[R-br] Parcela Subdividida

Terça Setembro 27 15:23:23 BRT 2016

Cesar Rabak e demais colegas, boa tarde.

Agradeço o retorno e peço desculpas pela demora em responder esta postagem.

Respondendo os questionamentos:

- Por que então que você constrói (especifica) o seu termo Error como PARC:REP?

R: o modelo da anova que eu utilizei [mod<-aov(var~PARC*SubP+Error(PARC:REP))] retirei de outras postagens feitas no fórum e também o vi em outras consultas, portanto, não sei o porquê do "Error como PARC:REP" (e gostaria de entender), mas entendo que seria o erro referente às parcelas ('Erro a' do resultado da anova). Em todas as minhas consultas o modelo para parcela subdividida é sempre este, mas comigo não funcionou (ou melhor, funcionou, mas apareceu uma mensagem de erro, como mostrado anteriormente). Entendo que se eu não inserir o termo do 'Error', a análise será gerada considerando um esquema fatorial.

- Ou fazendo uma pergunta mais próxima da teoria da análise que você quer fazer (uma ANOVA com medidas repetidas), qual é o erro "dentro" que você quer levar em conta na sua ANOVA?

R: como dito anteriormente, o erro referente à Parcela (Erro a), visto que no resultado da anova devo ter dois Erros (a e b).

- Outra perguntinha: você entende que ao especificar o termo erro você reduziu o número de pontos para ajuste para dez e esse é o número de fatores PARC vezes o número de parcelas SubP?

R: não consigo compreender isto.

Se você, ou alguém aqui do fórum, puder me ajudar, agradeço muito, estou ansiosa para resolver este problema. Se eu estiver errada em algum ponto, por favor, corrijam-me. Se o problema está no modelo, qual seria o que eu poderia utilizar para parcela subdividida (PS) (tenho um experimento em DIC, com parcelas subdividas (2 x 5) e 4 repetições)?

Em suma, meu objetivo é gerar o resíduo (que não sei se utilizei o comando correto, visto que é uma PS) para poder realizar o teste de Shapiro-Wilk (SW), pois o quadro da anova que utilizo é aquele do pacote 'ExpDes.pt' (e, infelizmente, para o caso de PS este pacote não apresenta o resultado do teste de SW). Assim, se houver uma solução ainda mais simples para que possa atingir este objetivo, peço, por gentileza, que me apresentem.

Muito obrigada.

Aguardo retorno.

Att.,

Angélica.

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De: Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
Enviado: sexta-feira, 9 de setembro de 2016 16:14
Para: Angélica Ricarte
Assunto: Re: [R-br] Parcela Subdividida

Olá Angélica,

CMR (que está descrito no FAQ deste grupo) é "código mínimo reproduzível".

A ideia é permitir que a gente refaça seus passos e acelere a ajuda.

Seu código acima não é exatamente reproduzível porque esta linha:

> PS<-read.xlsx(file.choose(),sheetName="ParcSub_DIC",h=T)

diz respeito a um arquivo que está na sua máquina. Contudo, como você imprimiu o total do dataframe importado co o comando seguinte, está quase!

OK, então você tem uma resposta "var" para o fator PARC e aninhado em PARC você tem quatro subparcelas, com quatro repetições por medida.

Por que então que você constrói (especifica) o seu termo Error como PARC:REP?

Ou fazendo uma pergunta mais próxima da teoria da análise que você quer fazer (uma ANOVA com medidas repetidas), qual é o erro "dentro" que você quer levar em conta na sua ANOVA?

Outra perguntinha: você entende que ao especificar o termo erro você reduziu o número de pontos para ajuste para dez e esse é o número de fatores PARC vezes o número de parcelas SubP?

HTH
--
Cesar Rabak

2016-09-08 14:27 GMT-03:00 Angélica Ricarte <angelica.ricarte em hotmail.com<mailto:angelica.ricarte em hotmail.com>>:
Boa tarde, Cezar Rabak.

Entendi melhor, porém ainda não por completo.

Mas, o meu problema agora é que não consigo mais obter o mesmo resultado. Estou importando exatamente os mesmos dados e utilizando exatamente os mesmos comandos, porém não consigo mais o mesmo resultado que enviei no fórum dia 04/09/16. Quando realizo a ANOVA o resultado gerado está sendo diferente (e está errado) daquele que apresentei anteriormente (este está correto). Gostaria de saber como posso obter o "resíduo" para inserir no comando para o teste de Shapiro Willk: "shapiro.test(resíduo)".

