Março 2011 - R-br

Problemas ao instalar o pacote rgl
by ivanalaman 23 Mar '11

23 Mar '11

Olá senhores de novo. Estou com problemas há alguns dias ao instalar pacotes que dependem do "rgl". Este pacote ("rgl") não está instalando de jeito nenhum. Já tentei até via terminal (R CMD blbaalb) e nada. As mensagens são: * installing to library ‘/home/allaman/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.10’ * installing *source* package ‘rgl’ ... checking for gcc... gcc -std=gnu99 checking for C compiler default output file name... a.out checking whether the C compiler works... yes checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of executables... checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E checking for gcc... (cached) gcc -std=gnu99 checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... (cached) yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... (cached) none needed checking for libpng-config... yes configure: using libpng-config configure: using libpng dynamic linkage checking for X... libraries , headers checking GL/gl.h usability... no checking GL/gl.h presence... no checking for GL/gl.h... no checking GL/glu.h usability... no checking GL/glu.h presence... no checking for GL/glu.h... no configure: error: missing required header GL/gl.h ERROR: configuration failed for package ‘rgl’ * removing ‘/home/allaman/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.10/rgl’ Agradeço mais uma vez se puderem ajudar. Allaman (S,f,P) -- View this message in context: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/Problemas-ao-instalar-o-pacote-rgl-tp3399… Sent from the R-br mailing list archive at Nabble.com.

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graficos de regressão linear
by gilsonsch 23 Mar '11

23 Mar '11

Pessoal, to precissando fazer um grafico de analises de regressão de tres espécies dende, caiaue, e hi, eu já conseguir fazer os grafico, mas eu quero que as três linhas estejam num grafico só. o mesmo quando eu quero grafico de dispersão, quero colocar mas de uma variave no mesmo gráfico, como eu faço isso. exemplo: dende 2 dende 2 dende 3 caiuae 4 caiaue 3 caiaue 3 hi 2.5 hi 3.4 hi 5.4 Gilson -- View this message in context: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/graficos-de-regressao-linear-tp3400025p34… Sent from the R-br mailing list archive at Nabble.com.

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Ajuda com a função biplot.
by ivanalaman 23 Mar '11

23 Mar '11

Boa tarde senhores!! Estou com dois problemas com a função biplot. O primeiro é o seguinte: Quando tento colorir os pontos referentes a cada grupo, só sai uma cor em todos os grupos. Vejam. data(iris)#Já está na base do R pca <- prcomp(~Petal.Length + Sepal.Length + Petal.Width + Sepal.Width, data=iris, scale=TRUE) biplot(pca, xlabs=rep(c("1","2","3"),c(50,50,50)),col=c("red","blue","green"))#só é plotada a cor "red". Um outro problema, é que quando tento fazer a mesma coisa na minha base de dados, a função solta o seguinte erro. head(dmof) LIN IDADE BL REP TEMPO ESTA CP CC AC A1 A2 A3 D1 D2 L1 1 Verm 85 1 1 1 outono 8.3 25.9 26.4 32.1 28.1 11.8 38.2 11.9 16.5 2 Verm 85 1 2 1 outono 10.5 31.1 31.3 42.2 37.9 14.3 45.2 18.4 19.0 3 Verm 85 1 3 1 outono 9.2 28.1 28.4 36.7 30.1 11.8 42.5 16.2 17.1 4 Verm 85 1 4 1 outono 9.8 28.2 27.4 38.1 30.7 12.4 39.7 16.3 16.8 5 Verm 85 1 5 1 outono 9.1 28.4 29.2 36.2 31.2 12.4 42.7 18.2 18.4 6 Verm 85 1 6 1 outono 8.5 25.3 26.1 34.1 29.8 11.7 35.5 20.4 17.2 L2 L3 1 9.2 4.6 2 10.8 6.0 3 9.3 4.6 4 9.2 4.5 5 9.6 5.0 6 10.2 4.5 dmof$LIN Levels: Com Tai UFLA Verm pca1 <- prcomp(~CP+CC+AC+A1+A2+A3+D1+D2+L1+L2+L3, data=dmof, scale=TRUE) biplot(pca1, xlabs=rep(c("1","2","3","4"),c(200,200,200,200)), xlim=c(-0.1,0.1)) Erro em dimnames(x) <- list(xlabs, dimnames(x)[[2L]]) : comprimento de 'dimnames' [1] não é igual ao tamanho do array Calls: biplot -> biplot.prcomp -> biplot.default Não entendo o erro, pois estou obedecendo as dimensões da minha base de dados. dim(dmof) 800 17 Se alguém puder me ajudar eu agradeço. Allaman (S,f,P) -- View this message in context: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/Ajuda-com-a-funcao-biplot-tp3399760p33997… Sent from the R-br mailing list archive at Nabble.com.

