Julho 2011 - R-br - DINF UFPR

Problema com o pacote amélia no debian 5.0 amd64:
by GESER 13 Jul '11

13 Jul '11

Gostaria de fazer uma imputação no linux através do pacote Amélia II versão 1.2-18 e não estou conseguindo. O estranho é que o script roda perfeitamente no Windows. O script está abaixo: #### Início do script #### #Carrego o arquivo para ser imputado# umi99 <- read.table("data/umid99NA.txt", header=TRUE)[,-1] #Carrego o pacote Amélia# require(Amelia) nrep <- 3 system.time(a.out <- amelia(umi99, m=nrep)) #Há mais linhas de comando adiante, mas o problema acontece na linha acima# #### Fim do script #### O erro acontece sempre ao final de uma imputação e diz: Erro em dimnames(impdata$covMatrices)[[1]] <- prepped$theta.names : comprimento de 'dimnames' [1] deve ser o mesmo de 'dims' [3] Se necessário, posso enviar uma imagem do prompt anunciando o erro e o arquivo que carrego para os dados serem imputados. Obrigado, Fabio

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Re: [R-br] Ajuda (possivelmente simples) para reestruturar um data.frame
by Jose Claudio Faria 13 Jul '11

13 Jul '11

Walmes e Benilton, Não deu tempo nem de eu ir tomar um café!!! ;) Muito elegantes as soluções: muito obrigado! Abs, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - prof. Pleno UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria(a)gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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[Dúvida] Como plotar valores
by Pedro Rafael 13 Jul '11

13 Jul '11

Pessoal, como plotar o valor dos pontos em um gráfico de linha no R? Exemplo: x = 1:10 plot(x,type = "o",pch = 12) Isso vai me gerar um gráfico com 10 pequenos desenhos. Como colocar o seu valor próximo desses desenhos? Pedro

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ajuda xlsReadWrite
by Vinicius Brito Rocha 13 Jul '11

13 Jul '11

Srs. alguem pode me mandar por email o pacote xlsReadWrite 1.54 do http://www.swissr.org/download estou no trabalho e nao consigo baixar. e ainda estou com o problema do rJava e não consigo usar o xlsx abs -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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Ajuda (possivelmente simples) para reestruturar um data.frame
by Jose Claudio Faria 13 Jul '11

13 Jul '11

Pessoal, Ajuda ai que estou travado! #Tenho isso (desconsiderar a numeração das linhas) tra r y 1 A 1 2.70 2 A 2 3.02 3 A 3 3.25 4 A 4 3.21 5 A 5 3.04 6 A 6 3.07 7 B 1 1.16 8 B 2 1.16 9 B 3 0.91 10 B 4 0.93 11 B 5 0.82 12 B 6 0.71 13 C 1 3.01 14 C 2 2.91 15 C 3 3.14 16 C 4 2.96 17 C 5 3.01 18 C 6 2.93 19 D 1 4.88 20 D 2 4.68 21 D 3 5.20 22 D 4 4.94 23 D 5 5.34 24 D 6 5.07 25 E 1 4.89 26 E 2 5.26 27 E 3 5.07 28 E 4 5.14 29 E 5 5.47 30 E 6 4.98 # Para economizar espaço em um relatório (que uso muito) preciso disso (idem): tra r y tra r y tra r y tra r y tra r y 1 A 1 2.70 B 1 1.16 C 1 3.01 D 1 4.88 E 1 4.89 2 A 2 3.02 B 2 1.16 C 2 2.91 D 2 4.68 E 2 5.26 3 A 3 3.25 B 3 0.91 C 3 3.14 D 3 5.20 E 3 5.07 4 A 4 3.21 B 4 0.93 C 4 2.96 D 4 4.94 E 4 5.14 5 A 5 3.04 B 5 0.82 C 5 3.01 D 5 5.34 E 5 5.47 6 A 6 3.07 B 6 0.71 C 6 2.93 D 6 5.07 E 6 4.98 # Fiz na "mão grande" usando "cbind" assim dados.tb <- cbind(dados.q1[1:6,], dados.q1[7:12,], dados.q1[13:18,], dados.q1[19:24,], dados.q1[25:30,]) Contudo, creio que deve ter uma solução mais racional e genérica para quando mudar o número de tratamentos e repetições! Tentei split, pacotes doBy e reshape, mas não fui bem sucedido. Para reprodução de possível solução pode usar 'df' abaixo: df <- data.frame(gl(n=5, k=6, lab=LETTERS[1:5]), rep(1:6, 5), 1:30) names(df) <- c('tra', 'r', 'y') Abs, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - prof. Pleno UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria(a)gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Interpolação
by Nelson Betzek 13 Jul '11

13 Jul '11

É possível fazer interpolação pelo inverso da distancia elevado a uma potencia, ou só por Krigagem?

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Modelo linear generalizado misto
by Marcelo Cardoso mello 13 Jul '11

13 Jul '11

Pessoal da lista ... tenho um modelo logístico que segue glm(Doença~Raça+Fazenda+Medicamento) ou glmer(Doença~Raça+Medicamento+(1|Fazenda)) O que vcs acham de colocar fazenda (animais em uma amostra de fazndas) como um fator aleatório no modelo? OU então colocar os próprios indivíduos como um fator aleatório? É uma opção melhor? Posso colocar o intercepto como aleatório também? E a odds ratio como fica? ... posso estimar a odds dos fatores fixos do modelo e dai qual função estima odds com teste de significância a partir de um modelo glmer? Uso logistic.display da epicalc para glm e para glmer?. Na verdade não sei se a glmer é a melhor função para o meu caso. Alguem conhece algum material que possa me ajudar com exemplos no R?Help.Marcelo.

