[R-br] Automatização de contrastes pela combinação de níveis para PERMANOVA

[ASANTOS]

Obrigado pela resposta Walmes,

           Estou tentando fazer testes two-way post-hoc para dados 
multivariados, isso baseado em testes one-way post-hoc que tenho 
encontrados na literatura, que usam TukeyHSD() que foi desenvolvidos 
para dados univariados, mas veem sendo usados para dados multivariados, 
como em:

### <code r>
require(vegan)

##Dados multivariados artificiais
spdf <- matrix(NA, 60, 4, dimnames = list(1:60, c("sp1", "sp2", "sp3", 
"sp4")))
spdf <- as.data.frame(spdf)
spdf$sp1 = rnorm(60, 1)
spdf$sp2 = rnorm(60, 1)
spdf$sp3 = rnorm(60, 1)
spdf$sp4 = rnorm(60, 1)

##Criação de três tratamentos
treat <- gl(3, 20, labels = paste("t", 1:3, sep=""))

## Uso de Tukey HSD () para comparação para a par, indicando qual 
tratamento é diferente do outro
envdist <- vegdist(spdf, method="euclidean")
betadisp <- betadisper(envdist, treat, type=c("centroid"))
TukeyHSD(betadisp)
### </code>

              Sendo abordagens como essa consenso? ou são sujeitos a 
discussão?

Obrigado,

-- 
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Alexandre dos Santos
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Em 17/02/2016 12:45, Walmes Zeviani escreveu:
> Alexandre,
>
> Objetos da classe adonis não retornam vcov e a LSmatrix não foi 
> escrita para receber objetos dessa classe também. Daria para escrever 
> a matriz na mão e lá na frente passar ela para glht estimar os 
> contrastes, etc. Porém, para isso, precisa-se de vcov. Além do mais, 
> você está especificando um modelo multivariado, certo? A glht trabalha 
> sobre modelos univariados. Então eu acho que não seria assim algo tão 
> simples.
>
> À disposição.
> Walmes.
> ​
>
>
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