[R-br] Extração de Dados do SUS
Pedro Paulo Chrispim
pedropaulo.chrispim em gmail.com
Qui Jul 11 12:22:32 -03 2024
Prezados,
Como Tura, uso os dados do DATASUS há muitos anos.
Não encontrei nada melhor do que manter uma cópia dos dados em sua máquina e extrair os dados de interesse direto dos DBC.
Isso porque as bases não são muito uniformes e as correções nos scripts são relativamente frequentes. Apesar do trabalho maravilhoso que o DATASUS faz nas bases, pois seria um verdadeiro pesadelo usar os dados verdadeiramente crus.
Já os dados individualizados não são exatamente o problema, os arquivos DBC fornecem dados individualizados por ficha de registro em cada sistema. Então, se o objetivo for a identificação dos pacientes, isso já não será possível pelos dados públicos.
Por fim, minha experiência pessoal (que é maior no caso das AIH) me levou a trabalhar com data.table por razão de performance. Embora não seja uma recomendação definitiva, fica a sugestão.
Pedro Paulo Chrispim
Inst. Alicerce
> On 10 Jul 2024, at 11:00, r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br wrote:
>
> Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
> corpo da mensagem para
> r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
> endereço
> r-br-owner em listas.c3sl.ufpr.br
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> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
>
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> Tópicos de Hoje:
>
> 1. Re: Extração de Dados do SUS (Cesar Rabak)
> 2. Re: Extração de Dados do SUS (Bernardo Rangel Tura)
>
>
> ----------------------------------------------------------------------
>
> Message: 1
> Date: Tue, 9 Jul 2024 23:49:28 -0300
> From: Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
> <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Extração de Dados do SUS
> Message-ID:
> <CAKrF98kbYG82aR9nF_qB4crhJMm9x2xJ6BG2cuzjNUTV4-=odA em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Se o formato do SISAB for documentada certamente é factível gerar um código
> para extrair os dados e colocá-los nas estruturas de dados convenientes
> para uso no R, provavelmente dataframes ou os mais modernos tibles.
>
> On Tue, Jul 9, 2024 at 9:07?PM Hidelbrando Rodrigues por (R-br) <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>
>> Olá a todos.
>>
>> Permitam-me participar da conversa. Nosso laboratório LAMAPP (Laboratório
>> de Monitoramento e Avaliação de Políticas Públicas), aqui da federal do
>> Amazonas, tem parceria com o Centro de Estudos Estratégicos do FIOCRUZ.
>>
>> Nós criamos um curso de Ciência de Dados Aplicado à Saúde. Ele será
>> hospedado em uma plataforma que ainda vamos definir. Ele será aberto e
>> gratuito. Utilizamos como base, dados do SISAB, que não são tão amigáveis
>> para baixar.
>>
>> Diante do exposto, seguem as questões:
>>
>> * Seria possível criar um código para extrair essa base diretamente do
>> site??
>>
>> * Existem outros pacotes para baixar dados de saúde, além do mencionado
>> nesta conversa?
>>
>> Att.
>>
>> Hidelbrando
>>
>>
>>
>>
>> Em ter., 9 de jul. de 2024 12:59, Elias Carvalho por (R-br) <
>> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>
>>> Caro Bernardo, eu agradeço antecipadamente
>>> Eu trabalho no TI de uma universidade estadual e temos nosso hospital
>>> universitário que atende muita gente, se não me engano além da cidade,
>>> atende mais de 100 municípios ao redor.
>>> Nosso problema é que o hospital usa o GSUS (prontuário do PR) e este não
>>> exporta dados, não tem API (pelo menos para nós).
>>> Gostaríamos de ter informações sobre prontuário, atendimento
>>> ambulatorial, prescrição de medicamentos, imagens e laudos de forma
>>> analítica, pois eu trabalho com BI (Qlik Sense) e gostaria de gerar
>>> gráficos e tabelas com esses dados, além de pedir para minha equipe
>>> desenvolver softwares de apoio com base nessas informações.
