[R-br] Extração de Dados do SUS

Pedro Paulo Chrispim pedropaulo.chrispim em gmail.com
Qui Jul 11 12:22:32 -03 2024


Prezados,

Como Tura, uso os dados do DATASUS há muitos anos.
Não encontrei nada melhor do que manter uma cópia dos dados em sua máquina e extrair os dados de interesse direto dos DBC.
Isso porque as bases não são muito uniformes e as correções nos scripts são relativamente frequentes. Apesar do trabalho maravilhoso que o DATASUS faz nas bases, pois seria um verdadeiro pesadelo usar os dados verdadeiramente crus.

Já os dados individualizados não são exatamente o problema, os arquivos DBC fornecem dados individualizados por ficha de registro em cada sistema. Então, se o objetivo for a identificação dos pacientes, isso já não será possível pelos dados públicos.

Por fim, minha experiência pessoal (que é maior no caso das AIH) me levou a trabalhar com data.table por razão de performance. Embora não seja uma recomendação definitiva, fica a sugestão.

Pedro Paulo Chrispim
Inst. Alicerce


> On 10 Jul 2024, at 11:00, r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br wrote:
> 
> Enviar submissões para a lista de discussão R-br para 
> 	r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> 
> Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
> 	https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
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>   1. Re: Extração de Dados do SUS (Cesar Rabak)
>   2. Re: Extração de Dados do SUS (Bernardo Rangel Tura)
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> ----------------------------------------------------------------------
> 
> Message: 1
> Date: Tue, 9 Jul 2024 23:49:28 -0300
> From: Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
> 	<r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Extração de Dados do SUS
> Message-ID:
> 	<CAKrF98kbYG82aR9nF_qB4crhJMm9x2xJ6BG2cuzjNUTV4-=odA em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
> 
> Se o formato do SISAB for documentada certamente é factível gerar um código
> para extrair os dados e colocá-los nas estruturas de dados convenientes
> para uso no R, provavelmente dataframes ou os mais modernos tibles.
> 
> On Tue, Jul 9, 2024 at 9:07?PM Hidelbrando Rodrigues por (R-br) <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
> 
>> Olá a todos.
>> 
>> Permitam-me participar da conversa. Nosso laboratório LAMAPP (Laboratório
>> de Monitoramento e Avaliação de Políticas Públicas), aqui da federal do
>> Amazonas, tem parceria com o Centro de Estudos Estratégicos do FIOCRUZ.
>> 
>> Nós criamos um curso de Ciência de Dados Aplicado à Saúde. Ele será
>> hospedado em uma plataforma que ainda vamos definir. Ele será aberto e
>> gratuito. Utilizamos como base, dados do SISAB, que não são tão amigáveis
>> para baixar.
>> 
>> Diante do exposto, seguem as questões:
>> 
>> * Seria possível criar um código para extrair essa base diretamente do
>> site??
>> 
>> * Existem outros pacotes para baixar dados de saúde, além do mencionado
>> nesta conversa?
>> 
>> Att.
>> 
>> Hidelbrando
>> 
>> 
>> 
>> 
>> Em ter., 9 de jul. de 2024 12:59, Elias Carvalho por (R-br) <
>> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>> 
>>> Caro Bernardo, eu agradeço antecipadamente
>>> Eu trabalho no TI de uma universidade estadual e temos nosso hospital
>>> universitário que atende muita gente, se não me engano além da cidade,
>>> atende mais de 100 municípios ao redor.
>>> Nosso problema é que o hospital usa o GSUS (prontuário do PR) e este não
>>> exporta dados, não tem API (pelo menos para nós).
>>> Gostaríamos de ter informações sobre prontuário, atendimento
>>> ambulatorial, prescrição de medicamentos, imagens e laudos de forma
>>> analítica, pois eu trabalho com BI (Qlik Sense) e gostaria de gerar
>>> gráficos e tabelas com esses dados, além de pedir para minha equipe
>>> desenvolver softwares de apoio com base nessas informações.
>>> Eu creio que todos esses dados são exportados para o SUS e daí uma
>>> tentativa seria extraí-los pelo R.
>>> 
>>> Em ter., 9 de jul. de 2024 às 12:28, Bernardo Rangel Tura por (R-br) <
>>> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>> 
>>>> Elias o pacote do Rafael é maravilhoso vivo sugerindo para as pessoas
>>>> usarem mas para algumas coisas às vezes não funciona, quase sempre porque
>>>> as bases são muito mal feitas.
