[R-br] como fazer plot de componentes principais em cores?

[Cesar Rabak]

Jackson,

Eu tenho bastante experiência com ACP no R, tanto usando as funções do
pacote base, como o do FactoMiner e ADE, mas não do vegan, e portanto minha
observação pode ser incorreta:

Você parece estar misturando duas soluções de produção de gráficos do R, o
vegan usa o lattice e você quer que ele use um objeto que define cores do
plotrix.

Examinando seu CMR eu consegui fazer algo que *creio* seja o que você
deseja desta forma:

> plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="none",scaling=-3)
> points(test.pca,display="sites", cex=1, scaling=-3, col=agecol)

Não consigo interpretar o resultado para ver se as cores fazem sentido 🤔.
. .

HTH
--
Cesar Rabak



2016-05-24 11:42 GMT-03:00 Jackson Rodrigues <jacksonmrodrigues em gmail.com>:

> Oi pessoal,
>
> Eu preciso fazer um PCA que varie as cores em função dos anos. O mais
> antigo em vermelho e a medida que chega as datas mais recentes vai ficando
> roxo (uma escala de cor).
>
> eu tenho esse exemplo hipotético.
>
> mat5 <- matrix(rnorm(2000), ,4) # minha matriz
> mat5
> ages<-seq(1, 50000, by = 100) #idades
> ages
>
> library(plotrix)
> agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) # encaixando a escala
> de cor nas idades
>
> rownames(mat5) <- c(seq ) # fazendo as idades os nomes da linhas da matriz
>
> library("vegan")
> test.pca<-rda(mat5) # calculando componentes principais
> plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="p",scaling=-3) # plotando
> componentes princiapais.
>
> O problema é: Como fazer os pontos do gráfico ficarem coloridos como
> estabelecido  em " agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) "
>
> Agradeço desde já a ajuda
>
> Abraços
> Jackson
>
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