[R-br] Extração de Dados do SUS
Cesar Rabak
cesar.rabak em gmail.com
Qui Jul 11 14:58:31 -03 2024
Aproveito a deixa dada pela lembrança do P. P. Crispim, e coloco que
atualmente faz-se mister ter o apoio técnico de especialistas sobre LGPD,
pois além de os dados já serem razoavelmente anonimizados pela retirada de
dados de identificação mais comuns, há ainda risco de certas pesquisas
permitirem alguma violação se a gente não tomar cuidado.
HTH
On Thu, Jul 11, 2024 at 12:22 PM Pedro Paulo Chrispim por (R-br) <
r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
> Prezados,
>
> Como Tura, uso os dados do DATASUS há muitos anos.
> Não encontrei nada melhor do que manter uma cópia dos dados em sua máquina
> e extrair os dados de interesse direto dos DBC.
> Isso porque as bases não são muito uniformes e as correções nos scripts
> são relativamente frequentes. Apesar do trabalho maravilhoso que o DATASUS
> faz nas bases, pois seria um verdadeiro pesadelo usar os dados
> verdadeiramente crus.
>
> Já os dados individualizados não são exatamente o problema, os arquivos
> DBC fornecem dados individualizados por ficha de registro em cada sistema.
> Então, se o objetivo for a identificação dos pacientes, isso já não será
> possível pelos dados públicos.
>
> Por fim, minha experiência pessoal (que é maior no caso das AIH) me levou
> a trabalhar com data.table por razão de performance. Embora não seja uma
> recomendação definitiva, fica a sugestão.
>
> Pedro Paulo Chrispim
> Inst. Alicerce
>
>
> > On 10 Jul 2024, at 11:00, r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br wrote:
> >
> > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
> > r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >
> > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
> > corpo da mensagem para
> > r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
> >
> > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
> > endereço
> > r-br-owner em listas.c3sl.ufpr.br
> >
> > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
> >
> >
> > Tópicos de Hoje:
> >
> > 1. Re: Extração de Dados do SUS (Cesar Rabak)
> > 2. Re: Extração de Dados do SUS (Bernardo Rangel Tura)
> >
> >
> > ----------------------------------------------------------------------
> >
> > Message: 1
> > Date: Tue, 9 Jul 2024 23:49:28 -0300
> > From: Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
> > To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
> > <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> > Subject: Re: [R-br] Extração de Dados do SUS
> > Message-ID:
> > <CAKrF98kbYG82aR9nF_qB4crhJMm9x2xJ6BG2cuzjNUTV4-=
> odA em mail.gmail.com>
> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
> >
> > Se o formato do SISAB for documentada certamente é factível gerar um
> código
> > para extrair os dados e colocá-los nas estruturas de dados convenientes
> > para uso no R, provavelmente dataframes ou os mais modernos tibles.
> >
> > On Tue, Jul 9, 2024 at 9:07?PM Hidelbrando Rodrigues por (R-br) <
> > r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
> >
> >> Olá a todos.
> >>
> >> Permitam-me participar da conversa. Nosso laboratório LAMAPP
> (Laboratório
> >> de Monitoramento e Avaliação de Políticas Públicas), aqui da federal do
> >> Amazonas, tem parceria com o Centro de Estudos Estratégicos do FIOCRUZ.
> >>
> >> Nós criamos um curso de Ciência de Dados Aplicado à Saúde. Ele será
> >> hospedado em uma plataforma que ainda vamos definir. Ele será aberto e
> >> gratuito. Utilizamos como base, dados do SISAB, que não são tão
> amigáveis
> >> para baixar.
> >>
> >> Diante do exposto, seguem as questões:
> >>
> >> * Seria possível criar um código para extrair essa base diretamente do
> >> site??
> >>
> >> * Existem outros pacotes para baixar dados de saúde, além do mencionado
> >> nesta conversa?
> >>
> >> Att.
> >>
> >> Hidelbrando
> >>
> >>
> >>
> >>
> >> Em ter., 9 de jul. de 2024 12:59, Elias Carvalho por (R-br) <
> >> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
> >>
> >>> Caro Bernardo, eu agradeço antecipadamente
> >>> Eu trabalho no TI de uma universidade estadual e temos nosso hospital
> >>> universitário que atende muita gente, se não me engano além da cidade,
> >>> atende mais de 100 municípios ao redor.
> >>> Nosso problema é que o hospital usa o GSUS (prontuário do PR) e este
> não
> >>> exporta dados, não tem API (pelo menos para nós).
