Março 2011 - R-br

replica de data.frame
by Samuel Carvalho 30 Mar '11

30 Mar '11

Boa noite senhores(as) Por gentileza alguem poderia ajudar como faço para replicar um data.frame e "colar" estas observações replicadas abaixo das observações existentes? Por exemplo data <- data.frame(parcela=c(rep(1:5, each=4), rep(6, each=5))) data$resp <- rnorm(nrow(data)) data data2 <- rep(data, 2) dados <- cbind(data, data2) #aqui o data2 é inserido como colunas ao lado, porém gostaria que o data2 viesse colado abaixo do data dados Obrigado ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Movimentar caixa de legenda em graficos
by Victor Eduardo 29 Mar '11

29 Mar '11

Galera, como faço para movimentar a caixa de legendas de um barplot? Estou colocando varios graficos numa imagem pelo par(mfrow), so que a caixa de legendas de alguns saem por cima da barra do grafico. Abraços

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Pacote diagnosis
by Edson Lira 29 Mar '11

29 Mar '11

Boa tarde, com esta rotina, require(DiagnosisMed) ele<-matrix(c(55,7,49,84),nrow=2,ncol=2,byrow=T, dimnames=list(Eletro=c("Presente","Ausente"), Etsenose=c("Presente","Ausente"))) ele diagnosis(ele,plot=F) Tenho a saída --------------------------------------------------------------- Etsenose Eletro Presente Ausente Sum Presente 55 7 62 Ausente 49 84 133 Sum 104 91 195 The test has the following parameters [95% confidence interval] --------------------------------------------------------------- Sample size: 195 Prevalence considered(%): 46.67 Sensitivity(%): 92.31 [ 84.96 - 96.22 ] Specificity(%): 52.88 [ 43.36 - 62.20 ] Positive predictive value(%): 63.16 [ 54.70 - 70.88 ] Negative predictive value:(%): 88.71 [ 78.48 - 94.42 ] Positive likelihood ratio: 1.96 [ 1.58 - 2.44 ] Negative likelihood ratio: 0.15 [ 0.07 - 0.30 ] Diagnostic odds ratio: 13.28 [ 5.47 - 37.30 ] Error trade off (FN : FP) 0.14 : 1 Error rate(%): 28.72 [ 22.83 - 35.43 ] Accuracy(%): 71.28 [ 64.57 - 77.17 ] Youden index: 0.4519 [ 0.4555 - 0.4484 ] Area under ROC curve: 0.726 ----------------------------------------------------------- Quando chequei os resultados, vi que sensibilidade e especificidade estao invertidos. Vejam: Sensibiidade = a/(a+c)=55/104=0,5288. Na sáida está como especificidade, ou seja, invertido. O que estou fazendo errado. Valores corretos: sensib=0,5288 especif=0,9231 Obrigado a todos. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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sugestao de melhorias em codigo?
by Benilton Carvalho 29 Mar '11

29 Mar '11

Prezados, existe algo obvio (em termos de R, visto que gostaria de evitar o uso de codigo compilado) que eu esteja esquecendo em termos de otimizacao para a seguinte operacao? Ela se resume a: R[i,j] = mean( X[i,j] < Y[,j]) O CMR segue: set.seed(1) X <- matrix(rnorm(100), nc=5) Y <- matrix(rnorm(50), nc=5) f = function(i, x, y){ n = ncol(x) sapply(1:n, function(j, v, ref) mean(ref[,j] > v[j]), x[i,], y) } R = t(sapply(1:nrow(X), f, X, Y) O problema que surge para mim refere-se ao tempo de execucao quando tenho q lidar com X com dimensoes 5e6 x 1e3.... pois, naturalmente, a solucao acima levara' um bom tempo para finalizar... obrigado, benilton

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[OFF] [Dúvida] Atualizar o Ubuntu
by Pedro Rafael 28 Mar '11

28 Mar '11

Pessoal como sabemos a cada 6 meses é lançada uma nova versão do Ubuntu. Como faço para atualizar o sistema da versão 10.10 para a 11.04 a partir do momento que esta for lançada? Essa atualização pode me gerar problemas ou é completamente segura? Acho muito chato ter que sempre a cada versão formatar o computador para ter uma instalação limpa. Sou do tipo do usuário que sempre quero o SO mais recente contudo não acho vantajoso ter sempre que formatar o sistema. Tenho um certo medo quando o sistema vai atualizar o kernel possa dar alguns problemas de compatibilidade com alguns hardwares.... -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho - Estatístico SES-PB Currículo Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.jsp?id=K4250792T6

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[Dúvida] Ler dados direto no HD
by ivanalaman 28 Mar '11

28 Mar '11

Pessoal como faço para ler uma banco de dados com extensão .dbf ou qualquer outra base de dados sem que o R a jogue na RAM? Tenho um banco de dados com aproximadamente 700 MB e quando leio o arquivo com a função read.bdf()percebo que o R joga a base na memória RAM o que prejudica o desempenho do sistema. Softwares simples como o Tabwin por exemplo não demora à carregar essa base nem trava o computador. Será que o R não tem como carregar essa base sem tantos problemas? Saudações à todos, Pedro Rafael Diniz Marinho -- View this message in context: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/Duvida-Ler-dados-direto-no-HD-tp3400886p3… Sent from the R-br mailing list archive at Nabble.com.