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[OFF_TOPIC] - Renomear arquivos linux
by Eder David Borges da Silva 22 Mar '11

22 Mar '11

Pessoal, sei que não é duvida R, mas creio que vcs podem me ajudar. em uma pastas tenho uma sequencia de arquivos (a.nc ,b.nc,...,z.nc) não necessariamente em ordem alfabetica. se fosse para mudar *.nc para *.nc1 isso funcionaria. rename 's/\.nc/\.nc1/' *.nc só que querro algo mais, querro que fique aB.nc, bB.nc, ...xB.nc, ou seja antes do ponto da extensão do arquivo querro por um "B" por exemplo. Alguma dica? Atenciosamente ----- ------------------------------ Éder David Borges da Silva Eng° Agrônomo ederdbs(a)gmail.com eder(a)leg.ufpr.br "Tudo é relativo" Albert Einstein -- View this message in context: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/OFF-TOPIC-Renomear-arquivos-linux-tp33973… Sent from the R-br mailing list archive at Nabble.com.

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Teste média Subdividida
by Rafael Tieppo 22 Mar '11

22 Mar '11

Bom dia, Estou com dificuldade para realizar o teste de média para um experimento em parcelas subdivididas, conforme segue abaixo: summary(aov(Ds ~ Bloco + Amb*Prof + Error(Bloco/Amb), data = ATRIB)) Error: Bloco Df Sum Sq Mean Sq Bloco 5 0.0091 0.00182 Error: Bloco:Amb Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) Amb 2 1.20123 0.60062 34.396 3.293e-05 *** Residuals 10 0.17462 0.01746 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Error: Within Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) Prof 3 0.077294 0.0257648 8.8629 9.972e-05 *** Amb:Prof 6 0.045089 0.0075148 2.5850 0.03082 * Residuals 45 0.130817 0.0029070 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Até essas análises os resultados estão ok, conforme confronto de resultados da literatura. Porém quando insiro o comando de para análise de médias, os seguintes erros são apresentados: comando: TukeyHSD - TukeyHSD(aov(Ds ~ Bloco + Amb*Prof + Error(Bloco/Amb), data = ATRIB)) Erro: Erro em UseMethod("TukeyHSD") : no applicable method for 'TukeyHSD' applied to an object of class "c('aovlist', 'listof')" comando: LTukey (pacote Laercio) Erro em UseMethod("LTukey") : no applicable method for 'LTukey' applied to an object of class "c('aovlist', 'listof')" Como devo proceder para fazer a análise de médias? Obrigado Atenciosamente, Eng. Agrícola Rafael Cesar Tieppo UNEMAT - Campus Tangará da Serra - MT Departamento de Agronomia Fone:+55-65 3311-4922 site:http://www2.unemat.br/rafaeltieppo "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente".

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Re: [R-br] Teste média Subdividida
by Rafael Tieppo 22 Mar '11

22 Mar '11

Muito obrigado. -- View this message in context: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Teste-media-Subdividida-tp3396775p33… Sent from the R-br mailing list archive at Nabble.com.

