[R-br] Não reconhecimento do data.frame como numérico

[Michele Claire Breton]

Muito bom dia Daniel Tiezzi e Cesar Rabak,

Agradeço imensamente a ajuda e vocês.
Ao Cesar, agradeço por ter observado a duplicidade dos valores de expressão
do gene AR. É aquele velho ditado: "a pressa é inimiga da perfeição". Eu
tenho 3 vias metabólicas de genes representados nesta tabela, e o gene AR
participa de duas delas. Não tinha reparado nisto.
Ao Daniel, agradeço as linhas de comando. Vou estudá-las para tentar
perceber e assimilar este conhecimento. Já rodei aqui nos meus dados e
funcionou perfeitamente.

Tenham um excelente fim de semana!

Michele

Daniel Guimarães Tiezzi por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu no
dia sexta, 5/08/2022 à(s) 02:11:

> genes <- read.csv('~/Downloads/NePCa.csv')
>
> genes[1:4,1:4]
>
> g_max <- aggregate(. ~X, data = genes, max)
> g_max[1:4,1:4]
>
> rownames(g_max) <- g_max$X
>
> gene_matrix <- as.matrix(g_max[,-1])
> is.numeric(gene_matrix)
> gene_matrix[1:4,1:4]
>
> Daniel
>
>
>
> On 4 Aug 2022, at 21:55, Cesar Rabak por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> wrote:
>
> Algumas sugestões dadas aqui são interessantes, *mas* a importação dos
> seus dados indica que tens as linhas 10 e 162 com mesmo nome de gene "AR".
>
> Isso perturba a importação da 1ª coluna como nome de linhas (*rownames*),
> tanto se fosse usada o parâmetro row.names=1 na chamada a read.csv() ou
> se a vírgula inicial da primeira linha do arq CSV fosse retirada...
>
> HTH
>
> On Thu, Aug 4, 2022 at 10:52 AM Michele Claire Breton por (R-br) <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>
>> Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,
>>
>> Estou em outro nível de problema.
>> Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte:
>>
>> dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv")
>> head(dados)
>> class(dados)
>>
>> *[1] "data.frame"*
>>
>> geneLength <- rowMeans(dados)
>> *Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric*
>>
>>
>> dadoslog2cpm <- convertCounts(dados,
>>                         unit = "cpm",
>>                         log = TRUE,
>>                         normalize = "tmm")
>> *Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M
>> Samples. All columns must be numeric.*
>>
>>
>> Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo.
>> Vocês podem me ajudar, por favor?
>>
>> Obrigada,
>>
>> Michele
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>> *Dra. Michele Claire Breton*
>> Researcher in Bioinformatics
>> PhD in Cellular and Molecular Biology
>> CICS - Health Sciences Research Center
>> Faculty of Health Sciences
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