[R-br] Box's M Test (Pollyanna Alves)
Maurício Sangiogo
ms_sangiogo em hotmail.com
Sábado Março 18 13:48:40 BRT 2017
Olá Poliana
O "grouping" seria teu vetor de tratamentos, no seu caso (se entendi corretamente), seria a coluna com suas 189 espécies.
Se tu for explorar o exemplo dessa função tu verá que nesse caso o vetor de tratamentos é conseguido por "iris[,5]" (seria a coluna das "species" dentro do data frame "iris". Ainda sobre o exemplo, "iris[, -5]" seria os dados com todas as variáveis resposta a serem analisadas (o comando está indicando tudo "menos" a coluna dos "tratamentos", dentro do data frame "iris").
Supondo que em teu caso em especial, o nome do teu data frame com os dados seja "dados" e a primeira coluna seja das tuas espécies e as demais com as variáveis. Nesse caso o comando para teus dados seria mais ou menos assim:
boxM(dados[, -1], dados[, 1])
Se não conseguir mesmo assim passe parte dos seus dados para que possamos ajudar melhor.
Att,
Maurício Sangiogo
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Enviado: sábado, 18 de março de 2017 12:00
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Assunto: Digest R-br, volume 75, assunto 12
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Tópicos de Hoje:
1. Box's M Test (Pollyanna Alves)
2. Re: Dúvida de como usar o split com o Anova do pacote Car
(Fernando Antonio de souza)
3. Re: grafico de distribuicao acumulada de uma variavel
continua (Cesar Rabak)
4. Ajuda comando restruturação (Edmar Caldas)
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Message: 1
Date: Fri, 17 Mar 2017 16:54:38 -0300
From: Pollyanna Alves <pollyalvesb em gmail.com>
To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
<r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: [R-br] Box's M Test
Message-ID:
<CAF=U39wgQ5m=A22L-_yfJqS4KRv+Gk=6w8SMttvHe-OxcApCiw em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Oi pessoal,
estou tentando realizar o teste Box's M que avalia a homogeneidade da
matriz var-covar dos dados, pressuposto para MANOVA, mas não estou
entendendo o que seria esse *grouping *no script:
*Pacote *biotools
*Usage*
boxM(data, grouping)
*Arguments*
data a numeric data.frame or matrix containing n
observations of p variables; it is expected
that n > p.
grouping a vector of length n containing the class of each
observation; it is usualy a factor.
*O exemplo fornecido foi esse:*
data(iris)
boxM(iris[, -5], iris[, 5])
# End (not run)
Os meus dados possuem 23 variáveis (colunas: medidas) e 189 linhas
(espécimes) sem contar com o cabeçário.
Alguém poderia me ajudar?
Agradeço desde já,
Att.,
Pollyanna Alves de Barros
Mestranda em Biologia Animal
Graduada em Ciências Biológicas
Graduação Sanduíche na "University of Western Australia"
Museu de Zoologia João Moojen
Universidade Federal de Viçosa
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Message: 2
Date: Fri, 17 Mar 2017 19:07:03 -0300
From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza em gmail.com>
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br, Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
Subject: Re: [R-br] Dúvida de como usar o split com o Anova do pacote
Car
Message-ID:
<CAFrWFs=nNtO1xcZyi=Wb3WUsgS9_vwD1FwpogvaW29J6+5HAiQ em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Veja o pacote phia ele oferece um meio mais fácil de desdobrar interações.
O caminho do "split" é embaraçoso e complicado.
Em 13/03/2017 16:43, "Cesar Rabak via R-br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
escreveu:
> Olympio,
>
> O que diz a documentação da função car::Anova()?
>
>
> 2017-03-13 15:17 GMT-03:00 Olympio Neto via R-br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >:
>
>> Prezados,
>>
>> Quero fazer um desdobramento interação em experimento fatorial muito
>> semelhante ao que foi apresentado na página R-íduculas (Desdobramento de
>> interação em experimento fatorial - http://www.leg.ufpr.br/doku.ph
>> p/ridiculas), no entanto, precisaria usar a função Anova do pacote CAR
>> que não aceita o argumento "split" para, justamente, calcular os
>> desdobramentos dados os contrastes.
>> Existe alguma forma de usar algo parecido com o argumento split, mas com
>> a função "Anova" do CAR?
