[R-br] Box's M Test (Pollyanna Alves)

Pollyanna Alves pollyalvesb em gmail.com
Segunda Março 20 09:16:22 BRT 2017 

Olá Maurício,

obrigada pela dica, mas quando o apliquei foi gerado o seguinte erro:

> boxM(castoria[,-1],castoria[,1])
Error in boxM(castoria[, -1], castoria[, 1]) :
  there are one or more levels with less observations than variables!

Seguem meus dados em anexo, caso possa me ajudar.

Obrigada,

Pollyanna Alves de Barros
Mestranda em Biologia Animal
Graduada em Ciências Biológicas
Graduação Sanduíche na "University of Western Australia"
Museu de Zoologia João Moojen
Universidade Federal de Viçosa

Em 18 de março de 2017 13:48, Maurício Sangiogo via R-br <
r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:

> Olá Poliana
>
>
> O "grouping" seria teu vetor de tratamentos, no seu caso (se entendi
> corretamente), seria a coluna com suas 189 espécies.
>
>
> Se tu for explorar o exemplo dessa função tu verá que nesse caso o vetor
> de tratamentos é conseguido por "iris[,5]" (seria a coluna das "species"
> dentro do data frame "iris". Ainda sobre o exemplo, "iris[, -5]" seria os
> dados com todas as variáveis resposta a serem analisadas (o comando está
> indicando tudo "menos" a coluna dos "tratamentos", dentro do data frame
> "iris").
>
>
>
> Supondo que em teu caso em especial, o nome do teu data frame com os dados
> seja "dados" e a primeira coluna seja das tuas espécies e as demais com as
> variáveis. Nesse caso o comando para teus dados seria mais ou menos assim:
>
>
> boxM(dados[, -1], dados[, 1])
>
>
> Se não conseguir mesmo assim passe parte dos seus dados para que possamos
> ajudar melhor.
>
>
> Att,
>
> *Maurício Sangiogo *
>
>
>
> ------------------------------
> *De:* R-br <r-br-bounces em listas.c3sl.ufpr.br> em nome de
> r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br <r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br>
> *Enviado:* sábado, 18 de março de 2017 12:00
> *Para:* r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> *Assunto:* Digest R-br, volume 75, assunto 12
>
> Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
>         r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
>         https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> R-br Página de Detalhes
> <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br>
> listas.inf.ufpr.br
> A [R-br] é a lista Brasileira oficial de discussão do programa R e tem o
> propósito de permitir a troca de informações entre os usuários de R (em
> português).
>
>
> ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
> corpo da mensagem para
>         r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
> endereço
>         r-br-owner em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
>
>
> Tópicos de Hoje:
>
>    1. Box's M Test (Pollyanna Alves)
>    2. Re: Dúvida de como usar o split com o Anova do pacote Car
>       (Fernando Antonio de souza)
>    3. Re: grafico de distribuicao acumulada de uma variavel
>       continua (Cesar Rabak)
>    4. Ajuda comando restruturação (Edmar Caldas)
>
>
> ----------------------------------------------------------------------
>
> Message: 1
> Date: Fri, 17 Mar 2017 16:54:38 -0300
> From: Pollyanna Alves <pollyalvesb em gmail.com>
> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
>         <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: [R-br] Box's M Test
> Message-ID:
>         <CAF=U39wgQ5m=A22L-_yfJqS4KRv+Gk=6w8SMttvHe-OxcApCiw em mail.
> gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Oi pessoal,
>
> estou tentando realizar o teste Box's M que avalia a homogeneidade da
> matriz var-covar dos dados, pressuposto para MANOVA, mas não estou
> entendendo o que seria esse *grouping *no script:
>
> *Pacote *biotools
>
> *Usage*
> boxM(data, grouping)
>
> *Arguments*
> data                a numeric data.frame or matrix containing n
> observations of p                             variables; it is expected
> that n > p.
>
> grouping          a vector of length n containing the class of each
> observation; it is                        usualy a factor.
>
>
> *O exemplo fornecido foi esse:*
>
> data(iris)
> boxM(iris[, -5], iris[, 5])
> # End (not run)
>
> Os meus dados possuem 23 variáveis (colunas: medidas) e 189 linhas
> (espécimes) sem contar com o cabeçário.
>
> Alguém poderia me ajudar?
>
> Agradeço desde já,
>
> Att.,
>
>
> Pollyanna Alves de Barros
> Mestranda em Biologia Animal
> Graduada em Ciências Biológicas
> Graduação Sanduíche na "University of Western Australia"
> Museu de Zoologia João Moojen
> Universidade Federal de Viçosa
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> URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/
> 20170317/f3284740/attachment-0001.html>
>
> ------------------------------
>
> Message: 2
> Date: Fri, 17 Mar 2017 19:07:03 -0300
> From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br, Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
> Subject: Re: [R-br] Dúvida de como usar o split com o Anova do pacote
>         Car
> Message-ID:
>         <CAFrWFs=nNtO1xcZyi=Wb3WUsgS9_vwD1FwpogvaW29J6+5HAiQ em mail.
> gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Veja o pacote phia ele oferece um meio mais fácil de desdobrar interações.
> O caminho do "split" é embaraçoso e complicado.
>