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Fwd: Popularity of R, SAS, SPSS, Stata, Statistica, S-PLUS updated
by Henrique Dallazuanna 22 Mar '11

22 Mar '11

Caros, Esta página mostra uma análise da popularidade de várias ferramentas estatísticas. Att ---------- Forwarded message ---------- From: Muenchen, Robert A (Bob) <muenchen(a)utk.edu> Date: Tue, Mar 22, 2011 at 7:37 AM Subject: Popularity of R, SAS, SPSS, Stata, Statistica, S-PLUS updated Greetings, I've just put out the latest version of "The Popularity of Data Analysis Software" at http://r4stats.com/popularity. This update includes complete data for 2010, the addition of number of blogs for each software, more coverage of Statistica, and, where possible, measures regarding the implementations of the SAS Language: Carolina and the World Programming System (WPS). Cheers, Bob ========================================================= Bob Muenchen (pronounced Min'-chen), Manager Research Computing Support Voice: (865) 974-5230 Email: muenchen(a)utk.edu Web: http://oit.utk.edu/research, News: http://oit.utk.edu/research/news.php ======================================================== ===================== To manage your subscription to SPSSX-L, send a message to LISTSERV(a)LISTSERV.UGA.EDU (not to SPSSX-L), with no body text except the command. To leave the list, send the command SIGNOFF SPSSX-L For a list of commands to manage subscriptions, send the command INFO REFCARD -- Henrique Dallazuanna Curitiba-Paraná-Brasil 25° 25' 40" S 49° 16' 22" O

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Re: [R-br] Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste
by Paulo Ricardo Gherardi Hein 22 Mar '11

