[R-br] [ OFF TOPIC ] Qual abordagem utilizar - associação de compostos com resistência a praga/doença

[Cesar Rabak]

Marcelo,

A primeira questão que vc deve se colocar é a seguinte: qual modelo
estatístico poderia servir para estimar os efeitos ("fenômenos") que se vê
no Mundo Real®.

Um segundo, e muito relacionado a ele é o seguinte, para a modelagem
"apropriada" qual é o número de casos que seria necessário para ter-se
significância estatística, com o limiar aceitável para o campo de estudo do
seu problema e mais importante ainda, no estágio da sua pesquisa¹.

Um outro ponto que me salta aos olhos da sua descrição (que pode ser uma
interpretação minha açodada) é que o 'tipo' de planta automaticamente
indica as composições dos 'ene' compostos.

SE o estágio da sua pesquisa é de Análise Exploratória, então um caminho
seria fazer investigações indo dessa direção para os compostos, e então
tentar identificar daqueles os que biologicamente fariam sentido, posto que
já deve haver ciência apontando possibilidades.

Eu "tenho a impressão" que tratar *proporções* como genes não seria
realmente uma abordagem que se pudesse defender mais tarde mesmo que algo
"aparecesse" nos resultados.

 [1] tratar os mesmos dados setenta vezes para cada composto pode exigir
uma correção no limiar para evitar o erro devido à FDR, embora na fase
exploratória o risco de um Erro Tipo II de deixar escapar um Prêmio Nobel
precisa ser balanceado❕❕

Por último, muita calma precisaria ser exercitada para assegurar que o
emprego de proporções é adequado e não concentrações absolutas dos
compostos, coisa que requer mais informações sobre o domínio do problema
que vc estuda, mas em Estatística uso de proporções em algumas
circunstâncias pode ser errôneo e de difícil percepção pois os SW modernos
ainda não são ChatBots e por isso não criitcam o usuário!!

HTH

--
Cesar Rabak


On Thu, Feb 23, 2023 at 11:08 AM Marcelo Laia por (R-br) <
r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

> Caro(a) listeiro(a),
>
> Possuo um grupo de dados com valores representando a proporção de dado
> composto na planta. Esses valores variam de 0 a 100%. Assim, o composto Y
> pode apresentar valor 41 e o Z valor 0,02, por exemplo. Há em torno de 70
> compostos. Nem todas as plantas contém todos os compostos.
>
> Hipótese: plantas resistentes possuem compostos exclusivos e/ou em
> proporção significativamente diferente das plantas suscetíveis.
>
> Para os compostos exclusivos, é tranquilo, pois, se o Z está presente
> somente no resistente, é muito possível que ele tenha influência sobre a
> resistência.
>
> O problema são aqueles que aparecem tanto no resistente quanto no
> suscetível em proporção diferente.
>
> Outra questão que pode acontecer é a interação entre compostos. Ou seja,
> dois ou mais compostos explicarem o efeito de resistência ou
> suscetibilidade. Neste caso, um composto pode agir como facilitador para a
> ação de outro, que seria o composto tóxico. Logo, sem o primeiro, o
> composto tóxico, sozinho, não teria efeito.
>
> Pensei em usar abordagem genômica, tratando cada composto como um gene.
> Não deu certo. Resultado estatístico não explica o biológico. Outra opção
> seria pensar na análise de QTLs. Não tentei essa.
>
> Mas, lendo trabalhos na área médica, vi que alguns utilizam vários
> sintomas para explicar a doença. Por exemplo, associam faixas de valores de
> hemoglobina, ácido úrico e proteína X para explicar a ocorrência de
> determinado câncer.
>
> Pergunto: você já viu ou já fez análises estatísticas no R para esse
> último caso? Explicar a doença com base em um roll de sintomas? Qual pacote
> usou? Poderia sugerir alguma literatura? Tutorial? Site?
>
> Muito obrigado
>
> Marcelo
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