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R2wd escrevendo resultados em .doc
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 28 Mar '11

28 Mar '11

Caros amigos, Gostaria de poder utilizar o R2wd para poder fazer um pequeno relatorio de inclusão de voluntarios de uma pesquisa a cada 15 dias. No entando me deparei com o seguinte problema... > library(R2wd) Carregando pacotes exigidos: rcom Carregando pacotes exigidos: rscproxy rcom requires a current version of statconnDCOM installed. To install statconnDCOM type installstatconnDCOM() This will download and install the current version of statconnDCOM You will need a working Internet connection because installation needs to download a file. > wdGet() Erro em wdGet() : tentativa de aplicar uma não-função sendo que essa é a inicialização após a instalação do installstatconnDCOM(), ou seja, toda vez que eu inicio o R, ele pede pra instala o statconnDCOM. O problema é que esse erro nao dá a menor pista pra mim do como eu poderia resolver a questão. Me parece que o aplicativo instalado com essa função nao está no local certo ou configurado de forma adequada para que o R2wd consiga chamar o Word. Ja tentei mandar um email para o desenvolvedor, mas nao recebi resposta até agora. Alguma luz? Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.openoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Re: [R-br] Blocos incompletos no R
by Julia Maria 28 Mar '11

28 Mar '11

Walmes, O experimento da tese que tem os dados, é um pouco diferente do experimento que eu citei na mensagem acima. O autor utilizou aquele experimento acima como idéia pra obter o modelo, as equações normais, etc. O que ele analisou e tem resposta na tese é o seguinte: V=6 tratamentos principais (Dietas) k=4 tratamentos por bloco r=10 repetições por tratamento a=15 blocos lambda=6 ocorrencias de uma mesmo par de tratamentos u=3 tratamentos secundários, que são idades. Entao ele constrou o bloco incompleto utilizando os 6 tratamentos principais (utilizando somente 4 deles em cada bloco) e os tratamentos secundários aleatorizados dentro dos principais normalmente. O autor não apresenta as médias ajustadas, somente os efeitos ajustados dos tratamentos, que eu coloquei na sheet 2 conjuntamente com a analise de variancia. Pensei em calcular eu mesma, apenas somando os efeitos à média geral, mas para esse caso não sei se seria correto somar tanto para os efeitos principais quanto os secundários. De toda a forma, segue anexo os dados. Muito obrigada pela ajuda, eu gostaria muito de entender e aprender a fazer uma análise assim no R. --- Em sex, 25/3/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> escreveu: De: Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Blocos incompletos no R Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Data: Sexta-feira, 25 de Março de 2011, 12:25 Júlia, Envie os dados em *.xls com colunas identificando as fontes de variação e reposta (sheet1). Vou tentar implementar e discutimos. Vou precisar da anova e médias ajustadas dos tratamentos para conferir. Pegue na tese e envie junto com os dados (sheet2). Procedimento para análise intra/interbloco de experimento com blocos incompletos tipo I, II e III então disponíveis nas Rídiculas do LEG. Confira os meus procedimentos com outros dados e outros programas. À diposição. Walmes. =========================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 =========================================================== -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br

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[Dúvida] Bibliotecas gráficasno R
by Pedro Rafael 27 Mar '11

27 Mar '11

Pessoal qual biblioteca para fazer gráficos descritivos simples no R? Muitas vezes preciso de gráficos simples descritivos como gráficos de setores, barras, linhas e para essas tarefas e análises simplórias contudo muitas vezes necessárias acabo por usar o Excel por gostar da qualidade dos gráficos e texturas. No R acho os gráficos por exemplo o de setores muito simples sem muita graça que as vezes é necessária para fazer uma apresentação ou coisas parecidas. No trabalho preciso muitas vezes mostrar graficos mais apresentáveis mais atraentes apesar de não gostar muito dessas frescuras. Outro motivo é que não queria usar um software pago como o Excel para isso. Qual ou quais bibliotecas no R eu posso utilizar para fazer gráficos mais sofisticados ou me indiquem outro programa que eu possa fazer isso...Fazer o que o Excel já faz na parte gráfica é o suficiente, ou seja, muito pouco, contudo suficiente para mim. -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho - Estatístico SES-PB Currículo Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.jsp?id=K4250792T6

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Calcular a área em Km2 a partir de um shapefile
by Carolina Pena 27 Mar '11

27 Mar '11

Alguém conhece algum pacote/função no R capaz de calcular a área em km2 de um mapa (shapefile). Eu li o mapa no R utilizando o comando 'readShapePoly'; consigo acessar a "area" (slots) do objeto através dos seguintes comandos: area = sapply(slot(map2, "polygons"), function(i) slot(i, "area")) No entanto, não sei como transformar essa informação em km2 Obrigada, Carolina

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