>>
>> Muito obrigado
>>
>> Olympio
>>
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>> código mínimo reproduzível.
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> código mínimo reproduzível.
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Message: 3
Date: Sat, 18 Mar 2017 01:51:51 -0300
From: Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
To: Nilson Guiotoku <nguiotoku2017 em gmail.com>, a lista Brasileira
oficial de discussão do programa R. <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] grafico de distribuicao acumulada de uma variavel
continua
Message-ID:
<CAKrF98nFbZY=_EmUA7yXLX6edTc5bCbCsdywYOwyY7tPhyYT4g em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
http://bfy.tw/Ahi3
[http://lmgtfy.com/assets/sticker-b222a421fb6cf257985abfab188be7d6746866850efe2a800a3e57052e1a2411.png]<http://bfy.tw/Ahi3>
LMGTFY<http://bfy.tw/Ahi3>
bfy.tw
LMGTFY
2017-03-16 14:49 GMT-03:00 Nilson Guiotoku via R-br <
r-br em listas.c3sl.ufpr.br>:
> Bom dia!
>
>
> Eu preciso construir o gráfico da densidade acumulada de uma variável
> continua (domínio dos Reais) que não tem um modelo identificado. Usei o
> gráfico de pareto construído por tabelas de frequência, porém, no eixo x,
> ele coloca as frequência em ordem decrescente. Eu gostaria de construir
> esse mesmo gráfico, todavia, em que no eixo x ficasse as classes das
> tabelas na sequencia crescente (Ex: (-17.1,32.9] (32.9,82.9]
> (82.9,133] (133,183] (183,233] (233,283] (283,333] ), não
> usando a sequencia decrescente da frequência como no pareto. Alguma ideia
> de como fazer isso?
>
> > # Grafico de pareto
>
> > MT <- Global$Z
>
> > head(MT)
>
> [1] 127.45555 23.10762 36.16764 88.45139 142.60974 151.68347
>
>
>
> > intervalo <- cut(MT, breaks= seq(min(MT), max(MT), 50 ))
>
>
>
> > x = table(intervalo)
>
> > print(x)
>
> intervalo
>
> (-17.1,32.9] (32.9,82.9] (82.9,133] (133,183] (183,233]
> (233,283] (283,333]
>
> 5 6 9
> 7 4 5 6
>
>
>
> > require(qcc)
>
> > pareto.chart(x,ylab = "Frequencia", main = "classes do lucro MT",
>
> + col=rainbow(length(x)))
>
>
>
> Pareto chart analysis for x
>
> Frequency Cum.Freq. Percentage Cum.Percent.
>
> (82.9,133] 9 9 21.42857 21.42857
>
> (133,183] 7 16 16.66667 38.09524
>
> (32.9,82.9] 6 22 14.28571 52.38095
>
> (283,333] 6 28 14.28571 66.66667
>
> (-17.1,32.9] 5 33 11.90476 78.57143
>
> (233,283] 5 38 11.90476 90.47619
>
> (183,233] 4 42 9.52381 100.00000
>
>
>
>
>
>
>
> Ver Figura 1 do pareto em anexo.
>
> No eixo x (aparece as classes fora de ordem), mas na ordem decrescente da
> frequência. Gostaria que as classes ficassem na ordem no eixo x
> ((-17.1,32.9] (32.9,82.9] (82.9,133] (133,183] (183,233]
> (233,283] (283,333] )
>
>
>
> O ideal é que apareça na ordem crescente no eixo x, como na Figura em
> anexo (Figura 2).
>
>
>
> Nilson Silva.
>
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Message: 4
Date: Sat, 18 Mar 2017 13:44:23 +0000 (UTC)
From: Edmar Caldas <edmar_caldas em yahoo.com.br>
To: R-br Lista <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: [R-br] Ajuda comando restruturação
Message-ID: <189887133.2734358.1489844663180 em mail.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Bom Dia!
Preciso de uma ajuda e não sei como começar.
tenho uma arquivo que está na coluna e quero que ele fique na linha. segue exemplo. Estou procurando um comando de restruturação e não encontro. alguém pode me direcionar.
Edmar
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Tipo: image/png
Tamanho: 20423 bytes
Descrição: não disponível
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Subject: Legenda do Digest
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Fim da Digest R-br, volume 75, assunto 12
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