Novembro 2012 - R-br

Normalidade dos resíduos em parcela subdividida
by tiago souza marçal 22 Nov '12

22 Nov '12

Pessoal, gostaria de saber se em parcela subdividida eu tenho que verificar a normalidade dos resíduos (shapiro.test()) da parcela e da subparcela? Agradeço desde já por qualquer ajuda. Att. Tiago.

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rect.hclust
by Mauricio Figueira 22 Nov '12

22 Nov '12

Oi, estou tentando delimitar os grupos no Cluster analysis, porém a função rect.hclust extrapola os limites dos retângulos, deixando-os abertos. O script que estou usando segue abaixo. #dissimilaridade EUCLIDIANA dis<-vegdist (dados, method = "euclidean") dis range(dis) clust<- hclust(dis, "average") plot(clust, main="Análise de Agrupamento", sub="Ligação pela média", xlab="Locais e orgãos", ylab="Dissimilaridade (Distância Euclidiana)") cor(dis, cophenetic(clust)) rect.hclust(clust, k=2, border="red")#desenhar dois retângulos x <- rect.hclust(clust, h=40)#cortar na altura de 40 Se alguém puder me ajudar, desde já agradeço. Maurício Figueira Mestrando em Engenharia Florestal (UFSM) Herbário do Departamento de Ciências Florestais (HDCF) Currículo: http://lattes.cnpq.br/1022600405818850 Tel.:(55) 9663-4920

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Remover linhas do banco de dados, sujeito a algum critério da variável
by Abel Brasil Ramos da Silva 22 Nov '12

22 Nov '12

Olá a todos, Preciso excluir as linhas do banco de dados segundo algum critério da variável, por exemplo: x1=c(seq(1,10),NA,seq(1,10)) x2=c(seq(1,9),NA,seq(1,11)) x3=c(seq(1,8),NA,seq(1,12)) x4=c(seq(1,7),NA,seq(1,13)) x5=c(seq(1,6),NA,seq(1,14)) dados=data.frame(x1,x2,x3,x4,x5) >dados x1 x2 x3 x4 x5 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 5 5 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 7 7 7 7 7 NA 8 8 8 8 NA 1 9 9 9 NA 1 2 10 10 NA 1 2 3 11 NA 1 2 3 4 12 1 2 3 4 5 13 2 3 4 5 6 14 3 4 5 6 7 15 4 5 6 7 8 16 5 6 7 8 9 17 6 7 8 9 10 18 7 8 9 10 11 19 8 9 10 11 12 20 9 10 11 12 13 21 10 11 12 13 14 se eu utilizar > na.exclude(dados) x1 x2 x3 x4 x5 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 5 5 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 12 1 2 3 4 5 13 2 3 4 5 6 14 3 4 5 6 7 15 4 5 6 7 8 16 5 6 7 8 9 17 6 7 8 9 10 18 7 8 9 10 11 19 8 9 10 11 12 20 9 10 11 12 13 21 10 11 12 13 14 as linhas 7 a 11 foram excluídas, porém como eu trabalho com banco de dados de 50 variáveis, gostaria de excluir , por exemplo, as linhas cuja variáveis x4 e x5 sejam igual a NA (não somente NA, mas outro critério numérico ou caracteres), produzindo o seguinte resultado: x1 x2 x3 x4 x5 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 5 5 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 9 9 9 NA 1 2 10 10 NA 1 2 3 11 NA 1 2 3 4 12 1 2 3 4 5 13 2 3 4 5 6 14 3 4 5 6 7 15 4 5 6 7 8 16 5 6 7 8 9 17 6 7 8 9 10 18 7 8 9 10 11 19 8 9 10 11 12 20 9 10 11 12 13 21 10 11 12 13 14 Obrigado.

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Ajuda gráfico
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 22 Nov '12

22 Nov '12

Olá Amigos Estou rodando um gráfico através da função mosaicplot: exemplo: CAT=c(rep('CI',60),rep('CII',30),rep('CIII',10)) SEXO=c(rep('F',28),rep('M',32),rep('F',20),rep('M',10),rep('F',7),rep('M',3)) MOSAICO = cbind(as.data.frame(CAT),as.data.frame(SEXO)) edit(MOSAICO) tabela =table(MOSAICO$CAT,MOSAICO$SEXO) mosaicplot(tabela) Porém gostaríamos de que os grupos (CI, CII e CIII) tivessem os mesmos tamanhos (Como o gráfico anexo). O que podemos fazer na função ou no comando para que os gráficos fiquem da forma anexa? Obrigado mais uma vez! http://www.datafilehost.com/download-fe09c339.html -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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Modelo Misto + LSD de Fisher
by Juliana Passos 22 Nov '12

