 49L, 56L, 57L, 58L, 58L, 59L, 61L, 62L, 62L, 68L, 70L, 74L, 76L, 80L, 82L, 82L, 83L, 83L, 86L, 101L, 102L, 107L, 107L, 112L, 113L, 118L, 120L, 121L, 123L, 126L, 135L, 138L, 140L, 153L, 156L, 158L, 179L, 191L, 200L, 201L, 204L, 207L, 209L, 212L, 215L, 223L, 227L, 228L, 233L, 247L, 248L, 249L, 255L, 257L, 258L, 258L, 259L, 264L, 274L, 277L, 279L, 287L, 297L, 309L, 310L, 313L, 314L, 326L, 328L, 329L, 331L, 332L, 332L, 340L, 354L, 358L, 365L, 372L, 379L, 383L, 395L, 396L, 418L, 423L, 447L, 449L, 451L, 453L, 493L, 532L, 535L, 553L, 554L, 565L, 573L, 581L, 584L, 599L, 603L, 604L, 611L, 672L, 703L, 708L, 727L, 756L, 799L, 809L, 812L, 815L, 816L, 862L, 864L, 866L, 932L, 946L, 951L, 964L, 969L, 983L, 985L, 989L, 1032L, 1102L, 1102L, 1112L, 1112L, 1199L, 1218L, 1245L, 1252L, 1283L, 1302L, 1327L, 1327L, 1328L, 1340L, 1367L, 1382L, 1413L, 1441L, 1468L, 1487L, 1493L, 1512L, 1523L, 1567L, 1576L, 1585L, 1598L, 1620L, 1623L, 1634L, 1664L, 1704L, 1813L, 1816L, 1824L, 1842L, 1892L, 1939L, 1977L, 2010L, 2035L, 2060L, 2100L, 2152L, 2184L, 2210L, 2248L, 2282L, 2288L, 2358L, 2462L, 2473L, 2527L, 2541L, 2555L, 2576L, 2603L, 2705L, 2711L, 2895L, 2916L, 2958L, 2963L, 3088L, 3110L, 3304L, 3427L, 3489L, 3535L, 3629L, 3638L, 3682L, 3704L, 3796L, 3932L, 4160L, 4293L, 4294L, 4366L, 4516L, 4715L, 4746L, 5152L, 5263L, 5307L, 5823L, 6025L, 6306L, 6313L, 6330L, 6649L, 7114L, 7158L, 7340L, 7488L, 7665L, 8055L, 8394L, 8773L, 8850L, 8918L, 9273L, 9356L, 10110L, 10281L, 10310L, 10519L, 11111L, 13525L, 14465L, 14955L, 16629L)), .Names = "tx_esqui", class = "data.frame", row.names = c(NA, -269L)) -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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