22 Mar '11

Olá pessoal, Obrigado pelas dicas (função lmer do "lme4" e "SEI.GE"), mas o meu problema ainda não foi solucionado. Calcular o sd de herbabilidades estimadas a partir de modelos com efeito aleatório parece não ser uma tarefa simples no R. Os editores das revistas exigem o valor H² acompanhado pelo standard deviation/intervalo de confiança. Como é que os colegas que trabalham com melhoramento apresentam as suas estimativas de herdabilidade? Meus orientadores me ajudaram a calcular isso no SAS e no ASREML para outro design experimental (factorial mating design), mas eu não tenho licença para esses softwares e pretendo migrar 100% para o R até o ano que vem. Me desculpem por insistir no assunto, mas alguém da lista já calculou essas estatísticas no R? Abraços, Paulo Ricardo Gherardi Hein PhD candidate at University of Montpellier 2 CIRAD - PERSYST Department Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145 Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60 email: paulo.hein(a)cirad.fr / skype: paulo_hein ------------------------------ *De:* paulo_hein <paulo_hein(a)yahoo.com.br> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Terça-feira, 15 de Março de 2011 13:52:47 *Assunto:* [R_STAT] Re: Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste Prezado Fábio, obrigado pela sugestão. Prezado Fernando, você tem razão. Esse script retorna o valor do desvio padrão de cada componente da variância. No entanto, ao elevarmos os valores ao quadrado, a estimativa da herdabilidade é calculada apartir das variâncias, não é? O scrip retorna os valores de StdDev do efeito clone, interação clone x site e erro. Aqui vai um exmplo: 2581 > Resume1 2582 [[1]] 2583 Linear mixed-effects model fit by REML 2584 Data: Data 2585 Log-restricted-likelihood: -521.7632 2586 Fixed: Y ~ 1 + Site 2587 (Intercept) Site302 Site303 2588 60.79 -3.38 6.52 2590 Random effects: 2591 Formula: ~1 | Clone 2592 (Intercept) 2593 StdDev: *2.348988* 2595 Formula: ~1 | Site %in% Clone 2596 (Intercept) Residual 2597 StdDev: *5.427933* *7.052537* 2599 Number of Observations: 150 2600 Number of Groups: 2601 Clone Site %in% Clone 2602 10 30 Assim, estou calculando a broad-sense heritability da propriedade [[1]] como: H² = 2.348988^2 / (2.348988^2 + 5.427933^2 + 7.052537^2) O que eu preciso é calcular o standard deviation de cada estimativa de herdabilidade para apresentar os resultados como exigem as principais revistas da área. Algo do tipo: H² [[1]] = 0.065 (+ ou - SE) Meu orientador já calculou os SE usando o software ASREML, mas eu quero fazer isso no R. Abraços, Paulo Ricardo Gherardi Hein PhD candidate at University of Montpellier 2 CIRAD - PERSYST Department Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145 Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60 email: paulo.hein@... / skype: paulo_hein > > > > > > ------------------------------ > > *De:* paulo_hein paulo_hein@... > > *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br > > *Enviadas:* Segunda-feira, 14 de Março de 2011 5:24:20 > > *Assunto:* [R_STAT] Como estimar os standard deviations de estimativas de > > herdabilidade em um teste > > > > > > > > Olá, > > Trabalho com melhoramento de árvores (Eucalyptus) para producão de madeira. > > Atualmente estamos estimando os componentes de variância e herdabilidade de > > algumas propriedades da madeira proveniente de um teste clonal. O design > > experimental é composto por 10 clones, plantados em 3 sites. Cada clone é > > representado por 5 individuos, totalizando uma amostragem de 150 árvores (10 > > clones x 5 repetições x 3 sites). > > > > A maioria das estimativas do standard deviation de herdabilidades são > > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las. Alguém > > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução? > > > > Para estimar os componentes de variância das 120 variáveis (estimados por > > espectroscopia de NIR) estamos usando dois modelos (com e sem interação). > > Para selecionar os modelos, estamos nos baseado no valor de BIC > > (selecionamos os menor BIC). Os cálculos são feitos a partir dos seguintes > > scripts: > > > > Data <- read.table("CNB150predNIR.csv", dec=".", sep=",", header=T) > > Data$Site <- as.factor(Data$Site) > > Data$Clone <- as.factor(Data$Clone) > > > > ## Estimating variance components > > Resume <- NULL > > Resume1 <- NULL > > for (i in 4:124){ > > Y <- Data[,i] > > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="REML") > > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data, method="REML") > > Resume <- c(Resume,list(lme)) > > Resume1 <- c(Resume1,list(lme1))} > > Resume > > Resume1 > > > > ## For calculating BIC > > Selection <- NULL > > Selection1 <- NULL > > for (i in 4:124){ > > Y <- Data[,i] > > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="ML") > > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data,method="ML") > > Selection <- c(Selection,list(lme)) > > Selection1 <- c(Selection1,list(lme1))} > > > > ## To display BIC results > > Resultat <- NULL > > for (i in 1:121){ lme0 <- Selection[[i]] > > lme1 <- Selection1[[i]] > > Resultat <- c(Resultat,list(anova(lme0,lme1)))} > > Resultat > > > > e as herdabilidades são estimadas da seguinte forma: > > > > H² (mle) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(Error)^2] ou > > H² (lme1) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(interaction)^2 + > > sdev(Error)^2] > > > > A maioria das estimativas do standard deviations de herdabilidades são > > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las. Alguém > > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução? > > > > Atenciosamente, > > > > Paulo Ricardo Gherardi Hein > > PhD candidate at University of Montpellier 2 > > CIRAD - PERSYST Department > > Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 > > bur.145 > > Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France > > phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60 > > email: paulo.hein@... / skype: paulo_hein > > > > > > > > > > > __._,_.___ <ivanalaman@yahoo.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste>| através de email<R_STAT@yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste>| Responder através da web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJycDAydGVhBF9TAzk3N…>| Adicionar um novo tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJmZGxhb2hzBF9TAzk3N…> Mensagens neste tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/15816;_ylc=X3oDMTM3ajNyaGtk…>( 5) Atividade nos últimos dias: - Novos usuários<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJnZ3A1MjJ1BF9TAz…> 9 Visite seu Grupo<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmZGEzb2RnBF9TAzk3NDkwND…> Você pode ser quem está faltando para alguém.<http://global.ard.yahoo.com/SIG=15ma38fhn/M=758712.14532720.14422460.129601…> [image: Yahoo! Grupos]<http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlbTY0dXIzBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAz…> Trocar para: SÃ³ Texto<R_STAT-traditional@yahoogrupos.com.br?subject=Mudar+Formato+de+Envio:+Tradicional>, Resenha DiÃ¡ria<R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Envio+de+email:+Resenha>• Sair do grupo <R_STAT-unsubscribe(a)yahoogrupos.com.br?subject=Sair+do+grupo> • Termos de uso <http://br.yahoo.com/info/utos.html> . __,_._,___