22 Nov '12

Olá, eu gostaria de usar o teste de comparações múltiplas LSD de Fisher após rodar um modelo misto, porém não encontrei nenhuma função para tal. Os comandos que tentei são: mod1 <- aov(resposta ~ fator + Error(sujeito/fator), data=dados) require(nlme) mod2 <- lme(resposta ~ fator, random = ~1|sujeito/fator,data=dados) Usando o mod2 consigo rodar o teste de Tukey com a seguinte função: glht(mod2,linfct=mcp(fator="Tukey")) Porém eu preciso do LSD de Fisher. Encontrei a função LSD.test, mas ela não funciona para modelo misto require(agricolae) LSD.test(mod1,"fator", group=TRUE) Alguém sabe me indicar alguma função que faça o teste LSD de Fisher considerando o mod1, mod2, ou outro modelo com mesmos resultados? Desde já agradecida, Juliana

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dúvidas em outputs
by alanarocha＠sapo.pt 22 Nov '12

22 Nov '12

Olá, eu tenho um output da função summary de 4 variaveis ou seja tenho 4 valores de medias diferentes medianas diferentes desvios padroes diferentes. eu ando a procura de algo que me esplique por exemplo qual dos 4 vaores de medias é imais sgnificativo, e o mesmo relativamente, a mediana quantis desvio padrão variancia. obrigada desde já. vai aqui meu exemplo para ser mais facil. clínicas X1s09 X1s10 X1s11 X1s12 1 Ponte da Barca 70.5 73.9 75.7 81.0 2 Braga 72.5 79.9 77.3 73.4 3 Fafe 74.7 74.7 71.1 74.4 4 Maia 76.7 72.7 77.3 78.1 5 VNGaia 84.6 84.3 83.4 81.8 6 SMFeira 73.0 73.8 76.7 79.4 7 Viseu 67.4 75.7 75.6 74.5 8 Guarda 70.6 65.4 68.7 78.9 9 CovilhÆ 76.7 76.0 76.4 81.3 10 Coimbra 77.5 77.9 77.0 77.7 11 Abrantes 84.0 81.2 82.9 79.1 12 Entroncamento 74.4 73.5 74.1 72.0 13 Santar‚m 75.2 69.0 80.6 83.3 14 TVedras 70.6 74.1 81.1 78.5 15 VFXira 70.7 76.7 78.3 79.7 16 Alverca 74.3 80.9 84.4 80.2 17 Amadora 69.5 70.5 74.7 75.5 18 Lumiar 71.4 72.3 73.2 76.9 19 Restelo 71.2 69.7 72.5 74.0 20 CUF 64.2 65.5 71.6 66.5 21 SAMS 78.8 82.9 84.0 82.3 22 APDP 0.0 0.0 0.0 57.6 23 Montijo 77.3 71.4 69.8 84.3 24 Barreiro 78.6 78.6 77.8 77.6 25 Almada 76.5 73.1 74.8 78.2 26 Seixal 78.6 75.4 80.9 80.0 27 Set£bal 76.3 79.8 78.2 74.8 28 Portalegre 77.0 80.0 80.1 77.7 29 vora 81.2 79.6 80.9 81.8 30 Grƒndola 75.9 78.4 80.2 78.8 31 Beja 73.9 76.4 75.0 67.8 32 Tavira 73.0 66.5 66.9 75.1 33 Faro 70.6 78.5 79.1 77.6 34 PortimÆo 71.9 80.2 79.0 80.6 dim(dados) [1] 34 5 #estatísticas descritivas sapply(dados[,2:4],mean) média: X1s09 X1s10 X1s11 X1s121s09 72.332 73.19 1 74.685 74.685 sapply(dados[,2:5],median) medianas: X1s09 X1s10 X1s11 X1s12 74.35 75.55 77.15 78.15 sapply(dados[,2:5],min) mínimo: X1s09 X1s10 X1s11 X1s12 0.0 0.0 0.0 57.6 sapply(dados[,2:5],max) máximo: X1s09 X1s10 X1s11 X1s12 84.6 84.3 84.4 84.3 sapply(dados[,2:5],sd) desvio padrão: X1s09 X1s10 X1s11 X1s12 13.501958 13.796999 13.890047 5.241185 sapply(dados[,2:5],var) variância: X1s09 X1s10 X1s11 X1s12 182.30286 190.35719 192.93341 27.47002 sapply(dados[,2:5],quantile) quantis: X1s09 X1s10 X1s11 X1s12 0% 0.000 0.00 0.000 57.600 25% 70.825 72.40 74.250 74.875 50% 74.350 75.55 77.150 78.150 75% 76.925 79.35 80.175 80.150 100% 84.600 84.30 84.400 84.300 diff(range(dados$X1s09, na.rm=T)) # amplitude amplitude total X1s09 X1s10 X1s11 X1s12 84.6 diff(range(dados$X1s10, na.rm=T)) # amplitude [1] 84.3 diff(range(dados$X1s11, na.rm=T)) # amplitude [1] 84.4 diff(range(dados$X1s12, na.rm=T)) # amplitude [1] 26.7 Ana Rocha

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Criando Rotina
by Giovane Pretto Azambuja 22 Nov '12

22 Nov '12

Olá, pessoal Sou um pouco novato em R, mas vamos tentar. Tenho de fazer a análise estatística, pela função summary(), de uma pancada de objetos. Gostaria de saber se existe uma maneira em que o R faça essas análises, e as armazene em um objeto diferente para cada análise, de maneira automática. Tipo uma rotina. Creio que consigo fazer isso com o comando for, porém como são vários objetos não me veio em mente como organiza-lo. OBS: Não precisa formular a rotina inteira, apenas dê uma luz. Agradeço quem puder ajudar Giovane P. Azambuja Enviado do Email do Windows

