Novembro 2012 - R-br

[Dúvida] Criando pacotes para o R.
by Pedro Rafael 17 Nov '12

17 Nov '12

Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo de submissão? Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as atualizações fiquem disponíveis? Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela primeira vez? São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. Obrigado à todos. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.

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Lista
by Narede Golaco 17 Nov '12

17 Nov '12

Olá gostaria de postar uma dúvia, relacionada a função glm: Se possivel gostaria de um exemplos simples de analise de variancia usando a função glm em conjunto com qualquer pacote de dados do R, pode ser o mtcars, airqualiy... Gostaria muito mesmo do exemplo, pois estou iniciado no programa e só encontro na internet exemplos muito avançados. Agradeço desde já a ajuda de todos. Se eu puder postar esta dúvida ou não, por favor gostaria de ser avisado Obrigado a todos pela condescêndencia. Att: Thor Cerqueira Graduando em matematica

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Re: [R-br] Dados com tendência em geoestatística
by Eder Comunello 17 Nov '12

17 Nov '12

Fernando e colegas, boa noite! Para um conjunto de dados nominado 'dados', com 4 colunas: > head(dados) X1 Y1 MO ALT 1 726023.6 7534573 29.50 387.1 2 726042.6 7534567 31.60 386.7 3 726014.5 7534544 33.71 387.1 4 726033.6 7534538 34.06 386.6 5 726005.5 7534516 32.65 387.1 6 726024.6 7534510 34.76 387.3 Eu tenho definido a variável que supostamente promove a tendência como uma covariável dentro do objeto geodata. Neste exemplo dG é o objeto geodata, colunas 1 e 2 são as coords, coluna 3 ('MO') como data e coluna 4 ('ALT') como covar: dG <- as.geodata(dados, coords.col=c(1,2), data.col=3, covar.col=4) Definida como uma covar, a variável pode ser acessada pelo nome interno que recebe dentro do geodata, neste caso 'ALT' variog(dG, max.dist=350, trend=~coords) ### é a mesma tendência dada por '1st', usando o nome interno coords variog(dG, max.dist=350, trend=~ALT) ### tendência promovida por 'ALT' (coluna 4) variog(dG, max.dist=350, trend=~coords+ALT) ### combinação de efeitos variog(dG, max.dist=350, trend=~coords[,2]) ### só ordenadas (latitude) variog(dG, max.dist=350, trend=~I(coords[,2]^2) +ALT ### quadrado da latitude + ALT * OBS: não é necessário definir os argumentos coords e data para variog(), pois já são passados diretamente pelo objeto 'dG'. Se você não definir a variável como covar dentro do seu objeto geodata, também dá pra acessar diretamente a partir do data.frame de dados... variog(dG, max.dist=350, trend=~dados$ALT) Definido o modelo , a interpolação é feita pela função krige.conv() e para validar o procedimento não é jackknifing, mas sim a validação cruzada dada por xvalid(). Sugiro acessar o tutorial: http://www.leg.ufpr.br/geoR/geoRdoc/geoRintro.html Espero que ajude... ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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duvida em grafico
by Gilson Sanchez 16 Nov '12

16 Nov '12

Pessoal mais uma vez procurando ajuda de vc's, tenho um gigantesco banco de dados, e minhas variáveis são: pmc, te, tof e quero ver como elas se comportaram durante o tempo, ou seja por mês e por ano e por mat. So que no momento de fazer um barplot, os meses das barras estão do mesmo jeito que nos dados, da pra coloca-los em ordem, ou seja de janeiro a dezembro no entanto, tem alguns meses os quais os dados não foram coletados. http://www.datafilehost.com/download-99e615b1.html dados=read.table('dados.txt', h=T, dec=',') # Anlizando a variável 'datos$pmc' em função da época pmc.me1=tapply(dados$pmc, INDEX=dados$epoca, FUN=mean) pmc.me1 pmc.sd1=tapply(dados$pmc, INDEX=dados$epoca, FUN=sd) pmc.sd1 pmc.le1=tapply(dados$pmc, INDEX=dados$epoca, FUN=length) pmc.le1 pmc.se1=pmc.sd1/sqrt(pmc.le1) pmc.se1 grafico1=barplot(pmc.me1, ylim=c(0,20),las=1) box(bty='l') arrows(grafico1,pmc.me1+pmc.se1, grafico1,pmc.me1, code=3, angle=90,length=0.05,col="black", lwd=1.5) da pra fazer isso? Obrigado -- Bach. Agr.Gilson Sánchez Chia, MSc. Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Skype: gilsonsch Celular: (92) 9170-1825 Fone: (92) 3303-7943 http://lattes.cnpq.br/3684553005529634 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.*** Salva un Árbol.* * *** * PIENSA**** EN EL MUNDO PARA TUS HIJOS** *