>>>> Como trabalho com elas a mais e 20 anos estou acostumando a resolver
>>>> esse tipo de encrenca.
>>>> Que tal você descrever o que precisa e crio um script para você?
>>>> 
>>>> Bernardo Tura
>>>> NBB - INC/MS
>>>> On 6/18/24 15:19, Elias Carvalho por (R-br) wrote:
>>>> 
>>>> Outra coisa, consigo extrair dados da BPA-I (*Boletim de Produção
>>>> Ambulatorial ? Individualizado*) ?
>>>> 
>>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 15:04, Elias Carvalho <ecacarva em gmail.com>
>>>> escreveu:
>>>> 
>>>>> Procurei aqui mas não achei, pelo fetch_datasus, dá para extrair dados
>>>>> de um CNES específico Rafael ?
>>>>> 
>>>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 10:59, Raphael Saldanha <
>>>>> rfsaldanha em gmail.com> escreveu:
>>>>> 
>>>>>> Obrigado! Para filtrar por um hospital específico, você precisa saber
>>>>>> o código CNES da unidade de saúde. Você pode procurar o código aqui:
>>>>>> cnes.datasus.gov.br
>>>>>> On 2024-06-18 15:57, Elias Carvalho wrote:
>>>>>> 
>>>>>> Excelente Rafael ! Muito bom seu pacote.
>>>>>> Vou dar uma olhada, no momento eu preciso extrair informações de um
>>>>>> hospital público específico
>>>>>> 
>>>>>> Em ter., 18 de jun. de 2024 às 10:40, Raphael Saldanha por (R-br) <
>>>>>> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>>>>> 
>>>>>>> Olá Elias,
>>>>>>> 
>>>>>>> Os dados de atendimentos ambulatoriais da dimensão pública do SUS são
>>>>>>> registrados em um sistema de informações em saúde denominado Sistema de
>>>>>>> Informações Ambulatoriais.
>>>>>>> 
>>>>>>> Você consegue acessar esses dados com o R usando o pacote
>>>>>>> {microdatasus}
>>>>>>> 
>>>>>>> https://rfsaldanha.github.io/microdatasus/
>>>>>>> 
>>>>>>> Posso te ajudar com mais detalhes se precisar.
>>>>>>> 
>>>>>>> 
>>>>>>> Abraços,
>>>>>>> 
>>>>>>> Raphael Saldanha
>>>>>>> 
>>>>>>> 
>>>>>>> On 2024-06-18 15:34, Elias Carvalho por (R-br) wrote:
>>>>>>> 
>>>>>>> Bom dia pessoal
>>>>>>> Alguém sabe se há algum pacote do R que extraia dados de atendimentos
>>>>>>> do SUS ?
>>>>>>> 
>>>>>>> 
>>>>>>> 
>>>>>>> --
>>>>>>> 
>>>>>>> 
>>>>>>> *In Jesu et Maria *
>>>>>>> 
>>>>>>> *Obrigado / Thank you *
>>>>>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
>>>>>>> 
>>>>>>> * "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC) "Blessed
>>>>>>> is he who has been able to understand the cause of things" *
>>>>>>> 
>>>>>>> _______________________________________________
>>>>>>> R-br mailing listR-br em listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>>>>>>> 
>>>>>>> _______________________________________________
>>>>>>> R-br mailing list
>>>>>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>>>>>> código mínimo reproduzível.
>>>>>>> 
>>>>>> 
>>>>>> 
>>>>>> --
>>>>>> 
>>>>>> 
>>>>>> *In Jesu et Maria *
>>>>>> 
>>>>>> *Obrigado / Thank you *
>>>>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
>>>>>> 
>>>>>> * "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC) "Blessed
>>>>>> is he who has been able to understand the cause of things" *
>>>>>> 
>>>>>> 
>>>>> 
>>>>> --
>>>>> 
>>>>> 
>>>>> *In Jesu et Maria *
>>>>> 
>>>>> *Obrigado / Thank you *
>>>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
>>>>> 
>>>>> * "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC) "Blessed
>>>>> is he who has been able to understand the cause of things" *
>>>>> 
>>>> 
>>>> 
>>>> --
>>>> 
>>>> 
>>>> *In Jesu et Maria *
>>>> 
>>>> *Obrigado / Thank you *
>>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
>>>> 
>>>> * "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC) "Blessed is
>>>> he who has been able to understand the cause of things" *
>>>> 
>>>> _______________________________________________
>>>> R-br mailing listR-br em listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>>>> 
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>>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>>> código mínimo reproduzível.
>>>> 
>>> 
>>> 
>>> --
>>> 
>>> 
>>> *In Jesu et Maria*
>>> 
>>> *Obrigado / Thank you*
>>> *Prof. Dr. Elias Carvalho*
>>> 
>>> *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he
>>> who has been able to understand the cause of things"*
>>> _______________________________________________
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>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>> 
>> _______________________________________________