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.net+R
by Vinicius Brito Rocha 12 Jul '11

12 Jul '11

Srs. existe uma maneira de eviar resultados de R diretamente para .net? att. -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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Dúvida
by Edson Lira 12 Jul '11

12 Jul '11

Boa tarde R-br lista, estou com um pequeno problema. Tenho uma lista de exames que associo ao laboratório respectivo, vejam um exemplo abaixo: Descrição lab Quantidade 1 17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA <NA> 1 2 ACIDO URICO Bioquímica 1 3 ACIDO URICO Bioquímica 1 4 ACIDO URICO Bioquímica 1 5 ACIDO URICO Bioquímica 1 6 ACIDO URICO Bioquímica 4 7 ACIDO URICO Bioquímica 9 8 ACIDO URICO Bioquímica 1 9 ACIDO URICO Bioquímica 1480 10 ACIDO URICO Bioquímica 37 11 ACIDO VALPROICO <NA> 1 12 ALANINA AMINOTRANSFERASE (ALT/GPT) IFCC <NA> 1 13 ALBUMINA Bioquímica 205 14 ALBUMINA Bioquímica 17 15 ALFA-FETO-PROTEINA HORMÔNIOS 3 16 ALFA-FETO-PROTEINA HORMÔNIOS 2 17 AMILASE Bioquímica 77 18 AMILASE Bioquímica 4 19 ANDROSTENEDIONA <NA> 1 20 ANDROSTENEDIONA <NA> 1 Para gerar os dados de contagem dos exames por laboratório. Estou implementando uma rotina para otimizar o trabalho de consolidação dos dados. O problema é que alguns exames que já estão associados ao respectivo laboratório quando não são realizados no período, eles não têm registros, mas no script estão relacionados, vejam a rotina abaixo: library(memisc) acj$lab<-recode(acj$Lab, "Bioquímica" <-c("ACIDO URICO","ALBUMINA","BILIRRUBINA DIRETA", "BILIRRUBINA INDIRETA","BILIRRUBINA TOTAL E FRAÇÕES","BILIRRUBINAS TOTAL", "COLESTEROL", "COLESTEROL HDL", "COLESTEROL LDL", "COLESTEROL VLDL", "CREATININA","DHL - DESIDROGENASE LÁCTICA", "FERRITINA", "FERRO SÉRICO", "FERRO SÉRICO LABTEST", "FOSFATASE ALCALINA", "FOSFATASE ÁCIDA FRAÇÃO PROSTÁTICA", "FOSFATASE ÁCIDA PROSTÁTICA (RIE)", "FOSFORO", "GAMA GT- GAMA-GLUTAMIL-TRANSFERASE", "GLICOSE", "GLICOSE COM FLUORETO", "GLICOSE POS-PRANDIAL", "GLICOSE-6-FOSFATO DEHIDROGENASE (GGFD)", "GLOBULINA", "HEMOGLOBINA GLICOSILADA", "LIPIDIOS TOTAIS", "LIPIDOGRAMA", "MAGNESIO", "POTÁSSIO", "PROTEINAS TOTAIS", "SATURAÇÃO DE TRANSFERRINA","SÓDIO","TRANSAMINASE OXALACÉTICA - AST", "TRANSAMINASE PIRÚVICA - ALT", "TRANSAMINASES", "TRANSAMINASES", "TRANSFERRINA", "ALFA-1 GLICOPROTEINA ÁCIDA", "ALT-TRANSAMINASE PIRÚVICA", "AMILASE", "AST-TRANSSAMINASE OXALACÉTICA", "CÁLCIO","CAPACIDADE DE OXIDAÇÃO DO FERRO","COLESTEROL TOTAL","COLESTEROL TOTAL E FRAÇÕES", "ESTUDO DO FERRO", "FOSFATASE ÁCIDA TOTAL", "TESTE DE ROG", "TRIGLICERÍDEOS", "URÉIA", "LÍTIO"), "Citoquímica" <-c("FOSFATASE ALCALINA DE LEUCOCITOS", "IMUNOFENOTIPAGEM")) Quando rodo esta rotina o R mostra a mensagem: Erro em factor(y, levels = 1:max(y), labels = newcodes) : invalid labels; length 13 should be 1 or 12 Além disso: Mensagens de aviso perdidas: In recode(acj$Lab, "Bioquímica" <- c("ACIDO URICO", "ALBUMINA", : recoding "Citoquímica" <- c("FOSFATASE ALCALINA DE LEUCOCITOS", "IMUNOFENOTIPAGEM") has no consequences O problema é que não existe nenhum exame associado ao laboratório de Citoquímica (FOSFATASE ALCALINA DE LEUCOCITOS", "IMUNOFENOTIPAGEM). ou seja não foi realizado nenhum exame, portanto, não aparecem no banco, como resolver este problema? []'s Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Equação do plano
by Helber Freitas 12 Jul '11

12 Jul '11

Olá, Pessoal. Fico feliz em poder contar com o grupo. Sou novo por aqui e aproveito para agradecer e parabenizar a iniciativa. Preciso de uma função que forneça a equação do plano dados 3 pontos distintos (x1,y1,z1), (x2,y2,z2) e (x3,y3,z3). Grato, Helber

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