[R-br] Extraindo o "cumulative hazard" de objeto survfit
Cesar Rabak
cesar.rabak em gmail.com
Qua Dez 8 20:42:48 -03 2021
Isto não é suficiente?
> fit$cumhaz
[1] 0.09090909 0.19090909 0.31590909 0.45876623 0.45876623 0.65876623
[7] 0.90876623 0.90876623 1.40876623 1.40876623 0.16666667 0.36666667
[13] 0.49166667 0.49166667 0.65833333 0.85833333 1.10833333 1.44166667
[19] 1.94166667 2.94166667
>
HTH
--
Cesar Rabak
On Wed, Dec 8, 2021 at 5:12 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
> Saudações amigos do R,
>
> Estou as voltas de estimar taxas de eventos e estou batendo cabeça. Antes
> de escrever uma função eu mesmo para fazer uma tabela com alguns valores
> gostaria de uma luz dos amigos de R.
>
> O banco aml está no pacote survival então bastaria carregar o pacote
> pra reproduzir o exemplo. Eu gostaria de ver em formato de tabela alguns
> momentos específicos da tabela de sobrevivência. Só que o summary.survfit
> só retorna a sobrevivência e não a taxa cumulativa.
>
> library("survival")
> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
> > fit
> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>
> n events median 0.95LCL 0.95UCL
> x=Maintained 11 7 31 18 NA
> x=Nonmaintained 12 11 23 8 NA
> # Summary com todos os momentos de eventos
> > summary(fit)
> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>
> x=Maintained
> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
> 9 11 1 0.909 0.0867 0.7541 1.000
> 13 10 1 0.818 0.1163 0.6192 1.000
> 18 8 1 0.716 0.1397 0.4884 1.000
> 23 7 1 0.614 0.1526 0.3769 0.999
> 31 5 1 0.491 0.1642 0.2549 0.946
> 34 4 1 0.368 0.1627 0.1549 0.875
> 48 2 1 0.184 0.1535 0.0359 0.944
>
> x=Nonmaintained
> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
> 5 12 2 0.8333 0.1076 0.6470 1.000
> 8 10 2 0.6667 0.1361 0.4468 0.995
> 12 8 1 0.5833 0.1423 0.3616 0.941
> 23 6 1 0.4861 0.1481 0.2675 0.883
> 27 5 1 0.3889 0.1470 0.1854 0.816
> 30 4 1 0.2917 0.1387 0.1148 0.741
> 33 3 1 0.1944 0.1219 0.0569 0.664
> 43 2 1 0.0972 0.0919 0.0153 0.620
> 45 1 1 0.0000 NaN NA NA
>
> # Summary com os momentos desejados
> > summary(fit, times = c(14,28,35))
> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>
> x=Maintained
> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
> 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000
> 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999
> 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875
>
> x=Nonmaintained
> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
> 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941
> 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816
> 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664
>
> > plot(fit)
> > plot(fit, cumhaz = T)
> >
> Reparem que há uma opção para o gráfico cumhaz = T, o que significa que o
> cumhaz está depositado no objeto, inclusive dentro do summary também. Tipo
> summary(fit)$cumhaz. Só que não há uma opção summary(fit, cumhaz = T) que
> retorne o cumhaz ao invés da sobrevivência. Alguém tem algum bizu pra
> fazer isso organizado, extrair a mesma tabela só que com o cumhaz, como summary(fit,
> times = c(14,28,35)) sem muito trabalho?
>
> Abraço forte,
> Pedro Brasil
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