>>> Eu creio que todos esses dados são exportados para o SUS e daí uma
>>> tentativa seria extraí-los pelo R.
>>>
>>> Em ter., 9 de jul. de 2024 às 12:28, Bernardo Rangel Tura por (R-br) <
>>> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>>
>>>> Elias o pacote do Rafael é maravilhoso vivo sugerindo para as pessoas
>>>> usarem mas para algumas coisas às vezes não funciona, quase sempre porque
>>>> as bases são muito mal feitas.
>>>> Como trabalho com elas a mais e 20 anos estou acostumando a resolver
>>>> esse tipo de encrenca.
>>>> Que tal você descrever o que precisa e crio um script para você?
>>>>
>>>> Bernardo Tura
>>>> NBB - INC/MS
>>>> On 6/18/24 15:19, Elias Carvalho por (R-br) wrote:
>>>>
>>>> Outra coisa, consigo extrair dados da BPA-I (*Boletim de Produção
>>>> Ambulatorial ? Individualizado*) ?
>>>>
>>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 15:04, Elias Carvalho <ecacarva em gmail.com>
>>>> escreveu:
>>>>
>>>>> Procurei aqui mas não achei, pelo fetch_datasus, dá para extrair dados
>>>>> de um CNES específico Rafael ?
>>>>>
>>>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 10:59, Raphael Saldanha <
>>>>> rfsaldanha em gmail.com> escreveu:
>>>>>
>>>>>> Obrigado! Para filtrar por um hospital específico, você precisa saber
>>>>>> o código CNES da unidade de saúde. Você pode procurar o código aqui:
>>>>>> cnes.datasus.gov.br
>>>>>> On 2024-06-18 15:57, Elias Carvalho wrote:
>>>>>>
>>>>>> Excelente Rafael ! Muito bom seu pacote.
>>>>>> Vou dar uma olhada, no momento eu preciso extrair informações de um
>>>>>> hospital público específico
>>>>>>
>>>>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 10:40, Raphael Saldanha por (R-br) <
>>>>>> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>>>>>
>>>>>>> Olá Elias,
>>>>>>>
>>>>>>> Os dados de atendimentos ambulatoriais da dimensão pública do SUS são
>>>>>>> registrados em um sistema de informações em saúde denominado Sistema de
>>>>>>> Informações Ambulatoriais.
>>>>>>>
>>>>>>> Você consegue acessar esses dados com o R usando o pacote
>>>>>>> {microdatasus}
>>>>>>>
>>>>>>> https://rfsaldanha.github.io/microdatasus/
>>>>>>>
>>>>>>> Posso te ajudar com mais detalhes se precisar.
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> Abraços,
>>>>>>>
>>>>>>> Raphael Saldanha
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> On 2024-06-18 15:34, Elias Carvalho por (R-br) wrote:
>>>>>>>
>>>>>>> Bom dia pessoal
>>>>>>> Alguém sabe se há algum pacote do R que extraia dados de atendimentos
>>>>>>> do SUS ?
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> --
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> *In Jesu et Maria *
>>>>>>>
>>>>>>> *Obrigado / Thank you *
>>>>>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
>>>>>>>
>>>>>>> * "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC) "Blessed
>>>>>>> is he who has been able to understand the cause of things" *
>>>>>>>
>>>>>>> _______________________________________________
>>>>>>> R-br mailing listR-br em listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>>>>>>>
>>>>>>> _______________________________________________
>>>>>>> R-br mailing list
>>>>>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>>>>>> código mínimo reproduzível.