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Re: [R-br] [STAT-MATH] R versus SAS e SPSS
by Richard Santos 16 Nov '12

16 Nov '12

SAS Eguide, é o Enterprise Guide. Se faz gráficos, tabelas, e muitos procedimentos de bases de dados e muitas técnicas estatísticas com point in click. Em 16/11/12, Paulo Maia<pbmaia(a)yahoo.com.br> escreveu: > Olá Richard; > > Tudo bem? > > Vc pode me dizer que versão é essa que do SAS que possui uma versão "mais > point click"? > > Uma das minha limitacoes ao SAS é o excesso de programação. > > Abraço. > > Att; > Paulo Roberto Bastos Maia > > > ________________________________ > De: Richard Santos <jamesrichardsantos(a)gmail.com> > Para: r-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>; STAT-MATH > <STAT-MATH(a)yahoogrupos.com.br>; "CONRE3(a)yahoogrupos.com.br" > <CONRE3(a)yahoogrupos.com.br>; "estatisticabsb(a)yahoogrupos.com.br" > <estatisticabsb(a)yahoogrupos.com.br> > Enviadas: Sexta-feira, 16 de Novembro de 2012 15:05 > Assunto: [STAT-MATH] R versus SAS e SPSS > > > > > > O único software estatístico livre que faz todas as coisas e com bases > grandes (apenas não pequenas) é o R. Os únicos softwares estatísticos > não-livres que fazem todas as coisas e com grandes bases (tb não > apenas com pequenas) é o SPSS e o SAS (acabei encontrando limitações > no Minitab também. O Stata atende, mas com limitações de opções > também). > > Agora quando a instituição demonstra dificuldade em obter o SAS ou o > SPSS (como agora, pela primeira vez encontrei uma assim), optei assim > por adquirir o SPSS e trazer o notebook para o trabalho. Desisti de > aprender o R, porque me dei conta de que o R você tem que programar > para tudo, até para fazer gráficos, e isso até no SAS que antes você > tinha que programar pois pelo point in click não tinha como fazer um > gráfico a seu modo já se aboliu. Além do que a programação do R teria > que aprender tudo agora, e não é a C que já estou acostumado. E como > lembra a própria mensagem do R, "você não tem garantia de nada". E > para mim que até hoje não sou especialista no R, vai demorar uma > década ainda para eu fazer tudo o que eu quero rapidamente. Demora > naturalmente o treinamento, por ser inclusive uma linguagem de > programação e ampla. > > Então vou ficar por pouco tempo na lista do R, até lá vai ser um > prazer aprender, mas vou optar em breve por trazer o meu notebook com > o SPSS comprado. Não vou ter tempo para aprender tudo o que preciso a > contento (até lá é possível até que tenha trocado por algum motivo de > instituição - para uma que tem o SPSS). > > Obrigado. > Abraços, > Att. > Richard > >

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Selecionar observações na base, para as análises serem só nos dados selecionados, no R
by Richard Santos 16 Nov '12

16 Nov '12

Caros, Eu que sou iniciante no R, após importar os dados do Excel, e tal, como fazer: - selecionar observações (linhas, ou registros) de forma que eu consiga fazer uma análise somente com os dados selecionados? Obrigado! Abraços, Att. Richard Estatístico