> Em 13/03/2017 16:43, "Cesar Rabak via R-br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> escreveu:
>
> > Olympio,
> >
> > O que diz a documentação da função car::Anova()?
> >
> >
> > 2017-03-13 15:17 GMT-03:00 Olympio Neto via R-br <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > >:
> >
> >> Prezados,
> >>
> >> Quero fazer um desdobramento  interação em experimento fatorial muito
> >> semelhante ao que foi apresentado na página R-íduculas (Desdobramento de
> >> interação em experimento fatorial - http://www.leg.ufpr.br/doku.ph
> >> p/ridiculas), no entanto, precisaria usar a função Anova do pacote CAR
> >> que não aceita o argumento "split" para, justamente, calcular os
> >> desdobramentos dados os contrastes.
> >> Existe alguma forma de usar algo parecido com o argumento split, mas
> com
> >> a função "Anova" do CAR?
> >>
> >> Muito obrigado
> >>
> >> Olympio
> >>
> >>
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> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >> código mínimo reproduzível.
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> > código mínimo reproduzível.
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> Message: 3
> Date: Sat, 18 Mar 2017 01:51:51 -0300
> From: Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
> To: Nilson Guiotoku <nguiotoku2017 em gmail.com>,  a lista Brasileira
>         oficial de discussão do programa R.  <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] grafico de distribuicao acumulada de uma variavel
>         continua
> Message-ID:
>         <CAKrF98nFbZY=_EmUA7yXLX6edTc5bCbCsdywYOwyY7tPhyYT4g em mail.
> gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> http://bfy.tw/Ahi3
> <http://bfy.tw/Ahi3>
> LMGTFY <http://bfy.tw/Ahi3>
> bfy.tw
> LMGTFY
>
>
>
> 2017-03-16 14:49 GMT-03:00 Nilson Guiotoku via R-br <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br>:
>
> > Bom dia!
> >
> >
> > Eu preciso construir o gráfico da densidade acumulada de uma variável
> > continua (domínio dos Reais) que não tem um modelo identificado. Usei o
> > gráfico de pareto construído por tabelas de frequência, porém, no eixo x,
> > ele coloca as frequência em ordem decrescente. Eu gostaria de construir
> > esse mesmo gráfico, todavia, em que no eixo x ficasse as classes das
> > tabelas na sequencia crescente (Ex: (-17.1,32.9]  (32.9,82.9]
> > (82.9,133]    (133,183]    (183,233]    (233,283]    (283,333] ), não
> > usando a sequencia decrescente da frequência como no pareto. Alguma ideia
> > de como fazer isso?
> >
> > > # Grafico de pareto
> >
> > > MT <- Global$Z
> >
> > > head(MT)
> >
> > [1] 127.45555  23.10762  36.16764  88.45139 142.60974 151.68347
> >
> >
> >
> > > intervalo <- cut(MT, breaks= seq(min(MT), max(MT), 50 ))
> >
> >
> >
> > > x = table(intervalo)
> >
> > > print(x)
> >
> > intervalo
> >
> > (-17.1,32.9]  (32.9,82.9]   (82.9,133]    (133,183]    (183,233]
> > (233,283]    (283,333]
> >
> >            5                   6                  9
> >        7                      4                  5                    6
> >
> >
> >
> > > require(qcc)
> >
> > > pareto.chart(x,ylab = "Frequencia", main = "classes do lucro MT",
> >
> > + col=rainbow(length(x)))
> >
> >
> >
> > Pareto chart analysis for x
> >
> >                Frequency Cum.Freq. Percentage Cum.Percent.
> >
> >   (82.9,133]           9         9   21.42857     21.42857
> >
> >   (133,183]            7        16   16.66667     38.09524
> >
> >   (32.9,82.9]          6        22   14.28571     52.38095
> >
> >   (283,333]            6        28   14.28571     66.66667
> >
> >   (-17.1,32.9]         5        33   11.90476     78.57143
> >
> >   (233,283]            5        38   11.90476     90.47619
> >
> >   (183,233]            4        42    9.52381    100.00000
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> > Ver Figura 1 do pareto em anexo.
> >
> > No eixo x (aparece as classes fora de ordem), mas na ordem decrescente da
> > frequência. Gostaria que as classes ficassem na ordem no eixo x
> > ((-17.1,32.9]  (32.9,82.9]   (82.9,133]    (133,183]    (183,233]
> > (233,283]    (283,333] )
> >
> >
> >
> > O ideal é que apareça na ordem crescente no eixo x, como na Figura em
> > anexo (Figura 2).
> >
> >
> >
> > Nilson Silva.
> >
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>
> Message: 4
> Date: Sat, 18 Mar 2017 13:44:23 +0000 (UTC)
> From: Edmar Caldas <edmar_caldas em yahoo.com.br>
> To: R-br Lista <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: [R-br] Ajuda comando restruturação
> Message-ID: <189887133.2734358.1489844663180 em mail.yahoo.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
>
> Bom Dia!
> Preciso de uma ajuda e não sei como começar.
> tenho uma arquivo que está na coluna e quero que ele fique na linha. segue
> exemplo. Estou procurando um comando de restruturação e não encontro.
> alguém pode me direcionar.
>
>
>
>
> Edmar
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> 20170318/b251304d/attachment-0001.html>
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> 20170318/b251304d/attachment-0001.png>
>
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> Subject: Legenda do Digest
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> Fim da Digest R-br, volume 75, assunto 12
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