<div dir="ltr">Muito bom dia Daniel Tiezzi e Cesar Rabak,<div><br></div><div>Agradeço imensamente a ajuda e vocês.</div><div>Ao Cesar, agradeço por ter observado a duplicidade dos valores de expressão do gene AR. É aquele velho ditado: "a pressa é inimiga da perfeição". Eu tenho 3 vias metabólicas de genes representados nesta tabela, e o gene AR participa de duas delas. Não tinha reparado nisto.</div><div>Ao Daniel, agradeço as linhas de comando. Vou estudá-las para tentar perceber e assimilar este conhecimento. Já rodei aqui nos meus dados e funcionou perfeitamente.</div><div><br></div><div>Tenham um excelente fim de semana!</div><div><br></div><div>Michele</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Daniel Guimarães Tiezzi por (R-br) <<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>> escreveu no dia sexta, 5/08/2022 à(s) 02:11:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;"><div>genes <- read.csv('~/Downloads/NePCa.csv')</div><div><br></div><div>genes[1:4,1:4]</div><div><br></div><div>g_max <- aggregate(. ~X, data = genes, max)</div><div>g_max[1:4,1:4]</div><div><br></div><div>rownames(g_max) <- g_max$X</div><div><br></div><div>gene_matrix <- as.matrix(g_max[,-1])</div><div>is.numeric(gene_matrix)</div><div>gene_matrix[1:4,1:4]</div><div><br></div><div>Daniel</div><div><br></div><div><br></div><div><br><blockquote type="cite"><div>On 4 Aug 2022, at 21:55, Cesar Rabak por (R-br) <<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Algumas sugestões dadas aqui são interessantes, <b>mas</b> a importação dos seus dados indica que tens as linhas 10 e 162 com mesmo nome de gene "AR".<div><br></div><div>Isso perturba a importação da 1ª coluna como nome de linhas (<i>rownames</i>), tanto se fosse usada o parâmetro <font face="monospace">row.names=1</font> na chamada a <font face="monospace">read.csv()</font> ou se a vírgula inicial da primeira linha do arq CSV fosse retirada...</div><div><br></div><div>HTH</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Aug 4, 2022 at 10:52 AM Michele Claire Breton por (R-br) <<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,<div><br></div><div>Estou em outro nível de problema.</div><div>Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte: <br clear="all"><div><br></div><div>dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv")<br>head(dados)<br>class(dados)</div><div><br><b>[1] "data.frame"</b></div><div><br>geneLength <- rowMeans(dados)<br></div><div><b>Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric</b></div><div><pre aria-label="Console Output" role="document" id="gmail-m_-5898295484119103781gmail-m_5766506115061146594gmail-rstudio_console_output" style="font-family:"Ubuntu Mono",monospace;font-size:18.6667px;outline:none;border:none;word-break:break-all;margin-top:0px;margin-bottom:0px;line-height:1.25;color:rgb(255,255,255);background-color:rgb(15,15,15);white-space:pre-wrap"><span role="document" style="outline:none"><span style="color:rgb(255,102,0)"></span></span></pre><br></div><div><pre aria-label="Console Output" role="document" id="gmail-m_-5898295484119103781gmail-m_5766506115061146594gmail-rstudio_console_output" style="font-family:"Ubuntu Mono",monospace;font-size:18.6667px;outline:none;border:none;word-break:break-all;margin-top:0px;margin-bottom:0px;line-height:1.25;color:rgb(255,255,255);background-color:rgb(15,15,15);white-space:pre-wrap"><span role="document" style="outline:none"><span style="color:rgb(255,102,0)"></span></span></pre><pre aria-label="Console Output" role="document" id="gmail-m_-5898295484119103781gmail-m_5766506115061146594gmail-rstudio_console_output" style="font-family:"Ubuntu Mono",monospace;font-size:18.6667px;outline:none;border:none;word-break:break-all;margin-top:0px;margin-bottom:0px;line-height:1.25;color:rgb(255,255,255);background-color:rgb(15,15,15);white-space:pre-wrap"><span role="document" style="outline:none"><span