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>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>> 
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20240709/94c49b96/attachment-0001.htm>
> 
> ------------------------------
> 
> Message: 2
> Date: Wed, 10 Jul 2024 08:39:58 -0300
> From: Bernardo Rangel Tura <listasrtura em gmail.com>
> To: "Hidelbrando Rodrigues por (R-br)" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Extração de Dados do SUS
> Message-ID: <65425f85-4744-43e2-854e-04a8b521e96f em gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed"
> 
> Bom dia Hidelbrando
> 
> Eu nunca trabalhei com dados do SISAB mas acredito qeu seja possivel 
> fazer sim e tipo de rotina, teria que ver  o formato dos dados, um 
> pacote que pode ser interessante para você é o SIDRA
> 
> Abraços
> 
> Bernardo Tura
> 
> NBB - INC/MS
> 
> 
> On 7/9/24 21:06, Hidelbrando Rodrigues por (R-br) wrote:
>> Olá a todos.
>> 
>> Permitam-me participar da conversa. Nosso laboratório LAMAPP 
>> (Laboratório de Monitoramento e Avaliação de Políticas Públicas), aqui 
>> da federal do Amazonas, tem parceria com o Centro de Estudos 
>> Estratégicos do FIOCRUZ.
>> 
>> Nós criamos um curso de Ciência de Dados Aplicado à Saúde. Ele será 
>> hospedado em uma plataforma que ainda vamos definir. Ele será aberto e 
>> gratuito. Utilizamos como base, dados do SISAB, que não são tão 
>> amigáveis para baixar.
>> 
>> Diante do exposto, seguem as questões:
>> 
>> * Seria possível criar um código para extrair essa base diretamente do 
>> site??
>> 
>> * Existem outros pacotes para baixar dados de saúde, além do 
>> mencionado nesta conversa?
>> 
>> Att.
>> 
>> Hidelbrando
>> 
>> 
>> 
>> 
>> Em ter., 9 de jul. de 2024 12:59, Elias Carvalho por (R-br) 
>> <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>> 
>>    Caro Bernardo, eu agradeço antecipadamente
>>    Eu trabalho no TI de uma universidade estadual e temos nosso
>>    hospital universitário que atende muita gente, se não me engano
>>    além da cidade, atende mais de 100 municípios ao redor.
>>    Nosso problema é que o hospital usa o GSUS (prontuário do PR) e
>>    este não exporta dados, não tem API (pelo menos para nós).
>>    Gostaríamos de ter informações sobre prontuário, atendimento
>>    ambulatorial, prescrição de medicamentos, imagens e laudos de
>>    forma analítica, pois eu trabalho com BI (Qlik Sense) e gostaria
>>    de gerar gráficos e tabelas com esses dados, além de pedir para
>>    minha equipe desenvolver softwares de apoio com base nessas
>>    informações.
>>    Eu creio que todos esses dados são exportados para o SUS e daí uma
>>    tentativa seria extraí-los pelo R.
>> 
>>    Em ter., 9 de jul. de 2024 às 12:28, Bernardo Rangel Tura por
>>    (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>> 
>>        Elias o pacote do Rafael é maravilhoso vivo sugerindo para as
>>        pessoas usarem mas para algumas coisas às vezes não funciona,
>>        quase sempre porque as bases são muito mal feitas.
>>        Como trabalho com elas a mais e 20 anos estou acostumando a
>>        resolver esse tipo de encrenca.
>>        Que tal você descrever o que precisa e crio um script para você?
>> 
>>        Bernardo Tura
>>        NBB - INC/MS
>> 
>>        On 6/18/24 15:19, Elias Carvalho por (R-br) wrote:
>>>        Outra coisa, consigo extrair dados da BPA-I (*Boletim de
>>>        Produção Ambulatorial ? Individualizado*) ?
>>> 
>>>        Em ter., 18 de jun. de 2024 às 15:04, Elias Carvalho
>>>        <ecacarva em gmail.com> escreveu:
>>> 
>>>            Procurei aqui mas não achei, pelo fetch_datasus, dá para
>>>            extrair dados de um CNES específico Rafael ?
>>> 
>>>            Em ter., 18 de jun. de 2024 às 10:59, Raphael Saldanha
>>>            <rfsaldanha em gmail.com> escreveu:
>>> 
>>>                Obrigado! Para filtrar por um hospital específico,
>>>                você precisa saber o código CNES da unidade de saúde.
>>>                Você pode procurar o código aqui: cnes.datasus.gov.br
>>>                <http://cnes.datasus.gov.br>
>>> 
>>>                On 2024-06-18 15:57, Elias Carvalho wrote:
>>>>                Excelente Rafael ! Muito bom seu pacote.
>>>>                Vou dar uma olhada, no momento eu preciso extrair
>>>>                informações de um hospital público específico