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Criar um ambiente LaTeX que possui lista no sumário
by Walmes Zeviani 22 Mar '11

22 Mar '11

Saudações, Fui questionado por um aluno se é possível criar um novo ambiente no LaTeX para inserir fotos e ter a lista de fotografias assim como temos a lista de figuras e lista de tabelas. Alguém pode citar algum pacote? Desde já grato e desculpem pela dúvida fora do escopo da [R-br]. Walmes. -- ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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Enc: [r-br] Função para quebra de linha em título
by Fabio Mathias Corrêa 22 Mar '11

22 Mar '11

----- Mensagem encaminhada ---- De: Henrique Dallazuanna <wwwhsd(a)gmail.com> Para: R_STAT(a)yahoogrupos.com.br Enviadas: Sábado, 25 de Outubro de 2008 20:54:23 Assunto: Re: [R_STAT] Função para quebra de linha em título Marcio, uma alternativa talvez seja: nm <- c("Aaaaaa aaaaaaa aa", "Bbbbbb bbbbbb", "cccc") y <- c(10,4,9) barplot(y, names.arg = nm) strP <- .5 nm[strwidth( nm) > strP] <- gsub("( \\w*$)", "\n\\1", nm[strwidth( nm) > strP]) 2008/10/25 Marcio Nicolau <marcio.nicolau@ gmail.com> Prezados, > >A algum tempo, questionei na lista sobre a existência de uma função >para quebra de linha >automática para títulos de gráficos. > >Após a sugestão do Benilton (função gsub), segue abaixo o código... >caso necessitem. > > >## Pre-Processa titulos > >pretitulo <- function(orig, cut=55) { > nparts = ceiling(nchar( orig) / cut) > cuts = c(1,1:nparts * cut) > spt = strsplit(orig,"\\s")[[1]] > cs = cumsum(nchar( spt)) > > ids <- matrix(FALSE, nparts,length( nchar(spt) )) > for(i in 2:length(cuts) ) { > ids[i-1,] <- (cs >= cuts[i-1] & cs < cuts[i]) > } > > ch <- vector("character", nparts) > for(i in 1:nparts) { > ch[[i]] <- paste(spt[ids[ i,]],collapse = " ") > } > pretitulo <- paste(ch,collapse="\n") >} > >Não é o melhor, computacionalmente falando, mas funciona :) > >Abraços > >Marcio Nicolau >marcio.nicolau@ gmail.com > > > > >------------ --------- --------- ------ > >Links do Yahoo! Grupos > ><*> Para visitar o site do seu grupo na web, acesse: > http://br.groups. yahoo.com/ group/R_STAT/ > ><*> Para sair deste grupo, envie um e-mail para: > R_STAT-unsubscribe@ yahoogrupos. com.br > ><*> O uso que você faz do Yahoo! Grupos está sujeito aos: > http://br.yahoo. com/info/ utos.html > > > -- Henrique Dallazuanna Curitiba-Paraná -Brasil 25° 25' 40" S 49° 16' 22" O __._,_.___ Mensagens neste tópico (2) Responder (através da web) | Adicionar um novo tópico Mensagens | Arquivos | Fotos | Links | Banco de dados | Enquetes Alterar configurações via web (Requer Yahoo! ID) Alterar configurações via e-mail: Alterar recebimento para lista diária de mensagens | Alterar formato para o tradicional Visite seu Grupo | Termos de uso do Yahoo! Grupos | Sair do grupo Atividade nos últimos dias * 8 Novos usuáriosVisite seu Grupo Yahoo! Mail Conecte-se ao mundo Proteção anti-spam Muito mais espaço Yahoo! Barra Instale grátis Buscar sites na web Checar seus e-mails . Yahoo! Grupos Crie seu próprio grupo A melhor forma de comunicação . __,_._,___

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