 Seguem abaixo os comandos utilizados (acho que é o 'CMR' a que você se referiu) e o dados, alguém poderia me ajudar a encontrar o meu erro e mostrar uma solução? Já procurei muito, mas não encontro.
_____________________________________________________________
> PS<-read.xlsx(file.choose(),sheetName="ParcSub_DIC",h=T);PS
   PARC SubP REP var
1     C   30   1  12
2     C   30   2  13
3     C   30   3  14
4     C   30   4  12
5     C   45   1  18
6     C   45   2  17
7     C   45   3  16
8     C   45   4  17
9     C   60   1  22
10    C   60   2  21
11    C   60   3  24
12    C   60   4  23
13    C   75   1  24
14    C   75   2  23
15    C   75   3  22
16    C   75   4  24
17    C   90   1  21
18    C   90   2  20
19    C   90   3  21
20    C   90   4  19
21    S   30   1  22
22    S   30   2  21
23    S   30   3  24
24    S   30   4  23
25    S   45   1  21
26    S   45   2  22
27    S   45   3  23
28    S   45   4  21
29    S   60   1  20
30    S   60   2  18
31    S   60   3  19
32    S   60   4  20
33    S   75   1  17
34    S   75   2  15
35    S   75   3  16
36    S   75   4  15
37    S   90   1  12
38    S   90   2  13
39    S   90   3  12
40    S   90   4  11
> attach(PS)

> SubP<-as.factor(SubP);is.factor(SubP)
[1] TRUE

> mod<-aov(var~PARC*SubP+Error(PARC:REP));summary(mod)

Error: PARC:REP
          Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
PARC       1  6.453   6.453   80.67 0.0706 .
Residuals  1  0.080   0.080
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Error: Within
          Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)
PARC       1    1.7    1.67   1.535    0.226
SubP       4  108.9   27.23  25.076 6.64e-09 ***
PARC:SubP  4  496.9  124.22 114.418  < 2e-16 ***
Residuals 28   30.4    1.09
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

> resíduo<-residuals(mod);resíduo
NULL
___________________________________________________________________
Aguardo retorno.

Obrigada.

Att.,
Angélica.

________________________________
From: cesar.rabak em gmail.com<mailto:cesar.rabak em gmail.com>
Date: Tue, 6 Sep 2016 21:49:25 -0300
Subject: Re: [R-br] Parcela Subdividida
To: angelica.ricarte em hotmail.com<mailto:angelica.ricarte em hotmail.com>; r-br em listas.c3sl.ufpr.br<mailto:r-br em listas.c3sl.ufpr.br>

Angélica,

Como você deu nomes "crípticos" para seu dataframe, e não postou um CMR, dá só para fazer uma 'interpretação' das mensagens.

Aparentemente você quer a resposta PS[,4] para a interação entre as variáveis (grupos[?]) PS[,1] e PS[,2] e considera a combinação dos fatores PS[,1] e PS[,3] como medidas repetidas e tem 28 casos ao todo.

Além do mais você considera o fator PS[,1] como resposta e Error() ou seja parte da especificação das medidas repetidas.

A mensagem sobre o modelo Error() ser singular ocorre quando você tenta ajustar mais parâmetros que seus dados permitem...

Se você continuar com dificuldades, você precisa explicar melhor o que deseja fazer ou consultar uma obra sobre ANOVA com medidas repetidas.

HTH
--
Cesar Rabak

2016-09-05 21:05 GMT-03:00 Angélica Ricarte via R-br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br<mailto:r-br em listas.c3sl.ufpr.br>>:
Prezado Cesar,

Não consegui compreender a mensagem de erro e nem o porquê que minha matriz é nula. Você pode ajudar?

Agradeço e aguardo retorno.

Obrigada.
Att.,
Angélica

________________________________
Date: Mon, 5 Sep 2016 12:52:41 -0700
From: ml-node+s2285057n4666617h13 em n4.nabble.com<mailto:ml-node%2Bs2285057n4666617h13 em n4.nabble.com>
To: angelica.ricarte em hotmail.com<mailto:angelica.ricarte em hotmail.com>
Subject: Re: [R-br] Parcela Subdividida

Angélica,

Você entendeu a mensagem de erro?

Não é possível analisar uma matriz nula....

2016-09-04 1:22 GMT-03:00 Angélica Ricarte via R-br <[hidden email]>:
Prezados,

Estou tentando realizar uma análise de variância para um experimentos em parcelas subdivididas em DIC, mas, apesar de ser gerado um resultado, aparece uma mensagem de erro. Quando tento realizar o cálculo dos resíduos também dá erro e, consequentemente, não consigo fazer o teste de normalidade. Alguém pode me ajudar? Vejam como realizei as análises e os seus resultados:

#ANOVA:
> mod<-aov(PS[,4]~PS[,1]*PS[,2]+Error(PS[,1]:PS[,3]));summary(mod)
Warning message:
In aov(PS[, 4] ~ PS[, 1] * PS[, 2] + Error(PS[, 1]:PS[, 3])) :
  modelo Error() é singular

Error: PS[, 1]:PS[, 3]
          Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
PS[, 1]    1    8.1   8.100    11.3 0.0152 *
Residuals  6    4.3   0.717
---
Signif. codes:
0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Error: Within
                Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)
PS[, 2]          4  108.9   27.23   24.94 3.02e-08 ***
PS[, 1]:PS[, 2]  4  496.9  124.23  113.79 3.09e-15 ***
Residuals       24   26.2    1.09
---
Signif. codes:
0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

#Resíduos:

> residuals(mod)
NULL
#Teste de Shapiro-Wilk:
> res<-residuals(mod)
> shapiro.test(res)
Error: is.numeric(x) is not TRUE

Obrigada.
Att.,
Angélica.

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