>>>>>>>
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> --
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> *In Jesu et Maria *
>>>>>>
>>>>>> *Obrigado / Thank you *
>>>>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
>>>>>>
>>>>>> * "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC) "Blessed
>>>>>> is he who has been able to understand the cause of things" *
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>
>>>>> --
>>>>>
>>>>>
>>>>> *In Jesu et Maria *
>>>>>
>>>>> *Obrigado / Thank you *
>>>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
>>>>>
>>>>> * "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC) "Blessed
>>>>> is he who has been able to understand the cause of things" *
>>>>>
>>>>
>>>>
>>>> --
>>>>
>>>>
>>>> *In Jesu et Maria *
>>>>
>>>> *Obrigado / Thank you *
>>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
>>>>
>>>> * "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC) "Blessed is
>>>> he who has been able to understand the cause of things" *
>>>>
>>>> _______________________________________________
>>>> R-br mailing listR-br em listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>>>>
>>>> _______________________________________________
>>>> R-br mailing list
>>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>>> código mínimo reproduzível.
>>>>
>>>
>>>
>>> --
>>>
>>>
>>> *In Jesu et Maria*
>>>
>>> *Obrigado / Thank you*
>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
>>>
>>> *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he
>>> who has been able to understand the cause of things"*
>>> _______________________________________________
>>> R-br mailing list
>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20240709/94c49b96/attachment-0001.htm>
>
> ------------------------------
>
> Message: 2
> Date: Wed, 10 Jul 2024 08:39:58 -0300
> From: Bernardo Rangel Tura <listasrtura em gmail.com>
> To: "Hidelbrando Rodrigues por (R-br)" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Extração de Dados do SUS
> Message-ID: <65425f85-4744-43e2-854e-04a8b521e96f em gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed"
>
> Bom dia Hidelbrando
>
> Eu nunca trabalhei com dados do SISAB mas acredito qeu seja possivel
> fazer sim e tipo de rotina, teria que ver o formato dos dados, um
> pacote que pode ser interessante para você é o SIDRA
>
> Abraços
>
> Bernardo Tura
>
> NBB - INC/MS
>
>
> On 7/9/24 21:06, Hidelbrando Rodrigues por (R-br) wrote:
>> Olá a todos.
>>
>> Permitam-me participar da conversa. Nosso laboratório LAMAPP
>> (Laboratório de Monitoramento e Avaliação de Políticas Públicas), aqui
>> da federal do Amazonas, tem parceria com o Centro de Estudos
>> Estratégicos do FIOCRUZ.
>>
>> Nós criamos um curso de Ciência de Dados Aplicado à Saúde. Ele será
>> hospedado em uma plataforma que ainda vamos definir. Ele será aberto e
>> gratuito. Utilizamos como base, dados do SISAB, que não são tão
>> amigáveis para baixar.
>>
>> Diante do exposto, seguem as questões:
>>
>> * Seria possível criar um código para extrair essa base diretamente do
>> site??
>>
>> * Existem outros pacotes para baixar dados de saúde, além do
>> mencionado nesta conversa?
>>
>> Att.
>>
>> Hidelbrando
>>
>>
>>
>>
>> Em ter., 9 de jul. de 2024 12:59, Elias Carvalho por (R-br)
>> <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>
>> Caro Bernardo, eu agradeço antecipadamente
>> Eu trabalho no TI de uma universidade estadual e temos nosso
>> hospital universitário que atende muita gente, se não me engano
>> além da cidade, atende mais de 100 municípios ao redor.
>> Nosso problema é que o hospital usa o GSUS (prontuário do PR) e
>> este não exporta dados, não tem API (pelo menos para nós).
>> Gostaríamos de ter informações sobre prontuário, atendimento
>> ambulatorial, prescrição de medicamentos, imagens e laudos de
>> forma analítica, pois eu trabalho com BI (Qlik Sense) e gostaria
>> de gerar gráficos e tabelas com esses dados, além de pedir para
>> minha equipe desenvolver softwares de apoio com base nessas
>> informações.
>> Eu creio que todos esses dados são exportados para o SUS e daí uma
>> tentativa seria extraí-los pelo R.
>>
>> Em ter., 9 de jul. de 2024 às 12:28, Bernardo Rangel Tura por
>> (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>
>> Elias o pacote do Rafael é maravilhoso vivo sugerindo para as
>> pessoas usarem mas para algumas coisas às vezes não funciona,
>> quase sempre porque as bases são muito mal feitas.