>>>> 
>>>>                Em ter., 18 de jun. de 2024 às 10:40, Raphael
>>>>                Saldanha por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>>> 
>>>>                    Olá Elias,
>>>> 
>>>>                    Os dados de atendimentos ambulatoriais da
>>>>                    dimensão pública do SUS são registrados em um
>>>>                    sistema de informações em saúde denominado
>>>>                    Sistema de Informações Ambulatoriais.
>>>> 
>>>>                    Você consegue acessar esses dados com o R usando
>>>>                    o pacote {microdatasus}
>>>> 
>>>>                    https://rfsaldanha.github.io/microdatasus/
>>>> 
>>>>                    Posso te ajudar com mais detalhes se precisar.
>>>> 
>>>> 
>>>>                    Abraços,
>>>> 
>>>>                    Raphael Saldanha
>>>> 
>>>> 
>>>>                    On 2024-06-18 15:34, Elias Carvalho por (R-br)
>>>>                    wrote:
>>>>>                    Bom dia pessoal
>>>>>                    Alguém sabe se há algum pacote do R que extraia
>>>>>                    dados de atendimentos do SUS ?
>>>>> 
>>>>> 
>>>>> 
>>>>>                    -- 
>>>>>                    /In Jesu et Maria
>>>>> 
>>>>>                    /
>>>>>                    /Obrigado / Thank you
>>>>>                    /
>>>>>                    /Prof. Dr. Elias Carvalho/
>>>>>                    /
>>>>>                    /
>>>>>                    /
>>>>>                    "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas"
>>>>>                    (Virgil 29 BC)
>>>>>                    "Blessed is he who has been able to understand
>>>>>                    the cause of things"
>>>>>                    /
>>>>> 
>>>>>                    _______________________________________________
>>>>>                    R-br mailing list
>>>>>                    R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>>>                    https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>>>                    Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>>>>                    _______________________________________________
>>>>                    R-br mailing list
>>>>                    R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>>                    https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>>                    Leia o guia de postagem
>>>>                    (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>>>                    código mínimo reproduzível.
>>>> 
>>>> 
>>>> 
>>>>                -- 
>>>>                /In Jesu et Maria
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>>>>                /Obrigado / Thank you
>>>>                /
>>>>                /Prof. Dr. Elias Carvalho/
>>>>                /
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>>>>                "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil
>>>>                29 BC)
>>>>                "Blessed is he who has been able to understand the
>>>>                cause of things"
>>>>                /
>>> 
>>> 
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>>>            /In Jesu et Maria
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>>>            /Obrigado / Thank you
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>>>            /Prof. Dr. Elias Carvalho/
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>>>            "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)
>>>            "Blessed is he who has been able to understand the cause
>>>            of things"
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>>>        /In Jesu et Maria
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>>>        /Obrigado / Thank you
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>>>        /Prof. Dr. Elias Carvalho/
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>>>        "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)
>>>        "Blessed is he who has been able to understand the cause of
>>>        things"
>>>        /
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>>        forneça código mínimo reproduzível.
>> 
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>>    "Blessed is he who has been able to understand the cause of things"
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