[R-br] Extraindo o "cumulative hazard" de objeto survfit

Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil emmanuel.brasil em gmail.com
Qui Dez 9 09:25:54 -03 2021


Ei Cesar,

Ei sei que o cumhaz esta la. Eu so queria uma saida parecida com a do
survival. Parece que vou ter que montar uma um esquema aqui pegar esses
valores e montar uma tabela de saida.

Valeu.

Pedro Emmanuel Brasil
(:)=

Em qua, 8 de dez de 2021 20:42, Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
escreveu:

> Isto não é suficiente?
>
> > fit$cumhaz
>  [1] 0.09090909 0.19090909 0.31590909 0.45876623 0.45876623 0.65876623
>  [7] 0.90876623 0.90876623 1.40876623 1.40876623 0.16666667 0.36666667
> [13] 0.49166667 0.49166667 0.65833333 0.85833333 1.10833333 1.44166667
> [19] 1.94166667 2.94166667
> >
> HTH
> --
> Cesar Rabak
>
> On Wed, Dec 8, 2021 at 5:12 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do
> Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>
>> Saudações amigos do R,
>>
>> Estou as voltas de estimar taxas de eventos e estou batendo cabeça. Antes
>> de escrever uma função eu mesmo para fazer uma tabela com alguns valores
>> gostaria de uma luz dos amigos de R.
>>
>> O banco aml está no pacote survival então bastaria carregar o pacote
>> pra reproduzir o exemplo. Eu gostaria de ver em formato de tabela alguns
>> momentos específicos da tabela de sobrevivência. Só que o summary.survfit
>> só retorna a sobrevivência e não a taxa cumulativa.
>>
>> library("survival")
>>  fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>> > fit
>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>
>>                  n events median 0.95LCL 0.95UCL
>> x=Maintained    11      7     31      18      NA
>> x=Nonmaintained 12     11     23       8      NA
>> # Summary com todos os momentos de eventos
>> > summary(fit)
>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>
>>                 x=Maintained
>>  time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>     9     11       1    0.909  0.0867       0.7541        1.000
>>    13     10       1    0.818  0.1163       0.6192        1.000
>>    18      8       1    0.716  0.1397       0.4884        1.000
>>    23      7       1    0.614  0.1526       0.3769        0.999
>>    31      5       1    0.491  0.1642       0.2549        0.946
>>    34      4       1    0.368  0.1627       0.1549        0.875
>>    48      2       1    0.184  0.1535       0.0359        0.944
>>
>>                 x=Nonmaintained
>>  time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>     5     12       2   0.8333  0.1076       0.6470        1.000
>>     8     10       2   0.6667  0.1361       0.4468        0.995
>>    12      8       1   0.5833  0.1423       0.3616        0.941
>>    23      6       1   0.4861  0.1481       0.2675        0.883
>>    27      5       1   0.3889  0.1470       0.1854        0.816
>>    30      4       1   0.2917  0.1387       0.1148        0.741
>>    33      3       1   0.1944  0.1219       0.0569        0.664
>>    43      2       1   0.0972  0.0919       0.0153        0.620
>>    45      1       1   0.0000     NaN           NA           NA
>>
>> # Summary com os momentos desejados
>> > summary(fit, times = c(14,28,35))
>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>
>>                 x=Maintained
>>  time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>    14      8       2    0.818   0.116        0.619        1.000
>>    28      6       2    0.614   0.153        0.377        0.999
>>    35      3       2    0.368   0.163        0.155        0.875
>>
>>                 x=Nonmaintained
>>  time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>    14      7       5    0.583   0.142       0.3616        0.941
>>    28      4       2    0.389   0.147       0.1854        0.816
>>    35      2       2    0.194   0.122       0.0569        0.664
>>
>> > plot(fit)
>> > plot(fit, cumhaz = T)
>> >
>> Reparem que há uma opção para o gráfico cumhaz = T, o que significa que o
>> cumhaz está depositado no objeto, inclusive dentro do summary também. Tipo
>> summary(fit)$cumhaz. Só que não há uma opção summary(fit, cumhaz = T) que
>> retorne o cumhaz ao invés da sobrevivência. Alguém tem algum bizu pra
>> fazer  isso organizado, extrair a mesma tabela só que com o cumhaz, como summary(fit,
>> times = c(14,28,35)) sem muito trabalho?
>>
>> Abraço forte,
>> Pedro Brasil
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