> >>> Gostaríamos de ter informações sobre prontuário, atendimento
> >>> ambulatorial, prescrição de medicamentos, imagens e laudos de forma
> >>> analítica, pois eu trabalho com BI (Qlik Sense) e gostaria de gerar
> >>> gráficos e tabelas com esses dados, além de pedir para minha equipe
> >>> desenvolver softwares de apoio com base nessas informações.
> >>> Eu creio que todos esses dados são exportados para o SUS e daí uma
> >>> tentativa seria extraí-los pelo R.
> >>>
> >>> Em ter., 9 de jul. de 2024 às 12:28, Bernardo Rangel Tura por (R-br) <
> >>> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
> >>>
> >>>> Elias o pacote do Rafael é maravilhoso vivo sugerindo para as pessoas
> >>>> usarem mas para algumas coisas às vezes não funciona, quase sempre
> porque
> >>>> as bases são muito mal feitas.
> >>>> Como trabalho com elas a mais e 20 anos estou acostumando a resolver
> >>>> esse tipo de encrenca.
> >>>> Que tal você descrever o que precisa e crio um script para você?
> >>>>
> >>>> Bernardo Tura
> >>>> NBB - INC/MS
> >>>> On 6/18/24 15:19, Elias Carvalho por (R-br) wrote:
> >>>>
> >>>> Outra coisa, consigo extrair dados da BPA-I (*Boletim de Produção
> >>>> Ambulatorial ? Individualizado*) ?
> >>>>
> >>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 15:04, Elias Carvalho <
> ecacarva em gmail.com>
> >>>> escreveu:
> >>>>
> >>>>> Procurei aqui mas não achei, pelo fetch_datasus, dá para extrair
> dados
> >>>>> de um CNES específico Rafael ?
> >>>>>
> >>>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 10:59, Raphael Saldanha <
> >>>>> rfsaldanha em gmail.com> escreveu:
> >>>>>
> >>>>>> Obrigado! Para filtrar por um hospital específico, você precisa
> saber
> >>>>>> o código CNES da unidade de saúde. Você pode procurar o código aqui:
> >>>>>> cnes.datasus.gov.br
> >>>>>> On 2024-06-18 15:57, Elias Carvalho wrote:
> >>>>>>
> >>>>>> Excelente Rafael ! Muito bom seu pacote.
> >>>>>> Vou dar uma olhada, no momento eu preciso extrair informações de um
> >>>>>> hospital público específico
> >>>>>>
> >>>>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 10:40, Raphael Saldanha por (R-br) <
> >>>>>> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
> >>>>>>
> >>>>>>> Olá Elias,
> >>>>>>>
> >>>>>>> Os dados de atendimentos ambulatoriais da dimensão pública do SUS
> são
> >>>>>>> registrados em um sistema de informações em saúde denominado
> Sistema de
> >>>>>>> Informações Ambulatoriais.
> >>>>>>>
> >>>>>>> Você consegue acessar esses dados com o R usando o pacote
> >>>>>>> {microdatasus}
> >>>>>>>
> >>>>>>> https://rfsaldanha.github.io/microdatasus/
> >>>>>>>
> >>>>>>> Posso te ajudar com mais detalhes se precisar.
> >>>>>>>
> >>>>>>>
> >>>>>>> Abraços,
> >>>>>>>
> >>>>>>> Raphael Saldanha
> >>>>>>>
> >>>>>>>
> >>>>>>> On 2024-06-18 15:34, Elias Carvalho por (R-br) wrote:
> >>>>>>>
> >>>>>>> Bom dia pessoal
> >>>>>>> Alguém sabe se há algum pacote do R que extraia dados de
> atendimentos
> >>>>>>> do SUS ?
> >>>>>>>
> >>>>>>>
> >>>>>>>
> >>>>>>> --
> >>>>>>>
> >>>>>>>
> >>>>>>> *In Jesu et Maria *
> >>>>>>>
> >>>>>>> *Obrigado / Thank you *
> >>>>>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
> >>>>>>>
> >>>>>>> * "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)
> "Blessed
> >>>>>>> is he who has been able to understand the cause of things" *
> >>>>>>>
> >>>>>>> _______________________________________________
> >>>>>>> R-br mailing listR-br em listas.c3sl.ufpr.brhttps://
> listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e
> forneça código mínimo reproduzível.
> >>>>>>>
> >>>>>>> _______________________________________________
> >>>>>>> R-br mailing list
> >>>>>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e
> forneça
> >>>>>>> código mínimo reproduzível.