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Enc: Problemas com rgl!
by Ivan Bezerra Allaman 22 Nov '12

22 Nov '12

Boa tarde Daniel! Tenho a seguinte mensagem como camando: Lendo listas de pacotes... Pronto Construindo árvore de dependências Lendo informação de estado... Pronto E: Você deve colocar algumas URIs 'source' em seu sources.list O que isso quer dizer eu não sei, só sei que tenho a seguinte conteúdo no meu sources.list: deb http://mint-packages.c3sl.ufpr.br/ maya main upstream import deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise main restricted universe multiverse deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise-updates main restricted universe multiverse deb http://security.ubuntu.com/ubuntu/ precise-security main restricted universe multiverse deb http://archive.canonical.com/ubuntu/ precise partner deb http://packages.medibuntu.org/ precise free non-free # deb http://archive.getdeb.net/ubuntu precise-getdeb apps # deb http://archive.getdeb.net/ubuntu precise-getdeb games #Repositório do R deb http://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu precise/ deb http://cran-r.c3sl.ufpr.br/ precise-backports main restricted universe Inté, \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature} ________________________________ De: Daniel C Bezerra <danielcbezerra(a)gmail.com> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br> Enviadas: Sábado, 8 de Setembro de 2012 15:57 Assunto: Re: [R-br] Problemas com rgl! Tente rodar no terminal: sudo apt-get build-dep r-cran-rgl On Sat, Sep 8, 2012 at 3:30 PM, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br> wrote: Boa tarde senhores! > > >Ao rodar um gráfico em 3D com a rgl percebi que estava muito lento, travando. Então descobri que não estava instalado o driver de vídeo da minha máquina. Ao instalar e tentar usar a rgl obtive erros. Então removi o pacote que estava dentro do usr blablab e tentei reinstalar o pacote sem sucesso com o seguinte erro: > > >* installing *source* package ‘rgl’ ... >** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked >checking for gcc... gcc -std=gnu99 >checking whether the C compiler works... yes >checking for C compiler default output file name... a.out >checking for suffix of executables... >checking whether we are cross compiling... no >checking for suffix of object files... o >checking whether we are using the GNU C compiler... yes >checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes >checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed >checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E >checking for gcc... (cached) gcc -std=gnu99 >checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes >checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... (cached) yes >checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... (cached) none needed >checking for libpng-config... yes >configure: using libpng-config >configure: using libpng dynamic linkage >checking for X... libraries , headers >checking GL/gl.h usability... yes >checking GL/gl.h presence... yes >checking for GL/gl.h... yes >checking GL/glu.h usability... yes >checking GL/glu.h presence... yes >checking for GL/glu.h... yes >checking for glEnd in -lGL... yes >checking for gluProject in -lGLU... yes >checking for freetype-config... yes >configure: using Freetype and FTGL >configure: creating ./config.status >config.status: creating src/Makevars > >. >. >. > >Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rgl', details: > call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) > error: impossível carregar objeto compartilhado '/usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs/rgl.so': > libGL.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory >Erro: loading failed >Execução interrompida >ERROR: loading failed >* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/rgl’ > >The downloaded source packages are in > ‘/tmp/RtmpS6wZHV/downloaded_packages’ >Mensagens de aviso perdidas: >In install.packages("rgl") : > installation of package ‘rgl’ had non-zero exit status > > >Já pesquisei em vários lugares, instalar várias coisas e o erro persiste. Grato se alguém puder ajudar. Utilizo o mint 13 maya ubuntu. > > >Abraços! > > > >\begin{signatu ><<>>= >Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman >Universidade Estadual de Santa Cruz >Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas >Ilhéus/BA - Brasil >Fone: +55 73 3680-5596 >E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com >@ >\end{signature} >_______________________________________________ >R-br mailing list >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >

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Regressão linear
by Narede Golaco 22 Nov '12

22 Nov '12

Amigos gostaria de saber como se analisa uma regressão linear apartir do test T ? Agradeço a ajuda e qualquer exemplo, assim como a indicação de material, pois ja coloquei no google " teste T e regressão linear '' e não aparece nada de relevante que avalie a regressão com o teste T. Agradeço desde ja a ajuda.

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Comparar graficamente densidades estimadas
by Matheus Monteiro 22 Nov '12

22 Nov '12

Obtive as densidades aproximadas da 't' e da 'normal', gostaria de compara-las através de graficos dessas densidades estimadas. Qual seria o melhor comando para isso? Uso o que está entre parênteses ou o outro? Obrigado. *t * > fitdistr(x[,1],"t") m s df -0.001874414 0.009122738 3.522064232 ( 0.001726835) ( 0.001862692) ( 2.234067399)* **normal* fitdistr(x[,1],"normal") mean sd 0.0001040816 0.0128201843 (0.0018314549) (0.0012950342) x são dados simulados.

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