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correlação de pearson
by alanarocha＠sapo.pt 16 Nov '12

16 Nov '12

eu tentei instalar os packages para a correlação e acontece-me o seguinte: > install.packages("ppcor") --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Warning: unable to access index for repository http://cran.fiocruz.br/bin/windows/contrib/2.15 Warning: unable to access index for repository http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/2.15 Warning messages: 1: In open.connection(con, "r") : unable to resolve 'cran.r-project.org' 2: package ‘ppcor’ is not available (for R version 2.15.1) > library(ppcor) Error in library(ppcor) : there is no package called ‘ppcor’ > require(ppcor) Loading required package: ppcor Warning message: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, : there is no package called ‘ppcor’ > install.packages("ds") Warning: unable to access index for repository http://cran.fiocruz.br/bin/windows/contrib/2.15 Warning: unable to access index for repository http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/2.15 Warning message: package ‘ds’ is not available (for R version 2.15.1) > require(ds) Loading required package: ds Warning message: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, : there is no package called ‘ds’ obrigada. An Rocha

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Shiny ou RevolutionR????
by Gilbert Queiroz 16 Nov '12

16 Nov '12

E agora????

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Lattice Design
by FHRB Toledo 16 Nov '12

16 Nov '12

Senhores, Estou com uma dúvida com relação a reprodução de uma análise de um experimento em delineamento em lattice quadrado balanceado, tipo I, segundo Pimentel Gomes (cap 10). Escreve esse email baseado tanto no livro do Pimentel Gomes, como também no Cochran e Cox, cap 10, pag 274. Para quem interessar segue também um exemplo (teste) do livro Ramalho et al., Experimentação em Genética ... cap 11, pág 171 (mas não é estelionato, rsrs). Pois bem, como disse, trata-se da análise de blocos incompletos em lattice quadrado balanceado. A pergunta é: como obter a soma de quadrados de tratamentos ajustadas aos efeitos de blocos? E ainda, de que forma obter também as médias de tratamentos livre dos efeitos de blocos. Meu ponto de partida é o post do Walmes no wiki do LEG ( http://www.leg.ufpr.br/doku.php/ridiculas#analise_intrabloco_e_interbloco_d…) Todavia, minha implementação não "concorda" com o que lá é mostrado. Peço desculpas pela forma que procedi, mas a título didático me prendi exatamente ao modo como é originalmente apresentado em Cochran e Cox (pag 274) e seguindo o que lá é feito consegui reproduzir ipsis literis a análise. Assim, gostaria da ajuda de vocês para aprender um modo menos custoso de reproduzir o jeito original! Desde já agradeço qualquer ajuda/sugestão com relação a dúvida! Caso alguém se interesse disponibilizo outro conjunto de dados, da mesma natureza no mesmo lik, com o nome de "dados_magno.txt". att, FH Segue o CMR: rm(list = ls(all = TRUE)); ls() download <- read.table('http://dl.dropbox.com/u/38195533/dados_CC.txt', header = TRUE, # com cabecalho sep = '\t', # separador de celulas <TAB> dec = ',', # separador de decimal <, (virgula)> na.string = '.') # indicador de omissao ## lendo e transformando variaveis em fator dados <- transform(download, trat = factor(trat), # transforma em fator rep = factor(rep), # idem bloco = factor(bloco)) # ... str(dados) # estrutura da planilha ## fator bloco dentro de repeticoes dados$blocoDrep <- factor(with(dados, paste(rep, bloco, sep = ''))) ## niveis de cada fator **apenas auxiliar** r <- nlevels(dados$rep) k <- nlevels(dados$bloco) ## array do experimento **generalizacao da matrix do delineamento** X <- with(dados, tapply(resp, list(rep, blocoDrep, trat), mean, na.rm = TRUE)) ## totais dos fatores R <- apply(X, 1, sum, na.rm = TRUE) # repeticoes B <- apply(X, 2, sum, na.rm = TRUE) # blocos dentro de repeticoes T <- apply(X, 3, sum, na.rm = TRUE) # tratamentos ## somas de quadrados do 'jetinho' Pimentel Gomes Sx <- sum(X, na.rm = TRUE) Sx2 <- sum(X^2, na.rm = TRUE) C <- Sx^2 / sum(!is.na(X)) SQtotal <- Sx2 - C SQr <- ( 1 / k^2 ) * sum( R^2 ) - C SQt <- ( 1 / r ) * sum( T^2 ) - C SQb.unadj <- ( 1 / k ) * sum( B^2 ) - C SQe.DBC <- SQtotal - (SQr + SQt) ## totais dos blocos onde os tratamentos ocorrem... ver Cochran e Cox (cap 10, pag 274) X.tb <- apply(X, c(2, 3), function(x) sum(!is.na(x))) Bt <- t(X.tb) %*% B W <- k * T - (k + 1) * Bt + sum(T) ## outras somas de quadrados... blocos ajustados e erros SQb.adj <- sum(W^2) / ( k^3 * ( k + 1 ) ) SQe.intra <- SQe.DBC - SQb.adj Eb <- SQb.adj / (r * ( k - 1 )) Ee <- SQe.intra / ( ( k - 1 ) * ( r * k - k - 1 ) ) ## coeficiente 'mu' determina se existe ou nao ajuste das medias if( Eb <= Ee ) mu <- 0 else mu <- ( Eb - Ee ) / ( k * ( r - 1 ) * Eb ) Eel <- Ee * ( 1 + ( r * k * mu ) / ( k + 1 )) EDBC <- SQe.DBC / ( ( r - 1 ) * ( k^2 - 1 ) ) ## soma de quadrados de tratamentos ajustados **PROBLEMA** SQt.adj <- sum((T + mu * W - mean(T + mu * W))^2) / r ## montando quadro da ANOVA DofF <- c( (r - 1 ), ( k^2 - 1 ), ( k^2 - 1 ), ( r * ( k - 1 ) ), ( ( k - 1 ) * ( r * k - k - 1 ) ), ( ( r - 1 ) * ( k^2 - 1 ) ), ( ( k - 1 ) * ( r * k - k - 1 ) ), ( sum(!is.na(X)) - 1 )) SSs <- c(SQr, SQt, SQt.adj, SQb.adj, SQe.intra, SQe.DBC, Eel * (( k - 1 ) * ( r * k - k - 1 )), SQtotal) table <- cbind(DofF, SSs, SSs / DofF) dimnames(table) <- list(c('Rep', 'Trat. unadj.', ' Adj.', 'Bloco Adj.', 'Error Intra-bloco', ' DBC', ' Effective', 'Total'), c('Df', 'Sum Sq', 'Mean Sq')) ## teste F para tratamentos ajustados F.trat <- table[3, 3] / table[7, 3] p.trat <- pf(F.trat, table[3, 1], table[7, 1], lower.tail = FALSE) ## ajuste via aov ajuste <- aov(terms(resp ~ rep/bloco + trat, keep = TRUE), contrasts = list(rep = contr.sum, bloco = contr.sum, trat = contr.sum), data = dados) ## comparando resultados ## ANOVAS table # anova 'made by hands' c('F value' = F.trat, 'Pr(>F)' = p.trat) # teste F 'made by hands' summary(ajuste) # anova via aov() ## sugestao/implementacao do Walmes (Wiki do LEG) car::Anova(ajuste, type = 'III') drop1(ajuste, scope = .~., test = 'F') ## medias de tratamentos ajustadas data.frame(Unadj. = T / r, Adj. = (T + mu * W) / r, ## sugestao/implementacao do Walmes (Wiki do LEG) Outro = coef(ajuste)[1] + ajuste$contrasts$trat %*% coef(ajuste)[ajuste$assign == 3]) ## \EOF

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continua o erro na construção do grafico
by alanarocha＠sapo.pt 16 Nov '12

16 Nov '12

> x11() > curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" o que está a falhar aqui? An Rocha

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