> >>>>>>>
> >>>>>>
> >>>>>>
> >>>>>> --
> >>>>>>
> >>>>>>
> >>>>>> *In Jesu et Maria *
> >>>>>>
> >>>>>> *Obrigado / Thank you *
> >>>>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
> >>>>>>
> >>>>>> * "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)
> "Blessed
> >>>>>> is he who has been able to understand the cause of things" *
> >>>>>>
> >>>>>>
> >>>>>
> >>>>> --
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>> *In Jesu et Maria *
> >>>>>
> >>>>> *Obrigado / Thank you *
> >>>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
> >>>>>
> >>>>> * "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC) "Blessed
> >>>>> is he who has been able to understand the cause of things" *
> >>>>>
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> >>>>
> >>>> --
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> >>>>
> >>>> *In Jesu et Maria *
> >>>>
> >>>> *Obrigado / Thank you *
> >>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
> >>>>
> >>>> * "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC) "Blessed
> is
> >>>> he who has been able to understand the cause of things" *
> >>>>
> >>>> _______________________________________________
> >>>> R-br mailing listR-br em listas.c3sl.ufpr.brhttps://
> listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
> >>>>
> >>>> _______________________________________________
> >>>> R-br mailing list
> >>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >>>> código mínimo reproduzível.
> >>>>
> >>>
> >>>
> >>> --
> >>>
> >>>
> >>> *In Jesu et Maria*
> >>>
> >>> *Obrigado / Thank you*
> >>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
> >>>
> >>> *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is
> he
> >>> who has been able to understand the cause of things"*
> >>> _______________________________________________
> >>> R-br mailing list
> >>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >>> código mínimo reproduzível.
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> >> R-br mailing list
> >> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >> código mínimo reproduzível.
> >>
> > -------------- Próxima Parte ----------
> > Um anexo em HTML foi limpo...
> > URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20240709/94c49b96/attachment-0001.htm
> >
> >
> > ------------------------------
> >
> > Message: 2
> > Date: Wed, 10 Jul 2024 08:39:58 -0300
> > From: Bernardo Rangel Tura <listasrtura em gmail.com>
> > To: "Hidelbrando Rodrigues por (R-br)" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> > Subject: Re: [R-br] Extração de Dados do SUS
> > Message-ID: <65425f85-4744-43e2-854e-04a8b521e96f em gmail.com>
> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed"
> >
> > Bom dia Hidelbrando
> >
> > Eu nunca trabalhei com dados do SISAB mas acredito qeu seja possivel
> > fazer sim e tipo de rotina, teria que ver o formato dos dados, um
> > pacote que pode ser interessante para você é o SIDRA
> >
> > Abraços
> >
> > Bernardo Tura
> >
> > NBB - INC/MS
> >
> >
> > On 7/9/24 21:06, Hidelbrando Rodrigues por (R-br) wrote:
> >> Olá a todos.
> >>
> >> Permitam-me participar da conversa. Nosso laboratório LAMAPP
> >> (Laboratório de Monitoramento e Avaliação de Políticas Públicas), aqui
> >> da federal do Amazonas, tem parceria com o Centro de Estudos
> >> Estratégicos do FIOCRUZ.
> >>
> >> Nós criamos um curso de Ciência de Dados Aplicado à Saúde. Ele será
> >> hospedado em uma plataforma que ainda vamos definir. Ele será aberto e
> >> gratuito. Utilizamos como base, dados do SISAB, que não são tão
> >> amigáveis para baixar.
> >>
> >> Diante do exposto, seguem as questões:
> >>
> >> * Seria possível criar um código para extrair essa base diretamente do
> >> site??
> >>
> >> * Existem outros pacotes para baixar dados de saúde, além do
> >> mencionado nesta conversa?
> >>
> >> Att.
> >>
> >> Hidelbrando
> >>
> >>
> >>
> >>
> >> Em ter., 9 de jul. de 2024 12:59, Elias Carvalho por (R-br)
> >> <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
> >>
> >> Caro Bernardo, eu agradeço antecipadamente
> >> Eu trabalho no TI de uma universidade estadual e temos nosso
> >> hospital universitário que atende muita gente, se não me engano
> >> além da cidade, atende mais de 100 municípios ao redor.
> >> Nosso problema é que o hospital usa o GSUS (prontuário do PR) e
> >> este não exporta dados, não tem API (pelo menos para nós).
> >> Gostaríamos de ter informações sobre prontuário, atendimento
> >> ambulatorial, prescrição de medicamentos, imagens e laudos de
> >> forma analítica, pois eu trabalho com BI (Qlik Sense) e gostaria
> >> de gerar gráficos e tabelas com esses dados, além de pedir para
> >> minha equipe desenvolver softwares de apoio com base nessas
> >> informações.