>> Como trabalho com elas a mais e 20 anos estou acostumando a
>> resolver esse tipo de encrenca.
>> Que tal você descrever o que precisa e crio um script para você?
>>
>> Bernardo Tura
>> NBB - INC/MS
>>
>> On 6/18/24 15:19, Elias Carvalho por (R-br) wrote:
>>> Outra coisa, consigo extrair dados da BPA-I (*Boletim de
>>> Produção Ambulatorial ? Individualizado*) ?
>>>
>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 15:04, Elias Carvalho
>>> <ecacarva em gmail.com> escreveu:
>>>
>>> Procurei aqui mas não achei, pelo fetch_datasus, dá para
>>> extrair dados de um CNES específico Rafael ?
>>>
>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 10:59, Raphael Saldanha
>>> <rfsaldanha em gmail.com> escreveu:
>>>
>>> Obrigado! Para filtrar por um hospital específico,
>>> você precisa saber o código CNES da unidade de saúde.
>>> Você pode procurar o código aqui: cnes.datasus.gov.br
>>> <http://cnes.datasus.gov.br>
>>>
>>> On 2024-06-18 15:57, Elias Carvalho wrote:
>>>> Excelente Rafael ! Muito bom seu pacote.
>>>> Vou dar uma olhada, no momento eu preciso extrair
>>>> informações de um hospital público específico
>>>>
>>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 10:40, Raphael
>>>> Saldanha por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>>>
>>>> Olá Elias,
>>>>
>>>> Os dados de atendimentos ambulatoriais da
>>>> dimensão pública do SUS são registrados em um
>>>> sistema de informações em saúde denominado
>>>> Sistema de Informações Ambulatoriais.
>>>>
>>>> Você consegue acessar esses dados com o R usando
>>>> o pacote {microdatasus}
>>>>
>>>> https://rfsaldanha.github.io/microdatasus/
>>>>
>>>> Posso te ajudar com mais detalhes se precisar.
>>>>
>>>>
>>>> Abraços,
>>>>
>>>> Raphael Saldanha
>>>>
>>>>
>>>> On 2024-06-18 15:34, Elias Carvalho por (R-br)
>>>> wrote:
>>>>> Bom dia pessoal
>>>>> Alguém sabe se há algum pacote do R que extraia
>>>>> dados de atendimentos do SUS ?
>>>>>
>>>>>
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>>>>> /In Jesu et Maria
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>>>>> /Obrigado / Thank you
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>>>>> /Prof. Dr. Elias Carvalho/
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>>>>> "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas"
>>>>> (Virgil 29 BC)
>>>>> "Blessed is he who has been able to understand
>>>>> the cause of things"
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>>>>> R-br mailing list
>>>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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>>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>> Leia o guia de postagem
>>>> (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>>> código mínimo reproduzível.
>>>>
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>>>> /In Jesu et Maria
>>>>
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>>>> /Obrigado / Thank you
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>>>> /Prof. Dr. Elias Carvalho/
>>>> /
>>>> /
>>>> /
>>>> "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil
>>>> 29 BC)
>>>> "Blessed is he who has been able to understand the
>>>> cause of things"
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>>> /In Jesu et Maria
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>>> "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)
>>> "Blessed is he who has been able to understand the cause
>>> of things"
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>>> "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)
>>> "Blessed is he who has been able to understand the cause of
>>> things"
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>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e
>> forneça código mínimo reproduzível.
>>
>>
>>
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>> /In Jesu et Maria
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>> /
>> /Obrigado / Thank you
>> /
>> /Prof. Dr. Elias Carvalho/
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>> "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)
>> "Blessed is he who has been able to understand the cause of things"
>> /
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>> forneça código mínimo reproduzível.
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>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20240710/5629f82b/attachment-0001.htm>
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> Subject: Legenda do Digest
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