style="color:rgb(255,102,0)"></span></span></pre><pre aria-label="Console Output" role="document" id="gmail-m_-5898295484119103781gmail-m_5766506115061146594gmail-rstudio_console_output" style="font-family:"Ubuntu Mono",monospace;font-size:18.6667px;outline:none;border:none;word-break:break-all;margin-top:0px;margin-bottom:0px;line-height:1.25;color:rgb(255,255,255);background-color:rgb(15,15,15);white-space:pre-wrap"><span role="document" style="outline:none"><span style="color:rgb(255,102,0)"></span></span></pre></div><div><pre aria-label="Console Output" role="document" id="gmail-m_-5898295484119103781gmail-m_5766506115061146594gmail-rstudio_console_output" style="font-family:"Ubuntu Mono",monospace;font-size:18.6667px;outline:none;border:none;word-break:break-all;margin-top:0px;margin-bottom:0px;line-height:1.25;color:rgb(255,255,255);background-color:rgb(15,15,15);white-space:pre-wrap"><span role="document" style="outline:none"><span style="color:rgb(255,102,0)"></span></span></pre><pre aria-label="Console Output" role="document" id="gmail-m_-5898295484119103781gmail-m_5766506115061146594gmail-rstudio_console_output" style="font-family:"Ubuntu Mono",monospace;font-size:18.6667px;outline:none;border:none;word-break:break-all;margin-top:0px;margin-bottom:0px;line-height:1.25;color:rgb(255,255,255);background-color:rgb(15,15,15);white-space:pre-wrap"><span role="document" style="outline:none"><span style="color:rgb(255,102,0)"></span></span></pre><pre aria-label="Console Output" role="document" id="gmail-m_-5898295484119103781gmail-m_5766506115061146594gmail-rstudio_console_output" style="font-family:"Ubuntu Mono",monospace;font-size:18.6667px;outline:none;border:none;word-break:break-all;margin-top:0px;margin-bottom:0px;line-height:1.25;color:rgb(255,255,255);background-color:rgb(15,15,15);white-space:pre-wrap"><span role="document" style="outline:none"><span style="color:rgb(255,102,0)"></span></span></pre>dadoslog2cpm <- convertCounts(dados,<br>                        unit = "cpm",<br>                        log = TRUE,<br>                        normalize = "tmm")<br></div><div><b>Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M Samples. All columns must be numeric.</b><br></div><div><pre aria-label="Console Output" role="document" id="gmail-m_-5898295484119103781gmail-m_5766506115061146594gmail-rstudio_console_output" style="font-family:"Ubuntu Mono",monospace;font-size:18.6667px;outline:none;border:none;word-break:break-all;margin-top:0px;margin-bottom:0px;line-height:1.25;color:rgb(255,255,255);background-color:rgb(15,15,15);white-space:pre-wrap"><span role="document" style="outline:none"><span style="color:rgb(255,102,0)"></span></span></pre><pre aria-label="Console Output" role="document" id="gmail-m_-5898295484119103781gmail-m_5766506115061146594gmail-rstudio_console_output" style="font-family:"Ubuntu Mono",monospace;font-size:18.6667px;outline:none;border:none;word-break:break-all;margin-top:0px;margin-bottom:0px;line-height:1.25;color:rgb(255,255,255);background-color:rgb(15,15,15);white-space:pre-wrap"><span role="document" style="outline:none"><span style="color:rgb(255,102,0)"></span></span></pre><br></div><div>Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo. Vocês podem me ajudar, por favor?</div><div><br></div><div>Obrigada,</div><div><br></div><div>Michele</div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr">------------------------------------------------------------------------<br><div><i><b>Dra. Michele Claire Breton</b></i></div><div>Researcher in Bioinformatics<br></div><div><div>PhD in Cellular and Molecular Biology</div><div>CICS - Health Sciences Research Center</div><div>Faculty of Health Sciences</div><div>University of Beira Interior</div><div>Covilhã - Castelo Branco - Portugal</div></div></div></div></div></div>
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