[R-br] Não reconhecimento do data.frame como numérico

Michele Claire Breton michele.breton20 em gmail.com
Qui Ago 4 10:52:09 -03 2022


Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,

Estou em outro nível de problema.
Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte:

dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv")
head(dados)
class(dados)

*[1] "data.frame"*

geneLength <- rowMeans(dados)
*Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric*


dadoslog2cpm <- convertCounts(dados,
                        unit = "cpm",
                        log = TRUE,
                        normalize = "tmm")
*Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M
Samples. All columns must be numeric.*


Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo.
Vocês podem me ajudar, por favor?

Obrigada,

Michele
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*Dra. Michele Claire Breton*
Researcher in Bioinformatics
PhD in Cellular and Molecular Biology
CICS - Health Sciences Research Center
Faculty of Health Sciences
University of Beira Interior
Covilhã - Castelo Branco - Portugal
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Nome: Genes interesse NePCa.csv
Tipo: text/csv
Tamanho: 62454 bytes
Descrição: não disponível
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20220804/a84d5730/attachment.csv>


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