> >> Eu creio que todos esses dados são exportados para o SUS e daí uma
> >> tentativa seria extraí-los pelo R.
> >>
> >> Em ter., 9 de jul. de 2024 às 12:28, Bernardo Rangel Tura por
> >> (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
> >>
> >> Elias o pacote do Rafael é maravilhoso vivo sugerindo para as
> >> pessoas usarem mas para algumas coisas às vezes não funciona,
> >> quase sempre porque as bases são muito mal feitas.
> >> Como trabalho com elas a mais e 20 anos estou acostumando a
> >> resolver esse tipo de encrenca.
> >> Que tal você descrever o que precisa e crio um script para você?
> >>
> >> Bernardo Tura
> >> NBB - INC/MS
> >>
> >> On 6/18/24 15:19, Elias Carvalho por (R-br) wrote:
> >>> Outra coisa, consigo extrair dados da BPA-I (*Boletim de
> >>> Produção Ambulatorial ? Individualizado*) ?
> >>>
> >>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 15:04, Elias Carvalho
> >>> <ecacarva em gmail.com> escreveu:
> >>>
> >>> Procurei aqui mas não achei, pelo fetch_datasus, dá para
> >>> extrair dados de um CNES específico Rafael ?
> >>>
> >>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 10:59, Raphael Saldanha
> >>> <rfsaldanha em gmail.com> escreveu:
> >>>
> >>> Obrigado! Para filtrar por um hospital específico,
> >>> você precisa saber o código CNES da unidade de saúde.
> >>> Você pode procurar o código aqui: cnes.datasus.gov.br
> >>> <http://cnes.datasus.gov.br>
> >>>
> >>> On 2024-06-18 15:57, Elias Carvalho wrote:
> >>>> Excelente Rafael ! Muito bom seu pacote.
> >>>> Vou dar uma olhada, no momento eu preciso extrair
> >>>> informações de um hospital público específico
> >>>>
> >>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 10:40, Raphael
> >>>> Saldanha por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> escreveu:
> >>>>
> >>>> Olá Elias,
> >>>>
> >>>> Os dados de atendimentos ambulatoriais da
> >>>> dimensão pública do SUS são registrados em um
> >>>> sistema de informações em saúde denominado
> >>>> Sistema de Informações Ambulatoriais.
> >>>>
> >>>> Você consegue acessar esses dados com o R usando
> >>>> o pacote {microdatasus}
> >>>>
> >>>> https://rfsaldanha.github.io/microdatasus/
> >>>>
> >>>> Posso te ajudar com mais detalhes se precisar.
> >>>>
> >>>>
> >>>> Abraços,
> >>>>
> >>>> Raphael Saldanha
> >>>>
> >>>>
> >>>> On 2024-06-18 15:34, Elias Carvalho por (R-br)
> >>>> wrote:
> >>>>> Bom dia pessoal
> >>>>> Alguém sabe se há algum pacote do R que extraia
> >>>>> dados de atendimentos do SUS ?
> >>>>>
> >>>>>
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> >>>>> /In Jesu et Maria
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> >>>>> /Obrigado / Thank you
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> >>>>> /Prof. Dr. Elias Carvalho/
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> >>>>> /
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> >>>>> "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas"
> >>>>> (Virgil 29 BC)
> >>>>> "Blessed is he who has been able to understand
> >>>>> the cause of things"
> >>>>> /
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> >>>>> _______________________________________________
> >>>>> R-br mailing list
> >>>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >>>>>
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >>>>> Leia o guia de postagem (
> http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
> >>>> _______________________________________________
> >>>> R-br mailing list
> >>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
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> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >>>> Leia o guia de postagem
> >>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >>>> código mínimo reproduzível.
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> >>>> "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil
> >>>> 29 BC)
> >>>> "Blessed is he who has been able to understand the
> >>>> cause of things"
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> >>> "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)
> >>> "Blessed is he who has been able to understand the cause
> >>> of things"
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> >>> /Prof. Dr. Elias Carvalho/
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> >>> "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)
> >>> "Blessed is he who has been able to understand the cause of
> >>> things"
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> forneça código mínimo reproduzível.
> >> _______________________________________________
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> >> forneça código mínimo reproduzível.
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> >> "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)
> >> "Blessed is he who has been able to understand the cause of things"
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> > Fim da Digest R-br, volume 155, assunto 3
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> código mínimo reproduzível.
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